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   1 .. Generated on Fri Oct 22 13:05:28 EDT 2010
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   5    :author: Prof. Thomas J. Grabowski, Jr.
   6    :affiliation: Director, Integrated Brain Imaging Center, University of Washington, Seattle, Washington, USA
   7    :date: 2010-09-16
   8    :tags:  lofs, speed, frontier
   9    :group: Research institutions
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  11    [...] software for neuroimage processing evolves rapidly and heterogeneously. It is a challenge for research organizations to remain current  [...] In this context we have begun to use the NeuroDebian repository  [...] We hope that this service will continue with an expanded scope  [...]
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  15    :author: Prof. Daniel Y. Kimberg
  16    :affiliation: Core Director, Data Processing Facility, Center for Functional Neuroimaging, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA
  17    :date: 2010-09-08
  18    :tags:  lofs, software distribution, quality, reproducibility, practices, impact
  19    :group: Research institutions
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  21    The approach taken with NeuroDebian is plainly the most appropriate approach to software distribution for the dominant platform in brain image analysis, and I have great confidence that this project will be a major asset to the neuroscience community in facilitating the distribution of stable software, improving the reliability and replicability of analyses, and in helping to improve software development practices.
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  25    :author: Prof. Bennett Landman
  26    :affiliation: Director of the Center for Computational Imaging, Vanderbilt University Institute of Image Science, Nashville, Tennessee, USA
  27    :date: 2010-08-31
  28    :tags:  lofs, software distribution, quality
  29    :group: Research institutions
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  31    NeuroDebian provides an excellent platform for software distribution [...]
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  35    :author: Prof. Barak A. Pearlmutter
  36    :affiliation: Hamilton Institute, NUI Maynooth, Co. Kildare, Ireland
  37    :date: 2010-09-07
  38    :tags:  lofs, software distribution, sharing, money, speed
  39    :group: Research institutions
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  41    Having common software stacks makes sharing much easier, potentially (and silently) saving enormous amounts of money and effort and dramatically increasing efficiently and productivity in not one, but many labs. NeuroDebian is of particular utility in these regards.
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  45    :author: Prof. Russell A. Poldrack
  46    :affiliation: Director, Imaging Research Center, University of Texas at Austin, Texas, USA
  47    :date: 2010-08-31
  48    :tags:  lofs, breadth, impact
  49    :group: Research institutions
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  51    I think that the idea of a common platform that supports a broad range of computational needs for neuroscientists is wonderful, and I am very impressed with the work that you have done so far in the NeuroDebian project.
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  55    :author: Dr. Bertrand Thirion
  56    :affiliation: Head of the Parietal research group at Neurospin, Gif sur Yvette, France
  57    :date: 2010-09-08
  58    :tags:  lofs, breadth
  59    :group: Research institutions
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  61    [NeuroDebian is] extremely useful in providing state of the art solutions to numerous standard problems encountered in the analysis of our complex data.
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  65    :author: Tiziano Zito
  66    :affiliation: IT system administrator, Bernstein Center for Computational Neuroscience, Berlin, Germany
  67    :date: 2010-09-02
  68    :tags:  lofs, software distribution, frontier
  69    :group: Research institutions
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  71    NeuroDebian project made our library available to an unprecedented number of users  [...] as a system administrator, I rely on NeuroDebian for setting up and keeping up-to-date the software installed on the numerous clients and servers used by more than 150 scientists
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  75    :author: Dr. Matthew Brett
  76    :affiliation: Specialist researcher, Helen Wills Neuroscience Institute, University of California, Berkeley, USA
  77    :date: 2010-09-02
  78    :tags:  lofs, practices, team, sharing
  79    :group: Research software projects
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  81    [...] your team are ideally placed to make this system work. I have worked with Yaroslav Halchenko and Michael Hanke.  [...] Their record on working together as a team, and individually, is easy to find, and speaks for itself.  Their demonstrated combination of seemingly inexhaustible energy, openness and skill has been of enormous benefit to our own project and community.
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  85    :author: Prof. Bruce Fischl
  86    :affiliation: Director, Computational Core at Martinos Center at Massachusetts General Hospital, Charlestown, Massachusetts, USA
  87    :date: 2010-09-10
  88    :tags:  lofs, perspective, software distribution
  89    :group: Research software projects
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  91    Having FreeSurfer integrated into the Debian operating system by the NeuroDebian team would have enormous benefits for us, and for the thousands of users of FreeSurfer across the world.
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  95    :author: Dr. Satrajit Ghosh
  96    :affiliation: Research scientist, Research Laboratory of Electronics, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, USA
  97    :date: 2010-09-06
  98    :tags:  lofs, software distribution
  99    :group: Research software projects
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 101    In creating a source repository for distribution of common neuroimaging tools, NeuroDebian has filled a gaping void. It is an incredibly useful resource that we have been relying on at MIT for installation of software.
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 105    :author: Valentin Haenel
 106    :affiliation: Psignifit and pyoptical developer, Modellierung Kognitiver Prozesse, Technische Universität, Berlin, Germany
 107    :date: 2010-09-17
 108    :tags:  lofs, reproducibility
 109    :group: Research software projects
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 111    [ [...] The] only way to conduct reliable and reproducible science is to use open source software [...]. NeuroDebian is by far the most advanced undertaking for such a scientific approach in the neuroscience community.
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 115    :author: Dr. Thies Jochimsen
 116    :affiliation: Post-doctoral researcher, Medical Physics Group, Department of Diagnostic and Interventional Radiology, University Hospital Jena, Jena, Germany
 117    :date: 2010-09-02
 118    :tags:  lofs, team, software distribution, mentorship
 119    :group: Research software projects
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 121    [...] distributing the software via NeuroDebian generates valuable feedback which is indispensable for the development of free software. When working with the NeuroDebian team in the past, I have found their members to be very cooperative,    target-oriented and responsive.
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 125    :author: Dr. Gabriele Lohmann
 126    :affiliation: Lipsia lead developer, Department of Neurophysics, Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences, Leipzig, Germany
 127    :date: 2010-09-13
 128    :tags:  lofs
 129    :group: Research software projects
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 131    It [NeuroDebian] has been and continues to be of great value in all of our projects [...]
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 135    :author: Valerio Lucio
 136    :affiliation:  Manager Information Systems, Center for Brain Imaging, New York University, New York City, USA
 137    :date: 2010-09-01
 138    :tags:  lofs, contributions, Debian
 139    :group: Research software projects
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 141    The dinifti tool was one of the first to appear in Debian and ever since it's inclusion in the distribution, I have received invaluable feedback from the Debian community
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 145    :author: Dr. Eilif Muller
 146    :affiliation: Post-doctoral researcher, Brain Mind Institute, EPFL, Lausanne, Switzerland
 147    :date: 2010-09-09
 148    :tags:  lofs, reproducibility, standartization, breadth
 149    :group: Research software projects
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 151    I am constantly aware that software packaging and supporting user needs on diverse platforms represents a severe burden for developers. The NeuroDebian software platform addresses these problems for a good fraction of production environments in the field, while contributing to research reproducibility through software standardization.
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 155    :author: Prof. Jonathan Peirce
 156    :affiliation: School of Psychology, University of Nottingham, Nottingham, UK
 157    :date: 2010-09-06
 158    :tags:  lofs, money, impact
 159    :group: Research software projects
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 161    Having such a group of experts [NeuroDebian developers] that search for open-source software solutions, refine them and then make them trivially easy for users to install and try out is of absolutely invaluable benefit to the research community and to the funding bodies that would, otherwise, be paying much larger sums in commercial software licensing fees.
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 165    :author: Dr. Ariel Rokem
 166    :affiliation: NiTime developer, Helen Wills Neuroscience Institute, University of California, Berkeley, USA
 167    :date: 2010-09-15
 168    :tags:  lofs, frontier, contributions, speed, standartization, dissemination
 169    :group: Research software projects
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 171    NeuroDebian is playing a key role in the creation of an ``eco-system'' of open-source solutions for neuroscience  [...] The standards and practices disseminated by the NeuroDebian project allowed me to start using this tool [PsychoPy] efficiently and rapidly and to contribute back to the project within a few months.
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 175    :author: Prof. Stephen M. Smith
 176    :affiliation: Associate Director, Centre for Functional Magnetic, Resonance Imaging of the Brain University of Oxford, Oxford, UK
 177    :date: 2010-09-01
 178    :tags:  lofs, contributions, support, Debian
 179    :group: Research software projects
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 181    Since 2007 we completely rely on the NeuroDebian project to provide users of the Debian/Ubuntu platform with FSL software packages and corresponding technical support.  [...] we have received a continuous stream of bug fixes and improvements that have been developed by members of the Debian community.  [...] we were able to benefit from work of people that would not otherwise contribute to the development of FSL – without any additional investment of my lab, but solely due to FSL’s presence in the Debian archive.
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 185    :author: Paolo Avesani
 186    :affiliation: Neuroinformatics Laboratory, Center for Mind/Brain sciences -CIMEC-, University of Trento, Trento, Italy
 187    :date: 2010-09-15
 188    :tags:  lofs, money
 189    :group: Individual laboratories and researchers
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 191    It [NeuroDebian] is of great advantage for the management of the computers of the lab because NeuroDebian allows to reduce the system administration costs.
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 195    :author: John A. Clithero
 196    :affiliation: Ph.D. student, Center for Cognitive Neuroscience, Duke University, Durham, North Carolina, USA
 197    :date: 2010-09-08
 198    :tags:  lofs, support
 199    :group: Individual laboratories and researchers
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 201    Both the software and online support forums provided by NeuroDebian have been invaluable for my machine-learning studies of fMRI data.
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 204 .. quote::
 205    :author: Scott Gorlin
 206    :affiliation: Ph.D. student, Department of Brain and Cognitive Science Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, USA
 207    :date: 2010-09-16
 208    :tags:  lofs, speed, quality
 209    :group: Individual laboratories and researchers
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 211    I am writing this letter in support of the NeuroDebian team, whose efforts at producing high-quality free, open-source software have been invaluable to my graduate research.
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 214 .. quote::
 215    :author: Dr. Attila Krajcsi
 216    :affiliation: Lecturer, Cognitive Psychology Department, Eötvös University, Hungary
 217    :date: 2010-09-06
 218    :tags:  lofs, speed
 219    :group: Individual laboratories and researchers
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 221    [NeuroDebian is] an extremely time saving solution
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 224 .. quote::
 225    :author: Kaunitz Lisandro Nicolas
 226    :affiliation: Center for Mind/Brain sciences -CIMEC-, University of Trento, Trento, Italy
 227    :date: 2010-09-09
 228    :tags:  lofs
 229    :group: Individual laboratories and researchers
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 231    [We] find it [NeuroDebian] to be the best tool for running classifiers on our neuroimaging data (EEG and MEG).
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 234 .. quote::
 235    :author: Dr. Emanuele Olivetti
 236    :affiliation: Center for Information Technology, Bruno Kessler Foundation, Trento, Italy
 237    :date: 2010-09-09
 238    :tags:  lofs, speed
 239    :group: Individual laboratories and researchers
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 241    NeuroDebian has a major impact within our laboratory as quick and rich research environment for all our projects.
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 244 .. quote::
 245    :author: Dr. Giuseppe Pagnoni
 246    :affiliation: Dipartimento di Scienze Biomediche, Università degli studi di Modena e Reggio Emilia, Modena, Italy
 247    :date: 2010-09-07
 248    :tags:  lofs
 249    :group: Individual laboratories and researchers
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 251    We consider NeuroDebian to be a truly commendable effort and an invaluable asset for the neuroimaging community.
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 254 .. quote::
 255    :author: Prof. Stefan Pollmann
 256    :affiliation: Lehrstuhl für Allgemeine Psychologie, Otto-von-Guericke Universität, Magdeburg, Germany
 257    :date: 2010-09-02
 258    :tags:  lofs, money
 259    :group: Individual laboratories and researchers
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 261    My lab is using NeuroDebian for almost five years now  [...] The minimal maintenance cost allow us to operate our research and computing infrastructure  [...] even without a dedicated system administrator. Consequently, these resources could be invested into scientific personnel instead.
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 264 .. quote::
 265    :author: Dr. Daqiang Sun
 266    :affiliation: Post-doctoral researcher, Department of Psychology, University of California, Los Angeles, USA
 267    :date: 2010-09-15
 268    :tags:  lofs, speed
 269    :group: Individual laboratories and researchers
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 271    It [NeuroDebian] is and will continue to be invaluable in our multiple NIH-funded research projects.  NeuroDebian nicely takes care of the burden of software deployment and management on my computers and allows me to concentrate on the imaging analysis itself [...]
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 274 .. quote::
 275    :author: Dr. Gaël Varoquaux
 276    :affiliation: Parietal project, INRIA, Neurospin research center, Gif sur Yvette, France
 277    :date: 2010-09-01
 278    :tags:  lofs, reproducibility, dissemination
 279    :group: Individual laboratories and researchers
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 281    The availability of a common platform [NeuroDebian] for many different neuroimaging software solutions makes it much easier to compare solutions and pick the tool of choice for a given research problem.
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 284 .. quote::
 285    :author: Dr. Roberto Viviani
 286    :affiliation: Department of Psychiatry and Psychotherapy III, University of Ulm, Germany
 287    :date: 2010-09-15
 288    :tags:  lofs, dissemination
 289    :group: Individual laboratories and researchers
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 291    Our research would be considerably more difficult without necessary software solutions transparently provided and supported by the NeuroDebian project.
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