www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $path );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' );
 126     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' );
 127     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 128     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 129     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 130     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 134     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 135     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 136     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 140     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 141     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 142     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 143
 144     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 145     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 146     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 147     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 148     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 149     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 150     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 151     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 152     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 153     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 154     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 155
 156     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 157
 158     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 159
 160     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 161
 162     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 163
 164     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 165
 166     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 167
 168     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 169
 170     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 171
 172     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 173
 174     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 175
 176     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 177     {
 178         cookie_start( $cookie );
 179         cookie_end( $cookie );
 180         cookie_zoom( $cookie );
 181         cookie_move( $cookie );
 182         cookie_center( $cookie );
 183     }
 184
 185     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 186
 187     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 188 }
 189
 190
 191 sub cookie_session
 192 {
 193     # Martin A. Hansen, December 2009.
 194
 195     # Check cookie information against session information.
 196
 197     my ( $cookie,   # cookie hash
 198        ) = @_;
 199
 200     # Returns nothing.
 201
 202     my ( $session );
 203
 204     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 205
 206     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 207     # {
 208     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 209     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 210     #         print STDERR "HER1"; # DEBUG
 211     #     }
 212     # }
 213     # else
 214     # {
 215     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 216     #
 217     #     print STDERR "HER2"; # DEBUG
 218     # }
 219
 220     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 221     {
 222         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 223             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 224             print STDERR "HER3"; # DEBUG
 225         }
 226     }
 227     else
 228     {
 229         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 230         print STDERR "HER4"; # DEBUG
 231         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' }; # DEBUG
 232         print STDERR "NO COOKIE USER\n" if not $cookie->{ 'USER' }; # DEBUG
 233         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 234     }
 235 }
 236
 237
 238 sub cookie_login
 239 {
 240     # Martin A. Hansen, December 2009.
 241
 242     # Check a user and password from CGI against the password file and
 243     # set the session ID, if found, in the cookie.
 244
 245     my ( $cookie,   # cookie hash
 246        ) = @_;
 247
 248     # Returns nothing.
 249
 250     my ( $session );
 251
 252     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 253     {
 254         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 255
 256         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 257              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 258         {
 259             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 260             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 261             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 262
 263             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 264             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 265             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 266
 267             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 268         }
 269         else
 270         {
 271             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 272         }
 273     }
 274 }
 275
 276
 277 sub cookie_start
 278 {
 279     # Martin A. Hansen, November 2009.
 280
 281     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 282     # to prevent negative values.
 283
 284     my ( $cookie,   # cookie hash
 285        ) = @_;
 286
 287     # Returns nothing.
 288
 289     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 290     {
 291         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 292         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 293     }
 294     else
 295     {
 296         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 sub cookie_end
 302 {
 303     # Martin A. Hansen, November 2009.
 304
 305     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 306     # overshooting the max value for the contig size as determined
 307     # from the cookie.
 308
 309     my ( $cookie,   # cookie hash
 310        ) = @_;
 311
 312     # Returns nothing.
 313
 314     my ( $max );
 315
 316     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 317
 318     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 319     {
 320         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 321         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 322     }
 323     else
 324     {
 325         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 326     }
 327 }
 328
 329
 330 sub cookie_zoom
 331 {
 332     # Martin A. Hansen, November 2009.
 333
 334     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 335     # on cookie ZOOM values.
 336
 337     my ( $cookie,   # cookie hash
 338        ) = @_;
 339
 340     # Returns nothing.
 341
 342     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 343
 344     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 345
 346     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 347
 348     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 349         $new_dist = $dist / 1.5;
 350     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 351         $new_dist = $dist / 3;
 352     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 353         $new_dist = $dist / 10;
 354     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 355         $new_dist = $dist * 1.5;
 356     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 357         $new_dist = $dist * 3;
 358     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 359         $new_dist = $dist * 10;
 360     }
 361
 362     if ( $new_dist )
 363     {
 364         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 365
 366         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 367         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 368
 369         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 370         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 371     }
 372 }
 373
 374
 375 sub cookie_move
 376 {
 377     # Martin A. Hansen, November 2009.
 378
 379     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 380     # on cookie MOVE values.
 381
 382     my ( $cookie,   # cookie hash
 383        ) = @_;
 384
 385     # Returns nothing.
 386
 387     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 388
 389     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 390
 391     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 392
 393     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 394         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 395     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 396         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 397     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 398         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 399     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 400         $shift = $dist * 0.10;
 401     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 402         $shift = $dist * 0.475;
 403     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 404         $shift = $dist * 0.95;
 405     }
 406
 407     if ( $shift )
 408     {
 409         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 410         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 411
 412         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 413         {
 414             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 415             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 416         }
 417     }
 418 }
 419
 420
 421 sub cookie_center
 422 {
 423     # Martin A. Hansen, March 2010
 424
 425     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 426     # on cookie CENTER value if defined.
 427
 428     my ( $cookie,   # cookie hash
 429        ) = @_;
 430
 431     # Returns nothing.
 432
 433     my ( $l_dist, $r_dist );
 434
 435     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 436     {
 437         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 438         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 439
 440         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 441             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 442         } else {
 443             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 444         }
 445     }
 446 }
 447
 448
 449 sub cookie_page_next
 450 {
 451     # Martin A. Hansen, November 2009.
 452
 453     # Returns the next page in the taxonomy path.
 454
 455     my ( $cookie,   # cookie hash
 456        ) = @_;
 457
 458     # Returns a string.
 459
 460     my ( $i );
 461
 462     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 463         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 464     }
 465
 466     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 467 }
 468
 469
 470 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 471
 472
 473 sub page
 474 {
 475     # Martin A. Hansen, November 2009.
 476
 477     # Determines what page to render based on
 478     # the cookie's PAGE setting.
 479
 480     my ( $cookie,   # cookie hash
 481        ) = @_;
 482
 483     # Returns a list.
 484
 485     my ( @html );
 486
 487     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 488         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 489     }
 490
 491     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 492         push @html, page_login( $cookie );
 493     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 494         push @html, page_search( $cookie );
 495     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 496         push @html, page_browse( $cookie );
 497     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 498         push @html, page_dna( $cookie );
 499     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 500         push @html, page_export( $cookie );
 501     } else {
 502         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 503     }
 504
 505     return wantarray ? @html : \@html;
 506 }
 507
 508
 509 sub page_login
 510 {
 511     # Martin A. Hansen, December 2009.
 512
 513     # Renders the login page.
 514
 515     my ( $cookie,
 516        ) = @_;
 517
 518     # Returns a list.
 519
 520     my ( @html );
 521
 522     push @html, section_login( $cookie );
 523
 524     return wantarray ? @html : \@html;
 525 }
 526
 527
 528 sub page_search
 529 {
 530     # Martin A. Hansen, December 2009.
 531
 532     # Renders the search page.
 533
 534     my ( $cookie,
 535        ) = @_;
 536
 537     # Returns a list.
 538
 539     my ( @html );
 540
 541     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 542     push @html, section_search( $cookie );
 543
 544     return wantarray ? @html : \@html;
 545 }
 546
 547
 548 sub page_browse
 549 {
 550     # Martin A. Hansen, November 2009.
 551
 552     # Renders the browse page.
 553
 554     my ( $cookie,
 555        ) = @_;
 556
 557     # Returns a list.
 558
 559     my ( @html );
 560
 561     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 562     push @html, section_navigate( $cookie );
 563     push @html, section_browse( $cookie );
 564
 565     return wantarray ? @html : \@html;
 566 }
 567
 568
 569 sub page_dna
 570 {
 571     # Martin A. Hansen, November 2009.
 572
 573     # Renders the DNA page.
 574
 575     my ( $cookie,
 576        ) = @_;
 577
 578     # Returns a list.
 579
 580     my ( @html );
 581
 582     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 583     push @html, section_dna( $cookie );
 584
 585     return wantarray ? @html : \@html;
 586 }
 587
 588
 589 sub page_export
 590 {
 591     # Martin A. Hansen, November 2009.
 592
 593     # Renders the export page.
 594
 595     my ( $cookie,
 596        ) = @_;
 597
 598     # Returns a list.
 599
 600     my ( @html );
 601
 602     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 603     push @html, section_export( $cookie );
 604
 605     return wantarray ? @html : \@html;
 606 }
 607
 608
 609 sub page_taxonomy
 610 {
 611     # Martin A. Hansen, November 2009.
 612
 613     # Renders the browse page.
 614
 615     my ( $cookie,   # cookie hash
 616        ) = @_;
 617
 618     # Returns a list.
 619
 620     my ( @html );
 621
 622     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 623     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 624
 625     return wantarray ? @html : \@html;
 626 }
 627
 628
 629 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 630
 631
 632 sub section_login
 633 {
 634     # Martin A. Hansen, December 2009.
 635
 636     # Returns a HTML section with a login menu.
 637
 638     my ( $cookie,   # cookie hash
 639        ) = @_;
 640
 641     # Returns a list.
 642
 643     my ( $user, $password, $login, @html );
 644
 645     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 646     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 647     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 648
 649     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 650
 651     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 652     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 653     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 654     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 655     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 656
 657     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 658         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 659     }
 660
 661     return wantarray ? @html : \@html;
 662 }
 663
 664
 665 sub section_taxonomy_table
 666 {
 667     # Martin A. Hansen, November 2009.
 668
 669     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 670     # showing the location in the taxonomy and with
 671     # links to browse the taxonomy.
 672
 673     my ( $cookie,   # cookie hash
 674        ) = @_;
 675
 676     # Returns a list.
 677
 678     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 679
 680     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 681     {
 682         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 683
 684         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 685         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 686         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 687         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 688         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 689         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 690         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 691
 692         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 693
 694         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 695         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 696     }
 697
 698     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 699     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 700     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 701
 702     return wantarray ? @html : \@html;
 703 }
 704
 705
 706 sub section_taxonomy_select
 707 {
 708     # Martin A. Hansen, November 2009.
 709
 710     # Returns a HTML section with selection choices
 711     # for navigating the taxonomy tree.
 712
 713     my ( $cookie,   # cookie hash
 714        ) = @_;
 715
 716     # Returns a list.
 717
 718     my ( $list, @html, $item, $href );
 719
 720     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 721
 722     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 723
 724     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 725
 726     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 727     {
 728         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 729
 730         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 731         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 732         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 733         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 734         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 735         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 736         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 737
 738         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 739     }
 740
 741     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 742
 743     return wantarray ? @html : \@html;
 744 }
 745
 746
 747 sub section_navigate
 748 {
 749     # Martin A. Hansen, November 2009.
 750
 751     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 752
 753     my ( $cookie,   # cookie hash
 754        ) = @_;
 755
 756     # Returns a list.
 757
 758     my ( @html, $nav_val );
 759
 760     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 761
 762     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 763     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 764         "Position or search term:",
 765         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 766         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 767     ] );
 768     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 769
 770     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 771     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 772         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 773         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 774         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 775         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 776         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 777         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 778         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 779         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 780         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 781         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 782         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 783         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 784         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 785         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 786         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 787     ] );
 788     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 789
 790     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 791     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 792     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 793     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 794     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 795     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 796
 797     return wantarray ? @html : \@html;
 798 }
 799
 800
 801 sub section_browse
 802 {
 803     my ( $cookie,
 804        ) = @_;
 805
 806     # Returns a list.
 807
 808     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 809
 810     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 811     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 812
 813     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 814
 815     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 816     {
 817         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 818
 819         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 820     }
 821
 822     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 823     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 824
 825     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 826     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 827     $cr->fill;
 828
 829     foreach $feat ( @features ) {
 830         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 831     }
 832
 833     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 834
 835     push @img, Maasha::XHTML::img(
 836         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 837         alt    => "Browser Tracks",
 838         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 839         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 840         id     => "browser_map",
 841         usemap => "#browser_map"
 842     );
 843
 844     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 845
 846     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 847
 848     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 849     {
 850         $x1 = $i;
 851         $y1 = 10;
 852         $x2 = $i + 5;
 853         $y2 = 20;
 854
 855         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 856
 857         push @img, Maasha::XHTML::area(
 858             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 859                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 860                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 861                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 862                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 863                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 864                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 865                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 866                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 867                                    "nav_center=$center",
 868                       ),
 869             shape  => 'rect',
 870             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 871             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 872         );
 873     }
 874
 875     foreach $feat ( @features )
 876     {
 877         foreach $elem ( @{ $feat } )
 878         {
 879             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 880             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 881
 882             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 883
 884             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 885             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 886             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 887             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 888
 889             push @img, Maasha::XHTML::area(
 890                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 891                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 892                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 893                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 894                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 895                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 896                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 897                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 898                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 899                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 900                           ),
 901                 shape  => 'rect',
 902                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 903                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 904             );
 905         }
 906     }
 907
 908     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 909
 910     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 911
 912     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 913
 914     return wantarray ? @html : \@html;
 915 }
 916
 917
 918 sub section_export
 919 {
 920     # Martin A. Hansen, November 2009.
 921
 922     # Returns a HTML section with export table.
 923
 924     my ( $cookie,   # cookie hash
 925        ) = @_;
 926
 927     # Returns a list.
 928
 929     my ( @row_dna_contig, @html );
 930
 931     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 932     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 933     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 934     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 935     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 936     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 937     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 938     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 939
 940     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 941     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 942     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 943     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 944
 945     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 946     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 947     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 948     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 949     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 950     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 951
 952     return wantarray ? @html : \@html;
 953 }
 954
 955
 956 sub section_search
 957 {
 958     # Martin A. Hansen, November 2009.
 959
 960     # Returns a HTML section with export table.
 961
 962     my ( $cookie,   # cookie hash
 963        ) = @_;
 964
 965     # Returns a list.
 966
 967     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 968
 969     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
 970
 971     $count = scalar @{ $results };
 972
 973     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 974     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 975
 976     if ( $count > 0 )
 977     {
 978         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 979         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 980
 981         foreach $result ( @{ $results } )
 982         {
 983             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 984             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 985             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 986             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 987             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 988             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 989             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 990
 991             $browse = Maasha::XHTML::ln(
 992                 txt  => "browse",
 993                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 994                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 995                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 996                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 997                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 998                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 999                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1000                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1001                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1002                 ),
1003             );
1004
1005
1006             $export = Maasha::XHTML::ln(
1007                 txt  => "export",
1008                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1009                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1010                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1011                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1012                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1013                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1014                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1015                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1016                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1017                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1018                 ),
1019             );
1020
1021             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1022                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1023                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1024                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1025                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1026                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1027                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1028                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1029                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1030                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1031                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1032                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1033                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1034                         { td => $browse },
1035                         { td => $export },
1036                 ], class => "monospace"
1037             );
1038         }
1039
1040         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1041     }
1042
1043     return wantarray ? @html : \@html;
1044 }
1045
1046
1047 sub section_dna
1048 {
1049     # Martin A. Hansen, November 2009.
1050
1051     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1052
1053     my ( $cookie,   # cookie hash
1054        ) = @_;
1055
1056     # Returns a list.
1057
1058     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1059
1060     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1061     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1062     $beg =~ tr/,//d;
1063     $end =~ tr/,//d;
1064
1065     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1066     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1067
1068     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1069     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1070
1071     return wantarray ? @html : \@html;
1072 }
1073
1074
1075 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1076
1077
1078 __END__