code_perl/Maasha/RestrictEnz.pm

   1 package Maasha::RestrictEnz;
   2
   3
   4 # Copyright (C) 2006-2007 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25
  26 # This module contains routines for matching restriction enzyme cleavage sites.
  27
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 use warnings;
  33 use strict;
  34 use Data::Dumper;
  35
  36 use Exporter;
  37
  38 use vars qw( @ISA @EXPORT @EXPORT_OK );
  39
  40 @ISA = qw( Exporter ) ;
  41
  42 use Inline ( C => <<'END_C', DIRECTORY => $ENV{ "BP_TMP" } );
  43
  44 /*
  45 # UIPAC ambiguity codes for nucleotides:
  46 #
  47 # http://droog.gs.washington.edu/parc/images/iupac.html
  48 #
  49 #  ACGTUMRWSYKVHDBN
  50 # A1000011100011101
  51 # C0100010011011011
  52 # G0010001010110111
  53 # T0001100101101111
  54 # U0001100101101111
  55 # M1100000000000000
  56 # R1010000000000000
  57 # W1001100000000000
  58 # S0110000000000000
  59 # Y0101100000000000
  60 # K0011100000000000
  61 # V1110000000000000
  62 # H1101100000000000
  63 # D1011100000000000
  64 # B0111100000000000
  65 # N1111100000000000
  66 */
  67
  68
  69 char ambi_match[16][16] = {
  70     "1000011100011101",
  71     "0100010011011011",
  72     "0010001010110111",
  73     "0001100101101111",
  74     "0001100101101111",
  75     "1100000000000000",
  76     "1010000000000000",
  77     "1001100000000000",
  78     "0110000000000000",
  79     "0101100000000000",
  80     "0011100000000000",
  81     "1110000000000000",
  82     "1101100000000000",
  83     "1011100000000000",
  84     "0111100000000000",
  85     "1111100000000000"
  86 };
  87
  88
  89 int hash( char c )
  90 {
  91     switch ( toupper( c ) )
  92     {
  93         case 'A': return 0;
  94         case 'C': return 1;
  95         case 'G': return 2;
  96         case 'T': return 3;
  97         case 'U': return 4;
  98         case 'M': return 5;
  99         case 'R': return 6;
 100         case 'W': return 7;
 101         case 'S': return 8;
 102         case 'Y': return 9;
 103         case 'K': return 10;
 104         case 'V': return 11;
 105         case 'H': return 12;
 106         case 'D': return 13;
 107         case 'B': return 14;
 108         case 'N': return 0;
 109         default: return -1;
 110     }
 111 }
 112
 113
 114 void scan( char *seq, char *pat, int seq_len, int pat_len )
 115 {
 116     int i;
 117
 118     Inline_Stack_Vars;
 119     Inline_Stack_Reset;
 120
 121     for ( i = 0; i < seq_len - pat_len; i++ )
 122     {
 123         if ( match( &seq[ i ], pat, pat_len ) ) {
 124           Inline_Stack_Push( sv_2mortal( newSViv( i ) ) );
 125         }
 126     }
 127
 128     Inline_Stack_Done;
 129 }
 130
 131
 132 int match( char *seq1, char *seq2, int len )
 133 {
 134     int  i = 0;
 135     char c1;
 136     char c2;
 137
 138     while ( i < len )
 139     {
 140         c1 = seq1[ i ];
 141         c2 = seq2[ i ];
 142
 143         if ( ambi_match[ hash( c1 ) ][ hash( c2 ) ] == '0' ) {
 144             return 0;
 145         }
 146
 147         i++;
 148     }
 149
 150     return 1;
 151 }
 152
 153 END_C
 154
 155
 156 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 157
 158
 159 sub re_scan
 160 {
 161     my ( $seq,   # sequence to scan
 162          $re,    # hashref with RE info
 163        ) = @_;
 164
 165     my ( @matches );
 166
 167     @matches = scan( $seq, $re->{ "pattern" }, length $seq, $re->{ "len" } );
 168
 169     return wantarray ? @matches: \@matches;
 170 }
 171
 172
 173 sub parse_re_data
 174 {
 175     my ( @lines, $line, @fields, @re_data );
 176
 177     @lines = <DATA>;
 178
 179     chomp @lines;
 180
 181     foreach $line ( @lines )
 182     {
 183         next if $line =~ /^(#|$)/;
 184
 185         @fields = split " ", $line;
 186
 187         push @re_data, {
 188             name    => $fields[ 0 ],
 189             pattern => $fields[ 1 ],
 190             len     => $fields[ 2 ],
 191             ncuts   => $fields[ 3 ],
 192             blunt   => $fields[ 4 ],
 193             c1      => $fields[ 5 ],
 194             c2      => $fields[ 6 ],
 195             c3      => $fields[ 7 ],
 196             c4      => $fields[ 8 ],
 197         };
 198     }
 199
 200     return wantarray ? @re_data : \@re_data;
 201 }
 202
 203
 204 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 205
 206
 207 __DATA__
 208
 209 # From REBASE:
 210 # ftp://ftp.neb.com/pub/rebase/emboss_e.908
 211
 212 # REBASE version 908                                              emboss_e.908
 213 #
 214 #     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
 215 #     REBASE, The Restriction Enzyme Database   http://rebase.neb.com
 216 #     Copyright (c)  Dr. Richard J. Roberts, 2009.   All rights reserved.
 217 #     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
 218 #
 219 # Rich Roberts                                                    Jul 28 2009
 220 #
 221 # REBASE enzyme patterns for EMBOSS (embossre.enz)
 222 #
 223 # Format:
 224 #
 225 # name<ws>pattern<ws>len<ws>ncuts<ws>blunt<ws>c1<ws>c2<ws>c3<ws>c4
 226 #
 227 # Where:
 228 # name = name of enzyme
 229 # pattern = recognition site
 230 # len = length of pattern
 231 # ncuts = number of cuts made by enzyme
 232 #         Zero represents unknown
 233 # blunt = true if blunt end cut, false if sticky
 234 # c1 = First 5' cut
 235 # c2 = First 3' cut
 236 # c3 = Second 5' cut
 237 # c4 = Second 3' cut
 238 #
 239 # Examples:
 240 # AAC^TGG -> 6 2 1 3 3 0 0
 241 # A^ACTGG -> 6 2 0 1 5 0 0
 242 # AACTGG  -> 6 0 0 0 0 0 0
 243 # AACTGG(-5/-1) -> 6 2 0 1 5 0 0
 244 # (8/13)GACNNNNNNTCA(12/7) -> 12 4 0 -9 -14 24 19
 245 #
 246 # i.e. cuts are always to the right of the given
 247 # residue and sequences are always with reference to
 248 # the 5' strand.
 249 # Sequences are numbered ... -3 -2 -1 1 2 3 ... with
 250 # the first residue of the pattern at base number 1.
 251 #
 252 #
 253
 254 AanI    TTATAA  6       2       1       3       3       0       0
 255 AarI    CACCTGC 7       2       0       11      15      0       0
 256 AasI    GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 257 AatI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 258 AatII   GACGTC  6       2       0       5       1       0       0
 259 AbsI    CCTCGAGG        8       2       0       2       6       0       0
 260 AccI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
 261 AccII   CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 262 AccIII  TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 263 Acc16I  TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 264 Acc36I  ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 265 Acc65I  GGTACC  6       2       0       1       5       0       0
 266 AccB1I  GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 267 AccB7I  CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 268 AccBSI  CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 269 AceIII  cagctc  6       2       0       13      17      0       0
 270 AciI    CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 271 AclI    AACGTT  6       2       0       2       4       0       0
 272 AclWI   GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 273 AcoI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 274 AcsI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
 275 AcuI    CTGAAG  6       2       0       22      20      0       0
 276 AcvI    CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 277 AcyI    GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 278 AdeI    CACNNNGTG       9       2       0       6       3       0       0
 279 AfaI    GTAC    4       2       1       2       2       0       0
 280 AfeI    AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 281 AfiI    CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 282 AflII   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 283 AflIII  ACRYGT  6       2       0       1       5       0       0
 284 AgeI    ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 285 AgsI    TTSAA   5       2       0       3       2       0       0
 286 AhaIII  tttaaa  6       2       1       3       3       0       0
 287 AhdI    GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 288 AhlI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 289 AjiI    CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 290 AjnI    CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 291 AjuI    GAANNNNNNNTTGG  14      4       0       -8      -13     25      20
 292 AleI    CACNNNNGTG      10      2       1       5       5       0       0
 293 AlfI    GCANNNNNNTGC    12      4       0       -11     -13     24      22
 294 AloI    GAACNNNNNNTCC   13      4       0       -8      -13     25      20
 295 AluI    AGCT    4       2       1       2       2       0       0
 296 AluBI   AGCT    4       2       1       2       2       0       0
 297 AlwI    GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 298 Alw21I  GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 299 Alw26I  GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 300 Alw44I  GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
 301 AlwFI   gaaaynnnnnrtg   13      0       0       0       0       0       0
 302 AlwNI   CAGNNNCTG       9       2       0       6       3       0       0
 303 Ama87I  CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 304 Aor13HI TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 305 Aor51HI AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 306 ApaI    GGGCCC  6       2       0       5       1       0       0
 307 ApaBI   gcannnnntgc     11      2       0       8       3       0       0
 308 ApaLI   GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
 309 ApeKI   GCWGC   5       2       0       1       4       0       0
 310 ApoI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
 311 ApyPI   atcgac  6       2       0       26      24      0       0
 312 AquIII  gaggag  6       2       0       26      24      0       0
 313 AquIV   grggaag 7       2       0       26      24      0       0
 314 ArsI    GACNNNNNNTTYG   13      4       0       -9      -14     24      19
 315 AscI    GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 316 AseI    ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
 317 Asi256I gatc    4       2       0       1       3       0       0
 318 AsiGI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 319 AsiSI   GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 320 AspI    GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 321 Asp700I GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 322 Asp718I GGTACC  6       2       0       1       5       0       0
 323 AspA2I  CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 324 AspCNI  gccgc   5       0       0       0       0       0       0
 325 AspEI   GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 326 AspLEI  GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 327 AspS9I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 328 AssI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 329 AsuI    ggncc   5       2       0       1       4       0       0
 330 AsuII   TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 331 AsuC2I  CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 332 AsuHPI  GGTGA   5       2       0       13      12      0       0
 333 AsuNHI  GCTAGC  6       2       0       1       5       0       0
 334 AvaI    CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 335 AvaII   GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 336 AvaIII  atgcat  6       0       0       0       0       0       0
 337 AviII   TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 338 AvrII   CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 339 AxyI    CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 340 BaeI    ACNNNNGTAYC     11      4       0       -11     -16     23      18
 341 BaeGI   GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 342 BalI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 343 BamHI   GGATCC  6       2       0       1       5       0       0
 344 BanI    GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 345 BanII   GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 346 BanIII  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 347 BarI    GAAGNNNNNNTAC   13      4       0       -8      -13     25      20
 348 BasI    CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 349 BauI    CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 350 BbeI    GGCGCC  6       2       0       5       1       0       0
 351 Bbr7I   gaagac  6       2       0       13      17      0       0
 352 BbrPI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 353 BbsI    GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 354 BbuI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 355 BbvI    GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 356 BbvII   gaagac  6       2       0       8       12      0       0
 357 Bbv12I  GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 358 BbvCI   CCTCAGC 7       2       0       2       5       0       0
 359 BccI    CCATC   5       2       0       9       10      0       0
 360 Bce83I  cttgag  6       2       0       22      20      0       0
 361 BceAI   ACGGC   5       2       0       17      19      0       0
 362 BcefI   acggc   5       2       0       17      18      0       0
 363 BcgI    CGANNNNNNTGC    12      4       0       -11     -13     24      22
 364 BciVI   GTATCC  6       2       0       12      11      0       0
 365 BclI    TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 366 BcnI    CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 367 BcuI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 368 BdaI    TGANNNNNNTCA    12      4       0       -11     -13     24      22
 369 BetI    wccggw  6       2       0       1       5       0       0
 370 BfaI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 371 BfiI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 372 BfmI    CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 373 BfoI    RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 374 BfrI    CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 375 BfuI    GTATCC  6       2       0       12      11      0       0
 376 BfuAI   ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 377 BfuCI   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 378 BglI    GCCNNNNNGGC     11      2       0       7       4       0       0
 379 BglII   AGATCT  6       2       0       1       5       0       0
 380 BinI    ggatc   5       2       0       9       10      0       0
 381 BisI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 382 BlnI    CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 383 BlpI    GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 384 BlsI    GCNGC   5       2       0       3       2       0       0
 385 BmcAI   AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 386 Bme18I  GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 387 Bme1390I        CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 388 BmeRI   GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 389 BmeT110I        CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 390 BmgI    gkgccc  6       0       0       0       0       0       0
 391 BmgBI   CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 392 BmgT120I        GGNCC   5       2       0       2       3       0       0
 393 BmiI    GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 394 BmrI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 395 BmrFI   CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 396 BmsI    GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 397 BmtI    GCTAGC  6       2       0       5       1       0       0
 398 BmuI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 399 BoxI    GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 400 BpiI    GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 401 BplI    GAGNNNNNCTC     11      4       0       -9      -14     24      19
 402 BpmI    CTGGAG  6       2       0       22      20      0       0
 403 Bpu10I  CCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 404 Bpu14I  TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 405 Bpu1102I        GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 406 BpuAI   GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 407 BpuEI   CTTGAG  6       2       0       22      20      0       0
 408 BpuMI   CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 409 BpvUI   CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 410 BsaI    GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 411 Bsa29I  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 412 BsaAI   YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 413 BsaBI   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 414 BsaHI   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 415 BsaJI   CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 416 BsaMI   GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 417 BsaWI   WCCGGW  6       2       0       1       5       0       0
 418 BsaXI   ACNNNNNCTCC     11      4       0       -10     -13     21      18
 419 BsbI    caacac  6       2       0       27      25      0       0
 420 Bsc4I   CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 421 BscAI   gcatc   5       2       0       9       11      0       0
 422 BscGI   cccgt   5       0       0       0       0       0       0
 423 Bse1I   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 424 Bse8I   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 425 Bse21I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 426 Bse118I RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 427 BseAI   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 428 BseBI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 429 BseCI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 430 BseDI   CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 431 Bse3DI  GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 432 BseGI   GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 433 BseJI   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 434 BseLI   CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 435 BseMI   GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 436 BseMII  CTCAG   5       2       0       15      13      0       0
 437 BseNI   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 438 BsePI   GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 439 BseRI   GAGGAG  6       2       0       16      14      0       0
 440 BseSI   GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 441 BseXI   GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 442 BseX3I  CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 443 BseYI   CCCAGC  6       2       0       1       5       0       0
 444 BsgI    GTGCAG  6       2       0       22      20      0       0
 445 Bsh1236I        CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 446 Bsh1285I        CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 447 BshFI   GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 448 BshNI   GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 449 BshTI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 450 BshVI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 451 BsiI    cacgag  6       2       0       1       5       0       0
 452 BsiEI   CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 453 BsiHKAI GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 454 BsiHKCI CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 455 BsiSI   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 456 BsiWI   CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 457 BsiYI   ccnnnnnnngg     11      2       0       7       4       0       0
 458 BslI    CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 459 BslFI   GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 460 BsmI    GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 461 BsmAI   GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 462 BsmBI   CGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 463 BsmFI   GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 464 BsnI    GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 465 Bso31I  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 466 BsoBI   CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 467 Bsp13I  TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 468 Bsp19I  CCATGG  6       2       0       1       5       0       0
 469 Bsp24I  gacnnnnnntgg    12      4       0       -9      -14     24      19
 470 Bsp68I  TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 471 Bsp119I TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 472 Bsp120I GGGCCC  6       2       0       1       5       0       0
 473 Bsp143I GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 474 Bsp1286I        GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 475 Bsp1407I        TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 476 Bsp1720I        GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 477 BspACI  CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 478 BspCNI  CTCAG   5       2       0       14      12      0       0
 479 BspDI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 480 BspD6I  gactc   5       2       0       9       11      0       0
 481 BspEI   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 482 BspFNI  CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 483 BspGI   ctggac  6       0       0       0       0       0       0
 484 BspHI   TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 485 BspLI   GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 486 BspLU11I        acatgt  6       2       0       1       5       0       0
 487 BspMI   ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 488 BspMII  tccgga  6       2       0       1       5       0       0
 489 BspNCI  ccaga   5       0       0       0       0       0       0
 490 BspOI   GCTAGC  6       2       0       5       1       0       0
 491 BspPI   GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 492 BspQI   GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 493 BspTI   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 494 BspT104I        TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 495 BspT107I        GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 496 BspTNI  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 497 BspXI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 498 BsrI    ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 499 BsrBI   CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 500 BsrDI   GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 501 BsrFI   RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 502 BsrGI   TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 503 BsrSI   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 504 BssAI   RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 505 BssECI  CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 506 BssHII  GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 507 BssKI   CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 508 BssMI   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 509 BssNI   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 510 BssNAI  GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 511 BssSI   CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 512 BssT1I  CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 513 Bst6I   CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 514 Bst98I  CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 515 Bst1107I        GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 516 BstACI  GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 517 BstAFI  CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 518 BstAPI  GCANNNNNTGC     11      2       0       7       4       0       0
 519 BstAUI  TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 520 BstBI   TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 521 Bst2BI  CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 522 BstBAI  YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 523 Bst4CI  ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 524 BstC8I  GCNNGC  6       2       1       3       3       0       0
 525 BstDEI  CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 526 BstDSI  CCRYGG  6       2       0       1       5       0       0
 527 BstEII  GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 528 BstENI  CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
 529 BstF5I  GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 530 BstFNI  CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 531 BstH2I  RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 532 BstHHI  GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 533 BstKTI  GATC    4       2       0       3       1       0       0
 534 BstMAI  GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 535 BstMBI  GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 536 BstMCI  CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 537 BstMWI  GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 538 BstNI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 539 BstNSI  RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
 540 BstOI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 541 BstPI   GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 542 BstPAI  GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 543 BstSCI  CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 544 BstSFI  CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 545 BstSLI  GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 546 BstSNI  TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 547 BstUI   CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 548 Bst2UI  CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 549 BstV1I  GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 550 BstV2I  GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 551 BstXI   CCANNNNNNTGG    12      2       0       8       4       0       0
 552 BstX2I  RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 553 BstYI   RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 554 BstZI   CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 555 BstZ17I GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 556 Bsu15I  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 557 Bsu36I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 558 BsuRI   GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 559 BsuTUI  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 560 BtgI    CCRYGG  6       2       0       1       5       0       0
 561 BtgZI   GCGATG  6       2       0       16      20      0       0
 562 BthCI   gcngc   5       2       0       4       1       0       0
 563 BtrI    CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 564 BtsI    GCAGTG  6       2       0       8       6       0       0
 565 BtsCI   GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 566 BtuMI   TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 567 BveI    ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 568 Cac8I   GCNNGC  6       2       1       3       3       0       0
 569 CaiI    CAGNNNCTG       9       2       0       6       3       0       0
 570 CauII   ccsgg   5       2       0       2       3       0       0
 571 CciI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 572 CciNI   GCGGCCGC        8       2       0       2       6       0       0
 573 CdiI    catcg   5       2       1       4       4       0       0
 574 CdpI    gcggag  6       2       0       26      24      0       0
 575 CelII   GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 576 CfoI    GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 577 CfrI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 578 Cfr9I   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
 579 Cfr10I  RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 580 Cfr13I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 581 Cfr42I  CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 582 ChaI    gatc    4       2       0       4       -1      0       0
 583 CjeI    ccannnnnngt     11      4       0       -9      -15     26      20
 584 CjeNII  gagnnnnngt      10      0       0       0       0       0       0
 585 CjePI   ccannnnnnntc    12      4       0       -8      -14     26      20
 586 CjuI    caynnnnnrtg     11      0       0       0       0       0       0
 587 CjuII   caynnnnnctc     11      0       0       0       0       0       0
 588 ClaI    ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 589 CpoI    CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 590 CseI    GACGC   5       2       0       10      15      0       0
 591 CsiI    ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 592 CspI    CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 593 Csp6I   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 594 Csp45I  TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 595 CspAI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 596 CspCI   CAANNNNNGTGG    12      4       0       -12     -14     24      22
 597 CstMI   aaggag  6       2       0       26      24      0       0
 598 CviAII  CATG    4       2       0       1       3       0       0
 599 CviJI   RGCY    4       2       1       2       2       0       0
 600 CviKI-1 RGCY    4       2       1       2       2       0       0
 601 CviQI   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 602 CviRI   tgca    4       2       1       2       2       0       0
 603 DdeI    CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 604 DinI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 605 DpnI    GATC    4       2       1       2       2       0       0
 606 DpnII   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 607 DraI    TTTAAA  6       2       1       3       3       0       0
 608 DraII   RGGNCCY 7       2       0       2       5       0       0
 609 DraIII  CACNNNGTG       9       2       0       6       3       0       0
 610 DraRI   caagnac 7       2       0       27      25      0       0
 611 DrdI    GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 612 DrdII   gaacca  6       0       0       0       0       0       0
 613 DrdIV   tacgac  6       2       0       26      24      0       0
 614 DriI    GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 615 DsaI    ccrygg  6       2       0       1       5       0       0
 616 DseDI   GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 617 EaeI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 618 EagI    CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 619 Eam1104I        CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 620 Eam1105I        GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 621 EarI    CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 622 EciI    GGCGGA  6       2       0       17      15      0       0
 623 Ecl136II        GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 624 EclXI   CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 625 Eco24I  GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 626 Eco31I  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 627 Eco32I  GATATC  6       2       1       3       3       0       0
 628 Eco47I  GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 629 Eco47III        AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 630 Eco52I  CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 631 Eco57I  CTGAAG  6       2       0       22      20      0       0
 632 Eco72I  CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 633 Eco81I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 634 Eco88I  CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 635 Eco91I  GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 636 Eco105I TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 637 Eco130I CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 638 Eco147I AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 639 EcoHI   ccsgg   5       2       0       -1      5       0       0
 640 EcoICRI GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 641 Eco57MI CTGRAG  6       2       0       22      20      0       0
 642 EcoNI   CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
 643 EcoO65I GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 644 EcoO109I        RGGNCCY 7       2       0       2       5       0       0
 645 EcoRI   GAATTC  6       2       0       1       5       0       0
 646 EcoRII  CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 647 EcoRV   GATATC  6       2       1       3       3       0       0
 648 EcoT14I CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 649 EcoT22I ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 650 EcoT38I GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 651 Eco53kI GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 652 EgeI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 653 EheI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 654 ErhI    CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 655 EsaBC3I tcga    4       2       1       2       2       0       0
 656 EsaSSI  gaccac  6       0       0       0       0       0       0
 657 EspI    gctnagc 7       2       0       2       5       0       0
 658 Esp3I   CGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 659 FaeI    CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 660 FaiI    YATR    4       2       1       2       2       0       0
 661 FalI    AAGNNNNNCTT     11      4       0       -9      -14     24      19
 662 FaqI    GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 663 FatI    CATG    4       2       0       -1      4       0       0
 664 FauI    CCCGC   5       2       0       9       11      0       0
 665 FauNDI  CATATG  6       2       0       2       4       0       0
 666 FbaI    TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 667 FblI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
 668 FinI    gggac   5       0       0       0       0       0       0
 669 FmuI    ggncc   5       2       0       4       1       0       0
 670 FnuDII  cgcg    4       2       1       2       2       0       0
 671 Fnu4HI  GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 672 FokI    GGATG   5       2       0       14      18      0       0
 673 FriOI   GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 674 FseI    GGCCGGCC        8       2       0       6       2       0       0
 675 FspI    TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 676 FspAI   RTGCGCAY        8       2       1       4       4       0       0
 677 FspBI   CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 678 Fsp4HI  GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 679 GdiII   cggccr  6       2       0       1       5       0       0
 680 GlaI    GCGC    4       2       1       2       2       0       0
 681 GluI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 682 GsaI    CCCAGC  6       2       0       5       1       0       0
 683 GsuI    CTGGAG  6       2       0       22      20      0       0
 684 HaeI    wggccw  6       2       1       3       3       0       0
 685 HaeII   RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 686 HaeIII  GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 687 HaeIV   gaynnnnnrtc     11      4       0       -8      -14     25      20
 688 HapII   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 689 HgaI    GACGC   5       2       0       10      15      0       0
 690 HgiAI   gwgcwc  6       2       0       5       1       0       0
 691 HgiCI   ggyrcc  6       2       0       1       5       0       0
 692 HgiEII  accnnnnnnggt    12      0       0       0       0       0       0
 693 HgiJII  grgcyc  6       2       0       5       1       0       0
 694 HhaI    GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 695 Hin1I   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 696 Hin1II  CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 697 Hin4I   GAYNNNNNVTC     11      4       0       -9      -14     24      19
 698 Hin4II  ccttc   5       2       0       11      10      0       0
 699 Hin6I   GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 700 HinP1I  GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 701 HincII  GTYRAC  6       2       1       3       3       0       0
 702 HindII  GTYRAC  6       2       1       3       3       0       0
 703 HindIII AAGCTT  6       2       0       1       5       0       0
 704 HinfI   GANTC   5       2       0       1       4       0       0
 705 HpaI    GTTAAC  6       2       1       3       3       0       0
 706 HpaII   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 707 HphI    GGTGA   5       2       0       13      12      0       0
 708 Hpy8I   GTNNAC  6       2       1       3       3       0       0
 709 Hpy99I  CGWCG   5       2       0       5       -1      0       0
 710 Hpy166II        GTNNAC  6       2       1       3       3       0       0
 711 Hpy178III       tcnnga  6       2       0       2       4       0       0
 712 Hpy188I TCNGA   5       2       0       3       2       0       0
 713 Hpy188III       TCNNGA  6       2       0       2       4       0       0
 714 HpyAV   CCTTC   5       2       0       11      10      0       0
 715 HpyCH4III       ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 716 HpyCH4IV        ACGT    4       2       0       1       3       0       0
 717 HpyCH4V TGCA    4       2       1       2       2       0       0
 718 HpyF3I  CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 719 HpyF10VI        GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 720 Hsp92I  GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 721 Hsp92II CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 722 HspAI   GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 723 ItaI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 724 KasI    GGCGCC  6       2       0       1       5       0       0
 725 KflI    GGGWCCC 7       2       0       2       5       0       0
 726 KpnI    GGTACC  6       2       0       5       1       0       0
 727 Kpn2I   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 728 KspI    CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 729 Ksp22I  TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 730 Ksp632I ctcttc  6       2       0       7       10      0       0
 731 KspAI   GTTAAC  6       2       1       3       3       0       0
 732 Kzo9I   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 733 LguI    GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 734 LpnI    rgcgcy  6       2       1       3       3       0       0
 735 Lsp1109I        GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 736 LweI    GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 737 MabI    ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 738 MaeI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 739 MaeII   ACGT    4       2       0       1       3       0       0
 740 MaeIII  GTNAC   5       2       0       -1      5       0       0
 741 MalI    GATC    4       2       1       2       2       0       0
 742 MaqI    crttgac 7       2       0       28      26      0       0
 743 MauBI   CGCGCGCG        8       2       0       2       6       0       0
 744 MbiI    CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 745 MboI    GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 746 MboII   GAAGA   5       2       0       13      12      0       0
 747 McaTI   gcgcgc  6       2       0       4       2       0       0
 748 McrI    cgrycg  6       2       0       4       2       0       0
 749 MfeI    CAATTG  6       2       0       1       5       0       0
 750 MflI    RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 751 MhlI    GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 752 MjaIV   gtnnac  6       0       0       0       0       0       0
 753 MlsI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 754 MluI    ACGCGT  6       2       0       1       5       0       0
 755 MluNI   TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 756 MlyI    GAGTC   5       2       1       10      10      0       0
 757 Mly113I GGCGCC  6       2       0       2       4       0       0
 758 MmeI    TCCRAC  6       2       0       26      24      0       0
 759 MnlI    CCTC    4       2       0       11      10      0       0
 760 Mph1103I        ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 761 MreI    CGCCGGCG        8       2       0       2       6       0       0
 762 MroI    TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 763 MroNI   GCCGGC  6       2       0       1       5       0       0
 764 MroXI   GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 765 MscI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 766 MseI    TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 767 MslI    CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 768 MspI    CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 769 Msp20I  TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 770 MspA1I  CMGCKG  6       2       1       3       3       0       0
 771 MspCI   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 772 MspR9I  CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 773 MssI    GTTTAAAC        8       2       1       4       4       0       0
 774 MstI    tgcgca  6       2       1       3       3       0       0
 775 MunI    CAATTG  6       2       0       1       5       0       0
 776 MvaI    CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 777 Mva1269I        GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 778 MvnI    CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 779 MvrI    CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 780 MwoI    GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 781 NaeI    GCCGGC  6       2       1       3       3       0       0
 782 NarI    GGCGCC  6       2       0       2       4       0       0
 783 NciI    CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 784 NcoI    CCATGG  6       2       0       1       5       0       0
 785 NdeI    CATATG  6       2       0       2       4       0       0
 786 NdeII   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 787 NgoAVIII        gacnnnnntga     11      4       0       -13     -15     24      22
 788 NgoMIV  GCCGGC  6       2       0       1       5       0       0
 789 NhaXI   caagrag 7       0       0       0       0       0       0
 790 NheI    GCTAGC  6       2       0       1       5       0       0
 791 NlaIII  CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 792 NlaIV   GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 793 NlaCI   catcac  6       2       0       25      23      0       0
 794 Nli3877I        cycgrg  6       2       0       5       1       0       0
 795 NmeAIII GCCGAG  6       2       0       27      25      0       0
 796 NmeDI   rccggy  6       4       0       -13     -8      13      18
 797 NmuCI   GTSAC   5       2       0       -1      5       0       0
 798 NotI    GCGGCCGC        8       2       0       2       6       0       0
 799 NruI    TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 800 NsbI    TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 801 NsiI    ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 802 NspI    RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
 803 NspV    TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 804 NspBII  cmgckg  6       2       1       3       3       0       0
 805 OliI    CACNNNNGTG      10      2       1       5       5       0       0
 806 PabI    gtac    4       2       0       3       1       0       0
 807 PacI    TTAATTAA        8       2       0       5       3       0       0
 808 PaeI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 809 PaeR7I  CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 810 PagI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 811 PalAI   GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 812 PasI    CCCWGGG 7       2       0       2       5       0       0
 813 PauI    GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 814 PceI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 815 PciI    ACATGT  6       2       0       1       5       0       0
 816 PciSI   GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 817 PctI    GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 818 PdiI    GCCGGC  6       2       1       3       3       0       0
 819 PdmI    GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 820 PfeI    GAWTC   5       2       0       1       4       0       0
 821 Pfl23II CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 822 Pfl1108I        tcgtag  6       0       0       0       0       0       0
 823 PflFI   GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 824 PflMI   CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 825 PfoI    TCCNGGA 7       2       0       1       6       0       0
 826 PhoI    GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 827 PinAI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 828 PlaDI   catcag  6       2       0       27      25      0       0
 829 PleI    GAGTC   5       2       0       9       10      0       0
 830 Ple19I  CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 831 PmaCI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 832 PmeI    GTTTAAAC        8       2       1       4       4       0       0
 833 PmlI    CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 834 PpiI    GAACNNNNNCTC    12      4       0       -8      -13     25      20
 835 PpsI    GAGTC   5       2       0       9       10      0       0
 836 Ppu10I  atgcat  6       2       0       1       5       0       0
 837 Ppu21I  YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 838 PpuMI   RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 839 PscI    ACATGT  6       2       0       1       5       0       0
 840 PshAI   GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 841 PshBI   ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
 842 PsiI    TTATAA  6       2       1       3       3       0       0
 843 Psp03I  ggwcc   5       2       0       4       1       0       0
 844 Psp5II  RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 845 Psp6I   CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 846 Psp1406I        AACGTT  6       2       0       2       4       0       0
 847 Psp124BI        GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 848 PspCI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 849 PspEI   GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 850 PspGI   CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 851 PspLI   CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 852 PspN4I  GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 853 PspOMI  GGGCCC  6       2       0       1       5       0       0
 854 PspOMII cgcccar 7       2       0       27      25      0       0
 855 PspPI   GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 856 PspPPI  RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 857 PspPRI  ccycag  6       2       0       21      19      0       0
 858 PspXI   VCTCGAGB        8       2       0       2       6       0       0
 859 PsrI    GAACNNNNNNTAC   13      4       0       -8      -13     25      20
 860 PssI    rggnccy 7       2       0       5       2       0       0
 861 PstI    CTGCAG  6       2       0       5       1       0       0
 862 PsuI    RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 863 PsyI    GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 864 PteI    GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 865 PvuI    CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 866 PvuII   CAGCTG  6       2       1       3       3       0       0
 867 RcaI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 868 RceI    catcgac 7       2       0       27      25      0       0
 869 RgaI    GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 870 RigI    GGCCGGCC        8       2       0       6       2       0       0
 871 RleAI   cccaca  6       2       0       18      15      0       0
 872 RpaB5I  cgrggac 7       2       0       27      25      0       0
 873 RruI    TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 874 RsaI    GTAC    4       2       1       2       2       0       0
 875 RsaNI   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 876 RseI    CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 877 RsrII   CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 878 Rsr2I   CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 879 SacI    GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 880 SacII   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 881 SalI    GTCGAC  6       2       0       1       5       0       0
 882 SanDI   GGGWCCC 7       2       0       2       5       0       0
 883 SapI    GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 884 SaqAI   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 885 SatI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 886 SauI    cctnagg 7       2       0       2       5       0       0
 887 Sau96I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 888 Sau3AI  GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 889 SbfI    CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 890 ScaI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 891 SchI    GAGTC   5       2       1       10      10      0       0
 892 SciI    ctcgag  6       2       1       3       3       0       0
 893 ScrFI   CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 894 SdaI    CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 895 SdeAI   cagrag  6       2       0       27      25      0       0
 896 SdeOSI  gacnnnnrtga     11      4       0       -12     -14     23      21
 897 SduI    GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 898 SecI    ccnngg  6       2       0       1       5       0       0
 899 SelI    cgcg    4       2       0       -1      4       0       0
 900 SetI    ASST    4       2       0       4       -1      0       0
 901 SexAI   ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 902 SfaAI   GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 903 SfaNI   GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 904 SfcI    CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 905 SfeI    ctryag  6       2       0       1       5       0       0
 906 SfiI    GGCCNNNNNGGCC   13      2       0       8       5       0       0
 907 SfoI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 908 Sfr274I CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 909 Sfr303I CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 910 SfuI    TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 911 SgfI    GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 912 SgrAI   CRCCGGYG        8       2       0       2       6       0       0
 913 SgrBI   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 914 SgrDI   CGTCGACG        8       2       0       2       6       0       0
 915 SgsI    GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 916 SimI    gggtc   5       2       0       2       5       0       0
 917 SinI    GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 918 SlaI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 919 SmaI    CCCGGG  6       2       1       3       3       0       0
 920 SmiI    ATTTAAAT        8       2       1       4       4       0       0
 921 SmiMI   CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 922 SmlI    CTYRAG  6       2       0       1       5       0       0
 923 SmoI    CTYRAG  6       2       0       1       5       0       0
 924 SmuI    CCCGC   5       2       0       9       11      0       0
 925 SnaI    gtatac  6       0       0       0       0       0       0
 926 SnaBI   TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 927 SpeI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 928 SphI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 929 SplI    cgtacg  6       2       0       1       5       0       0
 930 SpoDI   gcggrag 7       0       0       0       0       0       0
 931 SrfI    GCCCGGGC        8       2       1       4       4       0       0
 932 Sse9I   AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 933 Sse232I cgccggcg        8       2       0       2       6       0       0
 934 Sse8387I        CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 935 Sse8647I        aggwcct 7       2       0       2       5       0       0
 936 SseBI   AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 937 SsiI    CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 938 SspI    AATATT  6       2       1       3       3       0       0
 939 SspDI   GGCGCC  6       2       0       1       5       0       0
 940 SspD5I  ggtga   5       2       1       13      13      0       0
 941 SstI    GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 942 SstII   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 943 Sth132I cccg    4       2       0       8       12      0       0
 944 Sth302II        ccgg    4       2       1       2       2       0       0
 945 StrI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 946 StsI    ggatg   5       2       0       15      19      0       0
 947 StuI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 948 StyI    CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 949 StyD4I  CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 950 SwaI    ATTTAAAT        8       2       1       4       4       0       0
 951 TaaI    ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 952 TaiI    ACGT    4       2       0       4       -1      0       0
 953 TaqI    TCGA    4       2       0       1       3       0       0
 954 TaqII   GACCGA  6       2       0       17      15      0       0
 955 TaqII   CACCCA  6       2       0       17      15      0       0
 956 TasI    AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 957 TatI    WGTACW  6       2       0       1       5       0       0
 958 TauI    GCSGC   5       2       0       4       1       0       0
 959 TfiI    GAWTC   5       2       0       1       4       0       0
 960 TliI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 961 Tru1I   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 962 Tru9I   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 963 TscAI   CASTG   5       2       0       7       -3      0       0
 964 TseI    GCWGC   5       2       0       1       4       0       0
 965 TsoI    TARCCA  6       2       0       17      15      0       0
 966 Tsp45I  GTSAC   5       2       0       -1      5       0       0
 967 Tsp509I AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 968 Tsp4CI  acngt   5       2       0       3       2       0       0
 969 TspDTI  ATGAA   5       2       0       16      14      0       0
 970 TspEI   AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 971 TspGWI  ACGGA   5       2       0       16      14      0       0
 972 TspMI   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
 973 TspRI   CASTG   5       2       0       7       -3      0       0
 974 TssI    gagnnnctc       9       0       0       0       0       0       0
 975 TstI    CACNNNNNNTCC    12      4       0       -9      -14     24      19
 976 TsuI    gcgac   5       0       0       0       0       0       0
 977 Tth111I GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 978 Tth111II        caarca  6       2       0       17      15      0       0
 979 UbaF9I  tacnnnnnrtgt    12      0       0       0       0       0       0
 980 UbaF11I tcgta   5       0       0       0       0       0       0
 981 UbaF12I ctacnnngtc      10      0       0       0       0       0       0
 982 UbaF13I gagnnnnnnctgg   13      0       0       0       0       0       0
 983 UbaF14I ccannnnntcg     11      0       0       0       0       0       0
 984 UbaPI   cgaacg  6       0       0       0       0       0       0
 985 UnbI    ggncc   5       2       0       -1      5       0       0
 986 Van91I  CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 987 Vha464I CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 988 VneI    GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
 989 VpaK11AI        ggwcc   5       2       0       -1      5       0       0
 990 VpaK11BI        GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 991 VspI    ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
 992 XagI    CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
 993 XapI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
 994 XbaI    TCTAGA  6       2       0       1       5       0       0
 995 XceI    RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
 996 XcmI    CCANNNNNNNNNTGG 15      2       0       8       7       0       0
 997 XhoI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 998 XhoII   RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 999 XmaI    CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
1000 XmaIII  cggccg  6       2       0       1       5       0       0
1001 XmaCI   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
1002 XmaJI   CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
1003 XmiI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
1004 XmnI    GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
1005 XspI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
1006 ZraI    GACGTC  6       2       1       3       3       0       0
1007 ZrmI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
1008 Zsp2I   ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0