sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***************************************************
   4  Welcome to the Ultimate Platform for Neuroscience
   5 ***************************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 The NeuroDebian project provides a turnkey platform for neuroscience
  11 through integrating of related software within the Debian_ operating
  12 system.  If you are using neuroscience-related software which
  13 comes with you installation of Debian_ or its derivative, such as
  14 Ubuntu_, good chance is that you are already *using NeuroDebian*.
  15
  16 This website provides an additional repository with both unofficial
  17 or prospective packages which are not (yet) available from the main
  18 Debian_ archive, as well as backported or simply rebuilt newest
  19 versions of packages.
  20 NeuroDebian serves as an "upstream" to some :ref:`derivative
  21 <chap_derivatives>` projects.
  22 Please see the :ref:`faq` for more information
  23 about the goals of this project, and :ref:`read what people say about
  24 it <testimonials>`.  Take a look at the :ref:`list of our current and
  25 planned projects <projects>` if you want to get involved. If you
  26 appreciate this service, please |spread|.
  27 This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  28 works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  29 please `report <#contacts>`_ them.
  30
  31 .. raw:: html
  32
  33  <p>
  34  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  35  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  36  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  37  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  38  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  39  <a href="blog/index.html"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider Blog" /></a>
  40  </p>
  41
  42 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  43
  44 .. _news:
  45
  46 News
  47 ====
  48
  49 .. raw:: html
  50
  51  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  52  <div id="identica_widget"></div>
  53  <script type="text/javascript">
  54  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  55                                    {service: 'identi.ca',
  56                                     mode: 'user_timeline',
  57                                     limit: 10,
  58                                     rate: 300000});
  59  </script>
  60
  61 For more news and information see our :ref:`blog <blog>`. Older news items are
  62 available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_ (preferred) or twitter_ to
  63 subscribe to the NeuroDebian news.
  64
  65 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  66 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  67
  68 .. _repository_howto:
  69
  70
  71
  72 How to use this repository
  73 ==========================
  74
  75 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  76 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  77 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  78 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  79 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  80
  81 .. include:: sources_lists
  82
  83 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  84 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  85 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  86
  87   sudo apt-get update
  88   sudo apt-get install mricron
  89
  90 .. note::
  91
  92   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  93   about which package version is available for which release and architecture,
  94   please have a look at the corresponding package pages.
  95
  96 .. raw:: html
  97
  98  <p><img border="0" src="_files/nd_subscriptionstats.png" title="Statistics of new repository subscriptions for all supported releases. Note: subscription is only done once per machine." /></p>
  99
 100 Popularity Contest
 101 ------------------
 102
 103 We encourage you to participate in the `popularity
 104 contest <http://popcon.debian.org>`_ (popcon), which anonymously
 105 collects the list of packages you installed/use on your system.
 106 Collecting such statistics is of particular importance for research
 107 software projects as a prove of an existing user-base.  If upon
 108 installation of the system you rejected the invitation to participate
 109 you can always change your decision by running::
 110
 111  sudo dpkg-reconfigure popularity-contest
 112
 113 .. note::
 114
 115    If you are deploying multiple systems through cloning, to not have
 116    all systems considered as one, it would be necessary to re-generate
 117    the random MY_HOSTID.  Following commands ran as root should do it
 118    (as root) without any interactive dialog::
 119
 120     sed -i -e 's,PARTICIPATE *= *.no.,PARTICIPATE="yes",g' -e '/^ *MY_HOSTID/d' /etc/popularity-contest.conf
 121     DEBIAN_FRONTEND=noninteractive dpkg-reconfigure popularity-contest
 122
 123 In addition to popcon pages for your "core" distribution (e.g. `Debian
 124 <http://popcon.debian.org/>`__ or `Ubuntu
 125 <http://popcon.ubuntu.com/>`__) you can see/get statistics for
 126 submissions to `NeuroDebian <http://neuro.debian.net/popcon/>`__ and
 127 know that you are already contributing back to the community.
 128
 129 .. _chap_installation:
 130
 131 Ways to use NeuroDebian
 132 =======================
 133
 134 Virtual machine
 135 ---------------
 136
 137 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 138 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 139 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 140 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 141 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 142 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 143 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 144 computer lab.
 145
 146
 147 Debian installation
 148 -------------------
 149
 150 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 151 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 152 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 153 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 154 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 155 hardware architecture and then simply add |repos|.
 156
 157
 158 .. _chap_team:
 159
 160
 161 The team
 162 ========
 163
 164 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 165 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 166 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 167 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 168 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 169 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 170 to formally join the forces of
 171
 172 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 173 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 174
 175 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 176 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 177 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 178 for all their work.
 179
 180 .. _support:
 181
 182 Contacts
 183 ========
 184
 185 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 186 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 187 exist not only to provide user-support but also to establish
 188 communication channels within the NeuroDebian community
 189
 190 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 191
 192 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 193   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 194   to update you with summaries of recent relevant developments in
 195   Debian project
 196
 197 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 198   NeuroDebian development
 199
 200 You are welcome also to join #neurodebian IRC room on OFTC network if
 201 you have quick questions or want to join a live discussion.
 202
 203 Acknowledgements
 204 ================
 205
 206 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 207 Italian espresso <coffeeart>`.
 208
 209 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 210
 211 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 212
 213 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 214   *[us-nh]* (primary mirror)
 215 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 216   *[de]*
 217 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 218 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 219 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 220   *[us-tn]*
 221 * `Australia's research and education network (AARNET)
 222   <http://www.aarnet.edu.au>`_ *[au]*
 223 * Kiyotaka Nemoto (AKA Mr. Lin4Neuro_) *[jp]*
 224
 225 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 226
 227 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 228 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 229 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 230 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 231 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 232
 233
 234 Publications
 235 ============
 236
 237 Halchenko, Y.O. & Hanke, M. (2012). `Environments for efficient
 238 contemporary research in neuroimaging: PyMVPA and NeuroDebian
 239 <_files/HalchenkoHanke_ContemporaryNeuroimaging_PENN2012.pdf>`_.
 240 *Talk given at the University of Pennsylvania School of Medicine*,
 241 Philadelphia, PA, USA.
 242
 243 Hanke, M. (2012). `Rock solid, brand new, everyday, for free, not a joke:
 244 NeuroDebian <_files/Hanke_NeuroDebian_MPI2012.pdf>`_.
 245 *Talk given at the Max-Planck-Institute for Human Cognitive and Brain
 246 Sciences*, Leipzig, Germany.
 247
 248 Hanke, M. (2011). `More than batteries included: NeuroDebian
 249 <_files/Hanke_NeuroDebian_EuroSciPy2011.pdf>`_.
 250 *Talk given at the Python in Neuroscience satellite of EuroScipy 2011*,
 251 Paris, France.
 252
 253 Halchenko, Y. O. (2011). `π's in Debian or Scientific Debian: NumPy, SciPy and beyond
 254 <_files/Halchenko_EuroScipy11_3_14s_in_Debian.pdf>`_.
 255 *Talk given at* `EuroScipy 2011 <http://www.euroscipy.org/talk/4379>`_,
 256 Paris, France.
 257
 258 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2011). `Neuroscience runs on GNU/Linux
 259 <http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2011.00008/full>`_.
 260 *Frontiers in Neuroinformatics, 5:8*.
 261
 262 Hanke, M., Halchenko, Y. O. & Haxby, J. V. (2011). `NeuroDebian -- versatile
 263 platform for brain-imaging research <_files/NeuroDebian_HBM2011.png>`_
 264 *Poster presented at the annual meeting of the Organisation for Human Brain
 265 Mapping*, Quebec City, Canada.
 266
 267 Hanke, M. (2011). `Integrating Condor into the Debian operating system
 268 <_files/Hanke_CondorDebianIntegration_CondorWeek2011.pdf>`_.
 269 *Talk given at* `CondorWeek 2011
 270 <http://www.cs.wisc.edu/condor/CondorWeek2011/wednesday_condor.html>`_,
 271 Madison, Wisconsin, USA.
 272
 273 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 274 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 275 Neuroscience*, San Diego, USA.
 276
 277 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 278 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 279 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster presented at the
 280 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 281
 282 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 283 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 284 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 285 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 286 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 287
 288 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 289 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 290 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 291 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 292
 293 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 294 statistical learning, and open-source software to make research more
 295 efficient, more open, and more fun
 296 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 297 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 298
 299 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 300 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 301
 302
 303 .. toctree::
 304    :hidden:
 305
 306    blog/index
 307    faq
 308    pkgs
 309    spread
 310    vm
 311    coffeeart
 312    photoalbum
 313    projects
 314    testimonials
 315
 316 .. probably should be purged altogether
 317 .. toctree::
 318    :hidden:
 319
 320    booth_sfn2010
 321    datasets
 322    livecd
 323    quotes-nihr01
 324    quotes-nitrc
 325    sources_lists
 326    vm_welcome
 327
 328 .. include:: link_names.txt
 329 .. include:: substitutions.txt