4 DFLAGS= -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
6 LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
7 bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
9 AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
10 bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
11 bamtk.o kaln.o sam_header.o
20 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
24 .PHONY:all lib clean cleanlocal
25 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
30 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
32 samtools:$(AOBJS) libbam.a
33 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
35 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
36 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
38 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
39 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
42 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
44 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
45 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
46 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
47 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
48 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
49 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
50 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
51 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
52 bam_md.o:bam.h faidx.h
55 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
56 faidx_main.o:faidx.h razf.h
59 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a