code_ruby/test/maasha/test_genbank.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 require 'maasha/genbank'
  30 require 'maasha/seq'
  31 require 'test/unit'
  32 require 'pp'
  33
  34 class TestGenbank < Test::Unit::TestCase
  35   def setup
  36     @seq = Seq.new(nil, "tcatgatcaagatctaacagcagaagtacacttctattta", "dna")
  37   end
  38
  39   def test_Locator_with_single_position_returns_correctly
  40     loc = Locator.new("10", @seq)
  41     assert_equal("a", loc.subseq.seq)
  42   end
  43
  44   def test_Locator_with_single_interval_returns_correctly
  45     loc = Locator.new("5..10", @seq)
  46     assert_equal("gatca", loc.subseq.seq)
  47   end
  48
  49   def test_Locator_with_multiple_intervals_return_correctly
  50     loc = Locator.new("5..10,15..20", @seq)
  51     assert_equal("gatcataaca", loc.subseq.seq)
  52   end
  53
  54   def test_Locator_with_join_multiple_intervals_return_correctly
  55     loc = Locator.new("join(5..10,15..20)", @seq)
  56     assert_equal("gatcataaca", loc.subseq.seq)
  57   end
  58
  59   def test_Locator_with_complement_and_single_interval_return_correctly
  60     loc = Locator.new("complement(5..10)", @seq)
  61     assert_equal("tgatc", loc.subseq.seq)
  62   end
  63 end
  64
  65
  66 __END__