faidx.h

   1 /* The MIT License
   2
   3    Copyright (c) 2008 Genome Research Ltd (GRL).
   4
   5    Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
   6    a copy of this software and associated documentation files (the
   7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
   8    without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
   9    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
  10    permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
  11    the following conditions:
  12
  13    The above copyright notice and this permission notice shall be
  14    included in all copies or substantial portions of the Software.
  15
  16    THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  17    EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
  18    MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
  19    NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
  20    BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
  21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  23    SOFTWARE.
  24 */
  25
  26 /* Contact: Heng Li <lh3@sanger.ac.uk> */
  27
  28 #ifndef FAIDX_H
  29 #define FAIDX_H
  30
  31 /*!
  32   @header
  33
  34   Index FASTA files and extract subsequence.
  35
  36   @copyright The Wellcome Trust Sanger Institute.
  37  */
  38
  39 struct __faidx_t;
  40 typedef struct __faidx_t faidx_t;
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46         /*!
  47           @abstract   Build index for a FASTA or razip compressed FASTA file.
  48           @param  fn  FASTA file name
  49           @discussion File "fn.fai" will be generated.
  50          */
  51         void fai_build(const char *fn);
  52
  53         /*!
  54           @abstract    Distroy a faidx_t struct.
  55           @param  fai  Pointer to the struct to be destroyed
  56          */
  57         void fai_destroy(faidx_t *fai);
  58
  59         /*!
  60           @abstract   Load index from "fn.fai".
  61           @param  fn  File name of the FASTA file
  62          */
  63         faidx_t *fai_load(const char *fn);
  64
  65         /*!
  66           @abstract    Fetch the sequence in a region.
  67           @param  fai  Pointer to the faidx_t struct
  68           @param  reg  Region in the format "chr2:20,000-30,000"
  69           @param  len  Length of the region
  70           @return      Pointer to the sequence; null on failure
  71
  72           @discussion The returned sequence is allocated by malloc family
  73           and should be destroyed by end users by calling free() on it.
  74          */
  75         char *fai_fetch(const faidx_t *fai, const char *reg, int *len);
  76
  77 #ifdef __cplusplus
  78 }
  79 #endif
  80
  81 #endif