www/cgi-bin/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib "/Users/maasha/biopieces/code_perl/";
  27
  28 use CGI;
  29 use Cairo;
  30 use Pango;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Time::HiRes;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::Calc;
  36 use Maasha::XHTML;
  37 use Maasha::Biopieces;
  38 use Maasha::KISS::IO;
  39 use Maasha::KISS::Track;
  40 use Maasha::KISS::Draw;
  41
  42 my ( $cgi, $cookie, $script, @html );
  43
  44 $cgi      = new CGI;
  45 $script   = Maasha::Common::get_scriptname();
  46 $cookie   = cookie_default( $cgi );;
  47
  48 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  49     cgi_header  => 1,
  50     title       => "KISS Genome Browser",
  51     css_file    => "kiss.css",
  52     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  53     description => "Biopieces bacterial genome browser - KISS",
  54     keywords    => [ qw( KISS Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  55     no_cache    => 1,
  56 );
  57
  58 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "KISS Genome Browser", class => 'center' );
  59 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $script, method => "get", enctype => "multipart/form-data" );
  60
  61 push @html, sec_navigate( $cookie );
  62 push @html, sec_browse( $cookie );
  63
  64 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  65 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  66 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 sub cookie_default
  75 {
  76     my ( $cgi,   # CGI object
  77        ) = @_;
  78
  79     # Returns a hash
  80
  81     my ( $cookie );
  82
  83     $cookie = {};
  84
  85     $cookie->{ 'DATA_DIR' } = "Data";
  86
  87     cookie_cgi( $cookie, $cgi );
  88     cookie_user( $cookie );
  89     cookie_clade( $cookie );
  90     cookie_genome( $cookie );
  91     cookie_assembly( $cookie );
  92     cookie_contig( $cookie );
  93     cookie_start( $cookie );
  94     cookie_end( $cookie );
  95     cookie_zoom( $cookie );
  96     cookie_move( $cookie );
  97
  98     # print STDERR Dumper( $cookie );
  99
 100     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 101 }
 102
 103
 104 sub cookie_cgi
 105 {
 106     my ( $cookie,
 107          $cgi,
 108        ) = @_;
 109
 110     # Returns nothing.
 111
 112     $cookie->{ 'DEF_CLADE' }    = $cgi->param( 'nav_clade' );
 113     $cookie->{ 'DEF_GENOME' }   = $cgi->param( 'nav_genome' );
 114     $cookie->{ 'DEF_ASSEMBLY' } = $cgi->param( 'nav_assembly' );
 115     $cookie->{ 'DEF_CONTIG' }   = $cgi->param( 'nav_contig' );
 116     $cookie->{ 'NAV_START' }    = $cgi->param( 'nav_start' );
 117     $cookie->{ 'NAV_END' }      = $cgi->param( 'nav_end' );
 118     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }     = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 119     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }     = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 120     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }     = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 121     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }    = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 122     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }    = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 123     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }    = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 124     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }   = $cgi->param( 'move_left1' );
 125     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }   = $cgi->param( 'move_left2' );
 126     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }   = $cgi->param( 'move_left3' );
 127     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }  = $cgi->param( 'move_right1' );
 128     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }  = $cgi->param( 'move_right2' );
 129     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }  = $cgi->param( 'move_right3' );
 130 }
 131
 132
 133 sub cookie_user
 134 {
 135     my ( $cookie,
 136        ) = @_;
 137
 138     # Returns nothing.
 139
 140     my ( @dirs, $dir );
 141
 142     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users" );
 143
 144     foreach $dir ( @dirs )
 145     {
 146         next if $dir =~ /\/\.\.?$/;
 147
 148         push @{ $cookie->{ 'LIST_USER' } }, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 149     }
 150
 151     $cookie->{ 'DEF_USER' } = $cookie->{ 'LIST_USER' }->[ 0 ];
 152 }
 153
 154
 155 sub cookie_clade
 156 {
 157     my ( $cookie,
 158        ) = @_;
 159
 160     # Returns nothing.
 161
 162     my ( $user, @dirs, $dir );
 163
 164     $user = $cookie->{ 'DEF_USER' };
 165
 166     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users/$user" );
 167
 168     foreach $dir ( @dirs )
 169     {
 170         next if $dir =~ /\/\.\.?$/;
 171
 172         push @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } }, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 173     }
 174
 175     if ( not defined $cookie->{ 'DEF_CLADE' } ) {
 176         $cookie->{ 'DEF_CLADE' } = $cookie->{ 'LIST_CLADE' }->[ 1 ];
 177     }
 178 }
 179
 180
 181 sub cookie_genome
 182 {
 183     my ( $cookie,
 184        ) = @_;
 185
 186     # Returns nothing.
 187
 188     my ( $user, $clade, @dirs, $dir );
 189
 190     $user  = $cookie->{ 'DEF_USER' };
 191     $clade = $cookie->{ 'DEF_CLADE' };
 192
 193     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users/$user/$clade" );
 194
 195     foreach $dir ( @dirs )
 196     {
 197         next if $dir =~ /\/\.\.?$/;
 198
 199         push @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } }, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 200     }
 201
 202     if ( not defined $cookie->{ 'DEF_GENOME' } ) {
 203         $cookie->{ 'DEF_GENOME' } = $cookie->{ 'LIST_GENOME' }->[ 0 ];
 204     }
 205 }
 206
 207
 208 sub cookie_assembly
 209 {
 210     my ( $cookie,
 211        ) = @_;
 212
 213     # Returns nothing.
 214
 215     my ( $user, $clade, $genome, @dirs, $dir );
 216
 217     $user   = $cookie->{ 'DEF_USER' };
 218     $clade  = $cookie->{ 'DEF_CLADE' };
 219     $genome = $cookie->{ 'DEF_GENOME' };
 220
 221     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users/$user/$clade/$genome" );
 222
 223     foreach $dir ( @dirs )
 224     {
 225         next if $dir =~ /\/\.\.?$/;
 226
 227         push @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } }, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 228     }
 229
 230     if ( not defined $cookie->{ 'DEF_ASSEMBLY' } ) {
 231         $cookie->{ 'DEF_ASSEMBLY' } = $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }->[ 0 ];
 232     }
 233 }
 234
 235
 236 sub cookie_contig
 237 {
 238     my ( $cookie,
 239        ) = @_;
 240
 241     # Returns nothing.
 242
 243     my ( $user, $clade, $genome, $assembly, @dirs, $dir );
 244
 245     $user     = $cookie->{ 'DEF_USER' };
 246     $clade    = $cookie->{ 'DEF_CLADE' };
 247     $genome   = $cookie->{ 'DEF_GENOME' };
 248     $assembly = $cookie->{ 'DEF_ASSEMBLY' };
 249
 250     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$cookie->{ 'DATA_DIR' }/Users/$user/$clade/$genome/$assembly" );
 251
 252     foreach $dir ( @dirs )
 253     {
 254         next if $dir =~ /\/\.\.?$/;
 255
 256         push @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } }, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 257     }
 258
 259     if ( not defined $cookie->{ 'DEF_CONTIG' } ) {
 260         $cookie->{ 'DEF_CONTIG' } = $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }->[ 0 ];
 261     }
 262 }
 263
 264
 265 sub cookie_start
 266 {
 267     my ( $cookie,
 268        ) = @_;
 269
 270     # Returns nothing.
 271
 272     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 273     {
 274         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 275         $cookie->{ 'NAV_START' } = 1 if $cookie->{ 'NAV_START' } <= 0;
 276     }
 277     else
 278     {
 279         $cookie->{ 'NAV_START' } = 1;
 280     }
 281 }
 282
 283
 284 sub cookie_end
 285 {
 286     my ( $cookie,
 287        ) = @_;
 288
 289     # Returns nothing.
 290
 291     my ( $max );
 292
 293     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::KISS::Track::path_seq( $cookie ) );
 294
 295     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 296     {
 297         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 298         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 299     }
 300     else
 301     {
 302         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 303     }
 304 }
 305
 306
 307 sub cookie_zoom
 308 {
 309     my ( $cookie,
 310        ) = @_;
 311
 312     # Returns nothing.
 313
 314     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 315
 316     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::KISS::Track::path_seq( $cookie ) );
 317
 318     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 319
 320     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 321         $new_dist = $dist / 1.5;
 322     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 323         $new_dist = $dist / 3;
 324     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 325         $new_dist = $dist / 10;
 326     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 327         $new_dist = $dist * 1.5;
 328     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 329         $new_dist = $dist * 3;
 330     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 331         $new_dist = $dist * 10;
 332     }
 333
 334     if ( $new_dist )
 335     {
 336         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 337
 338         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 339         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 340
 341         $cookie->{ 'NAV_START' } = 1     if $cookie->{ 'NAV_START' } <= 0;
 342         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 343     }
 344 }
 345
 346
 347 sub cookie_move
 348 {
 349     my ( $cookie,
 350        ) = @_;
 351
 352     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 353
 354     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::KISS::Track::path_seq( $cookie ) );
 355
 356     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 357
 358     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 359         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 360     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 361         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 362     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 363         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 364     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 365         $shift = $dist * 0.10;
 366     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 367         $shift = $dist * 0.475;
 368     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 369         $shift = $dist * 0.95;
 370     }
 371
 372     if ( $shift )
 373     {
 374         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 375         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 376
 377         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 378         {
 379             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 380             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 381         }
 382     }
 383 }
 384
 385
 386 sub sec_navigate
 387 {
 388     my ( $cookie,
 389        ) = @_;
 390
 391     # Returns a list.
 392
 393     my ( @html );
 394
 395     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 396     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( Clade Genome Assembly Contig Start End ) ], align => 'center' );
 397     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 398         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_clade",    options => $cookie->{ 'LIST_CLADE' },    selected => $cookie->{ 'DEF_CLADE' } ),
 399         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_genome",   options => $cookie->{ 'LIST_GENOME' },   selected => $cookie->{ 'DEF_GENOME' } ),
 400         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_assembly", options => $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }, selected => $cookie->{ 'DEF_ASSEMBLY' } ),
 401         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_contig",   options => $cookie->{ 'LIST_CONTIG' },   selected => $cookie->{ 'DEF_CONTIG' } ),
 402         Maasha::XHTML::text( name => "nav_start", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ), size => 20 ),
 403         Maasha::XHTML::text( name => "nav_end",   value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } ),   size => 20 ),
 404         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 405     ] );
 406     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 407
 408     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 409     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 410         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 411         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 412         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 413         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 414         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 415         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 416         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 417         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 418         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 419         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 420         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 421         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 422         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 423         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 424         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 425     ] );
 426     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 427
 428     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'navigate' );
 429
 430     return wantarray ? @html : \@html;
 431 }
 432
 433
 434 sub sec_browse
 435 {
 436     my ( $cookie,
 437        ) = @_;
 438
 439     # Returns a list.
 440
 441     my ( $draw_metrics, @tracks, @features, $feat, $elem, $file, $surface, $cr, @html, @img );
 442
 443     $draw_metrics = {
 444         IMG_WIDTH       => 1200,
 445         IMG_HEIGHT      => 800,
 446         TRACK_OFFSET    => 20,
 447         TRACK_SPACE     => 20,
 448         RULER_FONT_SIZE => 10,
 449         RULER_COLOR     => 'black',
 450         SEQ_FONT_SIZE   => 10,
 451         SEQ_COLOR       => 'black',
 452         FEAT_WIDTH      => 5,
 453     };
 454
 455     push @features, [ Maasha::KISS::Track::track_ruler( $draw_metrics, $cookie ) ];
 456     push @features, [ Maasha::KISS::Track::track_seq( $draw_metrics, $cookie ) ];
 457
 458     @tracks = Maasha::KISS::Track::path_tracks( $cookie );
 459
 460     map { push @features, [ Maasha::KISS::Track::track_feature( $_, $draw_metrics, $cookie ) ] } @tracks;
 461
 462     $file = "fisk.png";
 463
 464     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $draw_metrics->{ 'IMG_WIDTH' }, $draw_metrics->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 465     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 466
 467     foreach $feat ( @features ) {
 468         Maasha::KISS::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 469     }
 470
 471     Maasha::KISS::Draw::file_png( $surface, $file );
 472
 473     push @img, Maasha::XHTML::img(
 474         src    => $file,
 475         alt    => "Browser Tracks",
 476         height => $draw_metrics->{ 'TRACK_OFFSET' },
 477         width  => $draw_metrics->{ 'IMG_WIDTH' },
 478         id     => "browser_map",
 479         usemap => "#browser_map"
 480     );
 481
 482     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 483
 484     foreach $feat ( @features )
 485     {
 486         foreach $elem ( @{ $feat } )
 487         {
 488             next if not $elem->{ 'type' } eq 'line';
 489
 490             push @img, Maasha::XHTML::area(
 491                 href   => "www.dmi.dk",
 492                 shape  => "rect",
 493                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }", title => "$elem->{ 'title' }",
 494             );
 495         }
 496     }
 497
 498     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 499
 500     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 501
 502     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 503
 504     return wantarray ? @html : \@html;
 505 }
 506
 507
 508 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 509
 510
 511 __END__
 512
 513     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $entries );
 514     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $features );
 515
 516     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 517     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();