examples/DatingSoftBound/README.txt

   1 MCMCTREE\r
   2 Ziheng Yang\r
   3 \r
   4 4 October 2005, last modified October 2013\r
   5 \r
   6 \r
   7 (A) You can use the files in this folder to run mcmctree to duplicate the\r
   8 results of Yang and Rannala (2006: table 3) and Rannala and Yang\r
   9 (2007, table table 2).  \r
  10 \r
  11     ..\..\bin\mcmctree\r
  12 \r
  13 Make your window wider (100 columns) before running the program.  See\r
  14 the section on mcmctree in the paml manual for a description of the\r
  15 program.  The default control file with usedata = 1 means the use of\r
  16 the exact likelihood calculation.\r
  17 \r
  18 \r
  19 (B) To use the approximate likelihood calculation, do the following.\r
  20 \r
  21 (b1) Copy baseml.exe from the paml/bin folder to the current folder.\r
  22 \r
  23 (b2) Edit mcmctree.ctl to use usedata = 3.  Run mcmctree.  \r
  24 \r
  25      ..\..\bin\mcmctree\r
  26 \r
  27      This generates a file named out.BV.  Rename it in.BV\r
  28 \r
  29 (b3) Edit mcmctree.ctl to use usedata = 2.  Run mcmctree again.  \r
  30 \r
  31      ..\..\bin\mcmctree\r
  32 \r
  33 The exact and approximate likelihood calculations generate very\r
  34 similar results for this dataset.\r
  35 \r
  36 \r
  37 (C)  To run the InfiniteSites program, type one of the following\r
  38 \r
  39      ..\..\bin\InfiniteSites\r
  40 \r
  41      ..\..\bin\InfiniteSites mcmctree.Infinitesites.ctl\r
  42 \r
  43 \r
  44 InfiniteSites reads the same control file as mcmctree.  In addition it\r
  45 reads the file FixedDsClock23.txt if clock = 2 or 3.  It calculates\r
  46 the posterior according to the theory in the 2006 and 2007 papers,\r
  47 assuming that the branch lengths are fixed.  See also dos Reis & Yang\r
  48 (2013).\r
  49 \r
  50 \r
  51 References\r
  52 \r
  53 dos Reis M, Yang Z (2013) The unbearable uncertainty of Bayesian divergence \r
  54 time estimation. J. Syst. Evol. 51:30-43.\r
  55 \r
  56 Rannala, B., and Z. Yang. 2007. Inferring speciation times under an\r
  57 episodic molecular clock. Syst. Biol. 56: 453-466.\r
  58 \r
  59 Yang, Z., and B. Rannala. 2006. Bayesian estimation of species\r
  60 divergence times under a molecular clock using multiple fossil\r
  61 calibrations with soft bounds. Mol. Biol. Evol.: 23: 212-226.\r