tools/nd-vmsetupwizard

   1 #!/bin/bash
   2 #emacs: -*- mode: shell-script; c-basic-offset: 4; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil -*-
   3 #ex: set sts=4 ts=4 sw=4 et:
   4
   5 # play save
   6 set -e
   7 set -u
   8
   9 cfg_dir=/etc/neurodebian/guest/setupwizard_done
  10 success_flag=$cfg_dir/setupwizard_done
  11 nd_icon=/usr/share/pixmaps/neurodebian.svg
  12 icon_opt="--window-icon=$nd_icon"
  13
  14 first_run=0
  15 if [ ! -e $success_flag ]; then
  16         first_run=1
  17 fi
  18
  19 if [ $first_run -eq 1 ]; then
  20 zenity --info $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  21        --text="Welcome to the NeuroDebian virtual machine!
  22
  23 This is the first time you have started this virtual machine. We will now perform a few simple steps to finalize its configuration. This includes upgrading the system to the latest available versions and installing additional software packages upon your request."
  24 fi
  25
  26 if ! zenity --question $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  27 --text="The setup procedure requires network access to download packages from the Debian archive. If you do not have network access right now, you can re-start this wizard at any time from the NeuroDebian menu. If you proceed you may have to enter the superuser password with is by default 'neurodebian'.
  28
  29 Do you want to proceed with updating the system?
  30 "; then
  31         exit 0
  32 fi
  33
  34 # initialize apt
  35 update-manager -c
  36
  37 sudo update-software-center --debug 2>&1 | \
  38         zenity $icon_opt --title="Updating Software Center Repository"  \
  39                 --progress  --pulsate --auto-close --auto-kill
  40
  41 popconf=/etc/popularity-contest.conf
  42 if [ ! -e "$popconf" ] || grep -q -e '^PARTICIPATE.*no' "$popconf" ;
  43 then
  44         zenity --info $icon_opt --title="NeuroDebian Setup Wizard" \
  45                 --text="You will now be given the choice to participate in the package survey. If enabled, a list of installed packages will be anonymously sent to Debian (http://popcon.debian.org). Your participation is important for two reasons:
  46
  47 1) Popular packages receive more attention from developers, bugs are fixed faster and updates are provided quicker.
  48 2) User statistics can help research software developers to acquire funding for continued development."
  49
  50         if [ -e "$popconf" ] ; then
  51         # just reconfigure so user could get a chance to participate
  52                 sudo DEBIAN_FRONTEND=gnome dpkg-reconfigure popularity-contest
  53         else
  54         # install, but do not fail if something goes wrong
  55                 nd-autoinstall popularity-contest /etc/popularity-contest.conf || true
  56         fi
  57 fi
  58
  59 # install custom filter for synaptics
  60 if [ $first_run -eq 1 ]; then
  61         sudo mkdir -p /root/.synaptic
  62         sudo bash -c 'cat << EOT >> /root/.synaptic/filters
  63 filter "NeuroDebian" {
  64   section {
  65     inclusive false;
  66     sections {
  67     };
  68   };
  69   status {
  70     flags 0x1ffff;
  71   };
  72   pattern {
  73     andMode 0;
  74     patterns {
  75       Origin; "neuro.debian.net"; false;
  76       Maintainer; "team@neuro.debian.net"; false;
  77     };
  78   };
  79   priority {
  80   };
  81   reducedview {
  82     enabled false;
  83   };
  84 };
  85 EOT
  86 '
  87         # essential things are done -- let's mark sucess
  88         sudo bash -c "mkdir -p $cfg_dir && touch $success_flag"
  89 fi
  90
  91 if ! grep -q '/etc/fsl/fsl.sh' $HOME/.profile && \
  92    zenity --question $icon_opt --title="FSL/AFNI Environments" \
  93 --text="Packages, such as AFNI and FSL, provide large collections of command line tools which are available from their private directories, and require custom environment variables to be set for proper functioning.  Usually you need to source /etc/fsl/fsl.sh or /etc/afni/afni.sh in your environments.
  94
  95 Do you want to get those files, if available, sourced automatically for your environment?
  96 "; then
  97    for t in fsl afni cmtk freesurfer; do
  98         cf="/etc/$t/$t.sh"
  99         grep -q -e "$cf" $HOME/.profile || \
 100                 echo "[ -e \"$cf\" ] && . $cf" >> $HOME/.profile
 101    done
 102 fi
 103
 104 # create symlink to shared folder into homedir
 105 # note: -e check would exit 1 if link is broken
 106 #       ln -f is used for further robustness
 107 [ ! -L $HOME/host ] && ln -sf /media/sf_host $HOME/host
 108
 109 # Figure out which version of IPython is available
 110 ipython_version=$(apt-cache policy ipython 2>/dev/null | sed -ne '/Version table:/ { n;s,^[ \*]*\(.*\) .*,\1,gp}')
 111 dpkg --compare-versions $ipython_version lt 0.13.1 && ipython=ipython01x || ipython=ipython
 112
 113 # TODO: add PyMVPA:
 114 #   FALSE "PyMVPA" "python-mvpa2,python-mvpa2-doc,python-mvpa2-tutorial-data" \
 115 # needs -doc and -tutorial-data package
 116 packages=$(zenity --height 450 --list $icon_opt --checklist --column="Install" --column="Description" \
 117            --column="Package Name" --print-column=3 --hide-column=3 --hide-header \
 118            --separator=' ' --text="Please select any additional component that shall be installed.
 119
 120 Please note that this selection will not affect packages already installed
 121 on the system. No installed packages will be reinstalled or removed, only
 122 additional components will be installed." \
 123 FALSE "Emacs" "emacs" \
 124 FALSE "Graphics (e.g. GIMP, Inscape)" "gimp,inkscape,svgtune,xzgv,vym" \
 125 FALSE "Octave" "qtoctave" \
 126 FALSE "OpenOffice.org" "openoffice.org" \
 127 FALSE "PyMVPA Tutorial" "$ipython,python-mvpa2,python-mvpa2-doc,python-mvpa2-tutorialdata,spyder" \
 128 FALSE "Python: Electrophysiology & Modeling" "python-brian,python-pynn,python-pyentropy,stimfit" \
 129 FALSE "Python: Neuroimaging" "$ipython,spyder,nipy-suite,python-mvpa2" \
 130 FALSE "Python: Scientific stack" "$ipython,spyder,python-matplotlib,python-pandas,python-sympy" \
 131 FALSE "R" "r-recommended" \
 132 FALSE "TeX Live" "texlive" \
 133 FALSE "Adobe Flash browser plugin" "flashplugin-nonfree" \
 134 || true)
 135
 136 if [ -n "$packages" ]; then
 137         for pkgs in $packages; do
 138                 nd-autoinstall -f -p "${pkgs//,/ }" true
 139         done
 140 fi
 141
 142 # some sane ending
 143 zenity --info $icon_opt --text="Wizard has finished."
 144
 145 # and start greeter
 146 x-www-browser http://neuro.debian.net/vm_welcome.html &