www/cgi-bin/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib "/Users/maasha/biopieces/code_perl/";
  27
  28 use CGI;
  29 use Cairo;
  30 use Pango;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Time::HiRes;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::Calc;
  36 use Maasha::XHTML;
  37 use Maasha::Biopieces;
  38 use Maasha::KISS::IO;
  39 use Maasha::KISS::Track;
  40 use Maasha::KISS::Draw;
  41
  42 my ( $cgi, $database, $user, $password, $dbh, $script, @html );
  43
  44 $cgi = new CGI;
  45
  46 $database = 'S_aur_COL';
  47 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_USER" );
  48 $password = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_PASSWORD" );
  49
  50 $dbh = Maasha::SQL::connect( $database, $user, $password );
  51
  52 $script = Maasha::Common::get_scriptname();
  53
  54 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  55     cgi_header  => 1,
  56     title       => "KISS Genome Browser",
  57 #    css_file    => "test.css",
  58     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  59     description => "Biopieces bacterial genome browser - KISS",
  60     keywords    => [ qw( KISS Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  61     no_cache    => 1,
  62 );
  63
  64 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "KISS Genome Browser", class => "center" );
  65 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $script, method => "get", enctype => "multipart/form-data" );
  66
  67 push @html, sec_navigate( $cgi );
  68 push @html, sec_browse( $dbh, $cgi->param( 'nav_start' ), $cgi->param( 'nav_end' ) );
  69
  70 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  71 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  72 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  73
  74 print "$_\n" foreach @html;
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 sub sec_navigate
  81 {
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a list.
  86
  87     my ( $list_clade, $list_genome, $list_assembly, $list_contig, $def_clade, $def_genome, $def_assembly, $def_contig, $def_start, $def_end, @html );
  88
  89     $list_clade    = nav_list_clade();
  90     $list_genome   = nav_list_genome();
  91     $list_assembly = nav_list_assembly();
  92     $list_contig   = nav_list_contig();
  93
  94     nav_zoom( $cgi );
  95     nav_move( $cgi, 2_800_000 ); # FIXME
  96
  97     $def_clade     = nav_def_clade( $cgi );
  98     $def_genome    = nav_def_genome( $cgi );
  99     $def_assembly  = nav_def_assembly( $cgi );
 100     $def_contig    = nav_def_contig( $cgi );
 101     $def_start     = nav_def_start( $cgi );
 102     $def_end       = nav_def_end( $cgi );
 103
 104     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table" );
 105     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( Clade Genome Assembly Contig Start End ) ], align => 'center' );
 106     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 107         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_clade",    options => $list_clade,    selected => $def_clade ),
 108         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_genome",   options => $list_genome,   selected => $def_genome ),
 109         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_assembly", options => $list_assembly, selected => $def_assembly ),
 110         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_contig",   options => $list_contig,   selected => $def_contig ),
 111         Maasha::XHTML::text( name => "nav_start", value => Maasha::Calc::commify( $def_start ), size => 20 ),
 112         Maasha::XHTML::text( name => "nav_end",   value => Maasha::Calc::commify( $def_end ),   size => 20 ),
 113         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 114     ] );
 115     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 116
 117     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table" );
 118     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 119         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 120         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 121         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 122         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 123         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 124         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 125         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 126         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 127         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 128         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 129         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 130         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 131         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 132         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 133         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 134     ] );
 135     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 136
 137     return wantarray ? @html : \@html;
 138 }
 139
 140
 141 sub sec_browse
 142 {
 143     my ( $dbh,     # Database handle
 144          $start,   # Browse start position
 145          $end,     # Browse end position
 146        ) = @_;
 147
 148     # Returns a list.
 149
 150     my ( $t0, $t1, $ruler, $index, $index_beg, $index_len, $fh, $seq, $dna, $table, $entries, $features, $surface, $cr, $file, @html );
 151
 152     $ruler = Maasha::KISS::Track::track_ruler( 1200, 25, $start, $end );
 153
 154     $index = Maasha::Fasta::index_retrieve( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/S_aur_COL/fasta/S_aur_COL.index" );
 155
 156     ( $index_beg, $index_len ) = @{ $index->{ 'S_aur_COL' } };
 157
 158     $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/S_aur_COL/fasta/S_aur_COL.fna" );
 159
 160     $seq = Maasha::Filesys::file_read( $fh, $index_beg + $start, $end - $start + 1 );
 161
 162     close $fh;
 163
 164     $dna = Maasha::KISS::Track::track_seq( 1200, 50, $seq ) if length $seq <= 220;
 165
 166     $table = 'Solexa';
 167
 168     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 169     $entries = Maasha::KISS::IO::kiss_sql_get( $dbh, $table, $start, $end );
 170     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 171
 172     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "Feature count: " . Maasha::Calc::commify( scalar @$entries ) );
 173
 174     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "Time SQL: " . ( $t1 - $t0 ) );
 175
 176     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 177
 178     my $MAX = 4000;  # FIXME should depend on height of track as well
 179
 180     if ( @$entries > $MAX ) {
 181         $features = Maasha::KISS::Track::track_histogram( 1200, 75, $start, $end, $entries );
 182     } else {
 183         $features = Maasha::KISS::Track::track_feature( 1200, 75, $start, $end, $entries );
 184     }
 185
 186     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 187
 188     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $entries );
 189     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $features );
 190
 191     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "Time Track: " . ( $t1 - $t0 ) );
 192
 193     $file = "fisk.png";
 194
 195     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', 1200, 800 );
 196     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 197
 198     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 199
 200     Maasha::KISS::Draw::track_text( $cr, $ruler, "red" ) if $ruler;
 201     Maasha::KISS::Draw::track_text( $cr, $dna, "red" )   if $dna;
 202
 203     Maasha::KISS::Draw::track_feature( $cr, $features, 'green' ) if $features;
 204
 205     Maasha::KISS::Draw::file_png( $surface, $file );
 206
 207     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 208
 209     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "Time Draw: " . ( $t1 - $t0 ) );
 210
 211     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::img( src => $file, alt => "Browser Tracks", height => 800, width => 1200, class => "foo", id => "pix_id", usemap => "map"  ) );
 212
 213     return wantarray ? @html : \@html;
 214 }
 215
 216
 217 sub nav_list_clade
 218 {
 219     my ( $list_clade );
 220
 221     $list_clade = [ qw( Eukaryote Bacillus Fish ) ];
 222
 223     return wantarray ? @{ $list_clade } : $list_clade;
 224 }
 225
 226
 227 sub nav_list_genome
 228 {
 229     my ( $list_genome );
 230
 231     $list_genome = [ qw( S.aur_COL E.col B.sub ) ];
 232
 233     return wantarray ? @{ $list_genome } : $list_genome;
 234 }
 235
 236
 237 sub nav_list_assembly
 238 {
 239     my ( $list_assembly );
 240
 241     $list_assembly = [ qw( 2008-02-21 2009-01-23 ) ];
 242
 243     return wantarray ? @{ $list_assembly } : $list_assembly;
 244 }
 245
 246
 247 sub nav_list_contig
 248 {
 249     my ( $list_contig );
 250
 251     $list_contig = [ qw( chr1 chr2 ) ];
 252
 253     return wantarray ? @{ $list_contig } : $list_contig;
 254 }
 255
 256
 257 sub nav_zoom
 258 {
 259     my ( $cgi,   # CGI object
 260        ) = @_;
 261
 262     my ( $start, $end, $dist, $new_dist, $dist_diff, $new_start, $new_end );
 263
 264     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) and $cgi->param( 'nav_end' ) )
 265     {
 266         $start = $cgi->param( 'nav_start' );
 267         $end   = $cgi->param( 'nav_end' );
 268
 269         $start =~ tr/,//d;
 270         $end   =~ tr/,//d;
 271
 272         $dist = $end - $start;
 273
 274         if ( defined $cgi->param( 'zoom_in1' ) ) {
 275             $new_dist = $dist / 1.5;
 276         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_in2' ) ) {
 277             $new_dist = $dist / 3;
 278         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_in3' ) ) {
 279             $new_dist = $dist / 10;
 280         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out1' ) ) {
 281             $new_dist = $dist * 1.5;
 282         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out2' ) ) {
 283             $new_dist = $dist * 3;
 284         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out3' ) ) {
 285             $new_dist = $dist * 10;
 286         }
 287
 288         if ( $new_dist )
 289         {
 290             $dist_diff = $dist - $new_dist;
 291             $new_start = int( $start + ( $dist_diff / 2 ) );
 292             $new_end   = int( $end   - ( $dist_diff / 2 ) );
 293
 294             $cgi->param( 'nav_start', $new_start );
 295             $cgi->param( 'nav_end',  $new_end );
 296         }
 297     }
 298 }
 299
 300
 301 sub nav_move
 302 {
 303     my ( $cgi,   # CGI object
 304          $max,   # Max end position
 305        ) = @_;
 306
 307     my ( $start, $end, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 308
 309     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) and $cgi->param( 'nav_end' ) )
 310     {
 311         $start = $cgi->param( 'nav_start' );
 312         $end   = $cgi->param( 'nav_end' );
 313
 314         $start =~ tr/,//d;
 315         $end   =~ tr/,//d;
 316
 317         $dist = $end - $start;
 318
 319         if ( defined $cgi->param( 'move_left1' ) ) {
 320             $shift = -1 * $dist * 0.10;
 321         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_left2' ) ) {
 322             $shift = -1 * $dist * 0.475;
 323         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_left3' ) ) {
 324             $shift = -1 * $dist * 0.95;
 325         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right1' ) ) {
 326             $shift = $dist * 0.10;
 327         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right2' ) ) {
 328             $shift = $dist * 0.475;
 329         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right3' ) ) {
 330             $shift = $dist * 0.95;
 331         }
 332
 333         if ( $shift )
 334         {
 335             $new_start = int( $start + $shift );
 336             $new_end   = int( $end   + $shift );
 337
 338             print "HERRRR: shift: $shift    start: $new_start    end: $new_end\n";
 339
 340             if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 341             {
 342                 $cgi->param( 'nav_start', $new_start );
 343                 $cgi->param( 'nav_end',  $new_end );
 344             }
 345         }
 346     }
 347 }
 348
 349
 350 sub nav_def_clade
 351 {
 352     my ( $cgi,   # CGI object
 353        ) = @_;
 354
 355     my ( $def_clade );
 356
 357     if ( defined $cgi->param( 'nav_clade' ) )
 358     {
 359         $def_clade = $cgi->param( 'nav_clade' );
 360     }
 361     else
 362     {
 363         $def_clade = "Bacteria";
 364     }
 365
 366     return $def_clade;
 367 }
 368
 369
 370 sub nav_def_genome
 371 {
 372     my ( $cgi,   # CGI object
 373        ) = @_;
 374
 375     my ( $def_genome );
 376
 377     if ( defined $cgi->param( 'nav_genome' ) )
 378     {
 379         $def_genome = $cgi->param( 'nav_genome' );
 380     }
 381     else
 382     {
 383         $def_genome = "S.aur_COL";
 384     }
 385
 386     return $def_genome;
 387 }
 388
 389
 390 sub nav_def_assembly
 391 {
 392     my ( $cgi,   # CGI object
 393        ) = @_;
 394
 395     my ( $def_assembly );
 396
 397     if ( defined $cgi->param( 'nav_assembly' ) )
 398     {
 399         $def_assembly = $cgi->param( 'nav_assembly' );
 400     }
 401     else
 402     {
 403         $def_assembly = "2009-01-23";
 404     }
 405
 406     return $def_assembly;
 407 }
 408
 409
 410 sub nav_def_contig
 411 {
 412     my ( $cgi,   # CGI object
 413        ) = @_;
 414
 415     my ( $def_contig );
 416
 417     if ( defined $cgi->param( 'nav_contig' ) )
 418     {
 419         $def_contig = $cgi->param( 'nav_contig' );
 420     }
 421     else
 422     {
 423         $def_contig = "chr1";
 424     }
 425
 426     return $def_contig;
 427 }
 428
 429
 430 sub nav_def_start
 431 {
 432     my ( $cgi,   # CGI object
 433        ) = @_;
 434
 435     my ( $def_start );
 436
 437     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) ) {
 438         $def_start = $cgi->param( 'nav_start' );
 439     } else {
 440         $def_start = 1;
 441     }
 442
 443     $def_start =~ tr/,//d;
 444
 445     if ( $def_start <= 0 ) {
 446         $def_start = 1;
 447     }
 448
 449     $cgi->param( 'nav_start', $def_start );
 450
 451     return $def_start;
 452 }
 453
 454
 455 sub nav_def_end
 456 {
 457     my ( $cgi,   # CGI object
 458        ) = @_;
 459
 460     my ( $def_end );
 461
 462     if ( defined $cgi->param( 'nav_end' ) ) {
 463         $def_end = $cgi->param( 'nav_end' );
 464     } else {
 465         $def_end = 2809422;
 466         $def_end = 2000;
 467     }
 468
 469     $def_end =~ tr/,//d;
 470
 471     if ( $def_end > 2809422 ) {
 472         $def_end = 2809422;
 473     }
 474
 475     $cgi->param( 'nav_end', $def_end );
 476
 477     return $def_end;
 478 }
 479
 480
 481 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 482
 483
 484 END
 485 {
 486     Maasha::SQL::disconnect( $dbh ) if $dbh;
 487 }
 488
 489
 490 __END__