sphinx/quotes-nihr01.rst

   1 .. Generated on Tue Feb  1 12:05:45 EST 2011
   2 .. Do not edit directly
   3
   4 Quotes from NIH R01 grant proposal letters of recommendation
   5 ============================================================
   6
   7 .. note::
   8    Only the quotes which were approved for redistribution by the original
   9    authors are included.
  10
  11
  12
  13 .. quote::
  14    :author: Prof. Thomas J. Grabowski, Jr.
  15    :affiliation: Director, Integrated Brain Imaging Center, University of Washington, Seattle, Washington, USA
  16    :date: 2010-09-16
  17    :tags:  lofs, speed, frontier
  18    :group: Research institutions
  19
  20    [...] software for neuroimage processing evolves rapidly and heterogeneously. It is a challenge for research organizations to remain current  [...] In this context we have begun to use the NeuroDebian repository  [...] We hope that this service will continue with an expanded scope  [...]
  21
  22
  23 .. quote::
  24    :author: Prof. Daniel Y. Kimberg
  25    :affiliation: Core Director, Data Processing Facility, Center for Functional Neuroimaging, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA
  26    :date: 2010-09-08
  27    :tags:  lofs, software distribution, quality, reproducibility, practices, impact
  28    :group: Research institutions
  29
  30    The approach taken with NeuroDebian is plainly the most appropriate approach to software distribution for the dominant platform in brain image analysis, and I have great confidence that this project will be a major asset to the neuroscience community in facilitating the distribution of stable software, improving the reliability and replicability of analyses, and in helping to improve software development practices.
  31
  32
  33 .. quote::
  34    :author: Prof. Bennett Landman
  35    :affiliation: Director of the Center for Computational Imaging, Vanderbilt University Institute of Image Science, Nashville, Tennessee, USA
  36    :date: 2010-08-31
  37    :tags:  lofs, software distribution, quality
  38    :group: Research institutions
  39
  40    NeuroDebian provides an excellent platform for software distribution [...]
  41
  42
  43 .. quote::
  44    :author: Prof. Barak A. Pearlmutter
  45    :affiliation: Hamilton Institute, NUI Maynooth, Co. Kildare, Ireland
  46    :date: 2010-09-07
  47    :tags:  lofs, software distribution, sharing, money, speed
  48    :group: Research institutions
  49
  50    Having common software stacks makes sharing much easier, potentially (and silently) saving enormous amounts of money and effort and dramatically increasing efficiently and productivity in not one, but many labs. NeuroDebian is of particular utility in these regards.
  51
  52
  53 .. quote::
  54    :author: Prof. Russell A. Poldrack
  55    :affiliation: Director, Imaging Research Center, University of Texas at Austin, Texas, USA
  56    :date: 2010-08-31
  57    :tags:  lofs, breadth, impact
  58    :group: Research institutions
  59
  60    I think that the idea of a common platform that supports a broad range of computational needs for neuroscientists is wonderful, and I am very impressed with the work that you have done so far in the NeuroDebian project.
  61
  62
  63 .. quote::
  64    :author: Dr. Bertrand Thirion
  65    :affiliation: Head of the Parietal research group at Neurospin, Gif sur Yvette, France
  66    :date: 2010-09-08
  67    :tags:  lofs, breadth
  68    :group: Research institutions
  69
  70    [NeuroDebian is] extremely useful in providing state of the art solutions to numerous standard problems encountered in the analysis of our complex data.
  71
  72
  73 .. quote::
  74    :author: Tiziano Zito
  75    :affiliation: IT system administrator, Bernstein Center for Computational Neuroscience, Berlin, Germany
  76    :date: 2010-09-02
  77    :tags:  lofs, software distribution, frontier
  78    :group: Research institutions
  79
  80    NeuroDebian project made our library available to an unprecedented number of users  [...] as a system administrator, I rely on NeuroDebian for setting up and keeping up-to-date the software installed on the numerous clients and servers used by more than 150 scientists
  81
  82
  83 .. quote::
  84    :author: Dr. Matthew Brett
  85    :affiliation: Specialist researcher, Helen Wills Neuroscience Institute, University of California, Berkeley, USA
  86    :date: 2010-09-02
  87    :tags:  lofs, practices, team, sharing
  88    :group: Research software projects
  89
  90    [...] your team are ideally placed to make this system work. I have worked with Yaroslav Halchenko and Michael Hanke.  [...] Their record on working together as a team, and individually, is easy to find, and speaks for itself.  Their demonstrated combination of seemingly inexhaustible energy, openness and skill has been of enormous benefit to our own project and community.
  91
  92
  93 .. quote::
  94    :author: Prof. Bruce Fischl
  95    :affiliation: Director, Computational Core at Martinos Center at Massachusetts General Hospital, Charlestown, Massachusetts, USA
  96    :date: 2010-09-10
  97    :tags:  lofs, perspective, software distribution
  98    :group: Research software projects
  99
 100    Having FreeSurfer integrated into the Debian operating system by the NeuroDebian team would have enormous benefits for us, and for the thousands of users of FreeSurfer across the world.
 101
 102
 103 .. quote::
 104    :author: Dr. Satrajit Ghosh
 105    :affiliation: Research scientist, Research Laboratory of Electronics, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, USA
 106    :date: 2010-09-06
 107    :tags:  lofs, software distribution
 108    :group: Research software projects
 109
 110    In creating a source repository for distribution of common neuroimaging tools, NeuroDebian has filled a gaping void. It is an incredibly useful resource that we have been relying on at MIT for installation of software.
 111
 112
 113 .. quote::
 114    :author: Valentin Haenel
 115    :affiliation: Psignifit and pyoptical developer, Modellierung Kognitiver Prozesse, Technische Universität, Berlin, Germany
 116    :date: 2010-09-17
 117    :tags:  lofs, reproducibility
 118    :group: Research software projects
 119
 120    [ [...] The] only way to conduct reliable and reproducible science is to use open source software [...]. NeuroDebian is by far the most advanced undertaking for such a scientific approach in the neuroscience community.
 121
 122
 123 .. quote::
 124    :author: Dr. Thies Jochimsen
 125    :affiliation: Post-doctoral researcher, Medical Physics Group, Department of Diagnostic and Interventional Radiology, University Hospital Jena, Jena, Germany
 126    :date: 2010-09-02
 127    :tags:  lofs, team, software distribution, mentorship
 128    :group: Research software projects
 129
 130    [...] distributing the software via NeuroDebian generates valuable feedback which is indispensable for the development of free software. When working with the NeuroDebian team in the past, I have found their members to be very cooperative,    target-oriented and responsive.
 131
 132
 133 .. quote::
 134    :author: Dr. Gabriele Lohmann
 135    :affiliation: Lipsia lead developer, Department of Neurophysics, Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences, Leipzig, Germany
 136    :date: 2010-09-13
 137    :tags:  lofs
 138    :group: Research software projects
 139
 140    It [NeuroDebian] has been and continues to be of great value in all of our projects [...]
 141
 142
 143 .. quote::
 144    :author: Valerio Lucio
 145    :affiliation:  Manager Information Systems, Center for Brain Imaging, New York University, New York City, USA
 146    :date: 2010-09-01
 147    :tags:  lofs, contributions, Debian
 148    :group: Research software projects
 149
 150    The dinifti tool was one of the first to appear in Debian and ever since it's inclusion in the distribution, I have received invaluable feedback from the Debian community
 151
 152
 153 .. quote::
 154    :author: Dr. Eilif Muller
 155    :affiliation: Post-doctoral researcher, Brain Mind Institute, EPFL, Lausanne, Switzerland
 156    :date: 2010-09-09
 157    :tags:  lofs, reproducibility, standartization, breadth
 158    :group: Research software projects
 159
 160    I am constantly aware that software packaging and supporting user needs on diverse platforms represents a severe burden for developers. The NeuroDebian software platform addresses these problems for a good fraction of production environments in the field, while contributing to research reproducibility through software standardization.
 161
 162
 163 .. quote::
 164    :author: Prof. Jonathan Peirce
 165    :affiliation: School of Psychology, University of Nottingham, Nottingham, UK
 166    :date: 2010-09-06
 167    :tags:  lofs, money, impact
 168    :group: Research software projects
 169
 170    Having such a group of experts [NeuroDebian developers] that search for open-source software solutions, refine them and then make them trivially easy for users to install and try out is of absolutely invaluable benefit to the research community and to the funding bodies that would, otherwise, be paying much larger sums in commercial software licensing fees.
 171
 172
 173 .. quote::
 174    :author: Dr. Ariel Rokem
 175    :affiliation: NiTime developer, Helen Wills Neuroscience Institute, University of California, Berkeley, USA
 176    :date: 2010-09-15
 177    :tags:  lofs, frontier, contributions, speed, standartization, dissemination
 178    :group: Research software projects
 179
 180    NeuroDebian is playing a key role in the creation of an ``eco-system'' of open-source solutions for neuroscience  [...] The standards and practices disseminated by the NeuroDebian project allowed me to start using this tool [PsychoPy] efficiently and rapidly and to contribute back to the project within a few months.
 181
 182
 183 .. quote::
 184    :author: Prof. Stephen M. Smith
 185    :affiliation: Associate Director, Centre for Functional Magnetic, Resonance Imaging of the Brain University of Oxford, Oxford, UK
 186    :date: 2010-09-01
 187    :tags:  lofs, contributions, support, Debian
 188    :group: Research software projects
 189
 190    Since 2007 we completely rely on the NeuroDebian project to provide users of the Debian/Ubuntu platform with FSL software packages and corresponding technical support.  [...] we have received a continuous stream of bug fixes and improvements that have been developed by members of the Debian community.  [...] we were able to benefit from work of people that would not otherwise contribute to the development of FSL – without any additional investment of my lab, but solely due to FSL’s presence in the Debian archive.
 191
 192
 193 .. quote::
 194    :author: Paolo Avesani
 195    :affiliation: Neuroinformatics Laboratory, Center for Mind/Brain sciences -CIMEC-, University of Trento, Trento, Italy
 196    :date: 2010-09-15
 197    :tags:  lofs, money
 198    :group: Individual laboratories and researchers
 199
 200    It [NeuroDebian] is of great advantage for the management of the computers of the lab because NeuroDebian allows to reduce the system administration costs.
 201
 202
 203 .. quote::
 204    :author: John A. Clithero
 205    :affiliation: Ph.D. student, Center for Cognitive Neuroscience, Duke University, Durham, North Carolina, USA
 206    :date: 2010-09-08
 207    :tags:  lofs, support
 208    :group: Individual laboratories and researchers
 209
 210    Both the software and online support forums provided by NeuroDebian have been invaluable for my machine-learning studies of fMRI data.
 211
 212
 213 .. quote::
 214    :author: Scott Gorlin
 215    :affiliation: Ph.D. student, Department of Brain and Cognitive Science Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, USA
 216    :date: 2010-09-16
 217    :tags:  lofs, speed, quality
 218    :group: Individual laboratories and researchers
 219
 220    I am writing this letter in support of the NeuroDebian team, whose efforts at producing high-quality free, open-source software have been invaluable to my graduate research.
 221
 222
 223 .. quote::
 224    :author: Dr. Attila Krajcsi
 225    :affiliation: Lecturer, Cognitive Psychology Department, Eötvös University, Hungary
 226    :date: 2010-09-06
 227    :tags:  lofs, speed
 228    :group: Individual laboratories and researchers
 229
 230    [NeuroDebian is] an extremely time saving solution
 231
 232
 233 .. quote::
 234    :author: Kaunitz Lisandro Nicolas
 235    :affiliation: Center for Mind/Brain sciences -CIMEC-, University of Trento, Trento, Italy
 236    :date: 2010-09-09
 237    :tags:  lofs
 238    :group: Individual laboratories and researchers
 239
 240    [We] find it [NeuroDebian] to be the best tool for running classifiers on our neuroimaging data (EEG and MEG).
 241
 242
 243 .. quote::
 244    :author: Dr. Emanuele Olivetti
 245    :affiliation: Center for Information Technology, Bruno Kessler Foundation, Trento, Italy
 246    :date: 2010-09-09
 247    :tags:  lofs, speed
 248    :group: Individual laboratories and researchers
 249
 250    NeuroDebian has a major impact within our laboratory as quick and rich research environment for all our projects.
 251
 252
 253 .. quote::
 254    :author: Dr. Giuseppe Pagnoni
 255    :affiliation: Dipartimento di Scienze Biomediche, Università degli studi di Modena e Reggio Emilia, Modena, Italy
 256    :date: 2010-09-07
 257    :tags:  lofs
 258    :group: Individual laboratories and researchers
 259
 260    We consider NeuroDebian to be a truly commendable effort and an invaluable asset for the neuroimaging community.
 261
 262
 263 .. quote::
 264    :author: Prof. Stefan Pollmann
 265    :affiliation: Lehrstuhl für Allgemeine Psychologie, Otto-von-Guericke Universität, Magdeburg, Germany
 266    :date: 2010-09-02
 267    :tags:  lofs, money
 268    :group: Individual laboratories and researchers
 269
 270    My lab is using NeuroDebian for almost five years now  [...] The minimal maintenance cost allow us to operate our research and computing infrastructure  [...] even without a dedicated system administrator. Consequently, these resources could be invested into scientific personnel instead.
 271
 272
 273 .. quote::
 274    :author: Dr. Daqiang Sun
 275    :affiliation: Post-doctoral researcher, Department of Psychology, University of California, Los Angeles, USA
 276    :date: 2010-09-15
 277    :tags:  lofs, speed
 278    :group: Individual laboratories and researchers
 279
 280    It [NeuroDebian] is and will continue to be invaluable in our multiple NIH-funded research projects.  NeuroDebian nicely takes care of the burden of software deployment and management on my computers and allows me to concentrate on the imaging analysis itself [...]
 281
 282
 283 .. quote::
 284    :author: Dr. Gaël Varoquaux
 285    :affiliation: Parietal project, INRIA, Neurospin research center, Gif sur Yvette, France
 286    :date: 2010-09-01
 287    :tags:  lofs, reproducibility, dissemination
 288    :group: Individual laboratories and researchers
 289
 290    The availability of a common platform [NeuroDebian] for many different neuroimaging software solutions makes it much easier to compare solutions and pick the tool of choice for a given research problem.
 291
 292
 293 .. quote::
 294    :author: Dr. Roberto Viviani
 295    :affiliation: Department of Psychiatry and Psychotherapy III, University of Ulm, Germany
 296    :date: 2010-09-15
 297    :tags:  lofs, dissemination
 298    :group: Individual laboratories and researchers
 299
 300    Our research would be considerably more difficult without necessary software solutions transparently provided and supported by the NeuroDebian project.
 301
 302 .. quote::
 303    :author: Patrik Andersson
 304    :affiliation: Image Sciences Institute, University Medical Center Utrecht, the Netherlands
 305    :date: 2011-06-15
 306    :tags: lofs, vm
 307    :group: Individual laboratories and researchers
 308
 309    I have been using NeuroDebian for my work on multivariate classification of fMRI data [...] It is of great value, because I have access to both Windows and Debian OS on my laptop, where I do all my analysis.
 310
 311 .. quote::
 312    :author: Dr. Felipe Picon
 313    :affiliation: Child and Adolescent Psychiatrist, Department of Psychiatry of Federal University of Rio Grande do Su, Porto Alegre, RS, Brazil
 314    :date: 2011-06-15
 315    :tags: lofs, ease
 316    :group: Individual laboratories and researchers
 317
 318    We have been relying on NeuroDebian [...] for our work on Adult ADHD neuroimaging and find it to be very useful.
 319
 320 .. quote::
 321    :author: Dr. Bhavani Shankara Bagepally
 322    :affiliation: Department of Psychiatry, National Institute of Mental Health And Neruosciences (NIMHANS), Bangalore, India
 323    :tags: lofs, ease
 324    :group: Individual laboratories and researchers
 325
 326    Neuroscience software [...] easily available at a single point with hastle free installation and easy updating.
 327
 328 .. quote::
 329    :author: Dr. C. J. Werner
 330    :affiliation: Clinical and Cognitive Neuroscience, Dept. of Neurology, University Hospital RWTH Aachen, Germany
 331    :date: 2011-06-15
 332    :tags: lofs, vm, teaching
 333    :group: Individual laboratories and researchers
 334
 335    [NeuroDebian] makes my lectures on neuroimaging much more convenient and ``hands-on'' by deploying virtual machines on student's laptops [...] a quick, elegant and cost-free solution, enabling students to work on real fMRI data in no time.
 336
 337 .. quote::
 338    :author: Dr. Peter U. Tse
 339    :affiliation: Associate Professor, Psychology and Brain Sciences Department, Dartmouth College, Hanover, USA
 340    :date: 2011-06-16
 341    :tags: lofs, team
 342    :group: Individual laboratories and researchers
 343
 344    [...] vibrant NeuroDebian team [...]  has been a great asset [...] showing their knowledge of methodological developments in the neuroscience field and making us aware of recent technological advances we could benefit from in our research.