pkg/R/print.xtable.R

   1 ### xtable package\r
   2 ###\r
   3 ### Produce LaTeX and HTML tables from R objects.\r
   4 ###\r
   5 ### Copyright 2000-2012 David B. Dahl <dahl@stat.tamu.edu>\r
   6 ###\r
   7 ### Maintained by Charles Roosen <croosen@mango-solutions.com>\r
   8 ###\r
   9 ### This file is part of the `xtable' library for R and related languages.\r
  10 ### It is made available under the terms of the GNU General Public\r
  11 ### License, version 2, or at your option, any later version,\r
  12 ### incorporated herein by reference.\r
  13 ###\r
  14 ### This program is distributed in the hope that it will be\r
  15 ### useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied\r
  16 ### warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  17 ### PURPOSE.  See the GNU General Public License for more\r
  18 ### details.\r
  19 ###\r
  20 ### You should have received a copy of the GNU General Public\r
  21 ### License along with this program; if not, write to the Free\r
  22 ### Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston,\r
  23 ### MA 02111-1307, USA\r
  24 print.xtable <- function(x,\r
  25   type = getOption("xtable.type", "latex"),\r
  26   file = getOption("xtable.file", ""),\r
  27   append = getOption("xtable.append", FALSE),\r
  28   floating = getOption("xtable.floating", TRUE),\r
  29   floating.environment = getOption("xtable.floating.environment", "table"),\r
  30   table.placement = getOption("xtable.table.placement", "ht"),\r
  31   caption.placement = getOption("xtable.caption.placement", "bottom"),\r
  32   latex.environments = getOption("xtable.latex.environments", c("center")),\r
  33   tabular.environment = getOption("xtable.tabular.environment", "tabular"),\r
  34   size = getOption("xtable.size", NULL),\r
  35   hline.after = getOption("xtable.hline.after", c(-1,0,nrow(x))),\r
  36   NA.string = getOption("xtable.NA.string", ""),\r
  37   include.rownames = getOption("xtable.include.rownames", TRUE),\r
  38   include.colnames = getOption("xtable.include.colnames", TRUE),\r
  39   only.contents = getOption("xtable.only.contents", FALSE),\r
  40   add.to.row = getOption("xtable.add.to.row", NULL),\r
  41   sanitize.text.function = getOption("xtable.sanitize.text.function", NULL),\r
  42   sanitize.rownames.function = getOption("xtable.sanitize.rownames.function",\r
  43                                          sanitize.text.function),\r
  44   sanitize.colnames.function = getOption("xtable.sanitize.colnames.function",\r
  45                                          sanitize.text.function),\r
  46   math.style.negative = getOption("xtable.math.style.negative", FALSE),\r
  47   html.table.attributes = getOption("xtable.html.table.attributes", "border=1"),\r
  48   print.results = getOption("xtable.print.results", TRUE),\r
  49   format.args = getOption("xtable.format.args", NULL),\r
  50   rotate.rownames = getOption("xtable.rotate.rownames", FALSE),\r
  51   rotate.colnames = getOption("xtable.rotate.colnames", FALSE),\r
  52   booktabs = getOption("xtable.booktabs", FALSE),\r
  53   scalebox = getOption("xtable.scalebox", NULL),\r
  54   width = getOption("xtable.width", NULL),\r
  55   ...)\r
  56 {\r
  57     ## If caption is length 2, treat the second value as the "short caption"\r
  58     caption <- attr(x,"caption",exact = TRUE)\r
  59     short.caption <- NULL\r
  60     if (!is.null(caption) && length(caption) > 1){\r
  61         short.caption <- caption[2]\r
  62         caption <- caption[1]\r
  63     }\r
  64 \r
  65     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 hline.after\r
  66     ## By default it print an \hline before and after the columns names\r
  67     ## independently they are printed or not and at the end of the table\r
  68     ## Old code that set hline.after should include c(-1, 0, nrow(x)) in the\r
  69     ## hline.after vector\r
  70     ## If you do not want any \hline inside the data, set hline.after to NULL\r
  71     ## PHEADER instead the string '\\hline\n' is used in the code\r
  72     ## Now hline.after counts how many time a position appear\r
  73     ## I left an automatic PHEADER in the longtable is this correct?\r
  74 \r
  75     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 include.rownames,\r
  76     ## include.colnames\r
  77     pos <- 0\r
  78     if (include.rownames) pos <- 1\r
  79 \r
  80     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
  81     ## hline.after checks\r
  82     if (any(hline.after < -1) | any(hline.after > nrow(x))) {\r
  83         stop("'hline.after' must be inside [-1, nrow(x)]")\r
  84     }\r
  85 \r
  86     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
  87     ## add.to.row checks\r
  88     if (!is.null(add.to.row)) {\r
  89         if (is.list(add.to.row) && length(add.to.row) == 2) {\r
  90             if (is.null(names(add.to.row))) {\r
  91                 names(add.to.row) <- c('pos', 'command')\r
  92             } else if (any(sort(names(add.to.row))!= c('command', 'pos'))) {\r
  93                 stop("the names of the elements of 'add.to.row' must be 'pos' and 'command'")\r
  94             }\r
  95             if (is.list(add.to.row$pos) && is.vector(add.to.row$command,\r
  96                                                      mode = 'character')) {\r
  97                 if ((npos <- length(add.to.row$pos)) !=\r
  98                     length(add.to.row$command)) {\r
  99                     stop("the length of 'add.to.row$pos' must be equal to the length of 'add.to.row$command'")\r
 100                 }\r
 101                 if (any(unlist(add.to.row$pos) < -1) |\r
 102                     any(unlist(add.to.row$pos) > nrow(x))) {\r
 103                     stop("the values in add.to.row$pos must be inside the interval [-1, nrow(x)]")\r
 104                 }\r
 105             } else {\r
 106                 stop("the first argument ('pos') of 'add.to.row' must be a list, the second argument ('command') must be a vector of mode character")\r
 107             }\r
 108         } else {\r
 109             stop("'add.to.row' argument must be a list of length 2")\r
 110         }\r
 111     } else {\r
 112         add.to.row <- list(pos = list(),\r
 113                            command = vector(length = 0, mode = "character"))\r
 114         npos <- 0\r
 115     }\r
 116 \r
 117     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 add.to.row\r
 118     ## Add further commands at the end of rows\r
 119     if (type == "latex") {\r
 120         ## Original code before changes in version 1.6-1\r
 121         ## PHEADER <- "\\hline\n"\r
 122 \r
 123         ## booktabs code from Matthieu Stigler <matthieu.stigler@gmail.com>,\r
 124         ## 1 Feb 2012\r
 125         if(!booktabs){\r
 126             PHEADER <- "\\hline\n"\r
 127         } else {\r
 128             PHEADER <- ifelse(-1%in%hline.after, "\\toprule\n", "")\r
 129             if(0%in%hline.after) {\r
 130                 PHEADER <- c(PHEADER, "\\midrule\n")\r
 131             }\r
 132             if(nrow(x)%in%hline.after) {\r
 133                 PHEADER <- c(PHEADER, "\\bottomrule\n")\r
 134             }\r
 135         }\r
 136     } else {\r
 137         PHEADER <- ""\r
 138     }\r
 139 \r
 140     lastcol <- rep(" ", nrow(x)+2)\r
 141     if (!is.null(hline.after)) {\r
 142         ## booktabs change - Matthieu Stigler: fill the hline arguments\r
 143         ## separately, 1 Feb 2012\r
 144         ##\r
 145         ## Code before booktabs change was:\r
 146         ##    add.to.row$pos[[npos+1]] <- hline.after\r
 147 \r
 148         if (!booktabs){\r
 149             add.to.row$pos[[npos+1]] <- hline.after\r
 150         } else {\r
 151             for(i in 1:length(hline.after)) {\r
 152                 add.to.row$pos[[npos+i]] <- hline.after[i]\r
 153             }\r
 154         }\r
 155         add.to.row$command <- c(add.to.row$command, PHEADER)\r
 156     }\r
 157 \r
 158     if ( length(add.to.row$command) > 0 ) {\r
 159         for (i in 1:length(add.to.row$command)) {\r
 160             addpos <- add.to.row$pos[[i]]\r
 161             freq <- table(addpos)\r
 162             addpos <- unique(addpos)\r
 163             for (j in 1:length(addpos)) {\r
 164                 lastcol[addpos[j]+2] <- paste(lastcol[addpos[j]+2],\r
 165                                               paste(rep(add.to.row$command[i],\r
 166                                                         freq[j]),\r
 167                                                     sep = "", collapse = ""),\r
 168                                               sep = " ")\r
 169             }\r
 170         }\r
 171     }\r
 172 \r
 173     if (length(type)>1) stop("\"type\" must have length 1")\r
 174     type <- tolower(type)\r
 175     if (!all(!is.na(match(type, c("latex","html"))))) {\r
 176         stop("\"type\" must be in {\"latex\", \"html\"}")\r
 177     }\r
 178     if (!all(!is.na(match(floating.environment,\r
 179                           c("table","table*","sidewaystable",\r
 180                             "margintable"))))) {\r
 181         stop("\"type\" must be in {\"table\", \"table*\", \"sidewaystable\", \"margintable\"}")\r
 182     }\r
 183     if (("margintable" %in% floating.environment)\r
 184         & (!is.null(table.placement))) {\r
 185         warning("margintable does not allow for table placement; setting table.placement to NULL")\r
 186         table.placement <- NULL\r
 187     }\r
 188     if (!is.null(table.placement) &&\r
 189         !all(!is.na(match(unlist(strsplit(table.placement,  split = "")),\r
 190                           c("H","h","t","b","p","!"))))) {\r
 191         stop("\"table.placement\" must contain only elements of {\"h\",\"t\",\"b\",\"p\",\"!\"}")\r
 192     }\r
 193     if (!all(!is.na(match(caption.placement, c("bottom","top"))))) {\r
 194         stop("\"caption.placement\" must be either {\"bottom\",\"top\"}")\r
 195     }\r
 196 \r
 197     if (type == "latex") {\r
 198         BCOMMENT <- "% "\r
 199         ECOMMENT <- "\n"\r
 200         ## See e-mail from "John S. Walker <jsw9c@uic.edu>" dated 5-19-2003\r
 201         ## regarding "texfloat"\r
 202         ## See e-mail form "Fernando Henrique Ferraz P. da Rosa"\r
 203         ## <academic@feferraz.net>" dated 10-28-2005 regarding "longtable"\r
 204         if ( tabular.environment == "longtable" & floating == TRUE ) {\r
 205             warning("Attempt to use \"longtable\" with floating = TRUE. Changing to FALSE.")\r
 206             floating <- FALSE\r
 207         }\r
 208         if ( floating == TRUE ) {\r
 209             ## See e-mail from "Pfaff, Bernhard <Bernhard.Pfaff@drkw.com>"\r
 210             ## dated 7-09-2003 regarding "suggestion for an amendment of\r
 211             ## the source"\r
 212             ## See e-mail from "Mitchell, David"\r
 213             ## <David.Mitchell@dotars.gov.au>" dated 2003-07-09 regarding\r
 214             ## "Additions to R xtable package"\r
 215             ## See e-mail from "Garbade, Sven"\r
 216             ## <Sven.Garbade@med.uni-heidelberg.de> dated 2006-05-22\r
 217             ## regarding the floating environment.\r
 218             BTABLE <- paste("\\begin{", floating.environment, "}",\r
 219                             ifelse(!is.null(table.placement),\r
 220                                    paste("[", table.placement, "]", sep = ""),\r
 221                                    ""), "\n", sep = "")\r
 222             if ( is.null(latex.environments) ||\r
 223                 (length(latex.environments) == 0) ) {\r
 224                 BENVIRONMENT <- ""\r
 225                 EENVIRONMENT <- ""\r
 226             } else {\r
 227                 BENVIRONMENT <- ""\r
 228                 EENVIRONMENT <- ""\r
 229                 if ("center" %in% latex.environments){\r
 230                     BENVIRONMENT <- paste(BENVIRONMENT, "\\centering\n",\r
 231                                           sep = "")\r
 232                 }\r
 233                 for (i in 1:length(latex.environments)) {\r
 234                     if (latex.environments[i] == "") next\r
 235                     if (latex.environments[i] != "center"){\r
 236                         BENVIRONMENT <- paste(BENVIRONMENT,\r
 237                                               "\\begin{", latex.environments[i],\r
 238                                               "}\n", sep = "")\r
 239                         EENVIRONMENT <- paste("\\end{", latex.environments[i],\r
 240                                               "}\n", EENVIRONMENT, sep = "")\r
 241                     }\r
 242                 }\r
 243             }\r
 244             ETABLE <- paste("\\end{", floating.environment, "}\n", sep = "")\r
 245         } else {\r
 246             BTABLE <- ""\r
 247             ETABLE <- ""\r
 248             BENVIRONMENT <- ""\r
 249             EENVIRONMENT <- ""\r
 250         }\r
 251 \r
 252         tmp.index.start <- 1\r
 253         if ( ! include.rownames ) {\r
 254             while ( attr(x, "align", exact = TRUE)[tmp.index.start] == '|' )\r
 255                 tmp.index.start <- tmp.index.start + 1\r
 256             tmp.index.start <- tmp.index.start + 1\r
 257         }\r
 258         ## Added "width" argument for use with "tabular*" or\r
 259         ## "tabularx" environments - CR, 7/2/12\r
 260         if (is.null(width)){\r
 261             WIDTH <-""\r
 262         } else if (is.element(tabular.environment,\r
 263                               c("tabular", "longtable"))){\r
 264             warning("Ignoring 'width' argument.  The 'tabular' and 'longtable' environments do not support a width specification.  Use another environment such as 'tabular*' or 'tabularx' to specify the width.")\r
 265             WIDTH <- ""\r
 266         } else {\r
 267             WIDTH <- paste("{", width, "}", sep = "")\r
 268         }\r
 269 \r
 270         BTABULAR <-\r
 271             paste("\\begin{", tabular.environment, "}",\r
 272                   WIDTH, "{",\r
 273                   paste(c(attr(x, "align",\r
 274                                exact = TRUE)[\r
 275                                tmp.index.start:length(attr(x, "align",\r
 276                                                            exact = TRUE))],\r
 277                           "}\n"),\r
 278                         sep = "", collapse = ""),\r
 279                   sep = "")\r
 280 \r
 281         ## fix 10-26-09 (robert.castelo@upf.edu) the following\r
 282         ## 'if' condition is added here to support\r
 283         ## a caption on the top of a longtable\r
 284         if (tabular.environment == "longtable" && caption.placement == "top") {\r
 285             if (is.null(short.caption)){\r
 286                 BCAPTION <- "\\caption{"\r
 287             } else {\r
 288                 BCAPTION <- paste("\\caption[", short.caption, "]{", sep = "")\r
 289             }\r
 290             ECAPTION <- "} \\\\ \n"\r
 291             if ((!is.null(caption)) && (type == "latex")) {\r
 292                 BTABULAR <- paste(BTABULAR,  BCAPTION, caption, ECAPTION,\r
 293                                   sep = "")\r
 294             }\r
 295         }\r
 296         ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
 297         ## add.to.row position -1\r
 298         BTABULAR <- paste(BTABULAR, lastcol[1], sep = "")\r
 299         ## the \hline at the end, if present, is set in full matrix\r
 300         ETABULAR <- paste("\\end{", tabular.environment, "}\n", sep = "")\r
 301 \r
 302         ## Add scalebox - CR, 7/2/12\r
 303         if (!is.null(scalebox)){\r
 304             BTABULAR <- paste("\\scalebox{", scalebox, "}{\n", BTABULAR,\r
 305                               sep = "")\r
 306             ETABULAR <- paste(ETABULAR, "}\n", sep = "")\r
 307         }\r
 308 \r
 309         ## BSIZE contributed by Benno <puetz@mpipsykl.mpg.de> in e-mail\r
 310         ## dated Wednesday, December 01, 2004\r
 311         if (is.null(size) || !is.character(size)) {\r
 312             BSIZE <- ""\r
 313             ESIZE <- ""\r
 314         } else {\r
 315             if(length(grep("^\\\\", size)) == 0){\r
 316                 size <- paste("\\", size, sep = "")\r
 317             }\r
 318             BSIZE <- paste("{", size, "\n", sep = "")\r
 319             ESIZE <- "}\n"\r
 320         }\r
 321         BLABEL <- "\\label{"\r
 322         ELABEL <- "}\n"\r
 323         if (is.null(short.caption)){\r
 324         BCAPTION <- "\\caption{"\r
 325     } else {\r
 326         BCAPTION <- paste("\\caption[", short.caption, "]{", sep = "")\r
 327     }\r
 328         ECAPTION <- "}\n"\r
 329         BROW <- ""\r
 330         EROW <- " \\\\ \n"\r
 331         BTH <- ""\r
 332         ETH <- ""\r
 333         STH <- " & "\r
 334         BTD1 <- " & "\r
 335         BTD2 <- ""\r
 336         BTD3 <- ""\r
 337         ETD  <- ""\r
 338         ## Based on contribution from Jonathan Swinton\r
 339         ## <jonathan@swintons.net> in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 340         sanitize <- function(str) {\r
 341             result <- str\r
 342             result <- gsub("\\\\", "SANITIZE.BACKSLASH", result)\r
 343             result <- gsub("$", "\\$", result, fixed = TRUE)\r
 344             result <- gsub(">", "$>$", result, fixed = TRUE)\r
 345             result <- gsub("<", "$<$", result, fixed = TRUE)\r
 346             result <- gsub("|", "$|$", result, fixed = TRUE)\r
 347             result <- gsub("{", "\\{", result, fixed = TRUE)\r
 348             result <- gsub("}", "\\}", result, fixed = TRUE)\r
 349             result <- gsub("%", "\\%", result, fixed = TRUE)\r
 350             result <- gsub("&", "\\&", result, fixed = TRUE)\r
 351             result <- gsub("_", "\\_", result, fixed = TRUE)\r
 352             result <- gsub("#", "\\#", result, fixed = TRUE)\r
 353             result <- gsub("^", "\\verb|^|", result, fixed = TRUE)\r
 354             result <- gsub("~", "\\~{}", result, fixed = TRUE)\r
 355             result <- gsub("SANITIZE.BACKSLASH", "$\\backslash$",\r
 356                            result, fixed = TRUE)\r
 357             return(result)\r
 358         }\r
 359         sanitize.numbers <- function(x) {\r
 360             result <- x\r
 361             if ( math.style.negative ) {\r
 362                 ## Jake Bowers <jwbowers@illinois.edu> in e-mail\r
 363                 ## from 2008-08-20 suggested disabling this feature to avoid\r
 364                 ## problems with LaTeX's dcolumn package.\r
 365                 ## by Florian Wickelmaier <florian.wickelmaier@uni-tuebingen.de>\r
 366                 ## in e-mail from 2008-10-03 requested the ability to use the\r
 367                 ## old behavior.\r
 368                 for(i in 1:length(x)) {\r
 369                     result[i] <- gsub("-", "$-$", result[i], fixed = TRUE)\r
 370                 }\r
 371             }\r
 372             return(result)\r
 373         }\r
 374         sanitize.final <- function(result) {\r
 375             return(result)\r
 376         }\r
 377     } else {\r
 378         BCOMMENT <- "<!-- "\r
 379         ECOMMENT <- " -->\n"\r
 380         BTABLE <- paste("<TABLE ", html.table.attributes, ">\n", sep = "")\r
 381         ETABLE <- "</TABLE>\n"\r
 382         BENVIRONMENT <- ""\r
 383         EENVIRONMENT <- ""\r
 384         BTABULAR <- ""\r
 385         ETABULAR <- ""\r
 386         BSIZE <- ""\r
 387         ESIZE <- ""\r
 388         BLABEL <- "<A NAME="\r
 389         ELABEL <- "></A>\n"\r
 390         BCAPTION <- paste("<CAPTION ALIGN=\"", caption.placement, "\"> ",\r
 391                           sep = "")\r
 392         ECAPTION <- " </CAPTION>\n"\r
 393         BROW <- "<TR>"\r
 394         EROW <- " </TR>\n"\r
 395         BTH <- " <TH> "\r
 396         ETH <- " </TH> "\r
 397         STH <- " </TH> <TH> "\r
 398         BTD1 <- " <TD align=\""\r
 399         align.tmp <- attr(x, "align", exact = TRUE)\r
 400         align.tmp <- align.tmp[align.tmp!="|"]\r
 401         BTD2 <- matrix(align.tmp[(2-pos):(ncol(x)+1)],\r
 402                        nrow = nrow(x), ncol = ncol(x)+pos, byrow = TRUE)\r
 403         ## Based on contribution from Jonathan Swinton <jonathan@swintons.net>\r
 404         ## in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 405         BTD2[regexpr("^p", BTD2)>0] <- "left"\r
 406         BTD2[BTD2 == "r"] <- "right"\r
 407         BTD2[BTD2 == "l"] <- "left"\r
 408         BTD2[BTD2 == "c"] <- "center"\r
 409         BTD3 <- "\"> "\r
 410         ETD  <- " </TD>"\r
 411         sanitize <- function(str) {\r
 412             result <- str\r
 413             result <- gsub("&", "&amp ", result, fixed = TRUE)\r
 414             result <- gsub(">", "&gt ", result, fixed = TRUE)\r
 415             result <- gsub("<", "&lt ", result, fixed = TRUE)\r
 416             ## Kurt Hornik <Kurt.Hornik@wu-wien.ac.at> on 2006/10/05\r
 417             ## recommended not escaping underscores.\r
 418             ## result <- gsub("_", "\\_", result, fixed=TRUE)\r
 419             return(result)\r
 420         }\r
 421         sanitize.numbers <- function(x) {\r
 422             return(x)\r
 423         }\r
 424         sanitize.final <- function(result) {\r
 425             ## Suggested by Uwe Ligges <ligges@statistik.uni-dortmund.de>\r
 426             ## in e-mail dated 2005-07-30.\r
 427             result$text <- gsub("  *", " ",  result$text, fixed = TRUE)\r
 428             result$text <- gsub(' align="left"',  "", result$text,\r
 429                                 fixed = TRUE)\r
 430             return(result)\r
 431         }\r
 432     }\r
 433 \r
 434     result <- string("", file = file, append = append)\r
 435     info <- R.Version()\r
 436     ## modified Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
 437     ## to set automatically the package version\r
 438     result <- result + BCOMMENT + type + " table generated in " +\r
 439               info$language + " " + info$major + "." + info$minor +\r
 440               " by xtable " +  packageDescription('xtable')$Version +\r
 441               " package" + ECOMMENT\r
 442     result <- result + BCOMMENT + date() + ECOMMENT\r
 443     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 only.contents\r
 444     if (!only.contents) {\r
 445         result <- result + BTABLE\r
 446         result <- result + BENVIRONMENT\r
 447         if ( floating == TRUE ) {\r
 448             if ((!is.null(caption)) &&\r
 449                 (type == "html" ||caption.placement == "top")) {\r
 450                 result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 451             }\r
 452             if (!is.null(attr(x, "label", exact = TRUE)) &&\r
 453                 (type == "latex" && caption.placement == "top")) {\r
 454                 result <- result + BLABEL +\r
 455                           attr(x, "label", exact = TRUE) + ELABEL\r
 456             }\r
 457         }\r
 458         result <- result + BSIZE\r
 459         result <- result + BTABULAR\r
 460     }\r
 461     ## Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
 462     ## include.colnames, include.rownames\r
 463     if (include.colnames) {\r
 464         result <- result + BROW + BTH\r
 465         if (include.rownames) {\r
 466             result <- result + STH\r
 467         }\r
 468         ## David G. Whiting in e-mail 2007-10-09\r
 469         if (is.null(sanitize.colnames.function)) {\r
 470             CNAMES <- sanitize(names(x))\r
 471         } else {\r
 472             CNAMES <- sanitize.colnames.function(names(x))\r
 473         }\r
 474         if (rotate.colnames) {\r
 475             ##added by Markus Loecher, 2009-11-16\r
 476             CNAMES <- paste("\\begin{sideways}", CNAMES, "\\end{sideways}")\r
 477         }\r
 478         result <- result + paste(CNAMES, collapse = STH)\r
 479 \r
 480         result <- result + ETH + EROW\r
 481     }\r
 482 \r
 483     cols <- matrix("", nrow = nrow(x), ncol = ncol(x)+pos)\r
 484     if (include.rownames) {\r
 485         ## David G. Whiting in e-mail 2007-10-09\r
 486         if (is.null(sanitize.rownames.function)) {\r
 487             RNAMES <- sanitize(row.names(x))\r
 488         } else {\r
 489             RNAMES <- sanitize.rownames.function(row.names(x))\r
 490         }\r
 491         if (rotate.rownames) {\r
 492             ##added by Markus Loecher, 2009-11-16\r
 493             RNAMES <- paste("\\begin{sideways}", RNAMES, "\\end{sideways}")\r
 494         }\r
 495         cols[, 1] <- RNAMES\r
 496     }\r
 497 \r
 498 ## Begin vectorizing the formatting code by Ian Fellows [ian@fellstat.com]\r
 499 ## 06 Dec 2011\r
 500 ##\r
 501 ##  disp <- function(y) {\r
 502 ##    if (is.factor(y)) {\r
 503 ##      y <- levels(y)[y]\r
 504 ##    }\r
 505 ##    if (is.list(y)) {\r
 506 ##      y <- unlist(y)\r
 507 ##    }\r
 508 ##    return(y)\r
 509 ##  }\r
 510     varying.digits <- is.matrix( attr( x, "digits", exact = TRUE ) )\r
 511     ## Code for letting "digits" be a matrix was provided by\r
 512     ## Arne Henningsen <ahenningsen@agric-econ.uni-kiel.de>\r
 513     ## in e-mail dated 2005-06-04.\r
 514     ##if( !varying.digits ) {\r
 515     ## modified Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
 516     ##  attr(x,"digits") <- matrix( attr( x, "digits",exact=TRUE ),\r
 517     ## nrow = nrow(x), ncol = ncol(x)+1, byrow = TRUE )\r
 518     ##}\r
 519     for(i in 1:ncol(x)) {\r
 520         xcol <- x[, i]\r
 521         if(is.factor(xcol))\r
 522             xcol <- as.character(xcol)\r
 523         if(is.list(xcol))\r
 524             xcol <- sapply(xcol, unlist)\r
 525         ina <- is.na(xcol)\r
 526         is.numeric.column <- is.numeric(xcol)\r
 527 \r
 528         if(is.character(xcol)) {\r
 529             cols[, i+pos] <- xcol\r
 530         } else {\r
 531             if (is.null(format.args)){\r
 532                 format.args <- list()\r
 533             }\r
 534             if (is.null(format.args$decimal.mark)){\r
 535                 format.args$decimal.mark <- options()$OutDec\r
 536             }\r
 537             if(!varying.digits){\r
 538                 curFormatArgs <- c(list(\r
 539                                    x = xcol,\r
 540                                    format = ifelse( attr( x, "digits",\r
 541                                    exact = TRUE )[i+1] < 0, "E",\r
 542                                    attr( x, "display", exact = TRUE )[i+1] ),\r
 543                                    digits = abs( attr( x, "digits",\r
 544                                    exact = TRUE )[i+1] )),\r
 545                                    format.args)\r
 546                 cols[, i+pos] <- do.call("formatC", curFormatArgs)\r
 547             }else{\r
 548                 for( j in 1:nrow( cols ) ) {\r
 549                     curFormatArgs <- c(list(\r
 550                                        x = xcol[j],\r
 551                                        format = ifelse( attr( x, "digits",\r
 552                                        exact = TRUE )[j, i+1] < 0, "E",\r
 553                                        attr( x, "display",\r
 554                                             exact = TRUE )[i+1] ),\r
 555                                        digits = abs( attr( x, "digits",\r
 556                                        exact = TRUE )[j, i+1] )),\r
 557                                        format.args)\r
 558                     cols[j, i+pos] <- do.call("formatC", curFormatArgs)\r
 559                 }\r
 560             }\r
 561         }\r
 562         ## End Ian Fellows changes\r
 563 \r
 564         if ( any(ina) ) cols[ina, i+pos] <- NA.string\r
 565         ## Based on contribution from Jonathan Swinton <jonathan@swintons.net>\r
 566         ## in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 567         if ( is.numeric.column ) {\r
 568             cols[, i+pos] <- sanitize.numbers(cols[, i+pos])\r
 569         } else {\r
 570             if (is.null(sanitize.text.function)) {\r
 571                 cols[, i+pos] <- sanitize(cols[, i+pos])\r
 572             } else {\r
 573                 cols[, i+pos] <- sanitize.text.function(cols[, i+pos])\r
 574             }\r
 575         }\r
 576     }\r
 577 \r
 578     multiplier <- 5\r
 579     full <- matrix("", nrow = nrow(x), ncol = multiplier*(ncol(x)+pos)+2)\r
 580     full[, 1] <- BROW\r
 581     full[, multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+2] <- BTD1\r
 582     full[, multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+3] <- BTD2\r
 583     full[, multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+4] <- BTD3\r
 584     full[, multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+5] <- cols\r
 585     full[, multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+6] <- ETD\r
 586 \r
 587     full[, multiplier*(ncol(x)+pos)+2] <- paste(EROW, lastcol[-(1:2)],\r
 588                                                 sep = " ")\r
 589 \r
 590     if (type == "latex") full[, 2] <- ""\r
 591     result <- result + lastcol[2] + paste(t(full), collapse = "")\r
 592     if (!only.contents) {\r
 593         if (tabular.environment == "longtable") {\r
 594             ## booktabs change added the if() - 1 Feb 2012\r
 595             if(!booktabs) {\r
 596                 result <- result + PHEADER\r
 597             }\r
 598 \r
 599             ## fix 10-27-09 Liviu Andronic (landronimirc@gmail.com) the\r
 600             ## following 'if' condition is inserted in order to avoid\r
 601             ## that bottom caption interferes with a top caption of a longtable\r
 602             if(caption.placement == "bottom"){\r
 603                 if ((!is.null(caption)) && (type == "latex")) {\r
 604                     result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 605                 }\r
 606             }\r
 607             if (!is.null(attr(x, "label", exact = TRUE))) {\r
 608                 result <- result + BLABEL + attr(x, "label", exact = TRUE) +\r
 609                     ELABEL\r
 610             }\r
 611             ETABULAR <- "\\end{longtable}\n"\r
 612         }\r
 613         result <- result + ETABULAR\r
 614         result <- result + ESIZE\r
 615         if ( floating == TRUE ) {\r
 616             if ((!is.null(caption)) &&\r
 617                 (type == "latex" && caption.placement == "bottom")) {\r
 618                 result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 619             }\r
 620             if (!is.null(attr(x, "label", exact = TRUE)) &&\r
 621                 caption.placement == "bottom") {\r
 622                 result <- result + BLABEL + attr(x, "label", exact = TRUE) +\r
 623                     ELABEL\r
 624             }\r
 625         }\r
 626         result <- result + EENVIRONMENT\r
 627         result <- result + ETABLE\r
 628     }\r
 629     result <- sanitize.final(result)\r
 630 \r
 631     if (print.results){\r
 632         print(result)\r
 633     }\r
 634 \r
 635     return(invisible(result$text))\r
 636 }\r
 637 \r
 638 "+.string" <- function(x, y) {\r
 639     x$text <- paste(x$text, as.string(y)$text, sep = "")\r
 640     return(x)\r
 641 }\r
 642 \r
 643 print.string <- function(x, ...) {\r
 644     cat(x$text, file = x$file, append = x$append)\r
 645     return(invisible())\r
 646 }\r
 647 \r
 648 string <- function(text, file = "", append = FALSE) {\r
 649     x <- list(text = text, file = file, append = append)\r
 650     class(x) <- "string"\r
 651     return(x)\r
 652 }\r
 653 \r
 654 as.string <- function(x, file = "", append = FALSE) {\r
 655     if (is.null(attr(x, "class", exact = TRUE)))\r
 656         switch(data.class(x),\r
 657                character = return(string(x, file, append)),\r
 658                numeric = return(string(as.character(x), file, append)),\r
 659                stop("Cannot coerse argument to a string"))\r
 660     if (class(x) == "string")\r
 661         return(x)\r
 662     stop("Cannot coerse argument to a string")\r
 663 }\r
 664 \r
 665 is.string <- function(x) {\r
 666     return(class(x) == "string")\r
 667 }\r
 668 \r