sphinx/index.rst

   1 .. _WELCOme:
   2
   3 *************
   4  NeuroDebian
   5 *************
   6
   7 NeuroDebian provides a large collection of popular neuroscience research
   8 software for the Debian_ operating system as well as Ubuntu_ and other
   9 derivatives. Popular packages include FSL, Freesurfer, AFNI, PyMVPA and
  10 :ref:`many others <pkglists>`. While we do strive to maintain a high level of
  11 quality, we make no guarantee that a given package works as expected, so use
  12 them at your own risk. If you do encounter problems or would just like to thank
  13 us, simply `send us an email <#contacts>`_.
  14
  15 Learn more about NeuroDebian, the goals of this project, and help us |spread|!
  16
  17   Halchenko, Y. O. & Hanke, M. (2012). `Open is not enough. Let’s take the
  18   next step: An integrated, community-driven computing platform for neuroscience
  19   <http://www.frontiersin.org/Neuroinformatics/10.3389/fninf.2012.00022/full>`_.
  20   *Frontiers in Neuroinformatics*, 6:22.
  21
  22 .. raw:: html
  23
  24   <div class="linkmore"><a href="/publications.html">more publications</a></div>
  25   <div class="clearer"></div>
  26   <!-- for dynamic quote update via javascript -->
  27   <hr />
  28   <div id="randomquote" title="Feedback from the community">
  29
  30 .. quotes::
  31    :random: 1
  32
  33 .. raw:: html
  34
  35   </div><!-- randomquote -->
  36   <div class="linkmore"><a href="/testimonials.html">more testimonials</a></div>
  37
  38 .. _Ubuntu: http://www.ubuntu.com
  39
  40 .. _repository_howto:
  41 .. _chap_installation:
  42
  43 Get NeuroDebian
  44 ===============
  45
  46 Choose on which operating system you want to run NeuroDebian, and select a
  47 download server close to you:
  48
  49 .. include:: sources_lists
  50
  51 .. raw:: html
  52
  53   <div id="reposetup" style="display:none">
  54
  55 To enable NeuroDebian on your system, simply copy and paste the following
  56 commands into a terminal window:
  57
  58 .. raw:: html
  59
  60   <pre id="code">
  61   After selecting a release the setup code will be shown here.
  62   </pre>
  63
  64 Once this is done, you have to update the package index and you are ready to
  65 install packages. Use your favorite package manager, e.g. synaptic, adept. In
  66 the terminal you can use :command:`apt-get`::
  67
  68   sudo apt-get update
  69   sudo apt-get install mricron
  70
  71 .. note::
  72
  73   Not every package is available for all distributions/releases. For information
  74   about which package version is available for which release and architecture,
  75   please have a look at the corresponding package pages.
  76
  77 .. raw:: html
  78
  79   </div> <!-- end reposetup -->
  80
  81   <div id="vmsetup" style="display:none">
  82
  83 For all non-Debian operating systems the recommended way to deploy NeuroDebian
  84 is a `virtual appliance`_. On all modern hardware (built within the last 3-4
  85 years) a virtual appliance is a convenient solution to run NeuroDebian
  86 simultaneously with the primary operating system -- without noticable
  87 performance loss.
  88
  89 1. Install NeuroDebian by first downloading this image file:
  90
  91 .. raw:: html
  92
  93   <div id="vmimagedownload">
  94   <a href="http://neuro.debian.net/debian/vm/">NeuroDebian images</a>
  95   </div>
  96
  97 2. Once downloaded, import this image into your VirtualBox_ installation. If you
  98    do not have VirtualBox_ installed yet, visit the `VirtualBox download page
  99    <http://www.virtualbox.org/wiki/Downloads>`_ that provides installers for
 100    Windows, Linux, Mac and Solaris.
 101
 102 3. Please read :ref:`the detailed instructions on setting up the virtual
 103    appliance <chap_vm>` to complete the configuration of your NeuroDebian
 104    environment.
 105
 106 .. note::
 107
 108   If you still running an older VirtualBox 3.x, download one of the image files
 109   listed below. These older releases are distributed as a `zip` file. Please
 110   extract all files from the `.zip` file, using appropriate software
 111   for your operating system.
 112
 113   * `NeuroDebian 6.0.2 image (32bit)
 114     <http://neuro.debian.net/debian/vm/neurodebian_6.0.2_i386.zip>`_ [~545MB]
 115
 116   * `NeuroDebian 6.0.2 image (64bit)
 117     <http://neuro.debian.net/debian/vm/neurodebian_6.0.2_amd64.zip>`_ [~560MB]
 118
 119 .. raw:: html
 120
 121   </div> <!-- end vmsetup -->
 122
 123 .. _virtual appliance: http://en.wikipedia.org/wiki/Virtual_appliance
 124 .. _VirtualBox: http://www.virtualbox.org
 125
 126 .. _news:
 127
 128 News
 129 ====
 130
 131 .. raw:: html
 132
 133  <script src="_static/jquery.livetwitter.min.js"></script>
 134  <div id="identica_widget"></div>
 135  <script type="text/javascript">
 136  $("#identica_widget").liveTwitter('neurodebian',
 137                                    {service: 'identi.ca',
 138                                     mode: 'user_timeline',
 139                                     limit: 10,
 140                                     rate: 300000});
 141  </script>
 142
 143 .. _identi.ca: http://identi.ca/neurodebian
 144 .. _twitter: http://twitter.com/NeuroDebian
 145
 146
 147 .. raw:: html
 148
 149   <hr />
 150   <div id="sitemap">
 151
 152 * **About**
 153 * :ref:`Team <chap_team>`
 154 * :ref:`chap_popularity`
 155 * :ref:`FAQ <faq>`
 156 * :ref:`Blog <blog>`
 157 * :ref:`chap_publications`
 158 * :ref:`testimonials`
 159 * :ref:`coffeeart`
 160
 161 .. start a new list
 162
 163 * **Services**
 164 * :ref:`Software <pkglists>`
 165 * :ref:`Data <pkgs-by_purpose-neuroscience_datasets>`
 166 * :ref:`Appliance <chap_vm>`
 167
 168 .. start a new list
 169
 170 * **Community**
 171 * :ref:`Mailing lists <chap_mailinglists>`
 172 * `OpenHatch <https://openhatch.org/+projects/NeuroDebian>`_
 173 * `Identi.ca <http://identi.ca/neurodebian>`_
 174 * `Twitter <http://twitter.com/NeuroDebian>`_
 175 * `Google+ <https://plus.google.com/104292290917252528951>`_
 176 * `YouTube <http://www.youtube.com/neurodebian>`_
 177 * `GitHub <https://github.com/neurodebian>`_
 178
 179 .. start a new list
 180
 181 * **Related**
 182 * `Debian <http://www.debian.org>`_
 183 * `Debian Med <http://www.debian.org/devel/debian-med>`_
 184 * `NITRC <http://www.nitrc.org/projects/neurodebian>`_
 185
 186 .. raw:: html
 187
 188   </div><div class="clearer"></div>
 189   <hr />
 190
 191
 192 .. toctree::
 193    :hidden:
 194
 195    blog/index
 196    faq
 197    pkgs
 198    spread
 199    vm
 200    publications
 201    coffeeart
 202    photoalbum
 203    projects
 204    testimonials
 205    testimonials-topics
 206
 207 .. probably should be purged altogether
 208 .. toctree::
 209    :hidden:
 210
 211    booth_sfn2010
 212    datasets
 213    livecd
 214    quotes-nihr01
 215    quotes-nitrc
 216    sources_lists
 217    vm_welcome
 218    dump
 219
 220 .. include:: link_names.txt
 221 .. include:: substitutions.txt
 222
 223 .. raw:: html
 224
 225   <script type="text/javascript">
 226   $(document).ready(function($) {
 227     //setInterval(function(){
 228       $.get('testimonials.html', function(data) {
 229           var quotes = $("blockquote", data);
 230           var idx = Math.floor(quotes.length * Math.random());
 231           $('#randomquote').html(quotes[idx]);
 232       }); // update callback
 233     //}, 60000); // set interval
 234   }); // doc ready
 235   //$("h1").html("NeuroDebian <span style=\"font-size:14px\">&mdash; the ultimate neuroscience software platform</span>")
 236
 237   function foldbuttontoggle(foldname) {
 238       var foldid = '#' + foldname;
 239       var buttonid = foldid + 'button';
 240       $(buttonid).on('click', function() {
 241         $('#' + foldname).slideToggle();
 242         if ($(buttonid).html() == "↓↓↓") {
 243           $(buttonid).html("&uarr;&uarr;&uarr;");
 244         }
 245         else {
 246           $(buttonid).html("&darr;&darr;&darr;");
 247         }
 248       });
 249       $(foldid).slideUp();
 250       $(buttonid).html("&darr;&darr;&darr;");
 251   };
 252
 253   function createvmdownload(rel, mir) {
 254         var img_version = '6.0.5';
 255         var img_suffix;
 256         var base_url;
 257         var img_url;
 258         var md5sum_url;
 259         if (rel == 'win32') {
 260             img_suffix = 'i386';
 261         } else {
 262             img_suffix = 'amd64';
 263         };
 264         if(mir in mirrors) {
 265             base_url = mirrors[mir] + '/vm/';
 266             img_url = base_url + 'NeuroDebian_' + img_version + '_' + img_suffix + '.ova';
 267             md5sum_url = base_url + 'MD5SUMS';
 268         } else {
 269             return 'Internal error';
 270         };
 271         return '<blockquote><a href="' + img_url
 272                + '">Virtual applicance image</a> [<a title="Verify image integrity by dowloading this file and running `md5sum -c MD5SUMS`" href="'
 273                + md5sum_url
 274                + '">MD5SUM</a>, <a title="Verify authenticity of the MD5SUM file by downloading this file and running `gpg –verify MD5SUMS.gpg`" href="'
 275                + md5sum_url + '.gpg">MD5SUM.gpg</a>]</blockquote>' ;
 276
 277   };
 278
 279   function createrepourl(rel, mir) {
 280     if(rel in rel2name && mir in mirrors) {
 281
 282         var retrepo = "wget -O- http://neuro.debian.net/lists/" + rel2name[rel] + "."
 283          + mir + " | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list\n"
 284          + "sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver pgp.mit.edu 2649A5A9\n";
 285         return retrepo;
 286     }
 287
 288   };
 289   function updateout(rel, mir) {
 290      if (rel != '' && mir != '') {
 291         if (rel in {'win32':'', 'win64':'', 'mac':''}) {
 292             $('#vmimagedownload').html(createvmdownload(rel, mir));
 293             $('#vmsetup').slideDown();
 294             $('#reposetup').slideUp();
 295         } else {
 296             $('#code').text(createrepourl(rel, mir));
 297             $('#reposetup').slideDown();
 298             $('#vmsetup').slideUp();
 299         };
 300      }
 301      else
 302      {
 303         $('#reposetup').slideUp();
 304         $('#vmsetup').slideUp();
 305      };
 306   };
 307    $('#release').change(function() {
 308      var singleValues = $("#release").val();
 309      var mirrorVal = $("#mirror").val();
 310      updateout(singleValues, mirrorVal);
 311    });
 312    $('#mirror').change(function() {
 313      var singleValues = $("#release").val();
 314      var mirrorVal = $("#mirror").val();
 315      updateout(singleValues, mirrorVal);
 316    });
 317
 318   $(document).ready(function($) {
 319      updateout($("#release").val(), $("#mirror").val());
 320   });
 321
 322   foldbuttontoggle('morepublications');
 323
 324
 325   </script>
 326
 327