www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use Data::Dumper;
  30 use Digest::MD5;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Calc;
  34 use Maasha::XHTML;
  35 use Maasha::KISS;
  36 use Maasha::BBrowser::Session;
  37 use Maasha::BBrowser::Track;
  38 use Maasha::BBrowser::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => "Biopieces Genome Browser",
  48     css_file    => "bgb.css",
  49     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  50     description => "Biopieces Genome Browser",
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( [ $cgi->Vars ] );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $path );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111
 112     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' );
 113     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 114     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 115
 116     cookie_session( $cookie );
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 120     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 121     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 122     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 123     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 124     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 125     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 126     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 127     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 128     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 129     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 130     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 131     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 132     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 133     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 134     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 135     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 136     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 137     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 138     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 139     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 140
 141     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;
 142     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;
 143     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 144     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 145     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;
 146     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 147     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 148     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 149     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 150     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 151     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;
 152
 153     $path = "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users";
 154
 155     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 156
 157     $path .= "/$cookie->{ 'USER' }";
 158
 159     $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 160
 161     $path .= "/$cookie->{ 'CLADE' }";
 162
 163     $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 164
 165     $path .= "/$cookie->{ 'GENOME' }";
 166
 167     $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 168
 169     $path .= "/$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
 170
 171     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::Filesys::ls_dirs_base( $path ) if -d $path;
 172
 173     if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 174     {
 175         cookie_start( $cookie );
 176         cookie_end( $cookie );
 177         cookie_zoom( $cookie );
 178         cookie_move( $cookie );
 179     }
 180
 181     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 182
 183     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 184 }
 185
 186
 187 sub cookie_session
 188 {
 189     # Martin A. Hansen, December 2009.
 190
 191     # Check cookie information against session information.
 192
 193     my ( $cookie,   # cookie hash
 194        ) = @_;
 195
 196     # Returns nothing.
 197
 198     my ( $session );
 199
 200     $session = Maasha::BBrowser::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 201
 202     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login' if not $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 203     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login' if $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 204     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login' if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } };
 205     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login' if $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 206 }
 207
 208
 209 sub cookie_login
 210 {
 211     # Martin A. Hansen, December 2009.
 212
 213     # Check a user and password from CGI against the password file and
 214     # set the session ID, if found, in the cookie.
 215
 216     my ( $cookie,   # cookie hash
 217        ) = @_;
 218
 219     # Returns nothing.
 220
 221     my ( $session );
 222
 223     $session = Maasha::BBrowser::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt" );
 224
 225     if ( $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 226     {
 227         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 228              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 229         {
 230             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BBrowser::Session::session_new();
 231             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 232             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 233
 234             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 235             $cookie->{ 'LOGIN' }      = "OK";
 236             $cookie->{ 'USER' }       = $cookie->{ 'USER' };
 237             $cookie->{ 'PAGE' }       = 'clade';
 238
 239             Maasha::BBrowser::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.txt", $session );
 240         }
 241         else
 242         {
 243             $cookie->{ 'LOGIN' } = "ERROR";
 244         }
 245     }
 246 }
 247
 248
 249 sub cookie_start
 250 {
 251     # Martin A. Hansen, November 2009.
 252
 253     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 254     # to prevent negative values.
 255
 256     my ( $cookie,   # cookie hash
 257        ) = @_;
 258
 259     # Returns nothing.
 260
 261     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 262     {
 263         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 264         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 265     }
 266     else
 267     {
 268         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 269     }
 270 }
 271
 272
 273 sub cookie_end
 274 {
 275     # Martin A. Hansen, November 2009.
 276
 277     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 278     # overshooting the max value for the contig size as determined
 279     # from the cookie.
 280
 281     my ( $cookie,   # cookie hash
 282        ) = @_;
 283
 284     # Returns nothing.
 285
 286     my ( $max );
 287
 288     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 289
 290     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 291     {
 292         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 293         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 294     }
 295     else
 296     {
 297         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 298     }
 299 }
 300
 301
 302 sub cookie_zoom
 303 {
 304     # Martin A. Hansen, November 2009.
 305
 306     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 307     # on cookie ZOOM values.
 308
 309     my ( $cookie,   # cookie hash
 310        ) = @_;
 311
 312     # Returns nothing.
 313
 314     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 315
 316     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 317
 318     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 319
 320     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 321         $new_dist = $dist / 1.5;
 322     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 323         $new_dist = $dist / 3;
 324     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 325         $new_dist = $dist / 10;
 326     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 327         $new_dist = $dist * 1.5;
 328     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 329         $new_dist = $dist * 3;
 330     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 331         $new_dist = $dist * 10;
 332     }
 333
 334     if ( $new_dist )
 335     {
 336         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 337
 338         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 339         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 340
 341         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 342         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 343     }
 344 }
 345
 346
 347 sub cookie_move
 348 {
 349     # Martin A. Hansen, November 2009.
 350
 351     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 352     # on cookie MOVE values.
 353
 354     my ( $cookie,   # cookie hash
 355        ) = @_;
 356
 357     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 358
 359     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BBrowser::Track::path_seq( $cookie ) );
 360
 361     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 362
 363     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 364         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 365     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 366         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 367     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 368         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 369     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 370         $shift = $dist * 0.10;
 371     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 372         $shift = $dist * 0.475;
 373     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 374         $shift = $dist * 0.95;
 375     }
 376
 377     if ( $shift )
 378     {
 379         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 380         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 381
 382         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 383         {
 384             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 385             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 386         }
 387     }
 388 }
 389
 390
 391 sub cookie_href
 392 {
 393     # Martin A. Hansen, November 2009.
 394
 395     # Returns the href for a taxonomy path terminated at a given
 396     # page using information stored in a cookie.
 397
 398     my ( $cookie,   # cookie hash
 399          $page,     # page
 400        ) = @_;
 401
 402     # Returns a string.
 403
 404     my ( @href_list, %href_hash, $href );
 405
 406     $href_hash{ "user" } = $cookie->{ 'USER' } if $cookie->{ 'USER' };
 407
 408     while ( 1 )
 409     {
 410         $href_hash{ "clade" } = $cookie->{ 'CLADE' }        if $cookie->{ 'CLADE' };
 411         last if $page eq 'clade';
 412         $href_hash{ "genome" } = $cookie->{ 'GENOME' }      if $cookie->{ 'GENOME' };
 413         last if $page eq 'genome';
 414         $href_hash{ "assembly" } = $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 415         last if $page eq 'assembly';
 416         $href_hash{ "contig" } = $cookie->{ 'CONTIG' }      if $cookie->{ 'CONTIG' };
 417         last if $page eq 'contig';
 418         last;
 419     }
 420
 421     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } and defined $cookie->{ 'NAV_END' } ) {
 422         $href_hash{ "nav_search" } = "$cookie->{ 'NAV_START' }-$cookie->{ 'NAV_END' }";
 423     }
 424
 425     $href_hash{ "s_beg" }      = $cookie->{ 'S_BEG' }      if defined $cookie->{ 'S_BEG' };
 426     $href_hash{ "s_end" }      = $cookie->{ 'S_END' }      if defined $cookie->{ 'S_END' };
 427     $href_hash{ "q_id" }       = $cookie->{ 'Q_ID' }       if defined $cookie->{ 'Q_ID' };
 428     $href_hash{ "strand" }     = $cookie->{ 'STRAND' }     if defined $cookie->{ 'STRAND' };
 429     $href_hash{ "session_id" } = $cookie->{ 'SESSION_ID' } if defined $cookie->{ 'SESSION_ID' };
 430
 431     push @href_list, "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 432
 433     foreach $href ( keys %href_hash ) {
 434         push @href_list, "$href=$href_hash{ $href }";
 435     }
 436
 437     return join "&", @href_list;
 438 }
 439
 440
 441 sub cookie_page_next
 442 {
 443     # Martin A. Hansen, November 2009.
 444
 445     # Returns the next page in the taxonomy path.
 446
 447     my ( $cookie,   # cookie hash
 448        ) = @_;
 449
 450     # Returns a string.
 451
 452     my ( $i );
 453
 454     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 455         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 456     }
 457
 458     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 459 }
 460
 461
 462 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 463
 464
 465 sub page
 466 {
 467     # Martin A. Hansen, November 2009.
 468
 469     # Determines what page to render based on
 470     # the cookie's PAGE setting.
 471
 472     my ( $cookie,   # cookie hash
 473        ) = @_;
 474
 475     # Returns a list.
 476
 477     my ( @html );
 478
 479     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 480         push @html, page_login( $cookie );
 481     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 482         push @html, page_search( $cookie );
 483     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 484         push @html, page_browse( $cookie );
 485     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 486         push @html, page_dna( $cookie );
 487     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 488         push @html, page_export( $cookie );
 489     } else {
 490         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 491     }
 492
 493     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => "$cookie->{ 'SESSION_ID' }" ) );
 494
 495     return wantarray ? @html : \@html;
 496 }
 497
 498
 499 sub page_login
 500 {
 501     # Martin A. Hansen, December 2009.
 502
 503     # Renders the login page.
 504
 505     my ( $cookie,
 506        ) = @_;
 507
 508     # Returns a list.
 509
 510     my ( @html );
 511
 512     push @html, section_login( $cookie );
 513
 514     return wantarray ? @html : \@html;
 515 }
 516
 517
 518 sub page_search
 519 {
 520     # Martin A. Hansen, December 2009.
 521
 522     # Renders the search page.
 523
 524     my ( $cookie,
 525        ) = @_;
 526
 527     # Returns a list.
 528
 529     my ( @html );
 530
 531     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 532     push @html, section_search( $cookie );
 533
 534     return wantarray ? @html : \@html;
 535 }
 536
 537
 538 sub page_browse
 539 {
 540     # Martin A. Hansen, November 2009.
 541
 542     # Renders the browse page.
 543
 544     my ( $cookie,
 545        ) = @_;
 546
 547     # Returns a list.
 548
 549     my ( @html );
 550
 551     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 552     push @html, section_navigate( $cookie );
 553     push @html, section_browse( $cookie );
 554
 555     return wantarray ? @html : \@html;
 556 }
 557
 558
 559 sub page_dna
 560 {
 561     # Martin A. Hansen, November 2009.
 562
 563     # Renders the DNA page.
 564
 565     my ( $cookie,
 566        ) = @_;
 567
 568     # Returns a list.
 569
 570     my ( @html );
 571
 572     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 573     push @html, section_dna( $cookie );
 574
 575     return wantarray ? @html : \@html;
 576 }
 577
 578
 579 sub page_export
 580 {
 581     # Martin A. Hansen, November 2009.
 582
 583     # Renders the export page.
 584
 585     my ( $cookie,
 586        ) = @_;
 587
 588     # Returns a list.
 589
 590     my ( @html );
 591
 592     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 593     push @html, section_export( $cookie );
 594
 595     return wantarray ? @html : \@html;
 596 }
 597
 598
 599 sub page_taxonomy
 600 {
 601     # Martin A. Hansen, November 2009.
 602
 603     # Renders the browse page.
 604
 605     my ( $cookie,   # cookie hash
 606        ) = @_;
 607
 608     # Returns a list.
 609
 610     my ( @html );
 611
 612     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 613     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 614
 615     return wantarray ? @html : \@html;
 616 }
 617
 618
 619 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 620
 621
 622 sub section_login
 623 {
 624     # Martin A. Hansen, December 2009.
 625
 626     # Returns a HTML section with a login menu.
 627
 628     my ( $cookie,   # cookie hash
 629        ) = @_;
 630
 631     # Returns a list.
 632
 633     my ( $user, $password, $login, @html );
 634
 635     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 636     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 637     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 638
 639     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 640
 641     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 642     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 643     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 644     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 645     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 646
 647     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } and $cookie->{ 'LOGIN' } eq 'ERROR' ) {
 648         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 649     }
 650
 651     return wantarray ? @html : \@html;
 652 }
 653
 654
 655 sub section_taxonomy_table
 656 {
 657     # Martin A. Hansen, November 2009.
 658
 659     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 660     # showing the location in the taxonomy and with
 661     # links to browse the taxonomy.
 662
 663     my ( $cookie,   # cookie hash
 664        ) = @_;
 665
 666     # Returns a list.
 667
 668     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 669
 670     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 671     {
 672         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 673
 674         $href = cookie_href( $cookie, $page );
 675
 676         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 677
 678         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 679         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 680     }
 681
 682     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 683     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 684     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 685
 686     return wantarray ? @html : \@html;
 687 }
 688
 689
 690 sub section_taxonomy_select
 691 {
 692     # Martin A. Hansen, November 2009.
 693
 694     # Returns a HTML section with selection choices
 695     # for navigating the taxonomy tree.
 696
 697     my ( $cookie,   # cookie hash
 698        ) = @_;
 699
 700     # Returns a list.
 701
 702     my ( $list, @html, $item, $href );
 703
 704     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 705
 706     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 707
 708     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 709
 710     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 711     {
 712         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 713
 714         $href = cookie_href( $cookie, cookie_page_next( $cookie ) );
 715
 716         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 717     }
 718
 719     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 720
 721     return wantarray ? @html : \@html;
 722 }
 723
 724
 725 sub section_navigate
 726 {
 727     # Martin A. Hansen, November 2009.
 728
 729     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 730
 731     my ( $cookie,   # cookie hash
 732        ) = @_;
 733
 734     # Returns a list.
 735
 736     my ( @html, $nav_val );
 737
 738     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 739
 740     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 741     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 742         "Position or search term:",
 743         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 744         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 745     ] );
 746     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 747
 748     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 749     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 750         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 751         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 752         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 753         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 754         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 755         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 756         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 757         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 758         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 759         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 760         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 761         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 762         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 763         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 764         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 765     ] );
 766     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 767
 768     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 769     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 770     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 771     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 772     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 773     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 774
 775     return wantarray ? @html : \@html;
 776 }
 777
 778
 779 sub section_browse
 780 {
 781     my ( $cookie,
 782        ) = @_;
 783
 784     # Returns a list.
 785
 786     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img );
 787
 788     push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 789     push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_seq( $cookie ) ];
 790
 791     @tracks = Maasha::BBrowser::Track::path_tracks( $cookie );
 792
 793     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 794     {
 795         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BBrowser::Draw::palette( $i );
 796
 797         push @features, [ Maasha::BBrowser::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 798     }
 799
 800     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 801     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 802
 803     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 804     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 805     $cr->fill;
 806
 807     foreach $feat ( @features ) {
 808         Maasha::BBrowser::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 809     }
 810
 811     $png_data = Maasha::BBrowser::Draw::base64_png( $surface );
 812
 813     push @img, Maasha::XHTML::img(
 814         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 815         alt    => "Browser Tracks",
 816         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 817         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 818         id     => "browser_map",
 819         usemap => "#browser_map"
 820     );
 821
 822     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 823
 824     foreach $feat ( @features )
 825     {
 826         foreach $elem ( @{ $feat } )
 827         {
 828             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 829
 830             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 831
 832             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 833             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 834             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 835             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 836
 837             push @img, Maasha::XHTML::area(
 838                 href   => cookie_href( $cookie, "export" ),
 839                 # href   => cookie_href( $cookie, "export" ) . "&q_id=$elem->{ 'q_id' }&s_beg=$elem->{ 's_beg' }&s_end=$elem->{ 's_end' }&strand=$elem->{ 'strand' }",
 840                 shape  => "rect",
 841                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
 842             );
 843         }
 844     }
 845
 846     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 847
 848     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 849
 850     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 851
 852     return wantarray ? @html : \@html;
 853 }
 854
 855
 856 sub section_export
 857 {
 858     # Martin A. Hansen, November 2009.
 859
 860     # Returns a HTML section with export table.
 861
 862     my ( $cookie,   # cookie hash
 863        ) = @_;
 864
 865     # Returns a list.
 866
 867     my ( @row_dna_contig, @html );
 868
 869     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$cookie->{ 'Q_ID' }" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 870     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 871     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 872     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 873     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 874     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 875     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 876     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 877
 878     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 879     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 880     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 881     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 882
 883     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page", value => "dna" ) );
 884     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => "$cookie->{ 'USER' }" ) );
 885     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => "$cookie->{ 'CLADE' }" ) );
 886     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => "$cookie->{ 'GENOME' }" ) );
 887     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => "$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" ) );
 888     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => "$cookie->{ 'CONTIG' }" ) );
 889
 890     return wantarray ? @html : \@html;
 891 }
 892
 893
 894 sub section_search
 895 {
 896     # Martin A. Hansen, November 2009.
 897
 898     # Returns a HTML section with export table.
 899
 900     my ( $cookie,   # cookie hash
 901        ) = @_;
 902
 903     # Returns a list.
 904
 905     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
 906
 907     $results = Maasha::BBrowser::Track::search_tracks( $cookie );
 908
 909     $count = scalar @{ $results };
 910
 911     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
 912     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
 913
 914     if ( $count > 0 )
 915     {
 916         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 917         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
 918
 919         foreach $result ( @{ $results } )
 920         {
 921             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
 922             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
 923             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
 924             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
 925             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
 926             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
 927             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
 928
 929             $browse = Maasha::XHTML::ln( txt => "browse", href => cookie_href( $cookie, "browse" ) );
 930             $export = Maasha::XHTML::ln( txt => "export", href => cookie_href( $cookie, "export" ) );
 931
 932             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
 933                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
 934                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
 935                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
 936                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
 937                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
 938                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
 939                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
 940                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
 941                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
 942                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
 943                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
 944                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
 945                         { td => $browse },
 946                         { td => $export },
 947                 ], class => "monospace"
 948             );
 949         }
 950
 951         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 952     }
 953
 954     return wantarray ? @html : \@html;
 955 }
 956
 957
 958 sub section_dna
 959 {
 960     # Martin A. Hansen, November 2009.
 961
 962     # Returns a HTML section with extracted DNA.
 963
 964     my ( $cookie,   # cookie hash
 965        ) = @_;
 966
 967     # Returns a list.
 968
 969     my ( @html, $beg, $end, $seq );
 970
 971     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
 972     $end = $cookie->{ 'S_END' };
 973     $beg =~ tr/,//d;
 974     $end =~ tr/,//d;
 975
 976     $seq = ">$cookie->{ 'CONTIG' }_$beg" . "_$end" . "_$cookie->{ 'STRAND' }\n";
 977     $seq .= Maasha::BBrowser::Track::dna_get( $cookie );
 978
 979     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
 980     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
 981
 982     return wantarray ? @html : \@html;
 983 }
 984
 985
 986 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 987
 988
 989 __END__