examples/MouseLemurs/MouseLemurs.trees

   1  35  1\r
   2 \r
   3 \r
   4 (((((((((((M.ravelobensis, (M.sambiranensis, (M.rufus2, (M.tavaratra,\r
   5 (M.rufus1, (M.berthae, M.myoxinus)))))), (M.griseorufus, M.murinus)) $2,\r
   6 Mirza), Cheirogaleus), Lepilemur), Propithecus),\r
   7 (((Hapalemur, Lemur), Eulemur), Varecia)), Daubentonia), (Galago, Loris)), \r
   8 (Callithrix, (Macaca, (Pongo, (Gorilla, (Pan, Homo)) @0.1)) @0.35) $1) @0.77, \r
   9 ((Felis, (Canis, Ursus)) @0.55, ((((Physeter, Balaenoptera) @0.37,\r
  10 Hippopotamus) @0.56, Bos), (Rhinoceros, Equus) @0.54)));  // all 7 calibrations\r
  11 \r
  12 // end of file.  The rest of the file are notes.\r
  13 \r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 \r
  18 \r
  19 \r
  20 \r
  21 (((((((((((M.ravelobensis, (M.sambiranensis, (M.rufus2, (M.tavaratra,\r
  22 (M.rufus1, (M.berthae, M.myoxinus)))))), (M.griseorufus, M.murinus)) $2,\r
  23 Mirza), Cheirogaleus), Lepilemur), Propithecus),\r
  24 (((Hapalemur, Lemur), Eulemur), Varecia)), Daubentonia), (Galago, Loris)), \r
  25 (Callithrix, (Macaca, (Pongo, (Gorilla, (Pan, Homo)) @0.1)) @0.35) $1) @0.77, \r
  26 ((Felis, (Canis, Ursus)), ((((Physeter, Balaenoptera),\r
  27 Hippopotamus), Bos), (Rhinoceros, Equus))));  // 3 primate calibrations\r
  28 \r
  29 \r
  30 (((((((((((M.ravelobensis, (M.sambiranensis, (M.rufus2, (M.tavaratra,\r
  31 (M.rufus1, (M.berthae, M.myoxinus)))))), (M.griseorufus, M.murinus)) $2,\r
  32 Mirza), Cheirogaleus), Lepilemur), Propithecus),\r
  33 (((Hapalemur, Lemur), Eulemur), Varecia)), Daubentonia), (Galago, Loris)), \r
  34 (Callithrix, (Macaca, (Pongo, (Gorilla, (Pan, Homo))))) $1), \r
  35 ((Felis, (Canis, Ursus)) @0.55, ((((Physeter, Balaenoptera) @0.37,\r
  36 Hippopotamus) @0.56, Bos), (Rhinoceros, Equus) @0.54)));  // 4 outgroup calibrations\r
  37 \r
  38 \r
  39 (((((((((((M.ravelobensis, (M.sambiranensis, (M.rufus2, (M.tavaratra,\r
  40 (M.rufus1, (M.berthae, M.myoxinus)))))), (M.griseorufus, M.murinus)),\r
  41 Mirza), Cheirogaleus), Lepilemur), Propithecus),\r
  42 (((Hapalemur, Lemur), Eulemur), Varecia)), Daubentonia), (Galago, Loris)), \r
  43 (Callithrix, (Macaca, (Pongo, (Gorilla, (Pan, Homo)))))), \r
  44 ((Felis, (Canis, Ursus)), ((((Physeter, Balaenoptera),\r
  45 Hippopotamus), Bos), (Rhinoceros, Equus))));  // rooted tree\r