misc/indel_filter.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 # Contact: lh3
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7 use Getopt::Std;
   8
   9 my %opts = (D=>100, m=>10, r=>undef);
  10 getopts('D:m:r', \%opts);
  11
  12 die(qq/
  13 Usage:   indel_filter.pl [options] <in.indel>\n
  14 Options: -D INT    maximum read depth [$opts{D}]
  15          -m INT    minimum distance between two adjacent indels [$opts{m}]
  16 \n/) if (@ARGV == 0 && -t STDIN);
  17
  18 my (@arr1, @arr2);
  19 my ($curr, $last) = (\@arr1, \@arr2);
  20 my $is_ref = defined($opts{r})? 1 : 0;
  21 while (<>) {
  22   my @t = split;
  23   next if ($t[2] ne '*');
  24   if (!$is_ref) {
  25         next if ($t[3] eq '*/*');
  26         next if ($t[5] == 0);
  27   }
  28   next if ($t[8] + $t[9] + $t[10] + $t[11] > $opts{D});
  29   @$curr = ($t[0], $t[1], $t[5], $_);
  30   my $do_swap = 1;
  31   if (defined $last->[0]) {
  32         if ($curr->[0] eq $last->[0] && $last->[1] + $opts{m} > $curr->[1]) {
  33           $do_swap = 0 if ($last->[2] > $curr->[2]);
  34         } else { # then print
  35           print $last->[3];
  36         }
  37   }
  38   if ($do_swap) {
  39         my $tmp = $curr; $curr = $last; $last = $tmp;
  40   }
  41 }
  42 print $last->[3] if (defined $last->[0]);