src/README.txt

   1 Notes for compiling PAML on UNIX systems, including MAC OS X\r
   2 \r
   3 Ziheng Yang (z.yang@ucl.ac.uk)\r
   4 Last updated, 10 December 2003\r
   5 \r
   6 \r
   7 Instructions for compiling \r
   8 ==========================\r
   9 \r
  10 Method I\r
  11 \r
  12 Use the Makefile.  The default Makefile is for UNIX/Linux/OSX.  \r
  13 \r
  14    make\r
  15 \r
  16    cp baseml basemlg codeml evolver pamp yn00 mcmctree chi2 ..\r
  17    rm *.o\r
  18    cd ..\r
  19 \r
  20 On some systems you might have to edit the Makefile and change a few\r
  21 flags at the beginning of the file.\r
  22 \r
  23 To compile using MSVC++, use Makefile.MSVC:\r
  24    nmake -f Makefile.MSVC\r
  25 \r
  26 \r
  27 Method II\r
  28 \r
  29 You can also compile the programs from the command line.  Here are the\r
  30 commands for the cc and gcc compilers.  You might have to recombine\r
  31 the different choices (cc vs. gcc, -fast vs. -O2 or -O3, and with or\r
  32 without -lm).  Make sure you turn on some optimization options (-O2,\r
  33 -O3, -fast, etc.) as otherwise the code can be several times slower.\r
  34 Below are a few possibilities.\r
  35 \r
  36 (2a) MAC OS X Developer's Toolkit\r
  37 \r
  38 cc -O2 -o baseml baseml.c tools.c -lm\r
  39 cc -O2 -o basemlg basemlg.c tools.c -lm\r
  40 cc -O2 -o codeml codeml.c tools.c -lm\r
  41 cc -O2 -o pamp pamp.c tools.c -lm\r
  42 cc -O2 -o mcmctree mcmctree.c tools.c -lm\r
  43 cc -O2 -o evolver evolver.c tools.c -lm\r
  44 cc -O2 -o yn00 yn00.c tools.c -lm\r
  45 cc -O2 -o chi2 chi2.c -lm\r
  46 \r
  47 \r
  48 (2b) gcc compiler\r
  49 \r
  50 gcc -O3 -o baseml baseml.c tools.c\r
  51 gcc -O3 -o basemlg basemlg.c tools.c\r
  52 gcc -O3 -o codeml codeml.c tools.c\r
  53 gcc -O3 -o pamp pamp.c tools.c\r
  54 gcc -O3 -o mcmctree mcmctree.c tools.c\r
  55 gcc -O3 -o evolver evolver.c tools.c\r
  56 gcc -O3 -o yn00 yn00.c tools.c \r
  57 gcc -O3 -o chi2 chi2.c \r
  58 \r
  59 (2c) UNIX cc compiler\r
  60 \r
  61 cc -fast -o baseml baseml.c tools.c -lm\r
  62 cc -fast -o basemlg basemlg.c tools.c -lm\r
  63 cc -fast -o codeml codeml.c tools.c -lm\r
  64 cc -fast -o pamp pamp.c tools.c -lm\r
  65 cc -fast -o mcmctree mcmctree.c tools.c -lm\r
  66 cc -fast -o evolver evolver.c tools.c -lm\r
  67 cc -fast -o yn00 yn00.c tools.c -lm\r
  68 cc -fast -o chi2 chi2.c -lm\r
  69 \r
  70 \r
  71 // End of file\r
  72 \r