sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 ***************************************************
   4  Welcome to the Ultimate Platform for Neuroscience
   5 ***************************************************
   6
   7 .. quotes::
   8    :random: 1
   9
  10 The NeuroDebian project provides a turnkey platform for neuroscience
  11 through integrating of related software within the Debian_ operating
  12 system.  If you are using neuroscience-related software which
  13 comes with you installation of Debian_ or its derivative, such as
  14 Ubuntu_, good chance is that you are already *using NeuroDebian*.
  15
  16 This website provides an additional repository with both unofficial
  17 or prospective packages which are not (yet) available from the main
  18 Debian_ archive, as well as backported or simply rebuilt newest
  19 versions of packages.  Please see the :ref:`faq` for more information
  20 about the goals of this project, and :ref:`read what people say about
  21 it <testimonials>`.  Take a look at the :ref:`list of our current and
  22 planned projects <projects>` if you want to get involved. If you
  23 appreciate this service, please |spread|.
  24
  25 .. note::
  26
  27   This service is provided "as is". There is no guarantee that a package
  28   works as expected, so use them at your own risk. If you encounter problems,
  29   please `report <#contacts>`_ them.
  30
  31
  32 .. raw:: html
  33
  34  <p>
  35  <a href="pkgs.html"><img border="0" src="_static/package.png" title="Software package list" /></a>
  36  <a href="pkglists/pkgs-by_release-datasets_(data).html"><img border="0" src="_static/datasets.png" title="Dataset package list" /></a>
  37  <a href="vm.html"><img border="0" src="_static/machine.png" title="Get NeuroDebian for your non-Debian computer" /></a>
  38  <a href="debian/pool"><img border="0" src="_static/pool.png" title="Go to the package pool (deep and cold, only for experts)" /></a>
  39  <a href="projects.html"><img border="0" src="_static/workarea.png" title="Current and planned projects: Get involved!" /></a>
  40  <a href="blog/index.html"><img border="0" src="_static/rssfeeds.png" title="NeuroDebian Insider Blog" /></a>
  41  </p>
  42
  43 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  44
  45 .. _news:
  46
  47 News
  48 ====
  49
  50 .. raw:: html
  51
  52  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
  53  <div id="identica_widget"></div>
  54  <script type="text/javascript">
  55  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
  56                                    {service: 'identi.ca',
  57                                     mode: 'user_timeline',
  58                                     limit: 10,
  59                                     rate: 300000});
  60  </script>
  61
  62 For more news and information see our :ref:`blog <blog>`. Older news items are
  63 available on identi.ca_. Follow us on identi.ca_ (preferred) or twitter_ to
  64 subscribe to the NeuroDebian news.
  65
  66 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
  67 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
  68
  69 .. _repository_howto:
  70
  71
  72
  73 How to use this repository
  74 ==========================
  75
  76 To enable the NeuroDebian repository on your system, select your Debian or
  77 Ubuntu release and a repository mirror from the lists below. Upon selection
  78 a short command snippet will be displayed that can be copied and pasted into
  79 a terminal session. These commands will configure the system package manager
  80 with the NeuroDebian repository key and package source information.
  81
  82 .. include:: sources_lists
  83
  84 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  85 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  86 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  87
  88   sudo apt-get update
  89   sudo apt-get install mricron
  90
  91 .. note::
  92
  93   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  94   about which package version is available for which release and architecture,
  95   please have a look at the corresponding package pages.
  96
  97
  98 .. _chap_installation:
  99
 100 Ways to use NeuroDebian
 101 =======================
 102
 103 Virtual machine
 104 ---------------
 105
 106 If you are not running Debian_ on a particular machine a :ref:`chap_vm` is
 107 provided as a convenient testing and evaluation environment.  After a few
 108 simple steps to setup the virtual machine, you will be able to use NeuroDebian_
 109 as an integral part of your existing working environment without any sacrifice.
 110 The virtual machine is also a suitable environment to temporarily deploy
 111 neuroscience software on machines running other operating systems, e.g. for the
 112 purpose of teaching a neuroimaging data analysis course in a multipurpose
 113 computer lab.
 114
 115
 116 Debian installation
 117 -------------------
 118
 119 Having been exposed to the wonders of NeuroDebian_ you are no longer
 120 satisfied with your previous choice of operating system?  We would
 121 recommend installing Debian_ to replace or complement (dual-boot) your
 122 existing OS.  Please visit `"Getting Debian"
 123 <http://www.debian.org/distrib/>`_ to obtain the images for your
 124 hardware architecture and then simply add |repos|.
 125
 126
 127 .. _chap_team:
 128
 129
 130 The team
 131 ========
 132
 133 Our main goal is to provide neuroscience FOSS_ for Debian_. Thus the
 134 whole project would not be possible without the work of over 3,000
 135 Debian_ developers and contributors who are as enthusiastically pursuing
 136 a similar goal.  To add our share -- Debian_ packages of FOSS_ for
 137 neuroscience research -- the `Experimental Psychology Debian packaging
 138 project <http://alioth.debian.org/projects/pkg-exppsy>`_ was created
 139 to formally join the forces of
 140
 141 * `Michael Hanke <http://mih.voxindeserto.de>`_
 142 * `Yaroslav Halchenko <http://www.onerussian.com>`_
 143
 144 A number of packages that are now available from the NeuroDebian repository
 145 were not packaged by our team, but similar Debian teams.  Therefore we want to
 146 express particular gratitude to the `Debian Med`_ and `Debian Science`_ teams
 147 for all their work.
 148
 149 .. _support:
 150
 151 Contacts
 152 ========
 153
 154 `Email us directly <team@neuro.debian.net>`_ with any "private"
 155 communication.  Otherwise please use our public mailing lists, which
 156 exist not only to provide user-support but also to establish
 157 communication channels within the NeuroDebian community
 158
 159 * neurodebian-users_: Discussions and support of NeuroDebian users
 160
 161 * neurodebian-upstream_: General discussions and knowledge sharing
 162   among developers of the neuroscience software.  We will also use it
 163   to update you with summaries of recent relevant developments in
 164   Debian project
 165
 166 * neurodebian-devel_: Technical mailing list for discussions on
 167   NeuroDebian development
 168
 169 You are welcome also to join #neurodebian IRC room on OFTC network if
 170 you have quick questions or want to join a live discussion.
 171
 172 Acknowledgements
 173 ================
 174
 175 We are grateful to `Jim Haxby`_ for his continued support and :ref:`endless supply of
 176 Italian espresso <coffeeart>`.
 177
 178 .. _Jim Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
 179
 180 Thanks to the following institutions and individuals for hosting a mirror:
 181
 182 * `Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College`_
 183   *[us-nh]* (primary mirror)
 184 * `Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg`_
 185   *[de]*
 186 * `Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece`_ *[gr]*
 187 * `Paul Ivanov`_ *[us-ca]*
 188 * `Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt`_
 189   *[us-tn]*
 190
 191 If your are interested in mirroring the repository, please see the :ref:`faq`.
 192
 193 .. _Department of Psychological and Brain Sciences at Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/~psych
 194 .. _Department of Experimental Psychology at the University of Magdeburg: http://apsy.gse.uni-magdeburg.de
 195 .. _Neurobot at Aristotle University of Thessaloniki, Greece: http://neurobot.bio.auth.gr
 196 .. _Paul Ivanov: http://www.pirsquared.org
 197 .. _Medical-image Analysis and Statistical Interpretation lab at Vanderbilt: https://masi.vuse.vanderbilt.edu
 198
 199
 200 Publications
 201 ============
 202
 203 Hanke, M. (2011). `More than batteries included: NeuroDebian
 204 <_files/Hanke_NeuroDebian_EuroSciPy2011.pdf>`_.
 205 *Talk given at the Python in Neuroscience satellite of EuroScipy 2011*,
 206 Paris, France.
 207
 208 Halchenko, Y. O. (2011). `π's in Debian or Scientific Debian: NumPy, SciPy and beyond
 209 <_files/Halchenko_EuroScipy11_3_14s_in_Debian.pdf>`_.
 210 *Talk given at* `EuroScipy 2011 <http://www.euroscipy.org/talk/4379>`_,
 211 Paris, France.
 212
 213 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2011). `Neuroscience runs on GNU/Linux
 214 <http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2011.00008/full>`_.
 215 *Frontiers in Neuroinformatics, 5:8*.
 216
 217 Hanke, M., Halchenko, Y. O. & Haxby, J. V. (2011). `NeuroDebian -- versatile
 218 platform for brain-imaging research <_files/NeuroDebian_HBM2011.png>`_
 219 *Poster presented at the annual meeting of the Organisation for Human Brain
 220 Mapping*, Quebec City, Canada.
 221
 222 Hanke, M. (2011). `Integrating Condor into the Debian operating system
 223 <_files/Hanke_CondorDebianIntegration_CondorWeek2011.pdf>`_.
 224 *Talk given at* `CondorWeek 2011
 225 <http://www.cs.wisc.edu/condor/CondorWeek2011/wednesday_condor.html>`_,
 226 Madison, Wisconsin, USA.
 227
 228 Hanke, M. & Halchenko, Y. O. (2010). :ref:`Report from the Debian booth at
 229 SfN2010 <chap_debian_booth_sfn2010>`. *Annual meeting of the Society for
 230 Neuroscience*, San Diego, USA.
 231
 232 Halchenko, Y. O., Hanke, M., Haxby, J. V., Pollmann, S. & Raizada, R. D.
 233 (2010). `Having trouble getting your Nature paper? Maybe you are not using the
 234 right tools? <_files/NeuroDebian_SfN2010.png>`_ *Poster presented at the
 235 annual meeting of the Society for Neuroscience*, San Diego, USA.
 236
 237 Hanke, M., Halchenko, Y. O. (2010). `Debian: The ultimate platform for
 238 neuroimaging research <_files/HankeHalchenko_NeuroDebianDebConf10.pdf>`_.
 239 *Talk given at* DebConf10_, New York City, USA. [video:
 240 `low resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/low/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_,
 241 `high resolution <http://meetings-archive.debian.net/pub/debian-meetings/2010/debconf10/high/1310_1310_Debian_The_ultimate_platform_for_neuroimaging_research.ogv>`_]
 242
 243 Hanke, M., Halchenko, Y. O., Haxby, J. V. & Pollmann, S. (2010). `Improving
 244 efficiency in cognitive neuroscience research with NeuroDebian
 245 <_files/NeuroDebian_CNS2010.pdf>`_. *Poster presented at the annual
 246 meeting of the Cognitive Neuroscience Society*, Montréal, Canada.
 247
 248 Halchenko, Y. O., Hanke, M. (2009). `An ecosystem of neuroimaging,
 249 statistical learning, and open-source software to make research more
 250 efficient, more open, and more fun
 251 <_files/HalchenkoHanke_FossEcosystemDC09.pdf>`_. *Talk given at*
 252 `Dartmouth College`_, New Hampshire, USA.
 253
 254 .. _DebConf10: http://debconf10.debconf.org/
 255 .. _Dartmouth College: http://www.dartmouth.edu/
 256
 257
 258 .. toctree::
 259    :hidden:
 260
 261    blog/index
 262    faq
 263    pkgs
 264    spread
 265    vm
 266    coffeeart
 267    photoalbum
 268    projects
 269    testimonials
 270
 271 .. probably should be purged altogether
 272 .. toctree::
 273    :hidden:
 274
 275    booth_sfn2010
 276    datasets
 277    livecd
 278    quotes-nihr01
 279    quotes-nitrc
 280    sources_lists
 281    vm_welcome
 282
 283 .. include:: link_names.txt
 284 .. include:: substitutions.txt