sphinx/vm-notes.txt

   1 Standard Debian install
   2
   3 hostname: neurodebian
   4 domain: ''
   5
   6 all file in one partition
   7
   8 root: not there
   9 user: brain
  10 pwd: neurodebian
  11
  12
  13 Do a minimal install
  14 --------------------
  15
  16 All files in one partition/
  17 just base system, run selection, but no tasks (not even 'Standard system')
  18
  19
  20 install new stuff
  21 -----------------
  22
  23 Add sources.list for backports and neurodebian
  24 wget -O /etc/apt/sources.list.d/neuro.debian.net.list http://neuro.debian.net/_static/neurodebian.lenny.us.sources.list
  25 echo "deb http://www.backports.org/debian lenny-backports main contrib non-free" >> /etc/apt/sources.list.d/backports.org.list
  26 wget -O - http://backports.org/debian/archive.key | apt-key add -
  27 wget -O - http://neuro.debian.net/_static/neuro.debian.net.asc | apt-key add -
  28
  29 install kernel 2.6.27 (or later) from backports to have support for OpenGL
  30 direct rendering in VirtualBox
  31 (and deinstall the old one, after a successfull reboot)
  32
  33 # a basic desktop
  34 aptitude install \
  35  alacarte desktop-base evince file-roller gcalctool gdm gksu gnome-core
  36  gnome-keyring gnome-utils gnome-volume-manager gnome-mount gthumb
  37  bash-completion less mc gnome-themes etckeeper git-core gitk ntpdate
  38  alsa-utils
  39
  40 # install network manager applet
  41 # but we don't want to have all the openvpn stuff that pull in an armada of
  42 # things: I did it by hand in aptitude
  43
  44 # cleanup unwanted stuff
  45 # video drivers (all but vesa)
  46 aptitude purge $(apt-cache search --names-only --installed xserver-xorg-video | grep xserver-xorg-video | cut -d ' ' -f 1,1) xserver-xorg-video-vesa+
  47 # random stuff
  48 aptitude purge radeontool sound-juicer
  49
  50 # setup etckeeper
  51 etckeeper init
  52
  53 # prepare for kernel module building (guest additions)
  54 aptitude install module-assistant
  55 module-assistant prepare
  56 # note guest additions for 3.1.2 are broken, use 3.1.0
  57 bash /media/cdrom/VBoxLinuxAdditions-x86.run (need 2.6.27+ kernel for direct rendering)
  58 #make sure that xorg.conf has 'vboxvideo' as device driver and also
  59 echo "vboxvideo" >> /etc/modules
  60
  61 # make user brain allowed to execute sudo without a password
  62 adduser brain sudo
  63 visudo
  64 # and uncomment the respective line at the end of the file
  65 # (make sure there is nothing below it)
  66
  67 # configure shared folders
  68 mkdir /mnt/host
  69 mount -t vboxsf host /mnt/host
  70 # better put the following into the session startup config of the user
  71 # stupid wrapping into bash line to workaround a silly bug in Virtualbox additions
  72 bash -c "cd /; sudo mount -t vboxsf -o defaults,uid=brain,gid=brain host /mnt/host"
  73
  74
  75 # neuro-stuff
  76 aptitude install afni afni-atlases amide caret dicomnifti fsl fsl-atlases lipsia
  77  minc-tools odin psychopy python-mvpa python-pyepl python-mvpa-doc
  78
  79 # general scientifically useful stuff
  80 aptitude install ipython python-h5py vim-python
  81
  82 # next step purge network interface config to give the power to network manager
  83 # important
  84 adduser brain netdev
  85
  86
  87 user config
  88 -----------
  89 # put use home dir in git to be able to track changes
  90 git init
  91
  92 mkdir -p /home/brain/.config/backgrounds
  93 cp /mnt/host/.config/awesome/hotbrain.png /home/brain/.config/backgrounds/
  94
  95 #change menu icon
  96 sudo cp /mnt/host/hacking/neurodebian/artwork/icon.svg /usr/share/icons/Mist/scalable/places/start-here.svg
  97
  98
  99 Deploy
 100 ------
 101
 102 # shrink VDI image by writting to a new (unfragmented) image
 103 # target VDI needs to have proper partition table and MBR
 104 # simplest solution: clonezilla
 105
 106 # clean up the master COPY
 107 cp ~/vm/nd_master.vdi /tmp/nd_master.vdi
 108 cd /tmp
 109 mkdir -p vbdev vbmnt
 110 # get access to disks inside the VDIs
 111 sudo vdfuse -f nd_master.vdi vbdev
 112 # mount partitition
 113 sudo mount -o loop vbdev/Partition1 vbmnt
 114
 115 # remove cruft
 116 # package cache
 117 sudo find vbmnt/var/cache/apt/archives/ -name '*.deb' -delete
 118 sudo rm vbmnt/var/cache/apt/*.bin
 119 # device files -- udev restores them
 120 sudo rm -rf vbmnt/dev/*
 121 # tmp
 122 sudo rm -rf vbmnt/tmp/*
 123 # log files
 124 sudo find vbmnt/var/log -type f -delete
 125 # apt lists
 126 sudo find vbmnt/var/lib/apt -type f -name '*debian*' -o -type f -name '*list*' -delete
 127 # history
 128 sudo rm vbmnt/root/.bash_history
 129 sudo rm vbmnt/home/brain/.bash_history
 130
 131 # unmount filesystem
 132 sudo umount vbmnt
 133 # zero out empty space
 134 sudo zerofree -v vbdev/Partition1
 135 # close whole VDI
 136 sudo umount vbdev
 137
 138 # compact VDI
 139 # THIS NEEDS TO BE DONE ON A VDI THAT IS REGISTERED WITH VIRTUALBOX
 140 VBoxManage modifyhd nd_master.vdi --compact
 141