src/toolkit/bamtools_sort.h

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   2 // bamtools_sort.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 7 April 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Sorts a BAM file
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #ifndef BAMTOOLS_SORT_H
  11 #define BAMTOOLS_SORT_H
  12
  13 #include "bamtools_tool.h"
  14
  15 namespace BamTools {
  16
  17 class SortTool : public AbstractTool {
  18
  19     public:
  20         SortTool(void);
  21         ~SortTool(void);
  22
  23     public:
  24         int Help(void);
  25         int Run(int argc, char* argv[]);
  26
  27     private:
  28         struct SortSettings;
  29         SortSettings* m_settings;
  30
  31         struct SortToolPrivate;
  32         SortToolPrivate* m_impl;
  33 };
  34
  35 } // namespace BamTools
  36
  37 #endif // BAMTOOLS_SORT_H