www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 sub cookie_default
  77 {
  78     # Martin A. Hansen, November 2009.
  79
  80     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  81
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a hash.
  86
  87     my ( $cookie, $session );
  88
  89     $cookie = {};
  90
  91     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  92     {
  93         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  94         {
  95             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  96             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  97         }
  98         else
  99         {
 100             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 101
 102             $cgi->param( 'page', 'search' );
 103         }
 104     }
 105
 106     $cookie->{ 'SCRIPT' }      = Maasha::Common::get_scriptname();
 107     $cookie->{ 'DATA_DIR' }    = "Data";
 108     $cookie->{ 'SESSION_DIR' } = "Sessions";
 109     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }  = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 110     $cookie->{ 'USER' }        = $cgi->param( 'user' );
 111     $cookie->{ 'PASSWORD' }    = $cgi->param( 'password' );
 112     $cookie->{ 'SESSION_ID' }  = $cgi->param( 'session_id' );
 113
 114     $session = session_restore( $cookie );
 115
 116     cookie_login( $cookie );
 117
 118     # session_id_check( $cookie, $session );
 119
 120     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 121     {
 122         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 123     }
 124     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 125     {
 126         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 127             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 128         } else {
 129             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 130         }
 131     }
 132     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 133     {
 134         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 135     }
 136     else
 137     {
 138          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 139     }
 140
 141     $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }    = $session->{ 'TRACK_STATUS' };
 142     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 143     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 144     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 145     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 146     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 147     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 148     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= defined $cgi->param( 'nav_end' )   ? $cgi->param( 'nav_end' )   : $session->{ 'NAV_END' };
 149     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 150     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' )       || $session->{ 'S_BEG' };
 151     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' )       || $session->{ 'S_END' };
 152     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 153     $cookie->{ 'TRACK' }           = $cgi->param( 'track' );
 154     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 159     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 160     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 165     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 166
 167     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 168     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels  # TODO: Redundant?
 169     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 170     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 171     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 172     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 173     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 174     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 175     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 176     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 177     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 178 #    $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 179
 180 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 181
 182     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 183     {
 184         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 185         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 186         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 187         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 188
 189         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 190         {
 191             cookie_start( $cookie );
 192             cookie_end( $cookie );
 193             cookie_zoom( $cookie );
 194             cookie_move( $cookie );
 195             cookie_center( $cookie );
 196             cookie_track_status( $cookie );
 197         }
 198     }
 199
 200     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 201
 202     session_store( $cookie, $session );
 203
 204     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 205 }
 206
 207
 208 sub session_restore
 209 {
 210     # Martin A. Hansen, March 2010.
 211
 212     # Restores session and returns this.
 213
 214     my ( $cookie,   # cookie hash
 215        ) = @_;
 216
 217     # Returns hashref.
 218
 219     my ( $session );
 220
 221     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 222         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 223     }
 224
 225     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 226 }
 227
 228
 229 sub session_store
 230 {
 231     # Martin A. Hansen, March 2010.
 232
 233     # Store a session updated with cookie information to session file.
 234
 235     my ( $cookie,    # cookie hash
 236          $session,   # session hash
 237        ) = @_;
 238
 239     # Returns nothing.
 240
 241     my ( $new_session );
 242
 243     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 244     {
 245         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 246         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 247         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 248         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 249
 250         if ( $cookie->{ 'PAGE' } =~ /browse|export_pdf|export_svg/ )
 251         {
 252             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 253             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 254             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 255             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 256             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 257             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 258         }
 259         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 260         {
 261             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 262             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 263             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 264         }
 265         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 266         {
 267             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 268             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 269         }
 270         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 271         {
 272             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 273         }
 274         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' )
 275         {
 276             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 277             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 278             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 279             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 280             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 281             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 282             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 283             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 284         }
 285
 286         $new_session->{ 'TRACK_STATUS' } = $cookie->{ 'TRACK_STATUS' };
 287
 288         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 289     }
 290 }
 291
 292
 293 sub session_id_check
 294 {
 295     # Martin A. Hansen, March 2010.
 296
 297     # Check that the session id in the cookie and session match.
 298     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 299
 300     my ( $cookie,    # cookie hash
 301          $session,   # session hash
 302        ) = @_;
 303
 304     # Returns nothing.
 305
 306     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 307     {
 308         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 309             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 310         } else {
 311             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 312         }
 313     }
 314 }
 315
 316
 317 sub cookie_login
 318 {
 319     # Martin A. Hansen, December 2009.
 320
 321     # Check a user and password from CGI against the password file and
 322     # set the session ID, if found, in the cookie.
 323
 324     my ( $cookie,   # cookie hash
 325        ) = @_;
 326
 327     # Returns nothing.
 328
 329     my ( $session );
 330
 331     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 332     {
 333         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 334         {
 335             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 336
 337             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 338             {
 339                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 340                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 341                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 342                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 343             }
 344             else
 345             {
 346                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 347             }
 348         }
 349         else
 350         {
 351             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 352         }
 353     }
 354 }
 355
 356
 357 sub cookie_start
 358 {
 359     # Martin A. Hansen, November 2009.
 360
 361     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 362     # to prevent negative values.
 363
 364     my ( $cookie,   # cookie hash
 365        ) = @_;
 366
 367     # Returns nothing.
 368
 369     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 370     {
 371         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 372         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 373     }
 374     else
 375     {
 376         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 377     }
 378 }
 379
 380
 381 sub cookie_end
 382 {
 383     # Martin A. Hansen, November 2009.
 384
 385     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 386     # overshooting the max value for the contig size as determined
 387     # from the cookie.
 388
 389     my ( $cookie,   # cookie hash
 390        ) = @_;
 391
 392     # Returns nothing.
 393
 394     my ( $max );
 395
 396     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 397
 398     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 399     {
 400         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 401         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 402     }
 403     else
 404     {
 405         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 406     }
 407 }
 408
 409
 410 sub cookie_zoom
 411 {
 412     # Martin A. Hansen, November 2009.
 413
 414     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 415     # on cookie ZOOM values.
 416
 417     my ( $cookie,   # cookie hash
 418        ) = @_;
 419
 420     # Returns nothing.
 421
 422     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 423
 424     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 425
 426     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 427
 428     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 429         $new_dist = $dist / 1.5;
 430     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 431         $new_dist = $dist / 3;
 432     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 433         $new_dist = $dist / 10;
 434     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 435         $new_dist = $dist * 1.5;
 436     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 437         $new_dist = $dist * 3;
 438     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 439         $new_dist = $dist * 10;
 440     }
 441
 442     if ( $new_dist )
 443     {
 444         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 445
 446         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 447         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 448
 449         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 450         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 451     }
 452 }
 453
 454
 455 sub cookie_move
 456 {
 457     # Martin A. Hansen, November 2009.
 458
 459     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 460     # on cookie MOVE values.
 461
 462     my ( $cookie,   # cookie hash
 463        ) = @_;
 464
 465     # Returns nothing.
 466
 467     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 468
 469     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 470
 471     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 472
 473     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 474         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 475     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 476         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 477     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 478         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 479     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 480         $shift = $dist * 0.10;
 481     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 482         $shift = $dist * 0.475;
 483     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 484         $shift = $dist * 0.95;
 485     }
 486
 487     if ( $shift )
 488     {
 489         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 490         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 491
 492         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 493         {
 494             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 495             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 496         }
 497     }
 498 }
 499
 500
 501 sub cookie_center
 502 {
 503     # Martin A. Hansen, March 2010.
 504
 505     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 506     # on cookie CENTER value if defined.
 507
 508     my ( $cookie,   # cookie hash
 509        ) = @_;
 510
 511     # Returns nothing.
 512
 513     my ( $l_dist, $r_dist );
 514
 515     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 516     {
 517         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 518         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 519
 520         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 521             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 522         } else {
 523             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 524         }
 525     }
 526 }
 527
 528
 529 sub cookie_track_status
 530 {
 531     # Martin A. Hansen, March 2010.
 532
 533     #
 534
 535     my ( $cookie,   # cookie hash
 536        ) = @_;
 537
 538     # Returns nothing.
 539
 540     my ( $clade, $genome, $assembly, $track );
 541
 542     $clade    = $cookie->{ 'CLADE' };
 543     $genome   = $cookie->{ 'GENOME' };
 544     $assembly = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 545     $track    = $cookie->{ 'TRACK' };
 546
 547     if ( $track )
 548     {
 549         if ( $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } ) {
 550             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 0;
 551         } else {
 552             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 1;
 553         }
 554     }
 555 }
 556
 557
 558 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 559
 560
 561 sub page
 562 {
 563     # Martin A. Hansen, November 2009.
 564
 565     # Determines what page to render based on
 566     # the cookie's PAGE setting.
 567
 568     my ( $cookie,   # cookie hash
 569        ) = @_;
 570
 571     # Returns a list.
 572
 573     my ( @html );
 574
 575     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 576         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 577     }
 578
 579     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 580         push @html, page_login( $cookie );
 581     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 582         push @html, page_search( $cookie );
 583     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 584         push @html, page_browse( $cookie );
 585     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 586         push @html, page_dna( $cookie );
 587     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 588         push @html, page_export( $cookie );
 589     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_pdf' ) {
 590         push @html, page_export_pdf( $cookie );
 591     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_svg' ) {
 592         push @html, page_export_svg( $cookie );
 593     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 594         push @html, page_clade( $cookie );
 595     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 596         push @html, page_genome( $cookie );
 597     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 598         push @html, page_assembly( $cookie );
 599     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 600         push @html, page_contig( $cookie );
 601     }
 602
 603     return wantarray ? @html : \@html;
 604 }
 605
 606
 607 sub page_login
 608 {
 609     # Martin A. Hansen, December 2009.
 610
 611     # Renders the login page.
 612
 613     my ( $cookie,
 614        ) = @_;
 615
 616     # Returns a list.
 617
 618     my ( @html );
 619
 620     push @html, section_login( $cookie );
 621
 622     return wantarray ? @html : \@html;
 623 }
 624
 625
 626 sub page_search
 627 {
 628     # Martin A. Hansen, December 2009.
 629
 630     # Renders the search page.
 631
 632     my ( $cookie,
 633        ) = @_;
 634
 635     # Returns a list.
 636
 637     my ( @html );
 638
 639     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 640     push @html, section_search( $cookie );
 641
 642     return wantarray ? @html : \@html;
 643 }
 644
 645
 646 sub page_browse
 647 {
 648     # Martin A. Hansen, November 2009.
 649
 650     # Renders the browse page.
 651
 652     my ( $cookie,
 653        ) = @_;
 654
 655     # Returns a list.
 656
 657     my ( @html );
 658
 659     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 660     push @html, section_navigate( $cookie );
 661     push @html, section_browse( $cookie );
 662     push @html, section_linkout( $cookie );
 663
 664     return wantarray ? @html : \@html;
 665 }
 666
 667
 668 sub page_dna
 669 {
 670     # Martin A. Hansen, November 2009.
 671
 672     # Renders the DNA page.
 673
 674     my ( $cookie,
 675        ) = @_;
 676
 677     # Returns a list.
 678
 679     my ( @html );
 680
 681     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 682     push @html, section_dna( $cookie );
 683
 684     return wantarray ? @html : \@html;
 685 }
 686
 687
 688 sub page_export
 689 {
 690     # Martin A. Hansen, November 2009.
 691
 692     # Renders the export page.
 693
 694     my ( $cookie,
 695        ) = @_;
 696
 697     # Returns a list.
 698
 699     my ( @html );
 700
 701     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 702     push @html, section_export( $cookie );
 703
 704     return wantarray ? @html : \@html;
 705 }
 706
 707
 708 sub page_export_pdf
 709 {
 710     # Martin A. Hansen, March 2010.
 711
 712     # Renders the export PDF page.
 713
 714     my ( $cookie,
 715        ) = @_;
 716
 717     # Returns a list.
 718
 719     my ( @html );
 720
 721     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 722     push @html, section_export_pdf( $cookie );
 723
 724     return wantarray ? @html : \@html;
 725 }
 726
 727
 728 sub page_export_svg
 729 {
 730     # Martin A. Hansen, March 2010.
 731
 732     # Renders the export SVG page.
 733
 734     my ( $cookie,
 735        ) = @_;
 736
 737     # Returns a list.
 738
 739     my ( @html );
 740
 741     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 742     push @html, section_export_svg( $cookie );
 743
 744     return wantarray ? @html : \@html;
 745 }
 746
 747
 748 sub page_clade
 749 {
 750     # Martin A. Hansen, March 2010.
 751
 752     # Renders the clade selection page.
 753
 754     my ( $cookie,   # cookie hash
 755        ) = @_;
 756
 757     # Returns a list.
 758
 759     my ( @html );
 760
 761     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 762     push @html, section_clade( $cookie );
 763
 764     return wantarray ? @html : \@html;
 765 }
 766
 767
 768 sub page_genome
 769 {
 770     # Martin A. Hansen, March 2010.
 771
 772     # Renders the genome selection page.
 773
 774     my ( $cookie,   # cookie hash
 775        ) = @_;
 776
 777     # Returns a list.
 778
 779     my ( @html );
 780
 781     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 782     push @html, section_genome( $cookie );
 783
 784     return wantarray ? @html : \@html;
 785 }
 786
 787
 788 sub page_assembly
 789 {
 790     # Martin A. Hansen, March 2010.
 791
 792     # Renders the clade selection page.
 793
 794     my ( $cookie,   # cookie hash
 795        ) = @_;
 796
 797     # Returns a list.
 798
 799     my ( @html );
 800
 801     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 802     push @html, section_assembly( $cookie );
 803
 804     return wantarray ? @html : \@html;
 805 }
 806
 807
 808 sub page_contig
 809 {
 810     # Martin A. Hansen, November 2009.
 811
 812     # Renders the browse page.
 813
 814     my ( $cookie,   # cookie hash
 815        ) = @_;
 816
 817     # Returns a list.
 818
 819     my ( @html );
 820
 821     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 822     push @html, section_contig( $cookie );
 823
 824     return wantarray ? @html : \@html;
 825 }
 826
 827
 828 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 829
 830
 831 sub section_login
 832 {
 833     # Martin A. Hansen, December 2009.
 834
 835     # Returns a HTML section with a login menu.
 836
 837     my ( $cookie,   # cookie hash
 838        ) = @_;
 839
 840     # Returns a list.
 841
 842     my ( $user, $password, $login, @html );
 843
 844     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 845     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 846     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 847
 848     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 849
 850     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 851     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 852     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 853     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 854     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 855
 856     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 857          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 858          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 859          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 860          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 861          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 862     )
 863     {
 864         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 865         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 866         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 867         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 868         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 869         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 870     }
 871
 872     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 873         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 874     }
 875
 876     return wantarray ? @html : \@html;
 877 }
 878
 879
 880 sub section_taxonomy_table
 881 {
 882     # Martin A. Hansen, November 2009.
 883
 884     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 885     # showing the location in the taxonomy and with
 886     # links to browse the taxonomy.
 887
 888     my ( $cookie,   # cookie hash
 889        ) = @_;
 890
 891     # Returns a list.
 892
 893     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 894
 895     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 896     {
 897         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 898
 899         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 900         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 901         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 902         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 903         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 904         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 905         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 906
 907         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 908
 909         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 910         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 911     }
 912
 913     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 914     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 915     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 916
 917     return wantarray ? @html : \@html;
 918 }
 919
 920
 921 sub section_clade
 922 {
 923     # Martin A. Hansen, March 2010.
 924
 925     # Returns a HTML section with clade selection choices
 926     # for navigating the taxonomy tree.
 927
 928     my ( $cookie,   # cookie hash
 929        ) = @_;
 930
 931     # Returns a list.
 932
 933     my ( @html, $clade, $href );
 934
 935     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 936
 937     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 938
 939     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 940     {
 941         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 942         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 943         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 944         $href .= "&clade=$clade";
 945
 946         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 947     }
 948
 949     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 950
 951     return wantarray ? @html : \@html;
 952 }
 953
 954
 955 sub section_genome
 956 {
 957     # Martin A. Hansen, March 2010.
 958
 959     # Returns a HTML section with genome selection choices
 960     # for navigating the taxonomy tree.
 961
 962     my ( $cookie,   # cookie hash
 963        ) = @_;
 964
 965     # Returns a list.
 966
 967     my ( @html, $genome, $href );
 968
 969     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 970
 971     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 972
 973     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 974     {
 975         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 976         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 977         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 978         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 979         $href .= "&genome=$genome";
 980
 981         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 982     }
 983
 984     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 985
 986     return wantarray ? @html : \@html;
 987 }
 988
 989
 990 sub section_assembly
 991 {
 992     # Martin A. Hansen, March 2010.
 993
 994     # Returns a HTML section with assembly selection choices
 995     # for navigating the taxonomy tree.
 996
 997     my ( $cookie,   # cookie hash
 998        ) = @_;
 999
1000     # Returns a list.
1001
1002     my ( @html, $assembly, $href );
1003
1004     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
1005
1006     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1007
1008     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
1009     {
1010         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
1011         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1012         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1013         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1014         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1015         $href .= "&assembly=$assembly";
1016
1017         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
1018     }
1019
1020     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1021
1022     return wantarray ? @html : \@html;
1023 }
1024
1025
1026 sub section_contig
1027 {
1028     # Martin A. Hansen, March 2010.
1029
1030     # Returns a HTML section with contig selection choices
1031     # for navigating the taxonomy tree.
1032
1033     my ( $cookie,   # cookie hash
1034        ) = @_;
1035
1036     # Returns a list.
1037
1038     my ( @html, $contig, $href );
1039
1040     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
1041
1042     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1043
1044     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
1045     {
1046         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
1047         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1048         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1049         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1050         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1051         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
1052         $href .= "&contig=$contig";
1053
1054         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
1055     }
1056
1057     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1058
1059     return wantarray ? @html : \@html;
1060 }
1061
1062
1063 sub section_navigate
1064 {
1065     # Martin A. Hansen, November 2009.
1066
1067     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
1068
1069     my ( $cookie,   # cookie hash
1070        ) = @_;
1071
1072     # Returns a list.
1073
1074     my ( @html, $nav_val );
1075
1076     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
1077
1078     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1079     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1080         "Position or search term:",
1081         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1082         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1083     ] );
1084     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1085
1086     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1087     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1088         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1089         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1090         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1091         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1092         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1093         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1094         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1095         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1096         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1097         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1098         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1099         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1100         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1101         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1102         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1103     ] );
1104     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1105
1106     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1107     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1108     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1109     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1110     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1111     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1112
1113     return wantarray ? @html : \@html;
1114 }
1115
1116
1117 sub section_linkout
1118 {
1119     # Martin A. Hansen, March 2010.
1120
1121     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1122
1123     my ( $cookie,   # cookie hash
1124        ) = @_;
1125
1126     # Returns a list.
1127
1128     my ( $link_out, $link_pdf, $link_svg, @html );
1129
1130     $link_out = Maasha::XHTML::ln(
1131         txt  => 'link',
1132         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1133                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1134                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1135                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1136                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1137                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1138                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1139               ),
1140         title  => "Static link to this view",
1141     );
1142
1143     $link_pdf = Maasha::XHTML::ln(
1144         txt  => 'PDF',
1145         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_pdf",
1146                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1147                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1148                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1149                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1150                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1151                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1152                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1153                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1154               ),
1155         title  => "Export view in PDF",
1156     );
1157
1158     $link_svg = Maasha::XHTML::ln(
1159         txt  => 'SVG',
1160         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_svg",
1161                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1162                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1163                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1164                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1165                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1166                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1167                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1168                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1169               ),
1170         title  => "Export view in SVG",
1171     );
1172
1173     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "$link_out $link_pdf $link_svg", class => 'center' );
1174
1175     return wantarray ? @html : \@html;
1176 }
1177
1178
1179 sub section_browse
1180 {
1181     my ( $cookie,
1182        ) = @_;
1183
1184     # Returns a list.
1185
1186     my ( @track_list, $i, @tracks, $track, $elem, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1187
1188     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1189     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1190
1191     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1192
1193     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1194     {
1195         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1196
1197         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1198     }
1199
1200     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1201
1202     $png_data = Maasha::BGB::Draw::render_png( $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1203
1204     push @img, Maasha::XHTML::img(
1205         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1206         alt    => "Browser Tracks",
1207         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1208         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1209         id     => "browser_map",
1210         usemap => "#browser_map"
1211     );
1212
1213     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1214
1215     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1216
1217     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1218     {
1219         $x1 = $i;
1220         $y1 = 10;
1221         $x2 = $i + 5;
1222         $y2 = 20;
1223
1224         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1225
1226         push @img, Maasha::XHTML::area(
1227             href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1228                                  "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1229                                  "user=$cookie->{ 'USER' }",
1230                                  "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1231                                  "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1232                                  "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1233                                  "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1234                                  "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1235                                  "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1236                                  "nav_center=$center",
1237                       ),
1238             shape  => 'rect',
1239             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1240             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1241         );
1242     }
1243
1244     foreach $track ( @tracks )
1245     {
1246         foreach $elem ( @{ $track } )
1247         {
1248             next if $elem->{ 'type' } =~ /grid|text|wiggle/;
1249
1250             if ( $elem->{ 'type' } eq 'track_name' )
1251             {
1252                 $x1 = $elem->{ 'x1' };
1253                 $y1 = $elem->{ 'y1' } - 10;
1254                 $x2 = $elem->{ 'x1' } + 6 * length $elem->{ 'txt' };
1255                 $y2 = $elem->{ 'y1' };
1256
1257                 if ( Maasha::BGB::Track::track_hide( $cookie, $elem->{ 'track' } ) )
1258                 {
1259                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1260                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1261                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1262                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1263                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1264                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1265                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1266                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1267                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1268                                   ),
1269                         shape  => 'rect',
1270                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1271                         title  => qq(Show track: $elem->{ 'txt' }),
1272                     );
1273                 }
1274                 else
1275                 {
1276                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1277                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1278                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1279                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1280                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1281                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1282                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1283                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1284                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1285                                   ),
1286                         shape  => 'rect',
1287                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1288                         title  => qq(Hide track: $elem->{ 'txt' }),
1289                     );
1290                 }
1291             }
1292             else
1293             {
1294                 push @img, Maasha::XHTML::area(
1295                     href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1296                                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1297                                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1298                                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1299                                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1300                                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1301                                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1302                                            "s_beg=$elem->{ 's_beg' }",
1303                                            "s_end=$elem->{ 's_end' }",
1304                                            "strand=$elem->{ 'strand' }",
1305                                            "q_id=$elem->{ 'q_id' }",
1306                               ),
1307                     shape  => 'rect',
1308                     coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1309                     title  => "$elem->{ 'title' }",
1310                 );
1311             }
1312         }
1313     }
1314
1315     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1316
1317     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1318
1319     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1320
1321     return wantarray ? @html : \@html;
1322 }
1323
1324
1325 sub section_export
1326 {
1327     # Martin A. Hansen, November 2009.
1328
1329     # Returns a HTML section with export table.
1330
1331     my ( $cookie,   # cookie hash
1332        ) = @_;
1333
1334     # Returns a list.
1335
1336     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1337
1338     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1339
1340     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1341     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1342     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1343     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1344     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1345     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1346     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1347     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1348
1349     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1350     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1351     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1352     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1353
1354     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1355     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1356     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1357     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1358     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1359     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1360
1361     return wantarray ? @html : \@html;
1362 }
1363
1364
1365 sub section_export_pdf
1366 {
1367     # Martin A. Hansen, March 2010.
1368
1369     # Returns a HTML section with export table.
1370
1371     my ( $cookie,   # cookie hash
1372        ) = @_;
1373
1374     # Returns a list.
1375
1376     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1377
1378     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1379     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1380
1381     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1382
1383     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1384     {
1385         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1386
1387         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1388     }
1389
1390     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1391
1392     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.pdf";
1393
1394     Maasha::BGB::Draw::render_pdf_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1395
1396     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.pdf", href => $file ), class => 'center' );
1397
1398     return wantarray ? @html : \@html;
1399 }
1400
1401
1402 sub section_export_svg
1403 {
1404     # Martin A. Hansen, March 2010.
1405
1406     # Export view in SVG format.
1407
1408     my ( $cookie,   # cookie hash
1409        ) = @_;
1410
1411     # Returns a list.
1412
1413     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1414
1415     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1416     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1417
1418     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1419
1420     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1421     {
1422         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1423
1424         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1425     }
1426
1427     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1428
1429     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.svg";
1430
1431     Maasha::BGB::Draw::render_svg_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1432
1433     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.svg", href => $file ), class => 'center' );
1434
1435     return wantarray ? @html : \@html;
1436 }
1437
1438
1439 sub section_search
1440 {
1441     # Martin A. Hansen, November 2009.
1442
1443     # Returns a HTML section with export table.
1444
1445     my ( $cookie,   # cookie hash
1446        ) = @_;
1447
1448     # Returns a list.
1449
1450     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1451
1452     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1453
1454     $count = scalar @{ $results };
1455
1456     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1457     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1458
1459     if ( $count > 0 )
1460     {
1461         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1462         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1463
1464         foreach $result ( @{ $results } )
1465         {
1466             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1467             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1468             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1469             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1470             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1471             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1472             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1473
1474             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1475                 txt  => "browse",
1476                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1477                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1478                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1479                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1480                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1481                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1482                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1483                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1484                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1485                 ),
1486             );
1487
1488
1489             $export = Maasha::XHTML::ln(
1490                 txt  => "export",
1491                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1492                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1493                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1494                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1495                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1496                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1497                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1498                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1499                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1500                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1501                 ),
1502             );
1503
1504             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1505                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1506                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1507                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1508                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1509                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1510                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1511                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1512                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1513                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1514                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1515                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1516                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1517                         { td => $browse },
1518                         { td => $export },
1519                 ], class => "monospace"
1520             );
1521         }
1522
1523         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1524     }
1525
1526     return wantarray ? @html : \@html;
1527 }
1528
1529
1530 sub section_dna
1531 {
1532     # Martin A. Hansen, November 2009.
1533
1534     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1535
1536     my ( $cookie,   # cookie hash
1537        ) = @_;
1538
1539     # Returns a list.
1540
1541     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1542
1543     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1544     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1545     $beg =~ tr/,//d;
1546     $end =~ tr/,//d;
1547
1548     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1549     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1550
1551     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1552     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1553
1554     return wantarray ? @html : \@html;
1555 }
1556
1557
1558 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1559
1560
1561 __END__