sphinx/vm.rst

   1 Standard Debian install
   2
   3 hostname: neurodebian
   4 domain: ''
   5
   6 all file in one partition
   7
   8 root: not there
   9 user: brain
  10 pwd: neurodebian
  11
  12
  13 Do a minimal install
  14 --------------------
  15
  16 All files in one partition/
  17 just base system, run selection, but no tasks (not even 'Standard system')
  18
  19
  20 install new stuff
  21 -----------------
  22
  23 Add sources.list for backports and neurodebian
  24 wget -O /etc/apt/sources.list.d/neuro.debian.net.list http://neuro.debian.net/_static/neurodebian.lenny.us.sources.list
  25 echo "deb http://www.backports.org/debian lenny-backports main contrib non-free" >> /etc/apt/sources.list.d/backports.org.list
  26 wget -O - http://backports.org/debian/archive.key | apt-key add -
  27 wget -O - http://neuro.debian.net/_static/neuro.debian.net.asc | apt-key add -
  28
  29 install kernel 2.6.27 (or later) from backports to have support for OpenGL
  30 direct rendering in VirtualBox
  31 (and deinstall the old one, after a successfull reboot)
  32
  33 # a basic desktop
  34 aptitude install \
  35  alacarte desktop-base evince file-roller gcalctool gdm gksu gnome-core
  36  gnome-keyring gnome-utils gnome-volume-manager gnome-mount gthumb
  37  bash-completion less mc gnome-themes etckeeper git-core gitk ntpdate
  38
  39 # cleanup unwanted stuff
  40 # video drivers (all but vesa)
  41 aptitude purge $(apt-cache search --names-only --installed xserver-xorg-video | grep xserver-xorg-video | cut -d ' ' -f 1,1) xserver-xorg-video-vesa+
  42 # random stuff
  43 aptitude purge radeontool sound-juicer
  44
  45 # setup etckeeper
  46 etckeeper init
  47
  48 # prepare for kernel module building (guest additions)
  49 aptitude install module-assistant
  50 module-assistant prepare
  51 bash /media/cdrom/VBoxLinuxAdditions-amd64.run (need 2.6.27+ kernel for direct rendering)
  52
  53 #make sure that xorg.conf has 'vboxvideo' as device driver and also
  54 echo "vboxvideo" >> /etc/modules
  55
  56 # make user brain allowed to execute sudo without a password
  57 adduser brain sudo
  58 visudo
  59 # and uncomment the respective line at the end of the file
  60 # (make sure there is nothing below it)
  61
  62 # configure shared folders
  63 mkdir /mnt/host
  64 mount -t vboxsf host /mnt/host
  65 # better put the following into the session startup config of the user
  66 sudo mount -t vboxsf -o defaults,uid=brain,gid=brain host /mnt/host
  67
  68
  69 # neuro-stuff
  70 aptitude install afni afni-atlases amide caret dicomnifti fsl fsl-atlases lipsia
  71  minc-tools odin psychopy python-mvpa python-pyepl
  72
  73 # general scientifically useful stuff
  74 aptitude install ipython python-h5py
  75
  76
  77 user config
  78 -----------
  79 # put use home dir in git to be able to track changes
  80 git init
  81
  82 mkdir -p /home/brain/.config/backgrounds
  83 cp /mnt/host/.config/awesome/hotbrain.png /home/brain/.config/backgrounds/
  84
  85 #change menu icon
  86 sudo cp /mnt/host/hacking/neurodebian/artwork/icon.svg /usr/share/icons/Mist/scalable/places/start-here.svg
  87
  88
  89 Deploy
  90 ------
  91
  92 # shrink VDI image by writting to a new (unfragmented) image
  93 # target VDI needs to have proper partition table and MBR
  94
  95 # clone HDD
  96 #dd if=dev/hda of=/dev/hdb bs=512 count=1
  97 # fixing bits extended partition is empty -> create swap partition
  98 #fdisk /dev/hdb
  99 #mkswap /dev/hdb5
 100 #mkfs.ext3 -m 1 /dev/hdb1
 101 #tune2fs -c 100 /dev/hdb1
 102
 103
 104 cd /tmp
 105 cp /home/neurodebian/vm/nd_plainpartition.vdi nd_hdd.vdi
 106 mkdir -p vbdev/src vbdev/dest vbmnt/src vbmnt/dest
 107
 108 # get access to disks inside the VDIs
 109 sudo vdfuse -f /home/neurodebian/vm/nd_master.vdi vbdev/src/
 110 sudo vdfuse -f nd_hdd.vdi vbdev/dest/
 111
 112
 113
 114 # mount partititions
 115 sudo mount -o loop vbdev/src/Partition1 vbmnt/src
 116 sudo mount -o loop vbdev/dest/Partition1 vbmnt/dest
 117
 118 # now extract files from src, filter, and move to dest
 119 sudo rsync -xaHD --delete \
 120   --exclude=dev \
 121   --exclude=proc \
 122   --exclude=tmp \
 123   --exclude=var/cache/apt \
 124   --exclude=var/log/* \
 125   --exclude=etc/.git \
 126   --exclude=home/brain/.git \
 127   --exclude=var/lib/apt/lists \
 128   vbmnt/src/ vbmnt/dest/
 129
 130 sudo umount vbmnt/dest
 131 sudo umount vbmnt/src
 132 sudo umount vbdev/dest
 133 sudo umount vbdev/src
 134