www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::KISS;
  37 use Maasha::BGB::Session;
  38 use Maasha::BGB::Track;
  39 use Maasha::BGB::Draw;
  40
  41 my ( $cgi, $cookie, @html );
  42
  43 $cgi    = new CGI;
  44 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  45
  46 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  47     cgi_header  => 1,
  48     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  49     css_file    => 'bgb.css',
  50     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  51     description => 'Biopieces Genome Browser',
  52     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  53     no_cache    => 1,
  54 );
  55
  56 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  57 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  58
  59 push @html, page( $cookie );
  60
  61 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  63 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  64
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  68
  69 print "$_\n" foreach @html;
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 sub cookie_default
  79 {
  80     # Martin A. Hansen, November 2009.
  81
  82     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  83
  84     my ( $cgi,   # CGI object
  85        ) = @_;
  86
  87     # Returns a hash.
  88
  89     my ( $cookie, $path );
  90
  91     $cookie = {};
  92
  93     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  94     {
  95         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  96         {
  97             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  98             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  99         }
 100         else
 101         {
 102             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 103
 104             $cgi->param( 'page', 'search' );
 105         }
 106     }
 107
 108     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 109     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 110     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 111     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 112
 113     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 114     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 115     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 116
 117     cookie_session( $cookie );
 118     cookie_login( $cookie );
 119
 120     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 121     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 122     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 123     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 124     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 125     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 126     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' ) || $cgi->param( 's_beg' );  # FIXME this is ugly!
 127     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' )   || $cgi->param( 's_end' );
 128     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 129     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 130     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 131     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 134     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 136     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 137     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 140     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 142     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 143     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 144
 145     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 146     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 147     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 148     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 149     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 150     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 152     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 153     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 154     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 155     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 156
 157     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 158
 159     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 160
 161     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 162
 163     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 164
 165     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 168
 169     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 170
 171     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 172
 173     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 174
 175     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 176
 177     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 178     {
 179         cookie_start( $cookie );
 180         cookie_end( $cookie );
 181         cookie_zoom( $cookie );
 182         cookie_move( $cookie );
 183         cookie_center( $cookie );
 184     }
 185
 186     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 187
 188     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 189 }
 190
 191
 192 sub cookie_session
 193 {
 194     # Martin A. Hansen, December 2009.
 195
 196     # Check cookie information against session information.
 197
 198     my ( $cookie,   # cookie hash
 199        ) = @_;
 200
 201     # Returns nothing.
 202
 203     my ( $session );
 204
 205     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 206
 207     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 208     # {
 209     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 210     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 211     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 212     #     }
 213     # }
 214     # else
 215     # {
 216     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 217     #
 218     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 219     # }
 220
 221     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 222     {
 223         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 224             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 225             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 226         }
 227     }
 228     else
 229     {
 230         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 231         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 232         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 233         print STDERR "NO COOKIE USER\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 234         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 235     }
 236 }
 237
 238
 239 sub cookie_login
 240 {
 241     # Martin A. Hansen, December 2009.
 242
 243     # Check a user and password from CGI against the password file and
 244     # set the session ID, if found, in the cookie.
 245
 246     my ( $cookie,   # cookie hash
 247        ) = @_;
 248
 249     # Returns nothing.
 250
 251     my ( $session );
 252
 253     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 254     {
 255         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 256
 257         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 258              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 259         {
 260             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 261             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 262             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 263
 264             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 265             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 266             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 267
 268             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 269         }
 270         else
 271         {
 272             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 273         }
 274     }
 275 }
 276
 277
 278 sub cookie_start
 279 {
 280     # Martin A. Hansen, November 2009.
 281
 282     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 283     # to prevent negative values.
 284
 285     my ( $cookie,   # cookie hash
 286        ) = @_;
 287
 288     # Returns nothing.
 289
 290     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 291     {
 292         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 293         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 294     }
 295     else
 296     {
 297         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 298     }
 299 }
 300
 301
 302 sub cookie_end
 303 {
 304     # Martin A. Hansen, November 2009.
 305
 306     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 307     # overshooting the max value for the contig size as determined
 308     # from the cookie.
 309
 310     my ( $cookie,   # cookie hash
 311        ) = @_;
 312
 313     # Returns nothing.
 314
 315     my ( $max );
 316
 317     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 318
 319     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 320     {
 321         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 322         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 323     }
 324     else
 325     {
 326         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 327     }
 328 }
 329
 330
 331 sub cookie_zoom
 332 {
 333     # Martin A. Hansen, November 2009.
 334
 335     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 336     # on cookie ZOOM values.
 337
 338     my ( $cookie,   # cookie hash
 339        ) = @_;
 340
 341     # Returns nothing.
 342
 343     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 344
 345     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 346
 347     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 348
 349     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 350         $new_dist = $dist / 1.5;
 351     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 352         $new_dist = $dist / 3;
 353     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 354         $new_dist = $dist / 10;
 355     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 356         $new_dist = $dist * 1.5;
 357     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 358         $new_dist = $dist * 3;
 359     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 360         $new_dist = $dist * 10;
 361     }
 362
 363     if ( $new_dist )
 364     {
 365         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 366
 367         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 368         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 369
 370         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 371         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 372     }
 373 }
 374
 375
 376 sub cookie_move
 377 {
 378     # Martin A. Hansen, November 2009.
 379
 380     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 381     # on cookie MOVE values.
 382
 383     my ( $cookie,   # cookie hash
 384        ) = @_;
 385
 386     # Returns nothing.
 387
 388     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 389
 390     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 391
 392     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 393
 394     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 395         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 396     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 397         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 398     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 399         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 400     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 401         $shift = $dist * 0.10;
 402     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 403         $shift = $dist * 0.475;
 404     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 405         $shift = $dist * 0.95;
 406     }
 407
 408     if ( $shift )
 409     {
 410         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 411         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 412
 413         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 414         {
 415             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 416             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 417         }
 418     }
 419 }
 420
 421
 422 sub cookie_center
 423 {
 424     # Martin A. Hansen, March 2010
 425
 426     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 427     # on cookie CENTER value if defined.
 428
 429     my ( $cookie,   # cookie hash
 430        ) = @_;
 431
 432     # Returns nothing.
 433
 434     my ( $l_dist, $r_dist );
 435
 436     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 437     {
 438         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 439         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 440
 441         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 442             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 443         } else {
 444             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 445         }
 446     }
 447 }
 448
 449
 450 sub cookie_href
 451 {
 452     # Martin A. Hansen, November 2009.
 453
 454     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
 455     # page using information stored in a cookie.
 456
 457     my ( $cookie,   # cookie hash
 458          $page,     # page
 459        ) = @_;
 460
 461     # Returns a string.
 462
 463     my ( @href_list, %href_hash, $href );
 464
 465     $href_hash{ "user" } = $cookie->{ 'USER' } if $cookie->{ 'USER' };
 466
 467     while ( 1 )
 468     {
 469         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
 470         last if $page eq 'clade';
 471         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
 472         last if $page eq 'genome';
 473         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 474         last if $page eq 'assembly';
 475         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
 476         last if $page eq 'contig';
 477         last;
 478     }
 479
 480     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } and $page !~ /clade|genome|assembly|contig|browse/ ) {
 481         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
 482     }
 483
 484     $href_hash{ "q_id" }       = URI::Escape::uri_escape( $cookie->{ 'Q_ID' } ) if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
 485     $href_hash{ "s_beg" }      = $cookie->{ 'S_BEG' }      if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
 486     $href_hash{ "s_end" }      = $cookie->{ 'S_END' }      if defined $cookie->{ 'S_END' };
 487     $href_hash{ "strand" }     = $cookie->{ 'STRAND' }     if defined $cookie->{ 'STRAND' };
 488     $href_hash{ "session_id" } = $cookie->{ 'SESSION_ID' } if defined $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 489
 490     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 491
 492     foreach $href ( keys %href_hash ) {
 493         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
 494     }
 495
 496     return join "&", @href_list;
 497 }
 498
 499
 500 sub cookie_page_next
 501 {
 502     # Martin A. Hansen, November 2009.
 503
 504     # Returns the next page in the taxonomy path.
 505
 506     my ( $cookie,   # cookie hash
 507        ) = @_;
 508
 509     # Returns a string.
 510
 511     my ( $i );
 512
 513     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 514         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 515     }
 516
 517     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 518 }
 519
 520
 521 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 522
 523
 524 sub page
 525 {
 526     # Martin A. Hansen, November 2009.
 527
 528     # Determines what page to render based on
 529     # the cookie's PAGE setting.
 530
 531     my ( $cookie,   # cookie hash
 532        ) = @_;
 533
 534     # Returns a list.
 535
 536     my ( @html );
 537
 538     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 539         push @html, page_login( $cookie );
 540     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 541         push @html, page_search( $cookie );
 542     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 543         push @html, page_browse( $cookie );
 544     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 545         push @html, page_dna( $cookie );
 546     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 547         push @html, page_export( $cookie );
 548     } else {
 549         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 550     }
 551
 552     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 553         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 554     }
 555
 556     return wantarray ? @html : \@html;
 557 }
 558
 559
 560 sub page_login
 561 {
 562     # Martin A. Hansen, December 2009.
 563
 564     # Renders the login page.
 565
 566     my ( $cookie,
 567        ) = @_;
 568
 569     # Returns a list.
 570
 571     my ( @html );
 572
 573     push @html, section_login( $cookie );
 574
 575     return wantarray ? @html : \@html;
 576 }
 577
 578
 579 sub page_search
 580 {
 581     # Martin A. Hansen, December 2009.
 582
 583     # Renders the search page.
 584
 585     my ( $cookie,
 586        ) = @_;
 587
 588     # Returns a list.
 589
 590     my ( @html );
 591
 592     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 593     push @html, section_search( $cookie );
 594
 595     return wantarray ? @html : \@html;
 596 }
 597
 598
 599 sub page_browse
 600 {
 601     # Martin A. Hansen, November 2009.
 602
 603     # Renders the browse page.
 604
 605     my ( $cookie,
 606        ) = @_;
 607
 608     # Returns a list.
 609
 610     my ( @html );
 611
 612     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 613     push @html, section_navigate( $cookie );
 614     push @html, section_browse( $cookie );
 615
 616     return wantarray ? @html : \@html;
 617 }
 618
 619
 620 sub page_dna
 621 {
 622     # Martin A. Hansen, November 2009.
 623
 624     # Renders the DNA page.
 625
 626     my ( $cookie,
 627        ) = @_;
 628
 629     # Returns a list.
 630
 631     my ( @html );
 632
 633     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 634     push @html, section_dna( $cookie );
 635
 636     return wantarray ? @html : \@html;
 637 }
 638
 639
 640 sub page_export
 641 {
 642     # Martin A. Hansen, November 2009.
 643
 644     # Renders the export page.
 645
 646     my ( $cookie,
 647        ) = @_;
 648
 649     # Returns a list.
 650
 651     my ( @html );
 652
 653     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 654     push @html, section_export( $cookie );
 655
 656     return wantarray ? @html : \@html;
 657 }
 658
 659
 660 sub page_taxonomy
 661 {
 662     # Martin A. Hansen, November 2009.
 663
 664     # Renders the browse page.
 665
 666     my ( $cookie,   # cookie hash
 667        ) = @_;
 668
 669     # Returns a list.
 670
 671     my ( @html );
 672
 673     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 674     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 675
 676     return wantarray ? @html : \@html;
 677 }
 678
 679
 680 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 681
 682
 683 sub section_login
 684 {
 685     # Martin A. Hansen, December 2009.
 686
 687     # Returns a HTML section with a login menu.
 688
 689     my ( $cookie,   # cookie hash
 690        ) = @_;
 691
 692     # Returns a list.
 693
 694     my ( $user, $password, $login, @html );
 695
 696     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 697     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 698     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 699
 700     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 701
 702     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 703     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 704     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 705     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 706     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 707
 708     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 709         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 710     }
 711
 712     return wantarray ? @html : \@html;
 713 }
 714
 715
 716 sub section_taxonomy_table
 717 {
 718     # Martin A. Hansen, November 2009.
 719
 720     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 721     # showing the location in the taxonomy and with
 722     # links to browse the taxonomy.
 723
 724     my ( $cookie,   # cookie hash
 725        ) = @_;
 726
 727     # Returns a list.
 728
 729     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 730
 731     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 732     {
 733         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 734
 735         $href = cookie_href( $cookie, $page );
 736
 737         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 738
 739         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 740         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 741     }
 742
 743     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 744     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 745     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 746
 747     return wantarray ? @html : \@html;
 748 }
 749
 750
 751 sub section_taxonomy_select
 752 {
 753     # Martin A. Hansen, November 2009.
 754
 755     # Returns a HTML section with selection choices
 756     # for navigating the taxonomy tree.
 757
 758     my ( $cookie,   # cookie hash
 759        ) = @_;
 760
 761     # Returns a list.
 762
 763     my ( $list, @html, $item, $href );
 764
 765     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 766
 767     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 768
 769     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 770
 771     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 772     {
 773         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 774
 775         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
 776
 777         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 778     }
 779
 780     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 781
 782     return wantarray ? @html : \@html;
 783 }
 784
 785
 786 sub section_navigate
 787 {
 788     # Martin A. Hansen, November 2009.
 789
 790     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 791
 792     my ( $cookie,   # cookie hash
 793        ) = @_;
 794
 795     # Returns a list.
 796
 797     my ( @html, $nav_val );
 798
 799     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 800
 801     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 802     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 803         "Position or search term:",
 804         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 805         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 806     ] );
 807     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 808
 809     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 810     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 811         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 812         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 813         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 814         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 815         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 816         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 817         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 818         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 819         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 820         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 821         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 822         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 823         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 824         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 825         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 826     ] );
 827     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 828
 829     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 830     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 831     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 832     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 833     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 834     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 835
 836     return wantarray ? @html : \@html;
 837 }
 838
 839
 840 sub section_browse
 841 {
 842     my ( $cookie,
 843        ) = @_;
 844
 845     # Returns a list.
 846
 847     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 848
 849     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 850     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 851
 852     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 853
 854     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 855     {
 856         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 857
 858         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 859     }
 860
 861     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 862     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 863
 864     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 865     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 866     $cr->fill;
 867
 868     foreach $feat ( @features ) {
 869         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 870     }
 871
 872     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 873
 874     push @img, Maasha::XHTML::img(
 875         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 876         alt    => "Browser Tracks",
 877         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 878         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 879         id     => "browser_map",
 880         usemap => "#browser_map"
 881     );
 882
 883     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 884
 885     foreach $feat ( @features )
 886     {
 887         foreach $elem ( @{ $feat } )
 888         {
 889             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 890             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 891
 892             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 893
 894             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 895             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 896             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 897             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 898
 899             push @img, Maasha::XHTML::area(
 900                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
 901                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
 902                 shape  => 'rect',
 903                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 904                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 905             );
 906         }
 907     }
 908
 909     $factor = $cookie->{ 'IMG_WIDTH' } / ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 );
 910     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 911
 912     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 913     {
 914         $x1 = $i;
 915         $y1 = 10;
 916         $x2 = $i + 5;
 917         $y2 = 20;
 918
 919         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 920
 921         push @img, Maasha::XHTML::area(
 922             # href   => cookie_href( $cookie, "browse" ) . "&nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }&nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }&nav_center=$center",
 923             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 924                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 925                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 926                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 927                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 928                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 929                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 930                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 931                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 932                                    "nav_center=$center",
 933                       ),
 934             shape  => 'rect',
 935             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 936             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 937         );
 938     }
 939
 940     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 941
 942     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 943
 944     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 945
 946     return wantarray ? @html : \@html;
 947 }
 948
 949
 950 sub section_export
 951 {
 952     # Martin A. Hansen, November 2009.
 953
 954     # Returns a HTML section with export table.
 955
 956     my ( $cookie,   # cookie hash
 957        ) = @_;
 958
 959     # Returns a list.
 960
 961     my ( @row_dna_contig, @html );
 962
 963     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 964     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 965     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 966     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 967     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 968     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 969     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 970     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 971
 972     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 973     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 974     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 975     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 976
 977     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 978     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 979     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 980     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 981     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 982     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 983
 984     return wantarray ? @html : \@html;
 985 }
 986
 987
 988 sub section_search
 989 {
 990     # Martin A. Hansen, November 2009.
 991
 992     # Returns a HTML section with export table.
 993
 994     my ( $cookie,   # cookie hash
 995        ) = @_;
 996
 997     # Returns a list.
 998
 999     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1000
1001     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1002
1003     $count = scalar @{ $results };
1004
1005     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1006     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1007
1008     if ( $count > 0 )
1009     {
1010         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1011         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1012
1013         foreach $result ( @{ $results } )
1014         {
1015             $result = Maasha::KISS::kiss2biopiece( $result );
1016
1017             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1018             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1019             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1020             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1021             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1022             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1023             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1024
1025             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
1026             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
1027
1028             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1029                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1030                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1031                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1032                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1033                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1034                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1035                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1036                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1037                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1038                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1039                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1040                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1041                         { td => $browse },
1042                         { td => $export },
1043                 ], class => "monospace"
1044             );
1045         }
1046
1047         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1048     }
1049
1050     return wantarray ? @html : \@html;
1051 }
1052
1053
1054 sub section_dna
1055 {
1056     # Martin A. Hansen, November 2009.
1057
1058     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1059
1060     my ( $cookie,   # cookie hash
1061        ) = @_;
1062
1063     # Returns a list.
1064
1065     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1066
1067     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1068     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1069     $beg =~ tr/,//d;
1070     $end =~ tr/,//d;
1071
1072     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1073     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1074
1075     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1076     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1077
1078     return wantarray ? @html : \@html;
1079 }
1080
1081
1082 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1083
1084
1085 __END__