sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***********************************************
   4  Welcome to the Debian Neuroscience Repository
   5 ***********************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 This repository provides mostly neuroscience-related packages to be used on
  11 Debian_ systems (or Debian-derivatives like Ubuntu_). It contains both unofficial
  12 or prospective packages which are not (yet) available from the main Debian_
  13 archive, as well as backported or simply rebuilt packages also available
  14 elsewhere. Please see the :ref:`faq` for more information about the goals of
  15 this project, and :ref:`read what people say about it <testimonials>`.
  16 Take a look at the :ref:`list of our current and planned projects <projects>` if
  17 you want to get involved. If you appreciate this service, please |spread|.
  18
  19 .. note::
  20
  21   This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  22   works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  23   please `report <#contacts>`_ them.
  24
  25
  26 .. raw:: html
  27
  28  <p>
  29  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  30  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  31  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  32  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  33  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  34  <a href="blog/index.html"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider Blog" /></a>
  35  </p>
  36
  37 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  38
  39 .. _news:
  40
  41 News
  42 ====
  43
  44 .. raw:: html
  45
  46  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  47  <div id="identica_widget"></div>
  48  <script type="text/javascript">
  49  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  50                                    {service: 'identi.ca',
  51                                     mode: 'user_timeline',
  52                                     limit: 10,
  53                                     rate: 300000});
  54  </script>
  55
  56 For more news and information see our :ref:`blog <blog>`. Older news items are
  57 available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_ (preferred) or twitter_ to
  58 subscribe to the NeuroDebian news.
  59
  60 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  61 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  62
  63 .. _repository_howto:
  64
  65
  66
  67 How to use this repository
  68 ==========================
  69
  70 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  71 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  72 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  73 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  74 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  75
  76 .. include:: sources_lists
  77
  78 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  79 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  80 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  81
  82   sudo apt-get update
  83   sudo apt-get install mricron
  84
  85 .. note::
  86
  87   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  88   about which package version is available for which release and architecture,
  89   please have a look at the corresponding package pages.
  90
  91
  92 .. _chap_installation:
  93
  94 Ways to use NeuroDebian
  95 =======================
  96
  97 Virtual machine
  98 ---------------
  99
 100 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 101 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 102 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 103 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 104 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 105 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 106 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 107 computer lab.
 108
 109
 110 Debian installation
 111 -------------------
 112
 113 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 114 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 115 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 116 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 117 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 118 hardware architecture and then simply add |repos|.
 119
 120
 121 .. _chap_team:
 122
 123
 124 The team
 125 ========
 126
 127 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 128 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 129 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 130 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 131 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 132 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 133 to formally join the forces of
 134
 135 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 136 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 137
 138 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 139 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 140 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 141 for all their work.
 142
 143 .. _support:
 144
 145 Contacts
 146 ========
 147
 148 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 149 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 150 exist not only to provide user-support but also to establish
 151 communication channels within the NeuroDebian community
 152
 153 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 154
 155 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 156   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 157   to update you with summaries of recent relevant developments in
 158   Debian project
 159
 160 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 161   NeuroDebian development
 162
 163 You are welcome also to join #neurodebian IRC room on OFTC network if
 164 you have quick questions or want to join a live discussion.
 165
 166 Acknowledgements
 167 ================
 168
 169 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 170 Italian espresso <coffeeart>`.
 171
 172 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 173
 174 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 175
 176 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 177   *[us-nh]* (primary mirror)
 178 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 179   *[de]*
 180 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 181 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 182 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 183   *[us-tn]*
 184
 185 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 186
 187 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 188 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 189 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 190 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 191 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 192
 193
 194 Publications
 195 ============
 196
 197 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2011). `Neuroscience runs on GNU/Linux
 198 <http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2011.00008/full>`_.
 199 *Frontiers in Neuroinformatics, 5:8*.
 200
 201 Hanke, M., Halchenko, Y. O. & Haxby, J. V. (2011). `NeuroDebian -- versatile
 202 platform for brain-imaging research <_files/NeuroDebian_HBM2011.png>`_
 203 *Poster presented at the annual meeting of the Organisation for Human Brain
 204 Mapping*, Quebec City, Canada.
 205
 206 Hanke, M. (2011). `Integrating Condor into the Debian operating system
 207 <_files/Hanke_CondorDebianIntegration_CondorWeek2011.pdf>`_.
 208 *Talk given at* `CondorWeek 2011
 209 <http://www.cs.wisc.edu/condor/CondorWeek2011/wednesday_condor.html>`_,
 210 Madison, Wisconsin, USA.
 211
 212 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 213 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 214 Neuroscience*, San Diego, USA.
 215
 216 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 217 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 218 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster presented at the
 219 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 220
 221 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 222 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 223 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 224 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 225 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 226
 227 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 228 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 229 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 230 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 231
 232 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 233 statistical learning, and open-source software to make research more
 234 efficient, more open, and more fun
 235 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 236 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 237
 238 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 239 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 240
 241
 242 .. toctree::
 243    :hidden:
 244
 245    blog/index
 246    faq
 247    pkgs
 248    spread
 249    vm
 250    coffeeart
 251    photoalbum
 252    projects
 253    testimonials
 254
 255 .. probably should be purged altogether
 256 .. toctree::
 257    :hidden:
 258
 259    booth_sfn2010
 260    datasets
 261    livecd
 262    quotes-nihr01
 263    quotes-nitrc
 264    sources_lists
 265    vm_welcome
 266
 267 .. include:: link_names.txt
 268 .. include:: substitutions.txt