survey/makestats

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 from mvpa.misc.plot.base import plot_bars
   4 from glob import glob
   5 try:
   6     from json import load as jload
   7     def jsonload(f):
   8         return jload(f)
   9 except ImportError:
  10     from json import read as jread
  11     def jsonload(f):
  12         return jread(f.read())
  13 import sys, os
  14 import pylab as pl
  15 import numpy as np
  16 import time
  17
  18 # uniform colors for OS results
  19 os_colors = ['#B63537', '#4E4DA0', '#008200', 'gray']
  20 os_order = ['linux', 'mac', 'win', 'otheros']
  21 # resources
  22 resource_categories = {
  23     'vendor': 'Vendor/Project website',
  24     'retailer': 'Retailer',
  25     'os': 'Operating system',
  26     'cpan': 'CPAN',
  27     'cran': 'CRAN',
  28     'epel': 'EPEL',
  29     'fink': 'Fink',
  30     'freebsdports': 'FreeBSD ports',
  31     'incf': 'INCF',
  32     'macports': 'Macports',
  33     'matlabcentral': 'Matlab Central',
  34     'neurodebian': 'NeuroDebian',
  35     'nitrc': 'NITRC',
  36     'pypi': 'PyPi',
  37     'pythonbundles': 'Python bundles',
  38     'sourceforge': 'Sourceforge',
  39     'other': 'Other resource'
  40     }
  41 # software categories
  42 sw_categories = {
  43         'general': 'General computing',
  44         'dc': 'Distributed computing',
  45         'img': 'Brain imaging',
  46         'datamanage': 'Data management',
  47         'neusys': 'Neural systems modeling',
  48         'electro': 'Electrophysiology, MEG/EEG',
  49         'bci': 'Brain-computer interface',
  50         'acq': 'Hardware interface/Data acquisition',
  51         'rt': 'Real-time solutions',
  52         'psychophys': 'Psychophysics/Experiment control'
  53         }
  54
  55 # some meaningful groups of OSes
  56 redhat_family = ["rhel", "centos", "fedora", "scilinux"]
  57 debian_family = ["debian", "ubuntu", "biolinux"]
  58 suse_family = ["suse", "slel"]
  59 other_linux_family = ["gentoo", "mandriva", "arch", "slackware", "otherlinux"]
  60 other_family = ["starbsd", "unix", "qnx", "beos", "solaris", "other"]
  61
  62 os_cat_names = {
  63         'win': 'Windows',
  64         'mac': 'Mac OS',
  65         'linux': 'GNU/Linux',
  66         'otheros': 'Other OS'
  67         }
  68
  69 os_family = {
  70         'win': ["windows"],
  71         'mac': ["macosx"],
  72         'linux': redhat_family + debian_family + suse_family + other_linux_family,
  73         'otheros': other_family
  74         }
  75 # end the reverse mapping
  76 os_family_rev = {}
  77 for ost in os_family:
  78     for os_ in os_family[ost]:
  79         os_family_rev[os_] = ost
  80
  81
  82 def load_list2dict(name):
  83     d = {}
  84     lfile = open(name)
  85     for line in lfile:
  86         kv = line.split(':')
  87         d[kv[0]] = kv[1].strip().strip('"')
  88     return d
  89
  90
  91
  92 class DB(dict):
  93     os_dict = load_list2dict('oslist.txt')
  94     datamod_dict = load_list2dict('datamodlist.txt')
  95     sw_dict = load_list2dict('swlist.txt')
  96
  97     def __init__(self, srcdir):
  98         # eats the whole directory
  99         if srcdir is None:
 100             return
 101         datafilenames = glob('%s/*.json' % srcdir)
 102         for dfn in datafilenames:
 103             rawdata = jsonload(open(dfn))
 104             self[rawdata['timestamp']] = rawdata
 105
 106     def get_unique(self, key):
 107         # return a set of all (unique) values for a field id
 108         uniq = set()
 109         for d in self.values():
 110             if key in d:
 111                 el = d[key]
 112                 if isinstance(el, list):
 113                     uniq = uniq.union(el)
 114                 else:
 115                     uniq = uniq.union((el,))
 116         return uniq
 117
 118     def get_not_none(self, key):
 119         # return a list of all values of a specific field id
 120         # the second return value is count of submission that did not have data
 121         # for this field id
 122         val = []
 123         missing = 0
 124         for d in self.values():
 125             if key in d:
 126                 el = d[key]
 127                 if isinstance(el, list):
 128                     val.extend(el)
 129                 else:
 130                     if el == 'none':
 131                         missing += 1
 132                     else:
 133                         val.append(el)
 134             else:
 135                 missing += 1
 136         return val, missing
 137
 138     def get_counts(self, key):
 139         # return a dict with field values as keys and respective submission
 140         # count as value
 141         vals = self.get_not_none(key)[0]
 142         uniq = np.unique(vals)
 143         counts = dict(zip(uniq, [vals.count(u) for u in uniq]))
 144         return counts
 145
 146     def select_match(self, key, values):
 147         # return a db with all submissions were a field id has one of the
 148         # supplied values
 149         match = DB(None)
 150         for k, v in self.items():
 151             if not key in v:
 152                 continue
 153             el = v[key]
 154             if isinstance(el, list):
 155                 if len(set(values).intersection(el)):
 156                     match[k] = v
 157             elif el in values:
 158                 match[k] = v
 159         return match
 160
 161     def get_nice_name(self, id):
 162         srcs = [DB.os_dict, os_cat_names, DB.sw_dict, sw_categories,
 163                 resource_categories, DB.datamod_dict]
 164         for src in srcs:
 165             if id in src:
 166                 return src[id]
 167         # not found, nothing nicer
 168         return id
 169
 170
 171 def mkpic_os_per_env(db, destdir):
 172     envs = ['pers_os', 'man_os', 'virt_host_os', 'virt_guest_os']
 173     env_names = ['Personal', 'Managed', 'Virt. Host', 'Virt. Guest']
 174     env_stats = {}
 175     offset = 0
 176     for env in envs:
 177         counts = db.get_counts(env)
 178         stats = dict(zip(os_family.keys(), [0] * len(os_family)))
 179         for os in counts:
 180             stats[os_family_rev[os]] += counts[os]
 181         total_count = np.sum(stats.values())
 182         for osf in stats:
 183             stats[osf] = float(stats[osf]) / total_count
 184         env_stats[env] = stats
 185     # make stacked barplot
 186     pl.figure(figsize=(6.4, 4.8))
 187     x = np.arange(len(envs))
 188     bottoms = np.zeros(len(envs))
 189     for i, os in enumerate(os_order):
 190         stat = [env_stats[e][os] for e in envs]
 191         pl.bar(x, stat, bottom=bottoms, color=os_colors[i],
 192                label=db.get_nice_name(os), width=0.8)
 193         bottoms += stat
 194     pl.legend(loc='lower right')
 195     pl.xticks(x + 0.4,  [db.get_nice_name(e) for e in env_names])
 196     pl.xlim(-0.25, len(envs))
 197     pl.title("Operating system preference by environment")
 198     pl.ylabel("Fraction of submissions")
 199     pl.savefig('%s/ospref_by_env.png' % destdir, format='png', dpi=80)
 200
 201
 202 def mkpic_submissions_per_key(db, destdir, key, title, sortby='name',
 203                             multiple=False):
 204     counts = db.get_counts(key)
 205     pl.figure(figsize=(6.4, 4.8))
 206     pl.title(title)
 207     if not len(counts):
 208         pl.text(.5, .5, "[Insufficient data for this figure]",
 209                 horizontalalignment='center')
 210         pl.axis('off')
 211     else:
 212         # sort by name
 213         if sortby == 'name':
 214             stats = sorted(counts.items(), cmp=lambda x, y: cmp(x[0], y[0]))
 215         elif sortby == 'count':
 216             stats = sorted(counts.items(), cmp=lambda x, y: cmp(x[1], y[1]))[::-1]
 217         else:
 218             raise ValueError("Specify either name or count for sortby")
 219         x = np.arange(len(stats))
 220         pl.bar(x + (1./8), [s[1] for s in stats], width=0.75, color = '#008200')
 221         pl.xticks(x + 0.5,  ['' for s in stats])
 222         for i, s in enumerate(stats):
 223             pl.text(i+.5, 0.1, db.get_nice_name(s[0]), rotation=90,
 224                     horizontalalignment='center',
 225                     verticalalignment='bottom',
 226                     bbox=dict(facecolor='white', alpha=0.8, edgecolor='white'))
 227         pl.xlim(0, len(stats))
 228         yl = "Number of submissions"
 229         if multiple:
 230             yl += "\n(multiple choices per submission possible)"
 231         pl.ylabel(yl)
 232     pl.savefig('%s/submissions_per_%s.png' % (destdir, key), format='png', dpi=80)
 233
 234
 235 def mkpic_resources(db, destdir):
 236     res = db.get_counts('software_resource')
 237     res = res.items()
 238     x = np.arange(len(res))
 239     pl.figure(figsize=(6.4, 4.8))
 240     pl.title('Software resources')
 241     pl.bar(x + (1./8), [s[1] for s in res], width=0.75, color = '#008200')
 242     pl.xticks(x + 0.5,  ['' for s in res])
 243     for i, s in enumerate(res):
 244         pl.text(i+.5, 0.1, db.get_nice_name(s[0]), rotation=90,
 245                 horizontalalignment='center',
 246                 verticalalignment='bottom',
 247                 bbox=dict(facecolor='white', alpha=0.8, edgecolor='white'))
 248     pl.ylabel('Number of submissions')
 249     pl.savefig('%s/software_resources.png' % destdir, format='png', dpi=80)
 250
 251 def mkpic_software(db, destdir):
 252     for typ in sw_categories.keys():
 253         mkpic_submissions_per_key(
 254             db, destdir, 'sw_%s' % typ,
 255             title="Software popularity: %s" % db.get_nice_name(typ),
 256             sortby='name')
 257
 258 def mkpic_rating_by_os(db, env, items, destdir, title):
 259     pl.figure(figsize=(6.4, 4.8))
 260     for i, os in enumerate(os_order):
 261         ratings = [db.select_match(env,
 262                         os_family[os]).get_not_none('%s' % (it,))[0]
 263                             for it in items]
 264         plot_bars(ratings, offset=((i+1)*0.2)-0.1, color=os_colors[i],
 265                   title=title, ylabel="Mean rating", label=db.get_nice_name(os))
 266     pl.ylim((0,3))
 267     pl.xlim((0,len(items)))
 268     pl.yticks((0, 3), ['Disagree', 'Agree'], rotation=90)
 269     pl.xticks(np.arange(len(items))+0.5, [i[-2:] for i in items],
 270               horizontalalignment='center')
 271     pl.legend(loc='lower right')
 272     pl.savefig('%s/ratings_%s.png' % (destdir, env), format='png', dpi=80)
 273
 274
 275 def main(srcdir, destdir):
 276     db = DB(srcdir)
 277     if not os.path.exists(destdir):
 278         os.makedirs(destdir)
 279
 280     mkpic_submissions_per_key(
 281         db, destdir, 'bg_datamod', sortby='count',
 282         title='Submissions per data modality\n(multiple choices per submission possible)')
 283
 284     mkpic_submissions_per_key(
 285         db, destdir, 'bg_position', title='Submissions per position', sortby='count')
 286
 287     mkpic_submissions_per_key(
 288         db, destdir, 'bg_country', title='Submissions per country', sortby='count')
 289
 290     mkpic_submissions_per_key(
 291         db, destdir, 'bg_employer', title='Submissions per venue', sortby='count')
 292
 293     for pic in [mkpic_os_per_env, mkpic_software,
 294                 mkpic_resources]:
 295         pic(db, destdir)
 296     mkpic_rating_by_os(db, 'pers_os', ['pers_r%i' % i for i in range(1, 9)], destdir,
 297                        "Ratings: Personal environment")
 298     mkpic_rating_by_os(db, 'man_os', ['man_r%i' % i for i in range(1, 5)], destdir,
 299                        "Ratings: Managed environment")
 300     mkpic_rating_by_os(db, 'virt_host_os', ['virt_r%i' % i for i in range(1, 4)], destdir,
 301                        "Ratings: Virtual environment (by host OS)")
 302     # submission stats: this is RST
 303     statsfile = open('%s/stats.txt' % destdir, 'w')
 304     statsfile.write('::\n\n  Number of submissions: %i\n' % len(db))
 305     statsfile.write('  Statistics last updated: %s\n\n' \
 306             % time.strftime('%A, %B %d %Y, %H:%M:%S UTC', time.gmtime()))
 307     statsfile.close()
 308
 309 if __name__ == '__main__':
 310     main(sys.argv[1], sys.argv[2])