sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***********************************************
   4  Welcome to the Debian Neuroscience Repository
   5 ***********************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 This repository provides mostly neuroscience-related packages to be used on
  11 Debian_ systems (or Debian-derivatives like Ubuntu_). It contains both unofficial
  12 or prospective packages which are not (yet) available from the main Debian_
  13 archive, as well as backported or simply rebuilt packages also available
  14 elsewhere. Please see the :ref:`faq` for more information about the goals of
  15 this project, and :ref:`read what people say about it <testimonials>`.
  16 Take a look at the :ref:`list of our current and planned projects <projects>` if
  17 you want to get involved. If you appreciate this service, please |spread|.
  18
  19 .. note::
  20
  21   This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  22   works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  23   please `report <#contacts>`_ them.
  24
  25
  26 .. raw:: html
  27
  28  <p>
  29  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  30  <a href="datasets.html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  31  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  32  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  33  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  34  <a href="feeds/blog.xml"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider feed" /></a>
  35  </p>
  36
  37 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  38
  39 .. _news:
  40
  41 News
  42 ====
  43
  44 .. raw:: html
  45
  46  <script src="http://widgets.twimg.com/j/2/widget.js"></script>
  47  <script>
  48  new TWTR.Widget({
  49    version: 2,
  50    type: 'profile',
  51    rpp: 15,
  52    interval: 6000,
  53    width: 'auto',
  54    height: 150,
  55    theme: {
  56      shell: {
  57        background: '#898989',
  58        color: '#ffffff'
  59      },
  60      tweets: {
  61        background: '#ffffff',
  62        color: '#000000',
  63        links: '#82032f'
  64      }
  65    },
  66    features: {
  67      scrollbar: true,
  68      loop: false,
  69      live: false,
  70      hashtags: true,
  71      timestamp: true,
  72      avatars: false,
  73      behavior: 'all'
  74    }
  75  }).render().setUser('NeuroDebian').start();
  76  </script>
  77
  78 Follow us on identi.ca_ or twitter_ to subscribe to the NeuroDebian news.
  79
  80 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  81 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  82
  83 .. _repository_howto:
  84
  85
  86
  87 How to use this repository
  88 ==========================
  89
  90 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  91 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  92 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  93 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  94 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  95
  96 .. include:: sources_lists
  97
  98 Once this is done, you have to update the package index. Use your favorite
  99 package manager, e.g. synaptic, adept. In the terminal you can use
 100 :command:`apt-get` to achieve this::
 101
 102   sudo apt-get update
 103
 104 Now, you can install packages, e.g.::
 105
 106   sudo apt-get install mricron
 107
 108 .. note::
 109
 110   Not every package is available for all distributions/releases. For information
 111   about which package version is available for which release and architecture,
 112   please have a look at the corresponding package pages.
 113
 114
 115 .. _chap_installation:
 116
 117 Ways to use NeuroDebian
 118 =======================
 119
 120 Virtual machine
 121 ---------------
 122
 123 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 124 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 125 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 126 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 127 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 128 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 129 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 130 computer lab.
 131
 132
 133 Debian installation
 134 -------------------
 135
 136 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 137 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 138 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 139 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 140 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 141 hardware architecture and then simply add |repos|.
 142
 143
 144 .. _chap_team:
 145
 146
 147 The team
 148 ========
 149
 150 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 151 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 152 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 153 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 154 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 155 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 156 to formally join the forces of
 157
 158 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 159 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 160
 161 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 162 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 163 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 164 for all their work.
 165
 166 .. _support:
 167
 168 Contacts
 169 ========
 170
 171 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 172 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 173 exist not only to provide user-support but also to establish
 174 communication channels within the NeuroDebian community
 175
 176 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 177
 178 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 179   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 180   to update you with summaries of recent relevant developments in
 181   Debian project
 182
 183 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 184   NeuroDebian development
 185
 186
 187 Acknowledgements
 188 ================
 189
 190 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 191 Italian espresso <coffeeart>`.
 192
 193 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 194
 195 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 196
 197 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 198   *[us-nh]* (primary mirror)
 199 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 200   *[de]*
 201 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 202 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 203 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 204   *[us-tn]*
 205
 206 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 207
 208 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 209 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 210 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 211 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 212 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 213
 214
 215 Publications
 216 ============
 217
 218 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 219 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 220 Neuroscience*, San Diego, USA.
 221
 222 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 223 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 224 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster to be presented at the
 225 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 226
 227 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 228 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 229 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 230 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 231 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 232
 233 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 234 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 235 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 236 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 237
 238 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 239 statistical learning, and open-source software to make research more
 240 efficient, more open, and more fun
 241 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 242 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 243
 244 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 245 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 246
 247
 248 .. toctree::
 249    :hidden:
 250
 251    faq
 252    pkgs
 253    spread
 254    vm
 255    coffeeart
 256    photoalbum
 257    projects
 258    testimonials
 259
 260 .. probably should be purged altogether
 261 .. toctree::
 262    :hidden:
 263
 264    booth_sfn2010
 265    datasets
 266    livecd
 267    quotes-nihr01
 268    quotes-nitrc
 269    sources_lists
 270    vm_welcome
 271
 272 .. include:: link_names.txt
 273 .. include:: substitutions.txt