www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120
 121     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'OK' )
 122     {
 123         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 124             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 125         } else {
 126             $cookie->{ 'PAGE' } = 'clade';
 127         }
 128     }
 129
 130     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 131     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 132     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 133     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 134     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 135     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' );
 136     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' );
 137     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 138     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 139     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 140     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 141     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 142     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 143     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 144     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 145     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 146     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 147     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 148     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 149     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 150     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 151     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 152     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 153
 154     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 155     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 156     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 157     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 158     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 159     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 160     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 161     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 162     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 163     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 164     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 165     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();
 168
 169     if ( $cookie->{ 'USER' } )
 170     {
 171         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 172         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 173         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 174         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 175
 176         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 177         {
 178             cookie_start( $cookie );
 179             cookie_end( $cookie );
 180             cookie_zoom( $cookie );
 181             cookie_move( $cookie );
 182             cookie_center( $cookie );
 183         }
 184     }
 185
 186     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 187
 188     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 189 }
 190
 191
 192 sub cookie_session
 193 {
 194     # Martin A. Hansen, December 2009.
 195
 196     # Check cookie information against session information.
 197
 198     my ( $cookie,   # cookie hash
 199        ) = @_;
 200
 201     # Returns nothing.
 202
 203     my ( $session );
 204
 205     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json" );
 206
 207     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 208     # {
 209     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 210     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 211     #         print STDERR "HER1\n"; # DEBUG
 212     #     }
 213     # }
 214     # else
 215     # {
 216     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 217     #
 218     #     print STDERR "HER2\n"; # DEBUG
 219     # }
 220
 221     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 222     {
 223         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 224             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 225             print STDERR "HER3\n"; # DEBUG
 226         }
 227     }
 228     else
 229     {
 230         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 231         print STDERR "HER4\n";                                                                 # DEBUG
 232         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' };                # DEBUG
 233         print STDERR "NO COOKIE USER\n"       if not $cookie->{ 'USER' };                      # DEBUG
 234         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 235     }
 236 }
 237
 238
 239 sub cookie_login
 240 {
 241     # Martin A. Hansen, December 2009.
 242
 243     # Check a user and password from CGI against the password file and
 244     # set the session ID, if found, in the cookie.
 245
 246     my ( $cookie,   # cookie hash
 247        ) = @_;
 248
 249     # Returns nothing.
 250
 251     my ( $session );
 252
 253     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 254     {
 255         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json" );
 256
 257         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 258              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 259         {
 260             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 261             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 262             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 263
 264             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 265             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 266
 267             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json", $session );
 268         }
 269         else
 270         {
 271             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 272         }
 273     }
 274 }
 275
 276
 277 sub cookie_start
 278 {
 279     # Martin A. Hansen, November 2009.
 280
 281     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 282     # to prevent negative values.
 283
 284     my ( $cookie,   # cookie hash
 285        ) = @_;
 286
 287     # Returns nothing.
 288
 289     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 290     {
 291         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 292         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 293     }
 294     else
 295     {
 296         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 sub cookie_end
 302 {
 303     # Martin A. Hansen, November 2009.
 304
 305     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 306     # overshooting the max value for the contig size as determined
 307     # from the cookie.
 308
 309     my ( $cookie,   # cookie hash
 310        ) = @_;
 311
 312     # Returns nothing.
 313
 314     my ( $max );
 315
 316     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 317
 318     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 319     {
 320         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 321         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 322     }
 323     else
 324     {
 325         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 326     }
 327 }
 328
 329
 330 sub cookie_zoom
 331 {
 332     # Martin A. Hansen, November 2009.
 333
 334     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 335     # on cookie ZOOM values.
 336
 337     my ( $cookie,   # cookie hash
 338        ) = @_;
 339
 340     # Returns nothing.
 341
 342     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 343
 344     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 345
 346     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 347
 348     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 349         $new_dist = $dist / 1.5;
 350     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 351         $new_dist = $dist / 3;
 352     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 353         $new_dist = $dist / 10;
 354     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 355         $new_dist = $dist * 1.5;
 356     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 357         $new_dist = $dist * 3;
 358     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 359         $new_dist = $dist * 10;
 360     }
 361
 362     if ( $new_dist )
 363     {
 364         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 365
 366         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 367         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 368
 369         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 370         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 371     }
 372 }
 373
 374
 375 sub cookie_move
 376 {
 377     # Martin A. Hansen, November 2009.
 378
 379     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 380     # on cookie MOVE values.
 381
 382     my ( $cookie,   # cookie hash
 383        ) = @_;
 384
 385     # Returns nothing.
 386
 387     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 388
 389     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 390
 391     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 392
 393     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 394         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 395     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 396         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 397     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 398         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 399     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 400         $shift = $dist * 0.10;
 401     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 402         $shift = $dist * 0.475;
 403     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 404         $shift = $dist * 0.95;
 405     }
 406
 407     if ( $shift )
 408     {
 409         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 410         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 411
 412         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 413         {
 414             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 415             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 416         }
 417     }
 418 }
 419
 420
 421 sub cookie_center
 422 {
 423     # Martin A. Hansen, March 2010
 424
 425     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 426     # on cookie CENTER value if defined.
 427
 428     my ( $cookie,   # cookie hash
 429        ) = @_;
 430
 431     # Returns nothing.
 432
 433     my ( $l_dist, $r_dist );
 434
 435     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 436     {
 437         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 438         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 439
 440         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 441             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 442         } else {
 443             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 444         }
 445     }
 446 }
 447
 448
 449 sub cookie_page_next
 450 {
 451     # Martin A. Hansen, November 2009.
 452
 453     # Returns the next page in the taxonomy path.
 454
 455     my ( $cookie,   # cookie hash
 456        ) = @_;
 457
 458     # Returns a string.
 459
 460     my ( $i );
 461
 462     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 463         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 464     }
 465
 466     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 467 }
 468
 469
 470 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 471
 472
 473 sub page
 474 {
 475     # Martin A. Hansen, November 2009.
 476
 477     # Determines what page to render based on
 478     # the cookie's PAGE setting.
 479
 480     my ( $cookie,   # cookie hash
 481        ) = @_;
 482
 483     # Returns a list.
 484
 485     my ( @html );
 486
 487     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 488         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 489     }
 490
 491     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 492         push @html, page_login( $cookie );
 493     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 494         push @html, page_search( $cookie );
 495     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 496         push @html, page_browse( $cookie );
 497     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 498         push @html, page_dna( $cookie );
 499     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 500         push @html, page_export( $cookie );
 501     } else {
 502         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 503     }
 504
 505     return wantarray ? @html : \@html;
 506 }
 507
 508
 509 sub page_login
 510 {
 511     # Martin A. Hansen, December 2009.
 512
 513     # Renders the login page.
 514
 515     my ( $cookie,
 516        ) = @_;
 517
 518     # Returns a list.
 519
 520     my ( @html );
 521
 522     push @html, section_login( $cookie );
 523
 524     return wantarray ? @html : \@html;
 525 }
 526
 527
 528 sub page_search
 529 {
 530     # Martin A. Hansen, December 2009.
 531
 532     # Renders the search page.
 533
 534     my ( $cookie,
 535        ) = @_;
 536
 537     # Returns a list.
 538
 539     my ( @html );
 540
 541     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 542     push @html, section_search( $cookie );
 543
 544     return wantarray ? @html : \@html;
 545 }
 546
 547
 548 sub page_browse
 549 {
 550     # Martin A. Hansen, November 2009.
 551
 552     # Renders the browse page.
 553
 554     my ( $cookie,
 555        ) = @_;
 556
 557     # Returns a list.
 558
 559     my ( @html );
 560
 561     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 562     push @html, section_navigate( $cookie );
 563     push @html, section_browse( $cookie );
 564     push @html, section_linkout( $cookie );
 565
 566     return wantarray ? @html : \@html;
 567 }
 568
 569
 570 sub page_dna
 571 {
 572     # Martin A. Hansen, November 2009.
 573
 574     # Renders the DNA page.
 575
 576     my ( $cookie,
 577        ) = @_;
 578
 579     # Returns a list.
 580
 581     my ( @html );
 582
 583     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 584     push @html, section_dna( $cookie );
 585
 586     return wantarray ? @html : \@html;
 587 }
 588
 589
 590 sub page_export
 591 {
 592     # Martin A. Hansen, November 2009.
 593
 594     # Renders the export page.
 595
 596     my ( $cookie,
 597        ) = @_;
 598
 599     # Returns a list.
 600
 601     my ( @html );
 602
 603     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 604     push @html, section_export( $cookie );
 605
 606     return wantarray ? @html : \@html;
 607 }
 608
 609
 610 sub page_taxonomy
 611 {
 612     # Martin A. Hansen, November 2009.
 613
 614     # Renders the browse page.
 615
 616     my ( $cookie,   # cookie hash
 617        ) = @_;
 618
 619     # Returns a list.
 620
 621     my ( @html );
 622
 623     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 624     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 625
 626     return wantarray ? @html : \@html;
 627 }
 628
 629
 630 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 631
 632
 633 sub section_login
 634 {
 635     # Martin A. Hansen, December 2009.
 636
 637     # Returns a HTML section with a login menu.
 638
 639     my ( $cookie,   # cookie hash
 640        ) = @_;
 641
 642     # Returns a list.
 643
 644     my ( $user, $password, $login, @html );
 645
 646     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 647     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 648     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 649
 650     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 651
 652     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 653     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 654     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 655     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 656     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 657
 658     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 659          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 660          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 661          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 662          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 663          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 664     )
 665     {
 666         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 667         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 668         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 669         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 670         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 671         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 672     }
 673
 674     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 675         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 676     }
 677
 678     return wantarray ? @html : \@html;
 679 }
 680
 681
 682 sub section_taxonomy_table
 683 {
 684     # Martin A. Hansen, November 2009.
 685
 686     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 687     # showing the location in the taxonomy and with
 688     # links to browse the taxonomy.
 689
 690     my ( $cookie,   # cookie hash
 691        ) = @_;
 692
 693     # Returns a list.
 694
 695     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 696
 697     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 698     {
 699         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 700
 701         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 702         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 703         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 704         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 705         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 706         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 707         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 708
 709         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 710
 711         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 712         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 713     }
 714
 715     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 716     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 717     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 718
 719     return wantarray ? @html : \@html;
 720 }
 721
 722
 723 sub section_taxonomy_select
 724 {
 725     # Martin A. Hansen, November 2009.
 726
 727     # Returns a HTML section with selection choices
 728     # for navigating the taxonomy tree.
 729
 730     my ( $cookie,   # cookie hash
 731        ) = @_;
 732
 733     # Returns a list.
 734
 735     my ( $list, @html, $item, $href );
 736
 737     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 738
 739     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 740
 741     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 742
 743     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 744     {
 745         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 746
 747         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 748         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 749         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 750         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 751         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 752         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 753         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 754
 755         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 756     }
 757
 758     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 759
 760     return wantarray ? @html : \@html;
 761 }
 762
 763
 764 sub section_navigate
 765 {
 766     # Martin A. Hansen, November 2009.
 767
 768     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 769
 770     my ( $cookie,   # cookie hash
 771        ) = @_;
 772
 773     # Returns a list.
 774
 775     my ( @html, $nav_val );
 776
 777     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 778
 779     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 780     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 781         "Position or search term:",
 782         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 783         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 784     ] );
 785     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 786
 787     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 788     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 789         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 790         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 791         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 792         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 793         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 794         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 795         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 796         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 797         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 798         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 799         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 800         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 801         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 802         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 803         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 804     ] );
 805     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 806
 807     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 808     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 809     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 810     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 811     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 812     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 813
 814     return wantarray ? @html : \@html;
 815 }
 816
 817
 818 sub section_linkout
 819 {
 820     # Martin A. Hansen, March 2010.
 821
 822     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
 823
 824     my ( $cookie,   # cookie hash
 825        ) = @_;
 826
 827     # Returns a list.
 828
 829     my ( $link, @html );
 830
 831     $link = Maasha::XHTML::ln(
 832         txt  => 'link',
 833         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 834                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 835                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 836                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 837                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 838                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 839                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 840               ),
 841         title  => "Static link to this view",
 842     );
 843
 844     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
 845
 846     return wantarray ? @html : \@html;
 847 }
 848
 849
 850 sub section_browse
 851 {
 852     my ( $cookie,
 853        ) = @_;
 854
 855     # Returns a list.
 856
 857     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 858
 859     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 860     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 861
 862     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 863
 864     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 865     {
 866         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 867
 868         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 869     }
 870
 871     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 872     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 873
 874     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 875     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 876     $cr->fill;
 877
 878     foreach $feat ( @features ) {
 879         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 880     }
 881
 882     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 883
 884     push @img, Maasha::XHTML::img(
 885         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 886         alt    => "Browser Tracks",
 887         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 888         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 889         id     => "browser_map",
 890         usemap => "#browser_map"
 891     );
 892
 893     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 894
 895     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 896
 897     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 898     {
 899         $x1 = $i;
 900         $y1 = 10;
 901         $x2 = $i + 5;
 902         $y2 = 20;
 903
 904         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 905
 906         push @img, Maasha::XHTML::area(
 907             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 908                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 909                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 910                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 911                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 912                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 913                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 914                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 915                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 916                                    "nav_center=$center",
 917                       ),
 918             shape  => 'rect',
 919             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 920             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 921         );
 922     }
 923
 924     foreach $feat ( @features )
 925     {
 926         foreach $elem ( @{ $feat } )
 927         {
 928             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 929             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 930
 931             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 932
 933             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 934             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 935             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 936             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 937
 938             push @img, Maasha::XHTML::area(
 939                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 940                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 941                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 942                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 943                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 944                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 945                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 946                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 947                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 948                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 949                           ),
 950                 shape  => 'rect',
 951                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 952                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 953             );
 954         }
 955     }
 956
 957     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 958
 959     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 960
 961     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 962
 963     return wantarray ? @html : \@html;
 964 }
 965
 966
 967 sub section_export
 968 {
 969     # Martin A. Hansen, November 2009.
 970
 971     # Returns a HTML section with export table.
 972
 973     my ( $cookie,   # cookie hash
 974        ) = @_;
 975
 976     # Returns a list.
 977
 978     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
 979
 980     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
 981
 982     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 983     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 984     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 985     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 986     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 987     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 988     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 989     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 990
 991     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 992     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 993     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 994     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 995
 996     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 997     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 998     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 999     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1000     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1001     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1002
1003     return wantarray ? @html : \@html;
1004 }
1005
1006
1007 sub section_search
1008 {
1009     # Martin A. Hansen, November 2009.
1010
1011     # Returns a HTML section with export table.
1012
1013     my ( $cookie,   # cookie hash
1014        ) = @_;
1015
1016     # Returns a list.
1017
1018     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1019
1020     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1021
1022     $count = scalar @{ $results };
1023
1024     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1025     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1026
1027     if ( $count > 0 )
1028     {
1029         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1030         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1031
1032         foreach $result ( @{ $results } )
1033         {
1034             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1035             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1036             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1037             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1038             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1039             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1040             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1041
1042             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1043                 txt  => "browse",
1044                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1045                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1046                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1047                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1048                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1049                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1050                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1051                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1052                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1053                 ),
1054             );
1055
1056
1057             $export = Maasha::XHTML::ln(
1058                 txt  => "export",
1059                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1060                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1061                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1062                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1063                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1064                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1065                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1066                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1067                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1068                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1069                 ),
1070             );
1071
1072             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1073                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1074                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1075                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1076                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1077                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1078                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1079                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1080                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1081                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1082                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1083                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1084                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1085                         { td => $browse },
1086                         { td => $export },
1087                 ], class => "monospace"
1088             );
1089         }
1090
1091         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1092     }
1093
1094     return wantarray ? @html : \@html;
1095 }
1096
1097
1098 sub section_dna
1099 {
1100     # Martin A. Hansen, November 2009.
1101
1102     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1103
1104     my ( $cookie,   # cookie hash
1105        ) = @_;
1106
1107     # Returns a list.
1108
1109     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1110
1111     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1112     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1113     $beg =~ tr/,//d;
1114     $end =~ tr/,//d;
1115
1116     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1117     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1118
1119     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1120     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1121
1122     return wantarray ? @html : \@html;
1123 }
1124
1125
1126 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1127
1128
1129 __END__