code_ruby/test/maasha/align/test_matches.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2012 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/align/matches'
  31
  32 class MatchesTest < Test::Unit::TestCase
  33   test "Matches.find with no match returns correctly" do
  34     assert_equal("[]", Matches.find("atcg", "atcg", 0, 0, 3, 3, 8).to_s)
  35   end
  36
  37   test "Matches.find with one match returns correctly" do
  38     assert_equal("[q: 2 3 s: 0 1 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("01cg", "cg23", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
  39     assert_equal("[q: 0 1 s: 2 3 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("cg23", "01cg", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
  40   end
  41
  42   test "Matches.find with two matches returns correctly" do
  43     assert_equal("[q: 0 1 s: 0 1 l: 2 s: 0.0, q: 3 4 s: 3 4 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atXcg", "atYcg", 0, 0, 4, 4, 2).to_s)
  44     assert_equal("[q: 0 1 s: 0 1 l: 2 s: 0.0, q: 3 4 s: 3 4 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atYcg", "atXcg", 0, 0, 4, 4, 2).to_s)
  45   end
  46
  47   test "Matches.find dont expand match outside space" do
  48     assert_equal("[q: 1 2 s: 1 2 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("atcg", "atcg", 1, 1, 2, 2, 2).to_s)
  49   end
  50
  51   test "Matches.find right expands correctly" do
  52     assert_equal("[q: 0 3 s: 0 3 l: 4 s: 0.0]", Matches.find("atcg", "atcg", 0, 0, 3, 3, 3).to_s)
  53   end
  54
  55 #  test "Matches.find left expands correctly" do
  56 #    flunk
  57 #    assert_equal("[q: 1 2 s: 1 2 l: 2 s: 0.0]", Matches.find("ccccc", "cccc", 0, 0, 3, 3, 2).to_s)
  58 #  end
  59 end
  60