sandbox/survey.rst

   1
   2 Computing environments in neuroscience research
   3 ===============================================
   4
   5 .. raw:: html
   6
   7    <script language="Javascript">
   8    function xmlhttpPost(strURL) {
   9        var xmlHttpReq = false;
  10        var self = this;
  11        // Mozilla/Safari
  12        if (window.XMLHttpRequest) {
  13            self.xmlHttpReq = new XMLHttpRequest();
  14        }
  15        // IE
  16        else if (window.ActiveXObject) {
  17            self.xmlHttpReq = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
  18        }
  19        self.xmlHttpReq.open('POST', strURL, true);
  20        self.xmlHttpReq.setRequestHeader('Content-Type', 'application/x-www-form-urlencoded');
  21        self.xmlHttpReq.onreadystatechange = function() {
  22            if (self.xmlHttpReq.readyState == 4) {
  23                updatepage(self.xmlHttpReq.responseText);
  24            }
  25        }
  26        self.xmlHttpReq.send(getquerystring());
  27    }
  28
  29    function getquerystring() {
  30        var form     = document.forms['f1'];
  31        var word = form.word.value;
  32        qstr = 'w=' + escape(word);  // NOTE: no '?' before querystring
  33        return qstr;
  34    }
  35
  36    function updatepage(str){
  37        document.getElementById("result").innerHTML = str;
  38    }
  39    </script>
  40
  41 General
  42 -------
  43
  44 Subfield of neuroscience: ``MRI, EEG, MEG, electrophys. ...``
  45 Position: ``undergraduate, phd student, postdoc, professor/supervisor, sysadmin``
  46 employer: ``higher education (private/public funding), research facility
  47 (private/public funding, company)``
  48 country: ``long list``
  49 do you develop software intended to be used by other researchers: ``yes, no``
  50
  51 Personal computing environment
  52 ------------------------------
  53
  54 Here are a few questions about your preferred computing environment for
  55 research activities like data acquisition and data analysis. This might be your
  56 laptop, desktop, personal workstation or any other machine where **you decide**
  57 what software you are using, and you have permission to install it yourself.
  58 If you are using multiple environment, please describe the one that you find
  59 most productive for research purposes. If you don't have access to a machine
  60 for research purposes that you administer yourself, instead, please indicate
  61 what kind of environment you would like to be doing your research in.
  62
  63 Do you have it: ``yes, no``
  64
  65 Type: ``laptop, commodity desktop, dedicated workstation,
  66 compute cluster, grid/cloud computing environment``
  67
  68 Operating system: ``detailed choice, long list``
  69
  70 I prefer this environment because is offers (check all items that apply):
  71
  72 ``checkboxes (variety of available software; hardware support; ...)``
  73
  74
  75 Institutionally provided computing environment
  76 ----------------------------------------------
  77
  78 The following questions are about
  79 What your employer offers.
  80
  81 Do you use it: ``yes, no``
  82
  83 Type: ``laptop, commodity desktop, dedicated workstation,
  84 compute cluster, grid/cloud computing environment``
  85
  86 Operating system: ``detailed choice, long list``
  87
  88 I dislike (check all items that apply):
  89
  90 ``checkboxes (limited set of available software; slow admin response; ...)``
  91
  92
  93
  94 Virtualization
  95 --------------
  96
  97 Do you use it? ``yes, no``
  98
  99 IF
 100 ~~
 101
 102 What solution: ``multi select vbox, vmware, kvm, xem, qemu``
 103 On what host system: ``detailed list``
 104 With what guest system ``detailed list``
 105
 106 Why do you use it: ``multi select``
 107
 108   - Otherwise software incompatible with my system
 109   - Flexible snapshots
 110   - Portable (test developed software across platforms)
 111
 112 What fraction of computing task do you do in a VM?
 113
 114 Do you do computing on clusters?
 115 Do you do computing in a cloud?
 116
 117
 118 Software usage
 119 --------------
 120
 121 What software are you using in your research?
 122
 123 ? Do you use real-time Linux kernel? if yes, which: ``multi select RTAI, Xenomai, RT_Linux``
 124
 125
 126 General purpose computing
 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 128
 129 ``check boxes``
 130
 131 Matlab, R, Python, Octave, ...
 132
 133 ``various collections of software for various purposes``
 134
 135
 136 NeuroDebian
 137 -----------
 138
 139 Do you use NeuroDebian repository: ``yes, no``
 140
 141 ....
 142
 143
 144 Generic computing/scripting/programming environments
 145
 146 C/C++
 147 IDL
 148 LISREL
 149 Maple
 150 Mathcad
 151 Mathematica
 152 Matlab
 153 Octave
 154 Perl
 155 Python
 156 R
 157 Ruby
 158 Scilab
 159 SPSS
 160 SCIRun
 161 Shell scripting
 162
 163
 164 Distributed Computing - frameworks and controllers
 165
 166 SGE
 167 Torque/OpenPBS/Maui
 168 Condor
 169 Globus
 170 MPI (any)
 171 IPython
 172
 173
 174 Imaging
 175
 176 3D Slicer
 177 AFNI
 178 Aeskulap
 179 Amide
 180 BIRN Tools
 181 BRAINS Tools
 182 Bioimage Suite
 183 BrainMap
 184 BrainVISA/Anatomist
 185 BrainVoyager
 186 CMTK
 187 Caret
 188 ConnectomeViewer
 189 DSI Studio
 190 DTI-TK
 191 Diffusion Toolkit/Trackvis
 192 FSL
 193 Fiji
 194 FreeSurfer
 195 ITK/SNAP
 196 ImageJ
 197 Invesalius
 198 LONI
 199 Lipsia
 200 MIPAV/JIST
 201 MRIcron
 202 MRtrix
 203 Mango
 204 NiPy/NiTime/DiPy/NiPype
 205 PyMVPA
 206 REST
 207 SPM
 208 V3D
 209 VoxBo
 210
 211 Data management
 212
 213 XNAT/PyXNAT/...
 214 Human Imaging Database (HID)
 215
 216 Neural Systems Modeling
 217
 218 Brian
 219 iqr
 220 iNVT
 221 NEURON
 222 NEST
 223 Genesis
 224 Moose
 225 PCSIM
 226 PyNN
 227
 228 Electrophysiology
 229
 230 BioSig
 231 BrainStorm
 232 Chronus
 233 EEGLAB
 234 Fieldtrip
 235 LORETA/sLORETA
 236 OpenMEEG
 237 Openelectrophy
 238 RTXI
 239 Relacs
 240 ?Trellis-neuro
 241
 242 Brain-computer interface
 243
 244 BCI2000
 245 OpenVIBE
 246 Pyff
 247
 248 Hardware interface/Data acquisition
 249
 250 Comedi
 251 EPICS
 252 MX
 253
 254 Real-time solutions
 255
 256 RTAI
 257 Xenomai
 258 RTLinux
 259 PREEMPT_RT
 260
 261 Psychophysics/Experimental Control
 262
 263 E-Prime
 264 Presentation
 265 PsychoPy
 266 PyEPL
 267 Psychtoolbox
 268 Psytoolkit
 269 OpenSesame
 270 VisionEgg
 271 Tscope
 272
 273
 274 .. raw:: html
 275
 276    <input value="Go" type="button" onclick='JavaScript:xmlhttpPost("/cgi-bin/surveycollector.cgi")'></p>
 277    <div id="result"></div>
 278    </form>
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 280
 281 Thanks