www/cgi-bin/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib "/Users/maasha/biopieces/code_perl/";
  27
  28 use CGI;
  29 use Cairo;
  30 use Pango;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Time::HiRes;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::Calc;
  36 use Maasha::XHTML;
  37 use Maasha::Biopieces;
  38 use Maasha::KISS::IO;
  39 use Maasha::KISS::Track;
  40 use Maasha::KISS::Draw;
  41
  42 my ( $cgi, $database, $user, $password, $dbh, $script, @html );
  43
  44 $cgi = new CGI;
  45
  46 $database = 'S_aur_COL';
  47 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_USER" );
  48 $password = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_PASSWORD" );
  49
  50 $dbh = Maasha::SQL::connect( $database, $user, $password );
  51
  52 $script = Maasha::Common::get_scriptname();
  53
  54 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  55     cgi_header  => 1,
  56     title       => "KISS Genome Browser",
  57     css_file    => "kiss.css",
  58     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  59     description => "Biopieces bacterial genome browser - KISS",
  60     keywords    => [ qw( KISS Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  61     no_cache    => 1,
  62 );
  63
  64 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "KISS Genome Browser", class => 'center' );
  65 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $script, method => "get", enctype => "multipart/form-data" );
  66
  67 push @html, sec_navigate( $cgi );
  68 push @html, sec_browse( $dbh, $cgi );
  69
  70 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  71 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  72 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  73
  74 print "$_\n" foreach @html;
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 sub sec_navigate
  81 {
  82     my ( $cgi,   # CGI object
  83        ) = @_;
  84
  85     # Returns a list.
  86
  87     my ( $list_clade, $list_genome, $list_assembly, $list_contig, $def_clade, $def_genome, $def_assembly, $def_contig, $def_start, $def_end, @html );
  88
  89     $list_clade    = nav_list_clade();
  90     $list_genome   = nav_list_genome();
  91     $list_assembly = nav_list_assembly();
  92     $list_contig   = nav_list_contig();
  93
  94     nav_zoom( $cgi );
  95     nav_move( $cgi, 2_800_000 ); # FIXME
  96
  97     $def_clade     = nav_def_clade( $cgi );
  98     $def_genome    = nav_def_genome( $cgi );
  99     $def_assembly  = nav_def_assembly( $cgi );
 100     $def_contig    = nav_def_contig( $cgi );
 101     $def_start     = nav_def_start( $cgi );
 102     $def_end       = nav_def_end( $cgi );
 103
 104     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 105     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( Clade Genome Assembly Contig Start End ) ], align => 'center' );
 106     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 107         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_clade",    options => $list_clade,    selected => $def_clade ),
 108         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_genome",   options => $list_genome,   selected => $def_genome ),
 109         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_assembly", options => $list_assembly, selected => $def_assembly ),
 110         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_contig",   options => $list_contig,   selected => $def_contig ),
 111         Maasha::XHTML::text( name => "nav_start", value => Maasha::Calc::commify( $def_start ), size => 20 ),
 112         Maasha::XHTML::text( name => "nav_end",   value => Maasha::Calc::commify( $def_end ),   size => 20 ),
 113         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 114     ] );
 115     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 116
 117     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 118     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 119         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 120         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 121         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 122         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 123         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 124         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 125         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 126         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 127         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 128         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 129         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 130         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 131         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 132         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 133         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 134     ] );
 135     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 136
 137     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'navigate' );
 138
 139     return wantarray ? @html : \@html;
 140 }
 141
 142
 143 sub sec_browse
 144 {
 145     my ( $dbh,   # Database handle
 146          $cgi,   # CGI object
 147        ) = @_;
 148
 149     # Returns a list.
 150
 151     my ( $t0, $t1, @stats, $start, $end, $ruler, $index, $index_beg, $index_len, $fh, $seq, $dna, $table, $entries, $features, $surface, $cr, $file, @html, @img );
 152
 153     $start = $cgi->param( 'nav_start' );
 154     $end   = $cgi->param( 'nav_end' );
 155
 156     $ruler = Maasha::KISS::Track::track_ruler( 1200, 25, $start, $end, 10, 'black' );
 157
 158     $index = Maasha::Fasta::index_retrieve( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/S_aur_COL/fasta/S_aur_COL.index" );
 159
 160     ( $index_beg, $index_len ) = @{ $index->{ 'S_aur_COL' } };
 161
 162     $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/S_aur_COL/fasta/S_aur_COL.fna" );
 163
 164     $seq = Maasha::Filesys::file_read( $fh, $index_beg + $start, $end - $start + 1 );
 165
 166     close $fh;
 167
 168     $dna = Maasha::KISS::Track::track_seq( 1200, 50, $seq, 10, 'black' ) if length $seq <= 220;
 169
 170     $table = 'Solexa';
 171
 172     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 173     $entries = Maasha::KISS::IO::kiss_sql_get( $dbh, $table, $start, $end );
 174     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 175
 176     push @stats, "Feature count: " . Maasha::Calc::commify( scalar @$entries );
 177     push @stats, "Time SQL: " . sprintf( "%.4f", $t1 - $t0 );
 178
 179     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 180
 181     my $MAX = 4000;  # FIXME should depend on height of track as well
 182
 183     if ( @$entries > $MAX ) {
 184         $features = Maasha::KISS::Track::track_histogram( 1200, 75, $start, $end, $entries );
 185     } else {
 186         $features = Maasha::KISS::Track::track_feature( 1200, 75, $start, $end, $entries );
 187     }
 188
 189     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 190
 191     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $entries );
 192     # push @html, Maasha::KISS::Draw::hdump( $features );
 193
 194     push @stats, "Time Track: " . sprintf( "%.4f", $t1 - $t0 );
 195
 196     $file = "fisk.png";
 197
 198     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', 1200, 800 );
 199     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 200
 201     $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
 202
 203     Maasha::KISS::Draw::draw_feature( $cr, $ruler )    if $ruler;
 204     Maasha::KISS::Draw::draw_feature( $cr, $dna )      if $dna;
 205     Maasha::KISS::Draw::draw_feature( $cr, $features ) if $features;
 206
 207     Maasha::KISS::Draw::file_png( $surface, $file );
 208
 209     $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
 210
 211     push @stats, "Time Draw: " . sprintf( "%.4f", $t1 - $t0 );
 212
 213     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( " ", @stats ) );
 214
 215     push @img, Maasha::XHTML::img( src => $file, alt => "Browser Tracks", height => 800, width => 1200, id => "browser_map", usemap => "#browser_map" );
 216
 217     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 218
 219     map { push @img, Maasha::XHTML::area( href => "www.dmi.dk", shape => "rect", coords => "$_->{ x1 }, $_->{ y1 }, $_->{ x2 }, $_->{ y2 }", title => "$_->{ title }" ) } @{ $features };
 220
 221     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 222
 223     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 224
 225     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 226
 227     return wantarray ? @html : \@html;
 228 }
 229
 230
 231 sub nav_list_clade
 232 {
 233     my ( @dirs, $dir, @list_clade );
 234
 235     @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( "Data" );
 236
 237     foreach $dir ( @dirs )
 238     {
 239         next if $dir eq "Data/." or $dir eq "Data/..";
 240
 241         push @list_clade, ( split "/", $dir )[ -1 ];
 242     }
 243
 244     return wantarray ? @list_clade : \@list_clade;
 245 }
 246
 247
 248 sub nav_list_genome
 249 {
 250     my ( $list_genome );
 251
 252     $list_genome = [ qw( S.aur_COL E.col B.sub ) ];
 253
 254     return wantarray ? @{ $list_genome } : $list_genome;
 255 }
 256
 257
 258 sub nav_list_assembly
 259 {
 260     my ( $list_assembly );
 261
 262     $list_assembly = [ qw( 2008-02-21 2009-01-23 ) ];
 263
 264     return wantarray ? @{ $list_assembly } : $list_assembly;
 265 }
 266
 267
 268 sub nav_list_contig
 269 {
 270     my ( $list_contig );
 271
 272     $list_contig = [ qw( chr1 chr2 ) ];
 273
 274     return wantarray ? @{ $list_contig } : $list_contig;
 275 }
 276
 277
 278 sub nav_zoom
 279 {
 280     my ( $cgi,   # CGI object
 281        ) = @_;
 282
 283     my ( $start, $end, $dist, $new_dist, $dist_diff, $new_start, $new_end );
 284
 285     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) and $cgi->param( 'nav_end' ) )
 286     {
 287         $start = $cgi->param( 'nav_start' );
 288         $end   = $cgi->param( 'nav_end' );
 289
 290         $start =~ tr/,//d;
 291         $end   =~ tr/,//d;
 292
 293         $dist = $end - $start;
 294
 295         if ( defined $cgi->param( 'zoom_in1' ) ) {
 296             $new_dist = $dist / 1.5;
 297         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_in2' ) ) {
 298             $new_dist = $dist / 3;
 299         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_in3' ) ) {
 300             $new_dist = $dist / 10;
 301         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out1' ) ) {
 302             $new_dist = $dist * 1.5;
 303         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out2' ) ) {
 304             $new_dist = $dist * 3;
 305         } elsif ( defined $cgi->param( 'zoom_out3' ) ) {
 306             $new_dist = $dist * 10;
 307         }
 308
 309         if ( $new_dist )
 310         {
 311             $dist_diff = $dist - $new_dist;
 312             $new_start = int( $start + ( $dist_diff / 2 ) );
 313             $new_end   = int( $end   - ( $dist_diff / 2 ) );
 314
 315             $cgi->param( 'nav_start', $new_start );
 316             $cgi->param( 'nav_end',  $new_end );
 317         }
 318     }
 319 }
 320
 321
 322 sub nav_move
 323 {
 324     my ( $cgi,   # CGI object
 325          $max,   # Max end position
 326        ) = @_;
 327
 328     my ( $start, $end, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 329
 330     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) and $cgi->param( 'nav_end' ) )
 331     {
 332         $start = $cgi->param( 'nav_start' );
 333         $end   = $cgi->param( 'nav_end' );
 334
 335         $start =~ tr/,//d;
 336         $end   =~ tr/,//d;
 337
 338         $dist = $end - $start;
 339
 340         if ( defined $cgi->param( 'move_left1' ) ) {
 341             $shift = -1 * $dist * 0.10;
 342         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_left2' ) ) {
 343             $shift = -1 * $dist * 0.475;
 344         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_left3' ) ) {
 345             $shift = -1 * $dist * 0.95;
 346         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right1' ) ) {
 347             $shift = $dist * 0.10;
 348         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right2' ) ) {
 349             $shift = $dist * 0.475;
 350         } elsif ( defined $cgi->param( 'move_right3' ) ) {
 351             $shift = $dist * 0.95;
 352         }
 353
 354         if ( $shift )
 355         {
 356             $new_start = int( $start + $shift );
 357             $new_end   = int( $end   + $shift );
 358
 359             print "HERRRR: shift: $shift    start: $new_start    end: $new_end\n";
 360
 361             if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 362             {
 363                 $cgi->param( 'nav_start', $new_start );
 364                 $cgi->param( 'nav_end',  $new_end );
 365             }
 366         }
 367     }
 368 }
 369
 370
 371 sub nav_def_clade
 372 {
 373     my ( $cgi,   # CGI object
 374        ) = @_;
 375
 376     my ( $def_clade );
 377
 378     if ( defined $cgi->param( 'nav_clade' ) )
 379     {
 380         $def_clade = $cgi->param( 'nav_clade' );
 381     }
 382     else
 383     {
 384         $def_clade = "Bacteria";
 385     }
 386
 387     return $def_clade;
 388 }
 389
 390
 391 sub nav_def_genome
 392 {
 393     my ( $cgi,   # CGI object
 394        ) = @_;
 395
 396     my ( $def_genome );
 397
 398     if ( defined $cgi->param( 'nav_genome' ) )
 399     {
 400         $def_genome = $cgi->param( 'nav_genome' );
 401     }
 402     else
 403     {
 404         $def_genome = "S.aur_COL";
 405     }
 406
 407     return $def_genome;
 408 }
 409
 410
 411 sub nav_def_assembly
 412 {
 413     my ( $cgi,   # CGI object
 414        ) = @_;
 415
 416     my ( $def_assembly );
 417
 418     if ( defined $cgi->param( 'nav_assembly' ) )
 419     {
 420         $def_assembly = $cgi->param( 'nav_assembly' );
 421     }
 422     else
 423     {
 424         $def_assembly = "2009-01-23";
 425     }
 426
 427     return $def_assembly;
 428 }
 429
 430
 431 sub nav_def_contig
 432 {
 433     my ( $cgi,   # CGI object
 434        ) = @_;
 435
 436     my ( $def_contig );
 437
 438     if ( defined $cgi->param( 'nav_contig' ) )
 439     {
 440         $def_contig = $cgi->param( 'nav_contig' );
 441     }
 442     else
 443     {
 444         $def_contig = "chr1";
 445     }
 446
 447     return $def_contig;
 448 }
 449
 450
 451 sub nav_def_start
 452 {
 453     my ( $cgi,   # CGI object
 454        ) = @_;
 455
 456     my ( $def_start );
 457
 458     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) ) {
 459         $def_start = $cgi->param( 'nav_start' );
 460     } else {
 461         $def_start = 1;
 462     }
 463
 464     $def_start =~ tr/,//d;
 465
 466     if ( $def_start <= 0 ) {
 467         $def_start = 1;
 468     }
 469
 470     $cgi->param( 'nav_start', $def_start );
 471
 472     return $def_start;
 473 }
 474
 475
 476 sub nav_def_end
 477 {
 478     my ( $cgi,   # CGI object
 479        ) = @_;
 480
 481     my ( $def_end );
 482
 483     if ( defined $cgi->param( 'nav_end' ) ) {
 484         $def_end = $cgi->param( 'nav_end' );
 485     } else {
 486         $def_end = 2809422;
 487         $def_end = 2000;
 488     }
 489
 490     $def_end =~ tr/,//d;
 491
 492     if ( $def_end > 2809422 ) {
 493         $def_end = 2809422;
 494     }
 495
 496     $cgi->param( 'nav_end', $def_end );
 497
 498     return $def_end;
 499 }
 500
 501
 502 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 503
 504
 505 END
 506 {
 507     Maasha::SQL::disconnect( $dbh ) if $dbh;
 508 }
 509
 510
 511 __END__