code_ruby/test/maasha/seq/test_patternmatcher.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'maasha/seq/patternmatcher'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'pp'
  32
  33 include PatternMatcher
  34
  35 class TestPatternMatcher < Test::Unit::TestCase
  36   def setup
  37     @p = Seq.new("test", "atcg")
  38   end
  39
  40   def test_PatternMatcher_no_match_returns_nil
  41     assert_nil(@p.match("gggg"))
  42   end
  43
  44 #  def test_PatternMatcher_match_perfect_returns_correctly
  45 #    m = @p.match("atcg")
  46 #    assert_equal(0, m.pos)
  47 #    assert_equal("atcg", m.match)
  48 #    assert_equal(4, m.matches)
  49 #    assert_equal(0, m.mismatches)
  50 #    assert_equal(0, m.insertions)
  51 #    assert_equal(0, m.deletions)
  52 #    assert_equal(4, m.length)
  53 #  end
  54 #
  55 #  def test_PatternMatcher_match_perfect_with_ambiguity_codes_returns_correctly
  56 #    m = @p.match("nnnn")
  57 #    assert_equal(0, m.pos)
  58 #    assert_equal("atcg", m.match)
  59 #    assert_equal(4, m.matches)
  60 #    assert_equal(0, m.mismatches)
  61 #    assert_equal(0, m.insertions)
  62 #    assert_equal(0, m.deletions)
  63 #    assert_equal(4, m.length)
  64 #  end
  65 #
  66 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_mismatch_and_edit_dist_zero_returns_nil
  67 #    assert_nil(@p.match("aCcg"))
  68 #  end
  69 #
  70 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_mismatch_and_edit_dist_one_returns_correctly
  71 #    m = @p.match("aCcg", 0, 1)
  72 #    assert_equal(0, m.pos)
  73 #    assert_equal("atcg", m.match)
  74 #    assert_equal(3, m.matches)
  75 #    assert_equal(1, m.mismatches)
  76 #    assert_equal(0, m.insertions)
  77 #    assert_equal(0, m.deletions)
  78 #    assert_equal(4, m.length)
  79 #  end
  80 #
  81 #  def test_PatternMatcher_match_with_two_mismatch_and_edit_dist_one_returns_nil
  82 #    assert_nil(@p.match("aGcA", 0, 1))
  83 #  end
  84 #
  85 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_insertion_and_edit_dist_zero_returns_nil
  86 #    assert_nil(@p.match("atGcg"))
  87 #  end
  88 #
  89 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_insertion_and_edit_dist_one_returns_correctly
  90 #    m = @p.match("atGcg", 0, 1)
  91 #    assert_equal(0, m.pos)
  92 #    assert_equal("atcg", m.match)
  93 #    assert_equal(4, m.matches)
  94 #    assert_equal(0, m.mismatches)
  95 #    assert_equal(1, m.insertions)
  96 #    assert_equal(0, m.deletions)
  97 #    assert_equal(4, m.length)
  98 #  end
  99 #
 100 #  def test_PatternMatcher_match_with_two_insertions_and_edit_dist_one_returns_nil
 101 #    assert_nil(@p.match("atGcTg", 0, 1))
 102 #  end
 103 #
 104 #  def test_PatternMatcher_match_with_two_insertions_and_edit_dist_two_returns_correctly
 105 #    m = @p.match("atGcTg", 0, 2)
 106 #    assert_equal(0, m.pos)
 107 #    assert_equal("atcg", m.match)
 108 #    assert_equal(4, m.matches)
 109 #    assert_equal(0, m.mismatches)
 110 #    assert_equal(2, m.insertions)
 111 #    assert_equal(0, m.deletions)
 112 #    assert_equal(4, m.length)
 113 #  end
 114 #
 115 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_deletion_and_edit_distance_zero_returns_nil
 116 #    assert_nil(@p.match("acg"))
 117 #  end
 118 #
 119 #  def test_PatternMatcher_match_with_one_deletion_and_edit_distance_one_returns_correctly
 120 #    m = @p.match("acg", 0, 1)
 121 #    assert_equal(0, m.pos)
 122 #    assert_equal("atcg", m.match)
 123 #    assert_equal(3, m.matches)
 124 #    assert_equal(0, m.mismatches)
 125 #    assert_equal(0, m.insertions)
 126 #    assert_equal(1, m.deletions)
 127 #    assert_equal(4, m.length)
 128 #  end
 129 #
 130 #  def test_PatternMatcher_scan_locates_three_patterns_ok
 131 #    p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 132 #    assert_equal(3, p.scan("tag").count)
 133 #  end
 134 #
 135 #  def test_PatternMatcher_scan_with_pos_locates_two_patterns_ok
 136 #    p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 137 #    assert_equal(2, p.scan("tag", 10).count)
 138 #  end
 139 end