examples/MouseLemurs/codonml.ctl

   1       seqfile = MouseLemurs.nuc\r
   2      treefile = MouseLemurs.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc           * main result file name\r
   5         noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen\r
   6       verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much\r
   7       runmode = 0  * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic\r
   8                    * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise\r
   9 \r
  10       seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs\r
  11     CodonFreq = 2\r
  12         model = 0\r
  13       NSsites = 0\r
  14         icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below\r
  15         clock = 2  * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock\r
  16 \r
  17     fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated\r
  18         kappa = 10  * initial or fixed kappa\r
  19     fix_omega = 0  * 1: fix omega at omega (below), 0: estimate omega\r
  20         omega = 0.1  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs\r
  21 \r
  22     fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha\r
  23         alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)\r
  24        Malpha = 0  * different alphas for genes\r
  25         ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models\r
  26 \r
  27         getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates\r
  28  RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)\r
  29 \r
  30    Small_Diff = .5e-6\r
  31 *    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  32         method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time\r
  33    fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed\r