pkg/trunk/R/db.R

   1
   2 db_start <- function() {
   3     drv <- dbDriver('SQLite')
   4     con <- dbConnect(drv, dbname=file.path(cache_root,'cran2deb.db'))
   5     if (!dbExistsTable(con,'sysreq_override')) {
   6         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE sysreq_override ('
   7                   ,' depend_alias TEXT NOT NULL'
   8                   ,',r_pattern TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
   9                   ,')'))
  10     }
  11     if (!dbExistsTable(con,'debian_dependency')) {
  12         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE debian_dependency ('
  13                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  14                   ,',alias TEXT NOT NULL'
  15                   ,',build INTEGER NOT NULL'
  16                   ,',debian_pkg TEXT NOT NULL'
  17                   ,',UNIQUE (alias,build,debian_pkg)'
  18                   ,')'))
  19     }
  20     if (!dbExistsTable(con,'forced_depends')) {
  21         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE forced_depends ('
  22                   ,' r_name TEXT NOT NULL'
  23                   ,',depend_alias TEXT NOT NULL'
  24                   ,',PRIMARY KEY (r_name,depend_alias)'
  25                   ,')'))
  26     }
  27     if (!dbExistsTable(con,'license_override')) {
  28         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_override ('
  29                   ,' name TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  30                   ,',accept INT NOT NULL'
  31                   ,')'))
  32     }
  33     if (!dbExistsTable(con,'license_hashes')) {
  34         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_hashes ('
  35                   ,' name TEXT NOT NULL'
  36                   ,',sha1 TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  37                   ,')'))
  38     }
  39     if (!dbExistsTable(con,'database_versions')) {
  40         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE database_versions ('
  41                   ,' version INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  42                   ,',version_date INTEGER NOT NULL'
  43                   ,',base_epoch INTEGER NOT NULL'
  44                   ,')'))
  45         db_add_version(con,1,0)
  46     }
  47     if (!dbExistsTable(con,'packages')) {
  48         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE packages ('
  49                   ,' package TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  50                   ,',latest_r_version TEXT'
  51                   ,')'))
  52     }
  53     if (!dbExistsTable(con,'builds')) {
  54         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE builds ('
  55                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  56                   ,',package TEXT NOT NULL'
  57                   ,',r_version TEXT NOT NULL'
  58                   ,',deb_epoch INTEGER NOT NULL'
  59                   ,',deb_revision INTEGER NOT NULL'
  60                   ,',db_version INTEGER NOT NULL'
  61                   ,',success INTEGER NOT NULL'
  62                   ,',log TEXT'
  63                   ,',UNIQUE(package,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version)'
  64                   ,')'))
  65     }
  66     return(con)
  67 }
  68
  69 db_stop <- function(con,bump=F) {
  70     if (bump) {
  71         db_bump(con)
  72     }
  73     dbDisconnect(con)
  74 }
  75
  76 db_quote <- function(text) {
  77     return(paste('"',gsub('([^][[:alnum:]*?. ()<>:/=+%-])','\\\\\\1',text),'"',sep=''))
  78 }
  79
  80 db_now <- function() {
  81     return(as.integer(gsub('-','',Sys.Date())))
  82 }
  83
  84 db_cur_version <- function(con) {
  85     return(as.integer(dbGetQuery(con, 'SELECT max(version) FROM database_versions')[[1]]))
  86 }
  87
  88 db_base_epoch <- function(con) {
  89     return(as.integer(dbGetQuery(con,
  90         paste('SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
  91              ,'WHERE version IN (SELECT max(version) FROM database_versions)'))[[1]]))
  92 }
  93
  94 db_add_version <- function(con, version, epoch) {
  95     dbGetQuery(con,paste('INSERT INTO database_versions (version,version_date,base_epoch)'
  96               ,'VALUES (',as.integer(version),',',db_now(),',',as.integer(epoch),')'))
  97 }
  98
  99 db_bump <- function(con) {
 100     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con))
 101 }
 102
 103 db_bump_epoch <- function(con) {
 104     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con)+1)
 105 }
 106
 107 db_sysreq_override <- function(sysreq_text) {
 108     con <- db_start()
 109     results <- dbGetQuery(con,paste(
 110                     'SELECT DISTINCT depend_alias FROM sysreq_override WHERE'
 111                             ,db_quote(tolower(sysreq_text)),'LIKE r_pattern'))
 112     db_stop(con)
 113     if (length(results) == 0) {
 114         return(NA)
 115     }
 116     return(results$depend_alias)
 117 }
 118
 119 db_add_sysreq_override <- function(pattern,depend_alias) {
 120     con <- db_start()
 121     results <- dbGetQuery(con,paste(
 122                      'INSERT OR REPLACE INTO sysreq_override'
 123                     ,'(depend_alias, r_pattern) VALUES ('
 124                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 125                     ,',',db_quote(tolower(pattern))
 126                     ,')'))
 127     db_stop(con,TRUE)
 128 }
 129
 130 db_sysreq_overrides <- function() {
 131     con <- db_start()
 132     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM sysreq_override'))
 133     db_stop(con)
 134     return(overrides)
 135 }
 136
 137 db_get_depends <- function(depend_alias,build=F) {
 138     con <- db_start()
 139     results <- dbGetQuery(con,paste(
 140                     'SELECT DISTINCT debian_pkg FROM debian_dependency WHERE'
 141                     ,db_quote(tolower(depend_alias)),'= alias'
 142                     ,'AND',as.integer(build),'= build'))
 143     db_stop(con)
 144     return(results$debian_pkg)
 145 }
 146
 147 db_add_depends <- function(depend_alias,debian_pkg,build=F) {
 148     con <- db_start()
 149     results <- dbGetQuery(con,paste(
 150                      'INSERT OR REPLACE INTO debian_dependency'
 151                     ,'(alias, build, debian_pkg) VALUES ('
 152                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 153                     ,',',as.integer(build)
 154                     ,',',db_quote(tolower(debian_pkg))
 155                     ,')'))
 156     db_stop(con,TRUE)
 157 }
 158
 159 db_depends <- function() {
 160     con <- db_start()
 161     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM debian_dependency'))
 162     db_stop(con)
 163     return(depends)
 164 }
 165
 166 db_get_forced_depends <- function(r_name) {
 167     con <- db_start()
 168     forced_depends <- dbGetQuery(con,
 169                 paste('SELECT depend_alias FROM forced_depends WHERE'
 170                      ,db_quote(r_name),'= r_name'))
 171     db_stop(con)
 172     return(forced_depends$depend_alias)
 173 }
 174
 175 db_add_forced_depends <- function(r_name, depend_alias) {
 176     if (!length(db_get_depends(depend_alias,build=F)) &&
 177         !length(db_get_depends(depend_alias,build=T))) {
 178         fail('Debian dependency alias',depend_alias,'is not know,'
 179                   ,'yet trying to force a dependency on it?')
 180     }
 181     con <- db_start()
 182     dbGetQuery(con,
 183             paste('INSERT OR REPLACE INTO forced_depends (r_name, depend_alias)'
 184                  ,'VALUES (',db_quote(r_name),',',db_quote(depend_alias),')'))
 185     db_stop(con,TRUE)
 186 }
 187
 188 db_forced_depends <- function() {
 189     con <- db_start()
 190     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM forced_depends'))
 191     db_stop(con)
 192     return(depends)
 193 }
 194
 195 db_license_override_name <- function(name) {
 196     con <- db_start()
 197     results <- dbGetQuery(con,paste(
 198                     'SELECT DISTINCT accept FROM license_override WHERE'
 199                             ,db_quote(tolower(name)),'= name'))
 200     db_stop(con)
 201     if (length(results) == 0) {
 202         return(NA)
 203     }
 204     return(as.logical(results$accept))
 205 }
 206
 207 db_add_license_override <- function(name,accept) {
 208     notice('adding',name,'accept?',accept)
 209     if (accept != TRUE && accept != FALSE) {
 210         fail('accept must be TRUE or FALSE')
 211     }
 212     con <- db_start()
 213     results <- dbGetQuery(con,paste(
 214                      'INSERT OR REPLACE INTO license_override'
 215                     ,'(name, accept) VALUES ('
 216                     ,' ',db_quote(tolower(name))
 217                     ,',',as.integer(accept)
 218                     ,')'))
 219     db_stop(con,TRUE)
 220 }
 221
 222 db_license_override_hash <- function(license_sha1) {
 223     con <- db_start()
 224     results <- dbGetQuery(con,paste(
 225                      'SELECT DISTINCT accept FROM license_override'
 226                     ,'INNER JOIN license_hashes'
 227                     ,'ON license_hashes.name = license_override.name WHERE'
 228                     ,db_quote(tolower(license_sha1)),'= license_hashes.sha1'))
 229     db_stop(con)
 230     if (length(results) == 0) {
 231         return(NA)
 232     }
 233     return(as.logical(results$accept))
 234 }
 235
 236 db_license_overrides <- function() {
 237     con <- db_start()
 238     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_override'))
 239     hashes    <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_hashes'))
 240     db_stop(con)
 241     return(list(overrides=overrides,hashes=hashes))
 242 }
 243
 244 db_add_license_hash <- function(name,license_sha1) {
 245     if (is.na(db_license_override_name(name))) {
 246         fail('license',name,'is not know, yet trying to add a hash for it?')
 247     }
 248     notice('adding hash',license_sha1,'for',name)
 249     con <- db_start()
 250     dbGetQuery(con,paste(
 251          'INSERT OR REPLACE INTO license_hashes'
 252         ,'(name, sha1) VALUES ('
 253         ,' ',db_quote(tolower(name))
 254         ,',',db_quote(tolower(license_sha1))
 255         ,')'))
 256     db_stop(con,TRUE)
 257 }
 258
 259
 260 db_update_package_versions <- function() {
 261     con <- db_start()
 262     for (package in available[,'Package']) {
 263         dbGetQuery(con, paste('INSERT OR REPLACE INTO packages (package,latest_r_version)'
 264                              ,'VALUES (',db_quote(package)
 265                              ,',',db_quote(available[package,'Version']),')'))
 266     }
 267     db_stop(con)
 268 }
 269
 270 db_record_build <- function(package, deb_version, log, success=F) {
 271     con <- db_start()
 272     dbGetQuery(con,paste('INSERT INTO builds'
 273                         ,'(package,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version,success,log)'
 274                         ,'VALUES'
 275                         ,'(',db_quote(package)
 276                         ,',',db_quote(version_upstream(deb_version))
 277                         ,',',db_quote(version_epoch(deb_version))
 278                         ,',',db_quote(version_revision(deb_version))
 279                         ,',',db_cur_version(con)
 280                         ,',',as.integer(success)
 281                         ,',',db_quote(paste(log, collapse='\n'))
 282                         ,')'))
 283     db_stop(con)
 284 }
 285
 286 db_latest_build <- function(pkgname) {
 287     con <- db_start()
 288     build <- dbGetQuery(con, paste('SELECT * FROM builds'
 289                        ,'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 290                        ,              'GROUP BY package) AS last'
 291                        ,'WHERE id = max_id'
 292                        ,'AND builds.package =',db_quote(pkgname)))
 293     db_stop(con)
 294     return(build)
 295 }
 296
 297 db_latest_build_version <- function(pkgname) {
 298     build <- db_latest_build(pkgname)
 299     if (length(build) == 0) {
 300         return(NA)
 301     }
 302     return(version_new(build$r_version, build$deb_revision, build$deb_epoch))
 303 }
 304
 305 db_latest_build_status <- function(pkgname) {
 306     build <- db_latest_build(pkgname)
 307     if (length(build) == 0) {
 308         return(NA)
 309     }
 310     return(c(build$success,build$log))
 311 }
 312
 313 db_outdated_packages <- function() {
 314     con <- db_start()
 315     packages <- dbGetQuery(con,paste('SELECT packages.package FROM packages'
 316                ,'LEFT OUTER JOIN ('
 317                # extract the latest attempt at building each package
 318                ,      'SELECT * FROM builds'
 319                ,      'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 320                ,                    'GROUP BY package) AS last'
 321                ,      'WHERE id = max_id) AS build'
 322                ,'ON build.package = packages.package'
 323                # outdated iff:
 324                # - there is no latest build
 325                ,'WHERE build.package IS NULL'
 326                # - the database has changed since last build
 327                ,'OR build.db_version < (SELECT max(version) FROM database_versions)'
 328                # - the debian epoch has been bumped up
 329                ,'OR build.deb_epoch < (SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
 330                ,                        'WHERE version IN ('
 331                ,                            'SELECT max(version) FROM database_versions))'
 332                # - the latest build is not of the latest R version
 333                ,'OR build.r_version != packages.latest_r_version'
 334                ))$package
 335     db_stop(con)
 336     return(packages)
 337 }
 338