trunk/R/db.R

   1
   2 db_start <- function() {
   3     drv <- dbDriver('SQLite')
   4     con <- dbConnect(drv, dbname=file.path(cache_root,'cran2deb.db'))
   5     if (!dbExistsTable(con,'sysreq_override')) {
   6         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE sysreq_override ('
   7                   ,' depend_alias TEXT NOT NULL'
   8                   ,',r_pattern TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
   9                   ,')'))
  10     }
  11     if (!dbExistsTable(con,'debian_dependency')) {
  12         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE debian_dependency ('
  13                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  14                   ,',alias TEXT NOT NULL'
  15                   ,',build INTEGER NOT NULL'
  16                   ,',debian_pkg TEXT NOT NULL'
  17                   ,',UNIQUE (alias,build,debian_pkg)'
  18                   ,')'))
  19     }
  20     if (!dbExistsTable(con,'forced_depends')) {
  21         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE forced_depends ('
  22                   ,' r_name TEXT NOT NULL'
  23                   ,',depend_alias TEXT NOT NULL'
  24                   ,',PRIMARY KEY (r_name,depend_alias)'
  25                   ,')'))
  26     }
  27     if (!dbExistsTable(con,'license_override')) {
  28         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_override ('
  29                   ,' name TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  30                   ,',accept INT NOT NULL'
  31                   ,')'))
  32     }
  33     if (!dbExistsTable(con,'license_hashes')) {
  34         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_hashes ('
  35                   ,' name TEXT NOT NULL'
  36                   ,',sha1 TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  37                   ,')'))
  38     }
  39     if (!dbExistsTable(con,'database_versions')) {
  40         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE database_versions ('
  41                   ,' version INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  42                   ,',version_date INTEGER NOT NULL'
  43                   ,',base_epoch INTEGER NOT NULL'
  44                   ,')'))
  45         db_add_version(con,1,0)
  46     }
  47     if (!dbExistsTable(con,'packages')) {
  48         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE packages ('
  49                   ,' package TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  50                   ,',latest_r_version TEXT'
  51                   ,')'))
  52     }
  53     if (!dbExistsTable(con,'builds')) {
  54         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE builds ('
  55                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  56                   ,',system TEXT NOT NULL'
  57                   ,',package TEXT NOT NULL'
  58                   ,',r_version TEXT NOT NULL'
  59                   ,',deb_epoch INTEGER NOT NULL'
  60                   ,',deb_revision INTEGER NOT NULL'
  61                   ,',db_version INTEGER NOT NULL'
  62                   ,',date_stamp TEXT NOT NULL'
  63                   ,',time_stamp TEXT NOT NULL'
  64                   ,',scm_revision TEXT NOT NULL'
  65                   ,',success INTEGER NOT NULL'
  66                   ,',log TEXT'
  67                   ,',UNIQUE(package,system,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version)'
  68                   ,')'))
  69     }
  70     if (!dbExistsTable(con,'blacklist_packages')) {
  71         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE blacklist_packages ('
  72                   ,' package TEXT PRIMARY KEY NOT NULL '
  73                   ,',reason TEXT NOT NULL '
  74                   ,')'))
  75     }
  76     return(con)
  77 }
  78
  79 db_stop <- function(con,bump=F) {
  80     if (bump) {
  81         db_bump(con)
  82     }
  83     dbDisconnect(con)
  84 }
  85
  86 db_quote <- function(text) {
  87     return(paste('\'', gsub('([\'"])','\\1\\1',text),'\'',sep=''))
  88 }
  89
  90 db_now <- function() {
  91     return(as.integer(gsub('-','',Sys.Date())))
  92 }
  93
  94 db_cur_version <- function(con) {
  95     return(as.integer(dbGetQuery(con, 'SELECT max(version) FROM database_versions')[[1]]))
  96 }
  97
  98 db_base_epoch <- function(con) {
  99     return(as.integer(dbGetQuery(con,
 100         paste('SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
 101              ,'WHERE version IN (SELECT max(version) FROM database_versions)'))[[1]]))
 102 }
 103
 104 db_get_base_epoch <- function() {
 105     con <- db_start()
 106     v <- db_base_epoch(con)
 107     db_stop(con)
 108     return(v)
 109 }
 110
 111 db_get_version <- function() {
 112     con <- db_start()
 113     v <- db_cur_version(con)
 114     db_stop(con)
 115     return(v)
 116 }
 117
 118 db_add_version <- function(con, version, epoch) {
 119     dbGetQuery(con,paste('INSERT INTO database_versions (version,version_date,base_epoch)'
 120               ,'VALUES (',as.integer(version),',',db_now(),',',as.integer(epoch),')'))
 121 }
 122
 123 db_bump <- function(con) {
 124     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con))
 125 }
 126
 127 db_bump_epoch <- function(con) {
 128     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con)+1)
 129 }
 130
 131 db_sysreq_override <- function(sysreq_text) {
 132     con <- db_start()
 133     results <- dbGetQuery(con,paste(
 134                     'SELECT DISTINCT depend_alias FROM sysreq_override WHERE'
 135                             ,db_quote(tolower(sysreq_text)),'LIKE r_pattern'))
 136     db_stop(con)
 137     if (length(results) == 0) {
 138         return(NULL)
 139     }
 140     return(results$depend_alias)
 141 }
 142
 143 db_add_sysreq_override <- function(pattern,depend_alias) {
 144     con <- db_start()
 145     results <- dbGetQuery(con,paste(
 146                      'INSERT OR REPLACE INTO sysreq_override'
 147                     ,'(depend_alias, r_pattern) VALUES ('
 148                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 149                     ,',',db_quote(tolower(pattern))
 150                     ,')'))
 151     db_stop(con)
 152 }
 153
 154 db_sysreq_overrides <- function() {
 155     con <- db_start()
 156     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM sysreq_override'))
 157     db_stop(con)
 158     return(overrides)
 159 }
 160
 161 db_get_depends <- function(depend_alias,build=F) {
 162     con <- db_start()
 163     results <- dbGetQuery(con,paste(
 164                     'SELECT DISTINCT debian_pkg FROM debian_dependency WHERE'
 165                     ,db_quote(tolower(depend_alias)),'= alias'
 166                     ,'AND',as.integer(build),'= build'))
 167     db_stop(con)
 168     return(results$debian_pkg)
 169 }
 170
 171 db_add_depends <- function(depend_alias,debian_pkg,build=F) {
 172     con <- db_start()
 173     results <- dbGetQuery(con,paste(
 174                      'INSERT OR REPLACE INTO debian_dependency'
 175                     ,'(alias, build, debian_pkg) VALUES ('
 176                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 177                     ,',',as.integer(build)
 178                     ,',',db_quote(tolower(debian_pkg))
 179                     ,')'))
 180     db_stop(con)
 181 }
 182
 183 db_depends <- function() {
 184     con <- db_start()
 185     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM debian_dependency'))
 186     db_stop(con)
 187     return(depends)
 188 }
 189
 190 db_get_forced_depends <- function(r_name) {
 191     con <- db_start()
 192     forced_depends <- dbGetQuery(con,
 193                 paste('SELECT depend_alias FROM forced_depends WHERE'
 194                      ,db_quote(r_name),'= r_name'))
 195     db_stop(con)
 196     return(forced_depends$depend_alias)
 197 }
 198
 199 db_add_forced_depends <- function(r_name, depend_alias) {
 200     if (!length(db_get_depends(depend_alias,build=F)) &&
 201         !length(db_get_depends(depend_alias,build=T))) {
 202         fail('Debian dependency alias',depend_alias,'is not know,'
 203                   ,'yet trying to force a dependency on it?')
 204     }
 205     con <- db_start()
 206     dbGetQuery(con,
 207             paste('INSERT OR REPLACE INTO forced_depends (r_name, depend_alias)'
 208                  ,'VALUES (',db_quote(r_name),',',db_quote(depend_alias),')'))
 209     db_stop(con)
 210 }
 211
 212 db_forced_depends <- function() {
 213     con <- db_start()
 214     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM forced_depends'))
 215     db_stop(con)
 216     return(depends)
 217 }
 218
 219 db_license_override_name <- function(name) {
 220     con <- db_start()
 221     results <- dbGetQuery(con,paste(
 222                     'SELECT DISTINCT accept FROM license_override WHERE'
 223                             ,db_quote(tolower(name)),'= name'))
 224     db_stop(con)
 225     if (length(results) == 0) {
 226         return(NULL)
 227     }
 228     return(as.logical(results$accept))
 229 }
 230
 231 db_add_license_override <- function(name,accept) {
 232     notice('adding',name,'accept?',accept)
 233     if (accept != TRUE && accept != FALSE) {
 234         fail('accept must be TRUE or FALSE')
 235     }
 236     con <- db_start()
 237     results <- dbGetQuery(con,paste(
 238                      'INSERT OR REPLACE INTO license_override'
 239                     ,'(name, accept) VALUES ('
 240                     ,' ',db_quote(tolower(name))
 241                     ,',',as.integer(accept)
 242                     ,')'))
 243     db_stop(con)
 244 }
 245
 246 db_license_override_hash <- function(license_sha1) {
 247     con <- db_start()
 248     results <- dbGetQuery(con,paste(
 249                      'SELECT DISTINCT accept FROM license_override'
 250                     ,'INNER JOIN license_hashes'
 251                     ,'ON license_hashes.name = license_override.name WHERE'
 252                     ,db_quote(tolower(license_sha1)),'= license_hashes.sha1'))
 253     db_stop(con)
 254     if (length(results) == 0) {
 255         return(NULL)
 256     }
 257     return(as.logical(results$accept))
 258 }
 259
 260 db_license_overrides <- function() {
 261     con <- db_start()
 262     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_override'))
 263     hashes    <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_hashes'))
 264     db_stop(con)
 265     return(list(overrides=overrides,hashes=hashes))
 266 }
 267
 268 db_add_license_hash <- function(name,license_sha1) {
 269     if (is.null(db_license_override_name(name))) {
 270         fail('license',name,'is not know, yet trying to add a hash for it?')
 271     }
 272     notice('adding hash',license_sha1,'for',name)
 273     con <- db_start()
 274     dbGetQuery(con,paste(
 275          'INSERT OR REPLACE INTO license_hashes'
 276         ,'(name, sha1) VALUES ('
 277         ,' ',db_quote(tolower(name))
 278         ,',',db_quote(tolower(license_sha1))
 279         ,')'))
 280     db_stop(con)
 281 }
 282
 283
 284 db_update_package_versions <- function() {
 285     # seems like the quickest way of doing this:
 286     con <- db_start()
 287     dbGetQuery(con, 'DROP TABLE packages')
 288     db_stop(con)
 289     # db_start re-makes all tables
 290     con <- db_start()
 291     for (package in available[,'Package']) {
 292         dbGetQuery(con, paste('INSERT OR REPLACE INTO packages (package,latest_r_version)'
 293                              ,'VALUES (',db_quote(package)
 294                              ,',',db_quote(available[package,'Version']),')'))
 295     }
 296     dbGetQuery(con,'DELETE FROM builds WHERE builds.package NOT IN (SELECT package FROM packages)')
 297     db_stop(con)
 298 }
 299
 300 db_date_format <- '%Y-%m-%d'
 301 db_time_format <- '%H:%M:%OS %Z'
 302
 303 db_record_build <- function(package, deb_version, log, success=F) {
 304     con <- db_start()
 305     o<-options(digits.secs = 6)
 306     dbGetQuery(con,paste('INSERT OR REPLACE INTO builds'
 307                         ,'(package,system,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version,success,date_stamp,time_stamp,scm_revision,log)'
 308                         ,'VALUES'
 309                         ,'(',db_quote(package)
 310                         ,',',db_quote(which_system)
 311                         ,',',db_quote(version_upstream(deb_version))
 312                         ,',',db_quote(version_epoch(deb_version))
 313                         ,',',db_quote(version_revision(deb_version))
 314                         ,',',db_cur_version(con)
 315                         ,',',as.integer(success)
 316                         ,',',db_quote(format(Sys.time(), db_date_format))
 317                         ,',',db_quote(format(Sys.time(), db_time_format))
 318                         ,',',db_quote(scm_revision)
 319                         ,',',db_quote(paste(log, collapse='\n'))
 320                         ,')'))
 321     options(o)
 322     db_stop(con)
 323 }
 324
 325 db_builds <- function(pkgname) {
 326     # returns all successful builds
 327     con <- db_start()
 328     build <- dbGetQuery(con, paste('SELECT * FROM builds'
 329                        ,'WHERE success = 1'
 330                        ,'AND system =',db_quote(which_system)
 331                        ,'AND package =',db_quote(pkgname)))
 332     db_stop(con)
 333     if (length(build) == 0) {
 334         return(NULL)
 335     }
 336     return(db_cleanup_builds(build))
 337 }
 338
 339 db_cleanup_builds <- function(build) {
 340     build$success <- as.logical(build$success)
 341     #o <-options(digits.secs = 6)
 342     dt <- as.POSIXct(strptime(paste(as.character(build[,"date_stamp"]), as.character(build[,"time_stamp"])),
 343                               paste(db_date_format, db_time_format)))
 344     build$time_stamp <- NULL
 345     build$date_stamp <- NULL
 346     newdf <- data.frame(build, date_stamp=dt)
 347     #print(newdf[, -grep("log", colnames(newdf))])
 348     #options(o)
 349     #print(newdf[, -grep("log", colnames(newdf))])
 350     return(newdf)
 351 }
 352
 353 db_latest_build <- function(pkgname) {
 354     con <- db_start()
 355     build <- dbGetQuery(con, paste('SELECT * FROM builds'
 356                        ,'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 357                        ,              'WHERE system =',db_quote(which_system)
 358                        ,              'GROUP BY package) AS last'
 359                        ,'WHERE id = max_id'
 360                        ,'AND builds.package =',db_quote(pkgname)))
 361     db_stop(con)
 362     if (length(build) == 0) {
 363         return(NULL)
 364     }
 365     return(db_cleanup_builds(build))
 366 }
 367
 368 db_latest_build_version <- function(pkgname) {
 369     build <- db_latest_build(pkgname)
 370     if (is.null(build)) {
 371         return(NULL)
 372     }
 373     return(version_new(build$r_version, build$deb_revision, build$deb_epoch))
 374 }
 375
 376 db_latest_build_status <- function(pkgname) {
 377     build <- db_latest_build(pkgname)
 378     if (is.null(build)) {
 379         return(NULL)
 380     }
 381     return(list(build$success,build$log))
 382 }
 383
 384 db_outdated_packages <- function() {
 385     con <- db_start()
 386     packages <- dbGetQuery(con,paste('SELECT packages.package FROM packages'
 387                ,'LEFT OUTER JOIN ('
 388                # extract the latest attempt at building each package
 389                ,      'SELECT * FROM builds'
 390                ,      'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 391                ,                    'WHERE system =',db_quote(which_system)
 392                ,                    'GROUP BY package) AS last'
 393                ,      'WHERE id = max_id) AS build'
 394                ,'ON build.package = packages.package'
 395                # outdated iff:
 396                # - there is no latest build
 397                ,'WHERE build.package IS NULL'
 398                # - the database has changed since last build
 399                ,'OR build.db_version < (SELECT max(version) FROM database_versions)'
 400                # - the debian epoch has been bumped up
 401                ,'OR build.deb_epoch < (SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
 402                ,                        'WHERE version IN ('
 403                ,                            'SELECT max(version) FROM database_versions))'
 404                # - the latest build is not of the latest R version
 405                ,'OR build.r_version != packages.latest_r_version'
 406                ))$package
 407     db_stop(con)
 408     return(packages)
 409 }
 410
 411 db_blacklist_packages <- function() {
 412     con <- db_start()
 413     packages <- dbGetQuery(con,'SELECT package from blacklist_packages')$package
 414     db_stop(con)
 415     return(packages)
 416 }