papers/useR2009/cran2deb.tex

   1
   2 %% add 'handout' option for handouts, and pgfpages for 2-on-1
   3 \documentclass[smaller,compress]{beamer}
   4 %\usepackage{pgfpages}
   5 %\pgfpagesuselayout{2 on 1}[letterpaper,border shrink=5mm]
   6 %\pgfpagesuselayout{4 on 1}[letterpaper,border shrink=5mm]
   7 %\pgfpagesuselayout{2 on 1}[a4,border shrink=5mm]
   8
   9 \include{setup}  %% has all definitions etc
  10
  11 %\title[cran2deb: Automated CRAN to Debian packages generation]{cran2deb: A
  12 %  system to automatically provide 1700+ CRAN packages as Debian binaries}
  13 \title[cran2deb: CRAN to Debian packages]{cran2deb: Automating CRAN to Debian packages generation}
  14
  15 %\subtitle{\textsl{Tutorial at R/Finance 2009}}
  16 \subject{UseR! 2009 Presentation}
  17 \author[Charles Blundell \and Dirk Eddelbuettel]{Charles Blundell\inst{1} \and Dirk Eddelbuettel\inst{2}}
  18 \institute[Gatsby \and Debian]{\inst{1}Gatsby Computational Neuroscience Unit
  19   \\ University College London \and \inst{2}Debian / R Projects}
  20 \date[UseR! 2009]{Presentation at UseR! 2009 \\ Rennnes, France \\ July 2009}
  21
  22
  23 \begin{document}
  24
  25 \begin{frame}
  26   \titlepage
  27 \end{frame}
  28
  29 \begin{frame}
  30   \frametitle{Overview}
  31   \tableofcontents
  32 \end{frame}
  33
  34 \section[Why]{Why: Background and Motivation}
  35 \begin{frame}
  36   \frametitle{About R -- and its repos}
  37   \framesubtitle{An open statistical language / environment -- with lots of
  38     excellent code contributions}
  39
  40   A few key facts that are non-controversial at a \textsl{useR!} conference:
  41   \begin{itemize}
  42   \item \R\ is now a standard for statistical applications and research
  43   \item \textit{``Success has many fathers''}: several key drivers can
  44     be identified as to why \R\ has done so well
  45   \item We would like to stress \textsl{repos} and available packages here:
  46     CRAN, as well as BioConductor and Omegahat.
  47   \item CRAN has been one of the drivers: an open yet rigourously QA'ed
  48     repostory which has experienced tremendous growth
  49   \end{itemize}
  50 \end{frame}
  51
  52 \begin{frame}
  53   \frametitle{CRAN Packages} %% NB Or shall we merge this with the preceding slide?
  54   \framesubtitle{Exponential Growth}
  55
  56   \begin{columns}
  57     \begin{column}{3in}
  58       \begin{figure}
  59         \includegraphics[height=6cm,transparent]{figures/Packages}
  60
  61         \begin{scriptsize}
  62           Source: Fox (2008, 2009), our calculations
  63         \end{scriptsize}
  64       \end{figure}
  65     \end{column}
  66     \begin{column}{2in}
  67       \begin{itemize}
  68         \item CRAN archive network growing by 40\% p.a., now at around 1750 packages
  69
  70         \item John Fox provided this chart in an invited lecture at the last
  71         \emph{useR!} meetings.
  72       \end{itemize}
  73     \end{column}
  74     \begin{column}{0.25in}
  75       \phantom{XX}
  76     \end{column}
  77   \end{columns}
  78 \end{frame}
  79
  80 \begin{frame}
  81   \frametitle{Debian and Ubuntu} % NB Maybe skip this slide?
  82   \framesubtitle{Open Linux distributions}
  83
  84   A few key points:
  85   \begin{itemize}
  86   \item Debian is \textsl{the} community-driven Linux distribution where
  87     numerous volunteers provide over twenty-thousand packages for around
  88     a dozen architectures.
  89   \item Packages and package management ``just work'': with arguably the most
  90     advanced and robust package management system, and a tremendous
  91     build and test infrastructure.
  92   \item Ubuntu has taken Debian, added a fair amount of spit and polish, as
  93     well as regular bi-annual releases, and has rapidly gained mind- and
  94     well as market-share as the Linux distribution to beat.
  95   \item Lastly, we note that the CRAN backend is also implemented on Debian.
  96   \end{itemize}
  97 \end{frame}
  98
  99 \begin{frame}
 100   \frametitle{Why build Debian R packages?}
 101   \framesubtitle{Combining R and Debian}
 102   Bates, Eddelbuettel and Gebhard (UseR! 2004) listed a number of reason
 103   that still hold:
 104   \begin{itemize}
 105   \item \textbf{Dependencies} are resolved automatically: \textsl{it just
 106       works}
 107   \item \textbf{Convenience} of installing binary packages via
 108     \texttt{apt-get} %is
 109     %easier than building from source
 110   \item \textbf{Quality control} as build daemons, automated rebuilds,
 111     porting, ... all ensure that everything is pretty much buildable all the
 112     time
 113   \item \textbf{Scalability} as building one binary package and scripting
 114     installation on a cluster beats doing lots of manual installations
 115   \item \textbf{Common platform} as Debian forms the base for Ubuntu and
 116     several other derivative or single-focus distributions
 117   \item \textbf{Different architectures} ranging from small arm or mips based
 118     systems to amd64, sparc64, hppa or even s390 mainframes
 119   \item \textbf{Audience} given the reach of Debian and Ubuntu, large number
 120     of users can be reached with little effort
 121   \end{itemize}
 122
 123 \end{frame}
 124
 125 %\section{What is behind it?}
 126 \begin{frame}
 127   \frametitle{So what is a Debian package?} % NB Maybe skip this?
 128   \framesubtitle{And how do I build it?}
 129
 130   Building a Debian package is similar to using \texttt{R
 131     CMD binary} etc:
 132   \begin{itemize}
 133   \item Reads meta-information is read from the files in the debian/ directory
 134     \begin{itemize}
 135     \item debian/control (similar to R's DESCRIPTION) lists names,
 136       maintainers, build- and run-time dependencies
 137     \item debian/copyright lists all author, license holders and copyright
 138       statements
 139     \item debian/changelog provides current and past version numbers with a
 140       list of  all changes in chronological fashion
 141     \item debian/rules is a Makefile containing all steps to configure,
 142       build, install, package-create and clean
 143     \end{itemize}
 144   \item Employs a number of external scripts and tools tie into this,
 145   similar to what R has below \texttt{\$RHOME/share}
 146   \end{itemize}
 147 \end{frame}
 148
 149
 150 \section[How]{How: Key aspects of the approach and implementation}
 151 \begin{frame}
 152   \frametitle{Comparing two approaches}
 153   \framesubtitle{What have we learned?}
 154
 155   Eddelbuettel, Vernazobres, Gebhard and M\"{o}ller (UseR 2007) presented a first
 156   approach.
 157
 158   \MedSkip
 159
 160   \begin{columns}
 161     \begin{column}{2in}
 162       \textsl{Then}
 163       \begin{itemize}
 164       \item Top-down approach
 165       \item Monolithic and large Perl program
 166       \item Re-implementing chunks of what \R does in parsing archives
 167       \item Not very robust
 168       \end{itemize}
 169     \end{column}
 170
 171     \begin{column}{2in}
 172       \textsl{Now}
 173       \begin{itemize}
 174       \item Bottom-up approach
 175       \item Collection of \R and shell scripts, also lots of SQL
 176       \item Re-using \R internal infrastructure as much as possible
 177       \item Influenced by %Eddelbuettel's
 178         \href{http://dirk.eddelbuettel.com/cranberries/}{CRANberries} and its
 179         200 lines of \R code to monitor and summarize CRAN changes
 180       \end{itemize}
 181     \end{column}
 182   \end{columns}
 183 \end{frame}
 184
 185 \begin{frame}
 186   \frametitle{Technology Overview}
 187   \framesubtitle{Charles: Can you fill something in here, if I haven't stolen
 188     all nuggets on the previous slide?}
 189
 190 \end{frame}
 191
 192 \section[Status]{Status: Where are we now?}
 193 \begin{frame}
 194   \frametitle{Current Status}
 195   \framesubtitle{Ready for wider deployment and testing}
 196
 197   \begin{itemize}
 198   \item Ground-work provided during Google Summer of Code 2008 under the
 199     umbrella of the \R Foundation
 200   \item Currently using a (small) Xen-instance on a server at WU Wien to host
 201     two Debian pbuilder chroots and an archive
 202   \item 1700+ packages for i386 and amd64 on Debian testing
 203   \item In daily use for the last few weeks!
 204   \end{itemize}
 205
 206   \MedSkip
 207   Just add the following URL (with -amd64 for 64-bit) \newline
 208   { \SmallSkip \scriptsize
 209     \texttt{deb http://xmcorsairs.wu.ac.at/cran2deb/debian-i386 testing/}
 210   }
 211
 212 \end{frame}
 213
 214 \section{Open Issues}
 215 \begin{frame}
 216   \frametitle{Question to be addressed}
 217   \framesubtitle{These may not be showstoppers}
 218
 219   \begin{itemize}
 220   \item What can or cannot be (re-)distributed by CRAN and its mirrors?
 221   \item What can or cannot be used by all users?
 222   \item Remaining external dependencies:
 223     \begin{itemize}
 224       \item BioConductor is the single largest source: BioBase, RGraphviz, etc
 225       \item Other external libraries or tools not in Debian
 226       \item Commercial external dependencies: SGE, LSF, Oracle, Vhayu
 227     \end{itemize}
 228   \item Builds for other architectures ?
 229   \item Builds for other Debian flavours such as Ubuntu ?
 230   \end{itemize}
 231 \end{frame}
 232
 233 \end{document}
 234
 235 %%% Local Variables:
 236 %%% mode: latex
 237 %%% TeX-master: t
 238 %%% End: