code_perl/Maasha/test/test_AlignTwoSeq.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Test::More 'no_plan';
   6 use Data::Dumper;
   7 use Maasha::AlignTwoSeq;
   8
   9 test_new_space();
  10 test_new_space_left();
  11 test_new_space_right();
  12
  13 test_matches_select();
  14
  15 test_word_size_calc();
  16 test_seq_index();
  17 test_seq_scan();
  18 test_matches_find();
  19
  20 test_match_expand_forward_end_space();
  21 test_match_expand_forward_end_match();
  22 test_match_expand_backward_end_space();
  23 test_match_expand_backward_end_match();
  24 test_match_expand_end_space();
  25 test_match_expand_end_match();
  26
  27 test_match_redundant_add();
  28 test_match_redundant();
  29
  30 test_matches_filter();
  31
  32 test_match_score_narrow();
  33 test_match_score_diag();
  34 test_match_score_len();
  35 test_match_score();
  36
  37 test_align_two_seq();
  38
  39
  40 sub test_new_space
  41 {
  42     my $space = { Q_SEQ => \"ATCG", S_SEQ => \"atcg" };
  43
  44     Maasha::AlignTwoSeq::new_space( $space );
  45
  46     is( ${ $space->{ 'Q_SEQ' } }, "ATCG" );
  47     is( ${ $space->{ 'S_SEQ' } }, "atcg" );
  48     ok( $space->{ 'Q_MIN' } == 0 );
  49     ok( $space->{ 'S_MIN' } == 0 );
  50     ok( $space->{ 'Q_MAX' } == 3 );
  51     ok( $space->{ 'S_MAX' } == 3 );
  52 }
  53
  54
  55 sub test_new_space_left
  56 {
  57     my ( $best_match, $space, $new_space );
  58
  59     $best_match = {
  60         Q_BEG => 2,
  61         Q_END => 3,
  62         S_BEG => 2,
  63         S_END => 3,
  64         SCORE => 0,
  65         LEN   => 2,
  66     };
  67
  68     $space = {
  69         Q_SEQ => \"ATCG",
  70         S_SEQ => \"atcg",
  71         Q_MIN => 0,
  72         S_MIN => 0,
  73         Q_MAX => 3,
  74         S_MAX => 3,
  75     };
  76
  77     $new_space = Maasha::AlignTwoSeq::new_space_left( $best_match, $space );
  78
  79     ok( defined $new_space );
  80     is( ${ $new_space->{ 'Q_SEQ' } }, "ATCG" );
  81     is( ${ $new_space->{ 'S_SEQ' } }, "atcg" );
  82     ok( $new_space->{ 'Q_MIN' } == 0 );
  83     ok( $new_space->{ 'S_MIN' } == 0 );
  84     ok( $new_space->{ 'Q_MAX' } == 1 );
  85     ok( $new_space->{ 'S_MAX' } == 1 );
  86 }
  87
  88
  89 sub test_new_space_right
  90 {
  91     my ( $best_match, $space, $new_space );
  92
  93     $best_match = {
  94         Q_BEG => 0,
  95         Q_END => 1,
  96         S_BEG => 0,
  97         S_END => 1,
  98         SCORE => 0,
  99         LEN   => 2,
 100     };
 101
 102     $space = {
 103         Q_SEQ => \"ATCG",
 104         S_SEQ => \"atcg",
 105         Q_MIN => 0,
 106         S_MIN => 0,
 107         Q_MAX => 3,
 108         S_MAX => 3,
 109     };
 110
 111     $new_space = Maasha::AlignTwoSeq::new_space_right( $best_match, $space );
 112
 113     ok( defined $new_space );
 114     is( ${ $new_space->{ 'Q_SEQ' } }, "ATCG" );
 115     is( ${ $new_space->{ 'S_SEQ' } }, "atcg" );
 116     ok( $new_space->{ 'Q_MIN' } == 2 );
 117     ok( $new_space->{ 'S_MIN' } == 2 );
 118     ok( $new_space->{ 'Q_MAX' } == 3 );
 119     ok( $new_space->{ 'S_MAX' } == 3 );
 120 }
 121
 122
 123 sub test_matches_select
 124 {
 125     my ( $matches, $space );
 126
 127     $matches = [
 128         { Q_BEG => 9,  S_BEG =>  9, Q_END => 10, S_END => 10 },
 129         { Q_BEG => 10, S_BEG => 10, Q_END => 20, S_END => 20 },
 130         { Q_BEG => 20, S_BEG => 20, Q_END => 21, S_END => 21 },
 131     ];
 132
 133     $space = {
 134         Q_SEQ => \"ATCG",
 135         S_SEQ => \"atcg",
 136         Q_MIN => 10,
 137         S_MIN => 10,
 138         Q_MAX => 20,
 139         S_MAX => 20,
 140     };
 141
 142     Maasha::AlignTwoSeq::matches_select( $matches, $space );
 143
 144     ok( scalar @{ $matches } == 1 );
 145 }
 146
 147
 148 sub test_word_size_calc
 149 {
 150     ok( Maasha::AlignTwoSeq::word_size_calc( { Q_MIN => 0, S_MIN => 0, Q_MAX => 1, S_MAX => 1 } ) == 1 );
 151     ok( Maasha::AlignTwoSeq::word_size_calc( { Q_MIN => 0, S_MIN => 0, Q_MAX => 200, S_MAX => 200 } ) == 10 + 1 );
 152 }
 153
 154
 155 sub test_seq_index
 156 {
 157     my ( $space, $word_size, $index );
 158
 159     $space = {
 160         Q_SEQ => \"ATCG",
 161         S_SEQ => \"atcg",
 162         Q_MIN => 0,
 163         S_MIN => 0,
 164         Q_MAX => 3,
 165         S_MAX => 3,
 166     };
 167
 168     $word_size = 2;
 169
 170     $index = Maasha::AlignTwoSeq::seq_index( $space, $word_size );
 171
 172     ok( scalar keys %{ $index } == 3 );
 173     ok( exists $index->{ 'AT' } );
 174     ok( exists $index->{ 'TC' } );
 175     ok( exists $index->{ 'CG' } );
 176     ok( $index->{ 'AT' }->[ 0 ] == 0 );
 177     ok( $index->{ 'TC' }->[ 0 ] == 1 );
 178     ok( $index->{ 'CG' }->[ 0 ] == 2 );
 179 }
 180
 181
 182 sub test_seq_scan
 183 {
 184     my ( $space, $word_size, $index, $matches );
 185
 186     $space = {
 187         Q_SEQ => \"ATCG",
 188         S_SEQ => \"atcg",
 189         Q_MIN => 0,
 190         S_MIN => 0,
 191         Q_MAX => 3,
 192         S_MAX => 3,
 193     };
 194
 195     $word_size = 2;
 196
 197     $index   = Maasha::AlignTwoSeq::seq_index( $space, $word_size );
 198     $matches = Maasha::AlignTwoSeq::seq_scan( $index, $space, $word_size );
 199
 200     ok( scalar @{ $matches } == 1 );
 201     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 202     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_BEG' } == 0 );
 203     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_END' } == 3 );
 204     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_END' } == 3 );
 205     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'LEN' }   == 4 );
 206     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'SCORE' } == 0 );
 207 }
 208
 209
 210 sub test_matches_find
 211 {
 212     my ( $space, $matches );
 213
 214     $space = { Q_SEQ => \"ATCG", S_SEQ => \"ATCG", Q_MIN => 0, S_MIN => 0, Q_MAX => 3, S_MAX => 3 };
 215
 216     $matches = Maasha::AlignTwoSeq::matches_find( $space );
 217
 218     ok( scalar @{ $matches } == 1 );
 219     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 220     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_BEG' } == 0 );
 221     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_END' } == 3 );
 222     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_END' } == 3 );
 223     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'LEN' }   == 4 );
 224
 225     $space = { Q_SEQ => \"ATXXGAT", S_SEQ => \"ATCGAT", Q_MIN => 0, S_MIN => 0, Q_MAX => 6, S_MAX => 5 };
 226
 227     $matches = Maasha::AlignTwoSeq::matches_find( $space );
 228
 229     ok( scalar @{ $matches } == 4 );
 230     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 231     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_BEG' } == 0 );
 232     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'Q_END' } == 1 );
 233     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'S_END' } == 1 );
 234     ok( $matches->[ 0 ]->{ 'LEN' }   == 2 );
 235     ok( $matches->[ 1 ]->{ 'Q_BEG' } == 5 );
 236     ok( $matches->[ 1 ]->{ 'S_BEG' } == 0 );
 237     ok( $matches->[ 1 ]->{ 'Q_END' } == 6 );
 238     ok( $matches->[ 1 ]->{ 'S_END' } == 1 );
 239     ok( $matches->[ 1 ]->{ 'LEN' }   == 2 );
 240     ok( $matches->[ 2 ]->{ 'Q_BEG' } == 4 );
 241     ok( $matches->[ 2 ]->{ 'S_BEG' } == 3 );
 242     ok( $matches->[ 2 ]->{ 'Q_END' } == 6 );
 243     ok( $matches->[ 2 ]->{ 'S_END' } == 5 );
 244     ok( $matches->[ 2 ]->{ 'LEN' }   == 3 );
 245     ok( $matches->[ 3 ]->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 246     ok( $matches->[ 3 ]->{ 'S_BEG' } == 4 );
 247     ok( $matches->[ 3 ]->{ 'Q_END' } == 1 );
 248     ok( $matches->[ 3 ]->{ 'S_END' } == 5 );
 249     ok( $matches->[ 3 ]->{ 'LEN' }   == 2 );
 250 }
 251
 252 sub test_match_expand_forward_end_space
 253 {
 254     my ( $match, $space );
 255
 256     $match = {
 257         Q_BEG => 1,
 258         Q_END => 2,
 259         S_BEG => 1,
 260         S_END => 2,
 261         SCORE => 0,
 262         LEN   => 2,
 263     };
 264
 265     $space = {
 266         Q_SEQ => \"ATCG",
 267         S_SEQ => \"atcg",
 268         Q_MIN => 0,
 269         S_MIN => 0,
 270         Q_MAX => 3,
 271         S_MAX => 3,
 272     };
 273
 274     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand_forward( $match, $space );
 275
 276     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 1 );
 277     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 1 );
 278     ok( $match->{ 'Q_END' } == 3 );
 279     ok( $match->{ 'S_END' } == 3 );
 280     ok( $match->{ 'LEN' }   == 3 );
 281 }
 282
 283
 284 sub test_match_expand_forward_end_match
 285 {
 286     my ( $match, $space );
 287
 288     $match = {
 289         Q_BEG => 1,
 290         Q_END => 2,
 291         S_BEG => 1,
 292         S_END => 2,
 293         SCORE => 0,
 294         LEN   => 2,
 295     };
 296
 297     $space = {
 298         Q_SEQ => \"ATCGXX",
 299         S_SEQ => \"atcgnn",
 300         Q_MIN => 0,
 301         S_MIN => 0,
 302         Q_MAX => 6,
 303         S_MAX => 6,
 304     };
 305
 306     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand_forward( $match, $space );
 307
 308     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 1 );
 309     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 1 );
 310     ok( $match->{ 'Q_END' } == 3 );
 311     ok( $match->{ 'S_END' } == 3 );
 312     ok( $match->{ 'LEN' }   == 3 );
 313 }
 314
 315
 316 sub test_match_expand_backward_end_space
 317 {
 318     my ( $match, $space );
 319
 320     $match = {
 321         Q_BEG => 1,
 322         Q_END => 2,
 323         S_BEG => 1,
 324         S_END => 2,
 325         SCORE => 0,
 326         LEN   => 2,
 327     };
 328
 329     $space = {
 330         Q_SEQ => \"ATCG",
 331         S_SEQ => \"atcg",
 332         Q_MIN => 0,
 333         S_MIN => 0,
 334         Q_MAX => 3,
 335         S_MAX => 3,
 336     };
 337
 338     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand_backward( $match, $space );
 339
 340     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 341     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 0 );
 342     ok( $match->{ 'Q_END' } == 2 );
 343     ok( $match->{ 'S_END' } == 2 );
 344     ok( $match->{ 'LEN' }   == 3 );
 345 }
 346
 347
 348 sub test_match_expand_backward_end_match
 349 {
 350     my ( $match, $space );
 351
 352     $match = {
 353         Q_BEG => 2,
 354         Q_END => 3,
 355         S_BEG => 2,
 356         S_END => 3,
 357         SCORE => 0,
 358         LEN   => 2,
 359     };
 360
 361     $space = {
 362         Q_SEQ => \"XATCG",
 363         S_SEQ => \"natcg",
 364         Q_MIN => 0,
 365         S_MIN => 0,
 366         Q_MAX => 4,
 367         S_MAX => 4,
 368     };
 369
 370     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand_backward( $match, $space );
 371
 372     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 1 );
 373     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 1 );
 374     ok( $match->{ 'Q_END' } == 3 );
 375     ok( $match->{ 'S_END' } == 3 );
 376     ok( $match->{ 'LEN' }   == 3 );
 377 }
 378
 379
 380 sub test_match_expand_end_space
 381 {
 382     my ( $match, $space );
 383
 384     $match = {
 385         Q_BEG => 1,
 386         Q_END => 2,
 387         S_BEG => 1,
 388         S_END => 2,
 389         SCORE => 0,
 390         LEN   => 2,
 391     };
 392
 393     $space = {
 394         Q_SEQ => \"ATCG",
 395         S_SEQ => \"atcg",
 396         Q_MIN => 0,
 397         S_MIN => 0,
 398         Q_MAX => 3,
 399         S_MAX => 3,
 400     };
 401
 402     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand( $match, $space );
 403
 404     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 0 );
 405     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 0 );
 406     ok( $match->{ 'Q_END' } == 3 );
 407     ok( $match->{ 'S_END' } == 3 );
 408     ok( $match->{ 'LEN' }   == 4 );
 409 }
 410
 411
 412 sub test_match_expand_end_match
 413 {
 414     my ( $match, $space );
 415
 416     $match = {
 417         Q_BEG => 2,
 418         Q_END => 3,
 419         S_BEG => 2,
 420         S_END => 3,
 421         SCORE => 0,
 422         LEN   => 2,
 423     };
 424
 425     $space = {
 426         Q_SEQ => \"XATCGX",
 427         S_SEQ => \"natcgn",
 428         Q_MIN => 0,
 429         S_MIN => 0,
 430         Q_MAX => 6,
 431         S_MAX => 6,
 432     };
 433
 434     Maasha::AlignTwoSeq::match_expand( $match, $space );
 435
 436     ok( $match->{ 'Q_BEG' } == 1 );
 437     ok( $match->{ 'S_BEG' } == 1 );
 438     ok( $match->{ 'Q_END' } == 4 );
 439     ok( $match->{ 'S_END' } == 4 );
 440     ok( $match->{ 'LEN' }   == 4 );
 441 }
 442
 443
 444 sub test_match_redundant_add
 445 {
 446     my ( $redundant );
 447
 448     $redundant = {};
 449
 450     Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant_add( { Q_BEG => 10, Q_END => 20, S_BEG => 110, S_END => 120 }, $redundant );
 451     Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant_add( { Q_BEG => 15, Q_END => 25, S_BEG => 210, S_END => 220 }, $redundant );
 452
 453     ok( scalar keys %{ $redundant } == 16 );
 454 }
 455
 456
 457 sub test_match_redundant
 458 {
 459     my ( $redundant );
 460
 461     $redundant = {};
 462
 463     Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant_add( { Q_BEG => 10, Q_END => 20, S_BEG => 110, S_END => 120 }, $redundant );
 464     Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant_add( { Q_BEG => 15, Q_END => 25, S_BEG => 210, S_END => 220 }, $redundant );
 465
 466     ok( Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant( { Q_BEG => 10, Q_END => 20, S_BEG => 110, S_END => 120 }, $redundant ) );
 467     ok( not Maasha::AlignTwoSeq::match_redundant( { Q_BEG => 1, Q_END => 2, S_BEG => 110, S_END => 120 }, $redundant ) );
 468 }
 469
 470
 471 sub test_matches_filter
 472 {
 473     ok( 0 );
 474 }
 475
 476
 477 sub test_match_score_narrow
 478 {
 479     ok( 0 );
 480 }
 481
 482
 483 sub test_match_score_diag
 484 {
 485     ok( 0 );
 486 }
 487
 488
 489 sub test_match_score_len
 490 {
 491     ok( 0 );
 492 }
 493
 494
 495 sub test_match_score
 496 {
 497     ok( 0 );
 498 }
 499
 500
 501 sub test_align_two_seq
 502 {
 503     my ( $space, $matches );
 504
 505     $space = {
 506         Q_SEQ => \"ATXCG",
 507         S_SEQ => \"ATCG",
 508     };
 509
 510     $matches = Maasha::AlignTwoSeq::align_two_seq( $space, [] );
 511
 512     print Dumper( $matches );
 513
 514     ok( 0 );
 515 }
 516
 517