neurodebian.cfg

   1 [dde]
   2 pkgquery_url = http://dde.debian.net/dde/q/udd
   3
   4 [packages]
   5 # Packages listed in the following taskfiles will be featured on the website
   6 # _if_ they are also present in the repository
   7 select taskfiles =
   8  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-cognitive
   9  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-datasets
  10  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging
  11  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging-dev
  12
  13 # Additional selection filter (similar to 'select taskfiles'), only listing
  14 # package names
  15 select names = libnifti2 odin mitools afni-atlases python-pyssdh python-networkx
  16  r-cran-glmnet python-rpy2 python-nibabel-snapshot
  17  python-scikits-learn python-mdp python-mlpy python-openpyxl
  18
  19 # Information about prospective packages to be imported from taskfiles
  20 prospective =
  21  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-cognitive
  22  svn://svn.debian.org/blends/projects/science/trunk/debian-science/tasks/neuroscience-datasets
  23  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging
  24  svn://svn.debian.org/blends/projects/med/trunk/debian-med/tasks/imaging-dev
  25
  26 [blend package aliases]
  27 # alias a package name from a blend taskfile to an arbitray number of additional
  28 # package names -- if the original name should appear in the package list it has
  29 # to be added as an alias as well
  30 mni-icbm152-nlin-2009 = mni-icbm152-nlin-2009a mni-icbm152-nlin-2009b mni-icbm152-nlin-2009c
  31 fsl = fsl fsl-doc fsl-atlases fsl-possum-data fsl-first-data fsl-feeds fsl-harvard-oxford-atlases, fsl-juelich-histological-atlas, fsl-jhu-dti-whitematter-atlas, fsl-mni-structural-atlas, fsl-talairach-daemon-atlas, fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas, fsl-bangor-cerebellar-atlas, fsl-mni152-templates
  32 fslview = fslview fslview-doc
  33 python-mvpa = python-mvpa python-mvpa-snapshot
  34 libgiftiio-dev = libgiftiio-dev gifti-bin
  35 openmeeg-tools = openmeeg-tools libopenmeeg-dev python-openmeeg libopenmeeg1
  36 libbiosig-dev = libbiosig-dev python-biosig octave-biosig biosig-tools libbiosig0
  37
  38 [mirrors]
  39 de = http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian
  40 gr = http://neurobot.bio.auth.gr/neurodebian
  41 us-ca = http://neurodeb.pirsquared.org
  42 us-nh = http://neuro.debian.net/debian
  43 us-tn = http://masi.vuse.vanderbilt.edu/neurodebian
  44
  45 [neurodebian]
  46 # Release files of all repositories to be contained in the website
  47 releases =
  48  http://neuro.debian.net/debian/dists/data/Release
  49  http://neuro.debian.net/debian/dists/dapper/Release
  50  http://neuro.debian.net/debian/dists/gutsy/Release
  51  http://neuro.debian.net/debian/dists/hardy/Release
  52  http://neuro.debian.net/debian/dists/intrepid/Release
  53  http://neuro.debian.net/debian/dists/jaunty/Release
  54  http://neuro.debian.net/debian/dists/karmic/Release
  55  http://neuro.debian.net/debian/dists/lucid/Release
  56  http://neuro.debian.net/debian/dists/maverick/Release
  57  http://neuro.debian.net/debian/dists/etch/Release
  58  http://neuro.debian.net/debian/dists/lenny/Release
  59  http://neuro.debian.net/debian/dists/squeeze/Release
  60  http://neuro.debian.net/debian/dists/sid/Release
  61
  62 [release codenames]
  63 # the 'data' entry should not be changed, as this exact setting also serves as
  64 # a test condition in the DDE code
  65 data = Datasets
  66 etch = Debian GNU/Linux 4.0 (etch)
  67 lenny = Debian GNU/Linux 5.0 (lenny)
  68 squeeze = Debian testing (squeeze)
  69 #squeeze = Debian 6.0 (squeeze)
  70 #wheezy = Debian testing (wheezy)
  71 sid = Debian unstable (sid)
  72 #dapper = Ubuntu 06.06 LTS "Dapper Drake" (dapper)
  73 #edgy = Ubuntu 06.10 "Edgy Eft" (edgy)
  74 #gutsy = Ubuntu 07.10 "Gutsy Gibbon" (gutsy)
  75 hardy = Ubuntu 08.04 LTS "Hardy Heron" (hardy)
  76 intrepid = Ubuntu 08.10 "Intrepid Ibex" (intrepid)
  77 jaunty = Ubuntu 09.04 "Jaunty Jackalope" (jaunty)
  78 karmic = Ubuntu 09.10 "Karmic Koala" (karmic)
  79 lucid = Ubuntu 10.04 LTS "Lucid Lynx" (lucid)
  80 maverick = Ubuntu 10.10 "Maverick Meerkat" (maverick)
  81
  82 [release backport ids]
  83 # the purpose of these ids is to have version suffixes for backported packages
  84 # that allow proper sorting (upgradability) across distribution releases
  85 # For Debian we'll use ndXX (where XX is the version of the Debian release,
  86 # e.g. 50; analog to backports.org) and for Ubuntu we'll use ndXX.XX.
  87 data = nd
  88 etch = nd40
  89 lenny = nd50
  90 squeeze = nd60
  91 wheezy = nd70
  92 sid = nd
  93 hardy = nd08.04
  94 intrepid = nd08.10
  95 jaunty = nd09.04
  96 karmic = nd09.10
  97 lucid = nd10.04
  98 maverick = nd10.10
  99
 100 [nitrc ids]
 101 afni = 23
 102 ants = 130
 103 camino = 253
 104 caret = 34
 105 connectomeviewer = 355
 106 dicomnifti = 218
 107 fsl = 25
 108 fslview = 25
 109 gifti-bin = 75
 110 imagej = 256
 111 itksnap = 110
 112 libminc-dev = 129
 113 minc-tools = 129
 114 libgiftiio-dev = 75
 115 libnifti2 = 26
 116 libnifti-dev = 26
 117 nifti-bin = 26
 118 odin = 153
 119 mitools = 153
 120 mricron = 152
 121 mrtrix = 128
 122 python-mvpa = 162
 123 python-nipype = 325
 124 slicer = 50
 125 voxbo = 73
 126 mipav = 70
 127 jist = 228
 128