man/corClasses.Rd

   1 \name{corClasses}
   2 \alias{corClasses}
   3 \alias{corPhyl}
   4 \title{Phylogenetic Correlation Structures}
   5 \description{
   6   Classes of phylogenetic correlation structures (\code{"corPhyl"})
   7   available in \pkg{ape}.
   8
   9   \item{corBrownian}{Brownian motion model (Felsenstein 1985)}
  10   \item{corMartins}{The covariance matrix defined in Martins and Hansen
  11     (1997)}
  12   \item{corGrafen}{The covariance matrix defined in Grafen (1989)}
  13   \item{corPagel}{The covariance matrix defined in Freckelton et al. (2002)}
  14   \item{corBlomberg}{The covariance matrix defined in Blomberg et al. (2003)}
  15
  16   See the help page of each class for references and detailed
  17   description.
  18 }
  19 \seealso{
  20   \code{\link[nlme]{corClasses}} and \code{\link[nlme]{gls}} in the
  21   \pkg{nlme} librarie, \code{\link{corBrownian}},
  22   \code{\link{corMartins}}, \code{\link{corGrafen}},
  23   \code{\link{corPagel}}, \code{\link{corBlomberg}}
  24 }
  25 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}, Emmanuel
  26   Paradis}
  27 \examples{
  28 library(nlme)
  29 cat("((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,",
  30 "Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62):0.38,Galago:1.00);",
  31 file = "ex.tre", sep = "\n")
  32 tree.primates <- read.tree("ex.tre")
  33 X <- c(4.09434, 3.61092, 2.37024, 2.02815, -1.46968)
  34 Y <- c(4.74493, 3.33220, 3.36730, 2.89037, 2.30259)
  35 unlink("ex.tre") # delete the file "ex.tre"
  36 m1 <- gls(Y~X, correlation=corBrownian(1, tree.primates))
  37 summary(m1)
  38 m2 <- gls(Y~X, correlation=corMartins(1, tree.primates))
  39 summary(m2)
  40 corMatrix(m2$modelStruct$corStruct)
  41 m3 <- gls(Y~X, correlation=corGrafen(1, tree.primates))
  42 summary(m3)
  43 corMatrix(m3$modelStruct$corStruct)
  44 }
  45 \keyword{models}
  46