code_ruby/test/maasha/test_bits.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 require 'maasha/bits'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'pp'
  32
  33 class TestBits < Test::Unit::TestCase
  34   def test_Bits_hamming_dist_with_uneven_lengths_raises
  35     assert_raises(StringError) { String.hamming_dist("ATCG", "ATC") }
  36   end
  37
  38   def test_Bits_hamming_dist_with_even_lengths_dont_raise
  39     assert_nothing_raised { String.hamming_dist("ATCG", "ATCG") }
  40   end
  41
  42   def test_Bits_hamming_dist_returns_correctly
  43     assert_equal(0, String.hamming_dist("ATCG", "ATCG"))
  44     assert_equal(1, String.hamming_dist("ATCX", "ATCG"))
  45     assert_equal(2, String.hamming_dist("ATXX", "ATCG"))
  46     assert_equal(2, String.hamming_dist("ATcg", "ATCG"))
  47     assert_equal(3, String.hamming_dist("AXXX", "ATCG"))
  48     assert_equal(4, String.hamming_dist("XXXX", "ATCG"))
  49   end
  50
  51   def test_Bits_AND_with_equal_length_returns_correctly
  52     assert_equal("ABCD", "abcd" & "____")
  53   end
  54
  55   def test_Bits_AND_with_unequal_length_returns_correctly
  56     assert_equal("JAPH\n", "japh\nJunk" & '_____')
  57     assert_equal("JAPH\n", '_____' & "japh\nJunk")
  58   end
  59
  60   def test_Bits_OR_with_equal_length_returns_correctly
  61     assert_equal("abcd", "ab  " | "  cd")
  62   end
  63
  64   def test_Bits_OR_with_unequal_length_returns_correctly
  65     assert_equal("japh\n", "JA" | "  ph\n")
  66     assert_equal("japh\n", "  ph\n" | "JA")
  67   end
  68
  69   def test_Bits_XOR_with_equal_length_returns_correctly
  70     assert_equal("ABCD", "ab  " ^ "  cd")
  71   end
  72
  73   def test_Bits_XOR_with_unequal_length_returns_correctly
  74     assert_equal("JAPH", "j p \n" ^ " a h")
  75     assert_equal("JAPH", " a h" ^ "j p \n")
  76   end
  77 end