code_ruby/test/maasha/seq/test_patternmatcher.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'test/unit'
  30 require 'pp'
  31
  32 class TestPatternMatcher < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     @p = Seq.new("test", "atcg")
  35   end
  36
  37   def test_PatternMatcher_no_match_returns_nil
  38     assert_nil(@p.match("gggg"))
  39   end
  40
  41   def test_PatternMatcher_match_perfect_returns_correctly
  42     m = @p.match("atcg")
  43     assert_equal(0, m.pos)
  44     assert_equal("atcg", m.match)
  45     assert_equal(4, m.matches)
  46     assert_equal(0, m.mismatches)
  47     assert_equal(0, m.insertions)
  48     assert_equal(0, m.deletions)
  49     assert_equal(4, m.length)
  50   end
  51
  52   def test_PatternMatcher_match_perfect_with_ambiguity_codes_returns_correctly
  53     m = @p.match("nnnn")
  54     assert_equal(0, m.pos)
  55     assert_equal("atcg", m.match)
  56     assert_equal(4, m.matches)
  57     assert_equal(0, m.mismatches)
  58     assert_equal(0, m.insertions)
  59     assert_equal(0, m.deletions)
  60     assert_equal(4, m.length)
  61   end
  62
  63   def test_PatternMatcher_match_with_one_mismatch_and_edit_dist_zero_returns_nil
  64     assert_nil(@p.match("aCcg"))
  65   end
  66
  67   def test_PatternMatcher_match_with_one_mismatch_and_edit_dist_one_returns_correctly
  68     m = @p.match("aCcg", 0, 1)
  69     assert_equal(0, m.pos)
  70     assert_equal("atcg", m.match)
  71     assert_equal(3, m.matches)
  72     assert_equal(1, m.mismatches)
  73     assert_equal(0, m.insertions)
  74     assert_equal(0, m.deletions)
  75     assert_equal(4, m.length)
  76   end
  77
  78   def test_PatternMatcher_match_with_two_mismatch_and_edit_dist_one_returns_nil
  79     assert_nil(@p.match("aGcA", 0, 1))
  80   end
  81
  82   def test_PatternMatcher_match_with_one_insertion_and_edit_dist_zero_returns_nil
  83     assert_nil(@p.match("atGcg"))
  84   end
  85
  86   def test_PatternMatcher_match_with_one_insertion_and_edit_dist_one_returns_correctly
  87     m = @p.match("atGcg", 0, 1)
  88     assert_equal(0, m.pos)
  89     assert_equal("atcg", m.match)
  90     assert_equal(4, m.matches)
  91     assert_equal(0, m.mismatches)
  92     assert_equal(1, m.insertions)
  93     assert_equal(0, m.deletions)
  94     assert_equal(4, m.length)
  95   end
  96
  97   def test_PatternMatcher_match_with_two_insertions_and_edit_dist_one_returns_nil
  98     assert_nil(@p.match("atGcTg", 0, 1))
  99   end
 100
 101   def test_PatternMatcher_match_with_two_insertions_and_edit_dist_two_returns_correctly
 102     m = @p.match("atGcTg", 0, 2)
 103     assert_equal(0, m.pos)
 104     assert_equal("atcg", m.match)
 105     assert_equal(4, m.matches)
 106     assert_equal(0, m.mismatches)
 107     assert_equal(2, m.insertions)
 108     assert_equal(0, m.deletions)
 109     assert_equal(4, m.length)
 110   end
 111
 112   def test_PatternMatcher_match_with_one_deletion_and_edit_distance_zero_returns_nil
 113     assert_nil(@p.match("acg"))
 114   end
 115
 116   def test_PatternMatcher_match_with_one_deletion_and_edit_distance_one_returns_correctly
 117     m = @p.match("acg", 0, 1)
 118     assert_equal(0, m.pos)
 119     assert_equal("atcg", m.match)
 120     assert_equal(3, m.matches)
 121     assert_equal(0, m.mismatches)
 122     assert_equal(0, m.insertions)
 123     assert_equal(1, m.deletions)
 124     assert_equal(4, m.length)
 125   end
 126
 127   def test_PatternMatcher_scan_locates_three_patterns_ok
 128     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 129     assert_equal(3, p.scan("tag").count)
 130   end
 131
 132   def test_PatternMatcher_scan_with_pos_locates_two_patterns_ok
 133     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 134     assert_equal(2, p.scan("tag", 10).count)
 135   end
 136 end