sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***************************************************
   4  Welcome to the Ultimate Platform for Neuroscience
   5 ***************************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 The NeuroDebian project provides a turnkey platform for neuroscience
  11 through integrating of related software within the Debian_ operating
  12 system.  If you are using neuroscience-related software which
  13 comes with you installation of Debian_ or its derivative, such as
  14 Ubuntu_, good chance is that you are already *using NeuroDebian*.
  15
  16 This website provides an additional repository with both unofficial
  17 or prospective packages which are not (yet) available from the main
  18 Debian_ archive, as well as backported or simply rebuilt newest
  19 versions of packages.
  20 NeuroDebian serves as an "upstream" to some :ref:`derivative
  21 <chap_derivatives>` projects.
  22 Please see the :ref:`faq` for more information
  23 about the goals of this project, and :ref:`read what people say about
  24 it <testimonials>`.  Take a look at the :ref:`list of our current and
  25 planned projects <projects>` if you want to get involved. If you
  26 appreciate this service, please |spread|.
  27 This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  28 works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  29 please `report <#contacts>`_ them.
  30
  31 .. raw:: html
  32
  33  <p>
  34  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  35  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  36  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  37  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  38  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  39  <a href="derivatives.html"><img border="0" src="_static/derivatives.png" title="NeuroDebian Derivatives" /></a>
  40  <a href="blog/index.html"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider Blog" /></a>
  41  </p>
  42
  43 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  44
  45 .. _news:
  46
  47 News
  48 ====
  49
  50 .. raw:: html
  51
  52  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  53  <div id="identica_widget"></div>
  54  <script type="text/javascript">
  55  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  56                                    {service: 'identi.ca',
  57                                     mode: 'user_timeline',
  58                                     limit: 10,
  59                                     rate: 300000});
  60  </script>
  61
  62 For more news and information see our :ref:`blog <blog>`. Older news items are
  63 available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_ (preferred) or twitter_ to
  64 subscribe to the NeuroDebian news.
  65
  66 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  67 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  68
  69 .. _repository_howto:
  70
  71
  72
  73 How to use this repository
  74 ==========================
  75
  76 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  77 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  78 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  79 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  80 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  81
  82 .. include:: sources_lists
  83
  84 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  85 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  86 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  87
  88   sudo apt-get update
  89   sudo apt-get install mricron
  90
  91 .. note::
  92
  93   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  94   about which package version is available for which release and architecture,
  95   please have a look at the corresponding package pages.
  96
  97 .. raw:: html
  98
  99  <p><img border="0" src="_files/nd_subscriptionstats.png" title="Statistics of new repository subscriptions for all supported releases. Note: subscription is only done once per machine." /></p>
 100
 101 Popularity Contest
 102 ------------------
 103
 104 We encourage you to participate in the `popularity
 105 contest <http://popcon.debian.org>`_ (popcon), which anonymously
 106 collects the list of packages you installed/use on your system.
 107 Collecting such statistics is of particular importance for research
 108 software projects as a prove of an existing user-base.  If upon
 109 installation of the system you rejected the invitation to participate
 110 you can always change your decision by running::
 111
 112  sudo dpkg-reconfigure popularity-contest
 113
 114 .. note::
 115
 116    If you are deploying multiple systems through cloning, to not have
 117    all systems considered as one, it would be necessary to re-generate
 118    the random MY_HOSTID.  Following commands ran as root should do it
 119    (as root) without any interactive dialog::
 120
 121     sed -i -e 's,PARTICIPATE *= *.no.,PARTICIPATE="yes",g' -e '/^ *MY_HOSTID/d' /etc/popularity-contest.conf
 122     DEBIAN_FRONTEND=noninteractive dpkg-reconfigure popularity-contest
 123
 124 In addition to popcon pages for your "core" distribution (e.g. `Debian
 125 <http://popcon.debian.org/>`__ or `Ubuntu
 126 <http://popcon.ubuntu.com/>`__) you can see/get statistics for
 127 submissions to `NeuroDebian <http://neuro.debian.net/popcon/>`__ and
 128 know that you are already contributing back to the community.
 129
 130 .. _chap_installation:
 131
 132 Ways to use NeuroDebian
 133 =======================
 134
 135 Virtual machine
 136 ---------------
 137
 138 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 139 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 140 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 141 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 142 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 143 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 144 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 145 computer lab.
 146
 147
 148 Debian installation
 149 -------------------
 150
 151 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 152 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 153 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 154 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 155 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 156 hardware architecture and then simply add |repos|.
 157
 158
 159 .. _chap_team:
 160
 161
 162 The team
 163 ========
 164
 165 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 166 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 167 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 168 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 169 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 170 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 171 to formally join the forces of
 172
 173 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 174 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 175
 176 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 177 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 178 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 179 for all their work.
 180
 181 .. _support:
 182
 183 Contacts
 184 ========
 185
 186 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 187 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 188 exist not only to provide user-support but also to establish
 189 communication channels within the NeuroDebian community
 190
 191 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 192
 193 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 194   among developers of neuroscience software.  We also use it
 195   to update you with summaries of recent relevant developments in
 196   Debian project
 197
 198 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 199   NeuroDebian development
 200
 201 You are welcome also to join #neurodebian IRC room on OFTC network if
 202 you have quick questions or want to join a live discussion.
 203
 204 Acknowledgements
 205 ================
 206
 207 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 208 Italian espresso <coffeeart>`.
 209
 210 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 211
 212 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 213
 214 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 215   *[us-nh]* (primary mirror)
 216 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 217   *[de]*
 218 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 219 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 220 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 221   *[us-tn]*
 222 * `Australia's research and education network (AARNET)
 223   <http://www.aarnet.edu.au>`_ *[au]*
 224 * Kiyotaka Nemoto (AKA Mr. Lin4Neuro_) *[jp]*
 225 * Iaroslav Iurchenko *[ua]*
 226
 227 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 228
 229 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 230 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 231 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 232 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 233 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 234
 235
 236 Publications
 237 ============
 238
 239 Halchenko, Y.O. & Hanke, M. (2012). `Environments for efficient
 240 contemporary research in neuroimaging: PyMVPA and NeuroDebian
 241 <_files/HalchenkoHanke_ContemporaryNeuroimaging_PENN2012.pdf>`_.
 242 *Talk given at the University of Pennsylvania School of Medicine*,
 243 Philadelphia, PA, USA.
 244
 245 Hanke, M. (2012). `Rock solid, brand new, everyday, for free, not a joke:
 246 NeuroDebian <_files/Hanke_NeuroDebian_MPI2012.pdf>`_.
 247 *Talk given at the Max-Planck-Institute for Human Cognitive and Brain
 248 Sciences*, Leipzig, Germany.
 249
 250 Hanke, M. (2011). `More than batteries included: NeuroDebian
 251 <_files/Hanke_NeuroDebian_EuroSciPy2011.pdf>`_.
 252 *Talk given at the Python in Neuroscience satellite of EuroScipy 2011*,
 253 Paris, France.
 254
 255 Halchenko, Y. O. (2011). `π's in Debian or Scientific Debian: NumPy, SciPy and beyond
 256 <_files/Halchenko_EuroScipy11_3_14s_in_Debian.pdf>`_.
 257 *Talk given at* `EuroScipy 2011 <http://www.euroscipy.org/talk/4379>`_,
 258 Paris, France.
 259
 260 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2011). `Neuroscience runs on GNU/Linux
 261 <http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2011.00008/full>`_.
 262 *Frontiers in Neuroinformatics, 5:8*.
 263
 264 Hanke, M., Halchenko, Y. O. & Haxby, J. V. (2011). `NeuroDebian -- versatile
 265 platform for brain-imaging research <_files/NeuroDebian_HBM2011.png>`_
 266 *Poster presented at the annual meeting of the Organisation for Human Brain
 267 Mapping*, Quebec City, Canada.
 268
 269 Hanke, M. (2011). `Integrating Condor into the Debian operating system
 270 <_files/Hanke_CondorDebianIntegration_CondorWeek2011.pdf>`_.
 271 *Talk given at* `CondorWeek 2011
 272 <http://www.cs.wisc.edu/condor/CondorWeek2011/wednesday_condor.html>`_,
 273 Madison, Wisconsin, USA.
 274
 275 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 276 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 277 Neuroscience*, San Diego, USA.
 278
 279 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 280 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 281 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster presented at the
 282 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 283
 284 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 285 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 286 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 287 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 288 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 289
 290 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 291 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 292 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 293 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 294
 295 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 296 statistical learning, and open-source software to make research more
 297 efficient, more open, and more fun
 298 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 299 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 300
 301 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 302 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 303
 304
 305 .. toctree::
 306    :hidden:
 307
 308    blog/index
 309    faq
 310    pkgs
 311    spread
 312    vm
 313    coffeeart
 314    photoalbum
 315    projects
 316    testimonials
 317
 318 .. probably should be purged altogether
 319 .. toctree::
 320    :hidden:
 321
 322    booth_sfn2010
 323    datasets
 324    livecd
 325    quotes-nihr01
 326    quotes-nitrc
 327    sources_lists
 328    vm_welcome
 329
 330 .. include:: link_names.txt
 331 .. include:: substitutions.txt