code_ruby/Maasha/lib/prodigal.rb

   1 # Copyright (C) 2011 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 require 'genbank'
  26
  27 # Class for running the Prodigal gene finder.
  28 # http://prodigal.ornl.gov/
  29 class Prodigal
  30   include Enumerable
  31
  32   # Method to initialize a Prodigal object
  33   # given a temporary infile, outfile and options hash.
  34   def initialize(infile, outfile, options)
  35     @infile  = infile
  36     @outfile = outfile
  37     @options = options
  38   end
  39
  40   # Method to run Prodigal.
  41   def run
  42     commands = []
  43     commands << "prodigal"
  44     commands << "-c" if @options[:full]
  45     commands << "-i #{@infile}"
  46     commands << "-o #{@outfile}"
  47
  48     execute(commands, @options[:verbose])
  49   end
  50
  51   # Method for iterating over the Prodigal results,
  52   # which are in GenBank format.
  53   def each
  54     Genbank.open(@outfile, mode='r') do |gb|
  55       gb.each do |entry|
  56         yield entry
  57       end
  58     end
  59   end
  60
  61   # Method that returns the sum of the predicted gene lengths.
  62   def coverage
  63     coverage = 0
  64
  65     self.each do |gb|
  66       coverage += gb[:S_END] - gb[:S_BEG]
  67     end
  68
  69     coverage
  70   end
  71
  72   private
  73
  74   # Method to execute commands on the command line.
  75   # TODO this wants to be in a module on its own.
  76   def execute(commands, verbose = false)
  77     commands.unshift "nice -n 19"
  78     commands.push "> /dev/null 2>&1" unless verbose
  79
  80     command = commands.join(" ")
  81
  82     begin
  83       system(command)
  84       raise "Command failed: #{command}" unless $?.success?
  85     rescue
  86       $stderr.puts "Command failed: #{command}"
  87     end
  88   end
  89 end
  90
  91
  92 __END__