sphinx/blog/2011/2011-06-15_letter_of_support.rst

   1 :date: 2011-06-15 10:00:00
   2 :tags: neuroscience, grant
   3
   4 NeuroDebian needs your support
   5 ==============================
   6
   7 The NeuroDebian Team is asking for your support.  We are hoping to obtain
   8 funding for continued maintenance, development and expansion of the project.
   9 An initial grant proposal has already been reviewed and we are about to
  10 resubmit to address reviewer comments (PI `Dr. James V. Haxby`_; NIH program
  11 announcement PAR-08-010_: Continued Development and Maintenance of Software
  12 (R01)).
  13
  14 .. _Dr. James V. Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
  15 .. _PAR-08-010: http://grants.nih.gov/grants/guide/pa-files/par-08-010.html
  16
  17 Please see the abstract and specific aims at the end for a more
  18 detailed description of the updated project proposal.
  19
  20 We need to address two main reviewer concerns:
  21
  22 1. **Proof of the state of the project**
  23
  24    We previously failed to convince the reviewers that our efforts
  25    **already** help researchers to maintain a productive research
  26    software environment with minimal effort.  Therefore, if you are
  27    using NeuroDebian, and you feel that it is beneficial for your
  28    research activities, we would appreciate your letter of support
  29    describing: Why did you start using NeuroDebian? What do you use it
  30    for?
  31
  32 2. **Feasibility of virtual environments for software deployment**
  33
  34    The reviewers argued that using a virtual environment (i.e. a virtual
  35    machine, VM) is not a feasible solution to the problem of deploying an
  36    integrated platform, like NeuroDebian, on the two major non-GNU/Linux
  37    operating systems (Windows and Mac OS). Therefore, we would appreciate your
  38    letter of support, if you rely on a VM to run or evaluate research software.
  39    Such letter would preferably describe why you use a VM, and could offer a
  40    short summary of the VM experience in your research activities.
  41
  42 We also appreciate letters on other aspects of the proposal, and would be
  43 delighted to see requests for any particular functionality included in them.
  44
  45 If you would like to see the NeuroDebian project to continue its development,
  46 we would be thankful if you send your "Letter of Support" via email_
  47 (preferably a PDF) or fax (+1 (603) 646-1419) to provide additional weight for
  48 our application.  For your convenience, we have composed a generic `letter
  49 template`_.
  50
  51 .. _email: team@neuro.debian.net
  52 .. _letter template: http://neuro.debian.net/_files/letter_of_support_template.txt
  53
  54 If you have previously provided us a letter of support, and either
  55 want to retract or alter it, based on the updated project description,
  56 please email us.
  57
  58 We would appreciate if we receive your letter of support within a
  59 week, so we are still on time with the resubmission and ready to
  60 dedicate ourselves to HBM 2011 (visit us at booth #108).
  61
  62 Thank you very much in advance for your support,
  63
  64 the NeuroDebian team
  65
  66
  67 Proposal Abstract
  68 -----------------
  69
  70 Complex software systems play a more and more important role in neuroscience
  71 research and managing an appropriate research environment is becoming
  72 increasingly difficult. `NeuroDebian <http://neuro.debian.net>`_ is a turnkey
  73 research software platform for all aspects of the neuroscientific research
  74 process. It takes the ideas of the Neuroimaging Tools and Resources
  75 Clearinghouse (`NITRC <http://www.nitrc.org>`_, on maximizing research
  76 transparency and methods sharing, one step further, by providing a
  77 comprehensive suite of readily usable and fully integrated software with a
  78 robust testing and deployment infrastructure. Consequently, it improves
  79 interoperability among the tools and frees researchers from the burden of
  80 tedious installation or upgrade procedures. That, in turn, positively affects
  81 their availability for actual research activities, as well as their motivation
  82 to test new analysis tools and stay connected with the latest methodological
  83 developments in the field.
  84
  85 Over the past six years, NeuroDebian has integrated dozens of neuroscience
  86 software tools into the `Debian operating system <http://www.debian.org>`_,
  87 making its current version, Debian 6.0, the first operating system world-wide
  88 with comprehensive built-in support for MRI-based neuro-imaging research. In
  89 close collaboration with the Debian community and all involved neuroscience
  90 research groups we have provided middleware support for users and developers –
  91 consulting developers regarding release practices and legal aspects and
  92 streamlining technical support of NeuroDebian users. This joint effort has been
  93 well received by the research community, and, according to a recent survey,
  94 GNU/Linux-based systems are now the most common computing platform in
  95 neuroscience, and NeuroDebian is the most popular software resource dedicated
  96 to neuroscience.
  97
  98 To further contribute to the dissemination of new methods, the NeuroDebian
  99 project aims to expand its coverage of software and to assure robust operation
 100 across a wide variety of deployment scenarios. Developing an environment with a
 101 large number of tightly integrated neuroscience software tools will allow for
 102 testing efforts that continuously verify software interoperability. We will
 103 develop a framework to derive a comprehensive description of a NeuroDebian
 104 analysis environment, and offer anyone the building blocks to, later on,
 105 reincarnate an identical copy, thus addressing an essential aspect of
 106 reproducible research. By means of virtualization solutions we will offer
 107 researchers the tools to take advantage of NeuroDebian on non-GNU/Linux
 108 operating systems, and advanced computing platforms (e.g., distributed and
 109 cloud computing) for efficient large-scale data analysis and modeling.
 110
 111 By fostering proven and efficient practices of the free and open-source
 112 software community in neuroscience, NeuroDebian will help to assure the
 113 availability and continued usefulness of existing software.
 114
 115
 116 Specific aims
 117 -------------
 118
 119 This project aims to further improve integration of neuroscience
 120 software into the larger free and open source software community by
 121 adopting standards and practices that have proven to yield a maximum
 122 of quality and productivity. To this end, we will keep working closely
 123 with a large number of neuroscience software developers, as well as
 124 the Debian community. In particular we aim to achieve:
 125
 126 Aim 1: Ongoing maintenance of neuroscientific software in (Neuro)Debian
 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 128
 129 NeuroDebian currently maintains over 30 software projects, from
 130 single-purpose tools to complex analysis suites. All integrated
 131 software requires timely response to bug reports, and software
 132 updates. We aim to continue to offer reliable and prompt service in
 133 providing an efficient research environment.
 134
 135 Aim 2: Increased coverage of neuroscientific research tools
 136 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 137
 138 To enhance the utility of NeuroDebian for a wide range of research
 139 applications we will
 140
 141 a) extend software coverage beyond (f)MRI/DTI-based neuroimaging to
 142    tools for intra/extra-cellular recording and modeling, EEG/MEG,
 143    and data management: e.g., BrainVisa/Anatomist, Camino, DTI-TK,
 144    FreeSurfer, NEURON, XNAT, and other software that becomes
 145    available during the project lifetime;
 146 b) integrate essential Matlab-based open-source software: e.g.,
 147    BrainStorm, EEGLAB, Fieldtrip, PsychToolbox, SPM;
 148 c) facilitate work on increasing the compatibility of Matlab-based
 149    neuroscience tools with alternative open-source computing
 150    platforms – such as Octave – to improve their availability in
 151    high-throughput, and cloud computing environments and loosen
 152    dependencies on proprietary systems;
 153 d) mentor interested developers in maintaining their software in
 154    Debian by themselves.
 155
 156 Aim 3: Quality and interoperability assurance
 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 158
 159 Independent research software tools evolve at their own pace. This
 160 poses a challenge for heterogeneous computing environments. To
 161 assure reliability and interoperability without stagnation we will
 162
 163 a) exercise available test batteries on recent and upcoming releases
 164    of Debian and Ubuntu to assure robust performance and inform
 165    developers about upcoming changes before researchers are affected;
 166 b) develop new test suites for common heterogeneous analysis
 167    pipelines and run them routinely to assure proper functioning and
 168    ongoing compatibility of all involved tools;
 169 c) make developed test suites readily available to users so they can
 170    verify correct operation of their particular research
 171    environments.
 172
 173 Aim 4: Sustained availability of software and precise re-creation of complete research environments
 174 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 175
 176 The scientific workﬂow frequently requires re-analyses of data with
 177 particular versions of software, for example, to revise a manuscript
 178 or to reproduce a study. We will
 179
 180 a) employ Debian’s existing software archive snapshotting framework
 181    to preserve and distribute all previous and current versions of
 182    supported software in NeuroDebian;
 183 b) build on Debian’s package management systems, to develop tools to
 184    describe a particular analysis environment (with all versioned
 185    dependencies) to be able to reconstruct it at any later point in
 186    time – by anyone – given access to the specification and to the
 187    software archive snapshots.
 188
 189 Aim 5: Broad availability of NeuroDebian on common and advanced computing platforms
 190 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 191
 192 A NeuroDebian-based system is not bound to computers solely running
 193 Debian. We will
 194
 195 a) provide binary packages for Debian-derived operating systems
 196    (e.g., Ubuntu);
 197 b) provide a virtual appliance allowing deployment of NeuroDebian in
 198    a virtualized environment on proprietary operating systems
 199    (e.g., Microsoft Windows and Mac OS X), as well as on other
 200    non-Debian GNU/Linux distributions;
 201 c) provide NeuroDebian system images for cloud and high-throughput
 202    computing that are compatible with popular service providers and
 203    environments, such as Amazon EC2, and Condor.