code_ruby/test/maasha/seq/test_patternmatcher.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'maasha/seq/patternmatcher'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'pp'
  32
  33 class Seq
  34   include PatternMatcher
  35 end
  36
  37 class TestPatternMatcher < Test::Unit::TestCase
  38
  39   def setup
  40     @p = Seq.new("test", "atcg")
  41   end
  42
  43   def test_PatternMatcher_no_match_returns_nil
  44     assert_nil(@p.patmatch("gggg"))
  45   end
  46
  47   def test_PatternMatcher_patmatch_perfect_returns_correctly
  48     m = @p.patmatch("atcg")
  49     assert_equal(0, m.beg)
  50     assert_equal("atcg", m.match)
  51     assert_equal(0, m.mis)
  52     assert_equal(0, m.ins)
  53     assert_equal(0, m.del)
  54     assert_equal(4, m.length)
  55   end
  56
  57   def test_PatternMatcher_patmatch_perfect_with_ambiguity_codes_returns_correctly
  58     m = @p.patmatch("nnnn")
  59     assert_equal(0, m.beg)
  60     assert_equal("atcg", m.match)
  61     assert_equal(0, m.mis)
  62     assert_equal(0, m.ins)
  63     assert_equal(0, m.del)
  64     assert_equal(4, m.length)
  65   end
  66
  67   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_zero_returns_nil
  68     assert_nil(@p.patmatch("aCcg"))
  69   end
  70
  71   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_one_returns_correctly
  72     m = @p.patmatch("aCcg", 0, 1)
  73     assert_equal(0, m.beg)
  74     assert_equal("atcg", m.match)
  75     assert_equal(1, m.mis)
  76     assert_equal(0, m.ins)
  77     assert_equal(0, m.del)
  78     assert_equal(4, m.length)
  79   end
  80
  81   def test_PatternMatcher_patmatch_with_two_mismatch_and_edit_dist_one_returns_nil
  82     assert_nil(@p.patmatch("aGcA", 0, 1))
  83   end
  84
  85   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_zero_returns_nil
  86     assert_nil(@p.patmatch("atGcg"))
  87   end
  88
  89   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_one_returns_correctly
  90     m = @p.patmatch("atGcg", 0, 1)
  91     assert_equal(0, m.beg)
  92     assert_equal("atcg", m.match)
  93     assert_equal(0, m.mis)
  94     assert_equal(1, m.ins)
  95     assert_equal(0, m.del)
  96     assert_equal(4, m.length)
  97   end
  98
  99   def test_PatternMatcher_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_one_returns_nil
 100     assert_nil(@p.patmatch("atGcTg", 0, 1))
 101   end
 102
 103   def test_PatternMatcher_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_two_returns_correctly
 104     m = @p.patmatch("atGcTg", 0, 2)
 105     assert_equal(0, m.beg)
 106     assert_equal("atcg", m.match)
 107     assert_equal(0, m.mis)
 108     assert_equal(2, m.ins)
 109     assert_equal(0, m.del)
 110     assert_equal(4, m.length)
 111   end
 112
 113   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_zero_returns_nil
 114     assert_nil(@p.patmatch("acg"))
 115   end
 116
 117   def test_PatternMatcher_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_one_returns_correctly
 118     m = @p.patmatch("acg", 0, 1)
 119     assert_equal(0, m.beg)
 120     assert_equal("atcg", m.match)
 121     assert_equal(0, m.mis)
 122     assert_equal(0, m.ins)
 123     assert_equal(1, m.del)
 124     assert_equal(4, m.length)
 125   end
 126
 127   def test_PatternMatcher_patscan_locates_three_patterns_ok
 128     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 129     assert_equal(3, p.patscan("tag").count)
 130   end
 131
 132   def test_PatternMatcher_patscan_with_pos_locates_two_patterns_ok
 133     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 134     assert_equal(2, p.patscan("tag", 10).count)
 135   end
 136 end