sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***********************************************
   4  Welcome to the Debian Neuroscience Repository
   5 ***********************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 This repository provides mostly neuroscience-related packages to be used on
  11 Debian_ systems (or Debian-derivatives like Ubuntu_). It contains both unofficial
  12 or prospective packages which are not (yet) available from the main Debian_
  13 archive, as well as backported or simply rebuilt packages also available
  14 elsewhere. Please see the :ref:`faq` for more information about the goals of
  15 this project, and :ref:`read what people say about it <testimonials>`.
  16 Take a look at the :ref:`list of our current and planned projects <projects>` if
  17 you want to get involved. If you appreciate this service, please |spread|.
  18
  19 .. note::
  20
  21   This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  22   works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  23   please `report <#contacts>`_ them.
  24
  25
  26 .. raw:: html
  27
  28  <p>
  29  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  30  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  31  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  32  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  33  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  34  <a href="feeds/blog.xml"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider feed" /></a>
  35  </p>
  36
  37 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  38
  39 .. _news:
  40
  41 News
  42 ====
  43
  44 .. raw:: html
  45
  46  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  47  <div id="identica_widget"></div>
  48  <script type="text/javascript">
  49  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  50                                    {service: 'identi.ca',
  51                                     mode: 'user_timeline',
  52                                     limit: 10,
  53                                     rate: 300000});
  54  </script>
  55
  56 Older news items are available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_
  57 (preferred) or twitter_ to subscribe to the NeuroDebian news.
  58
  59 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  60 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  61
  62 .. _repository_howto:
  63
  64
  65
  66 How to use this repository
  67 ==========================
  68
  69 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  70 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  71 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  72 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  73 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  74
  75 .. include:: sources_lists
  76
  77 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  78 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  79 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  80
  81   sudo apt-get update
  82   sudo apt-get install mricron
  83
  84 .. note::
  85
  86   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  87   about which package version is available for which release and architecture,
  88   please have a look at the corresponding package pages.
  89
  90
  91 .. _chap_installation:
  92
  93 Ways to use NeuroDebian
  94 =======================
  95
  96 Virtual machine
  97 ---------------
  98
  99 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 100 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 101 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 102 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 103 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 104 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 105 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 106 computer lab.
 107
 108
 109 Debian installation
 110 -------------------
 111
 112 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 113 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 114 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 115 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 116 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 117 hardware architecture and then simply add |repos|.
 118
 119
 120 .. _chap_team:
 121
 122
 123 The team
 124 ========
 125
 126 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 127 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 128 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 129 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 130 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 131 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 132 to formally join the forces of
 133
 134 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 135 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 136
 137 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 138 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 139 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 140 for all their work.
 141
 142 .. _support:
 143
 144 Contacts
 145 ========
 146
 147 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 148 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 149 exist not only to provide user-support but also to establish
 150 communication channels within the NeuroDebian community
 151
 152 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 153
 154 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 155   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 156   to update you with summaries of recent relevant developments in
 157   Debian project
 158
 159 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 160   NeuroDebian development
 161
 162 You are welcome also to join #neurodebian IRC room on OFTC network if
 163 you have quick questions or want to join a live discussion.
 164
 165 Acknowledgements
 166 ================
 167
 168 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 169 Italian espresso <coffeeart>`.
 170
 171 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 172
 173 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 174
 175 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 176   *[us-nh]* (primary mirror)
 177 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 178   *[de]*
 179 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 180 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 181 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 182   *[us-tn]*
 183
 184 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 185
 186 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 187 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 188 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 189 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 190 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 191
 192
 193 Publications
 194 ============
 195
 196 Hanke, M. (2011). `Integrating Condor into the Debian operating system
 197 <_files/Hanke_CondorDebianIntegration_CondorWeek2011.pdf>`_.
 198 *Talk given at* `CondorWeek 2011
 199 <http://www.cs.wisc.edu/condor/CondorWeek2011/wednesday_condor.html>`_,
 200 Madison, Wisconsin, USA.
 201
 202 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 203 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 204 Neuroscience*, San Diego, USA.
 205
 206 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 207 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 208 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster to be presented at the
 209 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 210
 211 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 212 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 213 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 214 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 215 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 216
 217 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 218 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 219 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 220 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 221
 222 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 223 statistical learning, and open-source software to make research more
 224 efficient, more open, and more fun
 225 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 226 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 227
 228 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 229 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 230
 231
 232 .. toctree::
 233    :hidden:
 234
 235    faq
 236    pkgs
 237    spread
 238    vm
 239    coffeeart
 240    photoalbum
 241    projects
 242    testimonials
 243
 244 .. probably should be purged altogether
 245 .. toctree::
 246    :hidden:
 247
 248    booth_sfn2010
 249    datasets
 250    livecd
 251    quotes-nihr01
 252    quotes-nitrc
 253    sources_lists
 254    vm_welcome
 255
 256 .. include:: link_names.txt
 257 .. include:: substitutions.txt