sphinx/blog/2011/2011-06-15_letter_of_support.rst

   1 :date: 2011-06-15 10:00:00
   2 :tags: neuroscience, grant
   3
   4 .. note::
   5
   6    We would like to thank everyone who sent us a letter of support --
   7    altogether with previous submission we have received 64
   8    letters. *Thank you very much*.
   9
  10    We have (re-)submitted the grant proposal on July 1st before the
  11    deadline and hope to hear from the NIH late Fall 2011.  If you
  12    still want to express your support or just share your positive (or
  13    negative) experience, please comment on the
  14    :ref:`testimonials` page.
  15
  16 NeuroDebian needs your support
  17 ==============================
  18
  19 The NeuroDebian Team is asking for your support.  We are hoping to obtain
  20 funding for continued maintenance, development and expansion of the project.
  21 An initial grant proposal has already been reviewed and we are about to
  22 resubmit to address reviewer comments (PI `Dr. James V. Haxby`_; NIH program
  23 announcement PAR-08-010_: Continued Development and Maintenance of Software
  24 (R01)).
  25
  26 .. _Dr. James V. Haxby: http://haxbylab.dartmouth.edu/ppl/jim.html
  27 .. _PAR-08-010: http://grants.nih.gov/grants/guide/pa-files/par-08-010.html
  28
  29 Please see the abstract and specific aims at the end for a more
  30 detailed description of the updated project proposal.
  31
  32 We need to address two main reviewer concerns:
  33
  34 1. **Proof of the state of the project**
  35
  36    We previously failed to convince the reviewers that our efforts
  37    **already** help researchers to maintain a productive research
  38    software environment with minimal effort.  Therefore, if you are
  39    using NeuroDebian, and you feel that it is beneficial for your
  40    research activities, we would appreciate your letter of support
  41    describing: Why did you start using NeuroDebian? What do you use it
  42    for?
  43
  44 2. **Feasibility of virtual environments for software deployment**
  45
  46    The reviewers argued that using a virtual environment (i.e. a virtual
  47    machine, VM) is not a feasible solution to the problem of deploying an
  48    integrated platform, like NeuroDebian, on the two major non-GNU/Linux
  49    operating systems (Windows and Mac OS). Therefore, we would appreciate your
  50    letter of support, if you rely on a VM to run or evaluate research software.
  51    Such letter would preferably describe why you use a VM, and could offer a
  52    short summary of the VM experience in your research activities.
  53
  54 We also appreciate letters on other aspects of the proposal, and would be
  55 delighted to see requests for any particular functionality included in them.
  56
  57 If you would like to see the NeuroDebian project to continue its development,
  58 we would be thankful if you send your "Letter of Support" via email_
  59 (preferably a PDF) or fax (+1 (603) 646-1419) to provide additional weight for
  60 our application.  For your convenience, we have composed a generic `letter
  61 template`_.
  62
  63 .. _email: team@neuro.debian.net
  64 .. _letter template: http://neuro.debian.net/_files/letter_of_support_template.txt
  65
  66 If you have previously provided us a letter of support, and either
  67 want to retract or alter it, based on the updated project description,
  68 please email us.
  69
  70 We would appreciate if we receive your letter of support within a
  71 week, so we are still on time with the resubmission and ready to
  72 dedicate ourselves to HBM 2011 (visit us at booth #108).
  73
  74 Thank you very much in advance for your support,
  75
  76 the NeuroDebian team
  77
  78
  79 Proposal Abstract
  80 -----------------
  81
  82 Complex software systems play a more and more important role in neuroscience
  83 research and managing an appropriate research environment is becoming
  84 increasingly difficult. `NeuroDebian <http://neuro.debian.net>`_ is a turnkey
  85 research software platform for all aspects of the neuroscientific research
  86 process. It takes the ideas of the Neuroimaging Tools and Resources
  87 Clearinghouse (`NITRC <http://www.nitrc.org>`_, on maximizing research
  88 transparency and methods sharing, one step further, by providing a
  89 comprehensive suite of readily usable and fully integrated software with a
  90 robust testing and deployment infrastructure. Consequently, it improves
  91 interoperability among the tools and frees researchers from the burden of
  92 tedious installation or upgrade procedures. That, in turn, positively affects
  93 their availability for actual research activities, as well as their motivation
  94 to test new analysis tools and stay connected with the latest methodological
  95 developments in the field.
  96
  97 Over the past six years, NeuroDebian has integrated dozens of neuroscience
  98 software tools into the `Debian operating system <http://www.debian.org>`_,
  99 making its current version, Debian 6.0, the first operating system world-wide
 100 with comprehensive built-in support for MRI-based neuro-imaging research. In
 101 close collaboration with the Debian community and all involved neuroscience
 102 research groups we have provided middleware support for users and developers –
 103 consulting developers regarding release practices and legal aspects and
 104 streamlining technical support of NeuroDebian users. This joint effort has been
 105 well received by the research community, and, according to a recent survey,
 106 GNU/Linux-based systems are now the most common computing platform in
 107 neuroscience, and NeuroDebian is the most popular software resource dedicated
 108 to neuroscience.
 109
 110 To further contribute to the dissemination of new methods, the NeuroDebian
 111 project aims to expand its coverage of software and to assure robust operation
 112 across a wide variety of deployment scenarios. Developing an environment with a
 113 large number of tightly integrated neuroscience software tools will allow for
 114 testing efforts that continuously verify software interoperability. We will
 115 develop a framework to derive a comprehensive description of a NeuroDebian
 116 analysis environment, and offer anyone the building blocks to, later on,
 117 reincarnate an identical copy, thus addressing an essential aspect of
 118 reproducible research. By means of virtualization solutions we will offer
 119 researchers the tools to take advantage of NeuroDebian on non-GNU/Linux
 120 operating systems, and advanced computing platforms (e.g., distributed and
 121 cloud computing) for efficient large-scale data analysis and modeling.
 122
 123 By fostering proven and efficient practices of the free and open-source
 124 software community in neuroscience, NeuroDebian will help to assure the
 125 availability and continued usefulness of existing software.
 126
 127
 128 Specific aims
 129 -------------
 130
 131 This project aims to further improve integration of neuroscience
 132 software into the larger free and open source software community by
 133 adopting standards and practices that have proven to yield a maximum
 134 of quality and productivity. To this end, we will keep working closely
 135 with a large number of neuroscience software developers, as well as
 136 the Debian community. In particular we aim to achieve:
 137
 138 Aim 1: Ongoing maintenance of neuroscientific software in (Neuro)Debian
 139 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 140
 141 NeuroDebian currently maintains over 30 software projects, from
 142 single-purpose tools to complex analysis suites. All integrated
 143 software requires timely response to bug reports, and software
 144 updates. We aim to continue to offer reliable and prompt service in
 145 providing an efficient research environment.
 146
 147 Aim 2: Increased coverage of neuroscientific research tools
 148 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 149
 150 To enhance the utility of NeuroDebian for a wide range of research
 151 applications we will
 152
 153 a) extend software coverage beyond (f)MRI/DTI-based neuroimaging to
 154    tools for intra/extra-cellular recording and modeling, EEG/MEG,
 155    and data management: e.g., BrainVisa/Anatomist, Camino, DTI-TK,
 156    FreeSurfer, NEURON, XNAT, and other software that becomes
 157    available during the project lifetime;
 158 b) integrate essential Matlab-based open-source software: e.g.,
 159    BrainStorm, EEGLAB, Fieldtrip, PsychToolbox, SPM;
 160 c) facilitate work on increasing the compatibility of Matlab-based
 161    neuroscience tools with alternative open-source computing
 162    platforms – such as Octave – to improve their availability in
 163    high-throughput, and cloud computing environments and loosen
 164    dependencies on proprietary systems;
 165 d) mentor interested developers in maintaining their software in
 166    Debian by themselves.
 167
 168 Aim 3: Quality and interoperability assurance
 169 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 170
 171 Independent research software tools evolve at their own pace. This
 172 poses a challenge for heterogeneous computing environments. To
 173 assure reliability and interoperability without stagnation we will
 174
 175 a) exercise available test batteries on recent and upcoming releases
 176    of Debian and Ubuntu to assure robust performance and inform
 177    developers about upcoming changes before researchers are affected;
 178 b) develop new test suites for common heterogeneous analysis
 179    pipelines and run them routinely to assure proper functioning and
 180    ongoing compatibility of all involved tools;
 181 c) make developed test suites readily available to users so they can
 182    verify correct operation of their particular research
 183    environments.
 184
 185 Aim 4: Sustained availability of software and precise re-creation of complete research environments
 186 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 187
 188 The scientific workﬂow frequently requires re-analyses of data with
 189 particular versions of software, for example, to revise a manuscript
 190 or to reproduce a study. We will
 191
 192 a) employ Debian’s existing software archive snapshotting framework
 193    to preserve and distribute all previous and current versions of
 194    supported software in NeuroDebian;
 195 b) build on Debian’s package management systems, to develop tools to
 196    describe a particular analysis environment (with all versioned
 197    dependencies) to be able to reconstruct it at any later point in
 198    time – by anyone – given access to the specification and to the
 199    software archive snapshots.
 200
 201 Aim 5: Broad availability of NeuroDebian on common and advanced computing platforms
 202 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 203
 204 A NeuroDebian-based system is not bound to computers solely running
 205 Debian. We will
 206
 207 a) provide binary packages for Debian-derived operating systems
 208    (e.g., Ubuntu);
 209 b) provide a virtual appliance allowing deployment of NeuroDebian in
 210    a virtualized environment on proprietary operating systems
 211    (e.g., Microsoft Windows and Mac OS X), as well as on other
 212    non-Debian GNU/Linux distributions;
 213 c) provide NeuroDebian system images for cloud and high-throughput
 214    computing that are compatible with popular service providers and
 215    environments, such as Amazon EC2, and Condor.