code_perl/Maasha/RestrictEnz.pm

   1 package Maasha::RestrictEnz;
   2
   3
   4 # Copyright (C) 2006-2007 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25
  26 # This module contains routines for matching restriction enzyme cleavage sites.
  27
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 use warnings;
  33 use strict;
  34 use Data::Dumper;
  35
  36 use Exporter;
  37
  38 use vars qw( @ISA @EXPORT @EXPORT_OK );
  39
  40 @ISA = qw( Exporter ) ;
  41
  42 use Inline ( C => <<'END_C', DIRECTORY => $ENV{ "BP_TMP" } );
  43
  44 /*
  45 # UIPAC ambiguity codes for nucleotides:
  46 #
  47 # http://droog.gs.washington.edu/parc/images/iupac.html
  48 #
  49 #  ACGTUMRWSYKVHDBN
  50 # A1000011100011101
  51 # C0100010011011011
  52 # G0010001010110111
  53 # T0001100101101111
  54 # U0001100101101111
  55 # M1100000000000000
  56 # R1010000000000000
  57 # W1001100000000000
  58 # S0110000000000000
  59 # Y0101100000000000
  60 # K0011100000000000
  61 # V1110000000000000
  62 # H1101100000000000
  63 # D1011100000000000
  64 # B0111100000000000
  65 # N1111100000000000
  66 */
  67
  68 /* 2-dimensional array for fast lookup of nucleotide match. */
  69
  70 char ambi_match[16][16] = {
  71     "1000011100011101",
  72     "0100010011011011",
  73     "0010001010110111",
  74     "0001100101101111",
  75     "0001100101101111",
  76     "1100000000000000",
  77     "1010000000000000",
  78     "1001100000000000",
  79     "0110000000000000",
  80     "0101100000000000",
  81     "0011100000000000",
  82     "1110000000000000",
  83     "1101100000000000",
  84     "1011100000000000",
  85     "0111100000000000",
  86     "1111100000000000"
  87 };
  88
  89
  90 int hash( char c )
  91 {
  92     /* Martin A. Hansen, August 2009. */
  93
  94     /* Given a nucletotide returns the position of this */
  95     /* on the edge of the symetrical ambi_match lookup table. */
  96
  97     switch ( toupper( c ) )
  98     {
  99         case 'A': return 0;
 100         case 'C': return 1;
 101         case 'G': return 2;
 102         case 'T': return 3;
 103         case 'U': return 4;
 104         case 'M': return 5;
 105         case 'R': return 6;
 106         case 'W': return 7;
 107         case 'S': return 8;
 108         case 'Y': return 9;
 109         case 'K': return 10;
 110         case 'V': return 11;
 111         case 'H': return 12;
 112         case 'D': return 13;
 113         case 'B': return 14;
 114         case 'N': return 15;
 115         default: return -1;
 116     }
 117 }
 118
 119
 120 void scan( char *seq, char *pat, int seq_len, int pat_len )
 121 {
 122     /* Martin A. Hansen, August 2009. */
 123
 124     /* Scans a sequence for a subsequence allowing for ambiguity */
 125     /* codes ala UIPAC. */
 126
 127     int i;
 128
 129     Inline_Stack_Vars;
 130     Inline_Stack_Reset;
 131
 132     for ( i = 0; i < seq_len - pat_len + 1; i++ )
 133     {
 134         if ( match( &seq[ i ], pat, pat_len ) ) {
 135           Inline_Stack_Push( sv_2mortal( newSViv( i ) ) );
 136         }
 137     }
 138
 139     Inline_Stack_Done;
 140 }
 141
 142
 143 int match( char *seq1, char *seq2, int len )
 144 {
 145     /* Martin A. Hansen, August 2009. */
 146
 147     /* Checks if two sequences are identical allowing for */
 148     /* IUPAC amabiguity codes over a given length. */
 149
 150     int  i = 0;
 151     char c1;
 152     char c2;
 153
 154     while ( i < len )
 155     {
 156         c1 = seq1[ i ];
 157         c2 = seq2[ i ];
 158
 159         if ( ambi_match[ hash( c1 ) ][ hash( c2 ) ] == '0' ) {
 160             return 0;
 161         }
 162
 163         i++;
 164     }
 165
 166     return 1;
 167 }
 168
 169 END_C
 170
 171
 172 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 173
 174
 175 sub re_scan
 176 {
 177     # Martin A. Hansen, August 2009.
 178
 179     # Calls C function to scan a given sequence for a given
 180     # restriction site.
 181
 182     my ( $seq,   # sequence to scan
 183          $re,    # hashref with RE info
 184        ) = @_;
 185
 186     # Returns a list of integers.
 187
 188     my ( @matches );
 189
 190     @matches = scan( $seq, $re->{ "pattern" }, length $seq, $re->{ "len" } );
 191
 192     return wantarray ? @matches: \@matches;
 193 }
 194
 195
 196 sub parse_re_data
 197 {
 198     # Martin A. Hansen, August 2009.
 199
 200     # Parses restriction enzyme data from __DATA__ section in this module.
 201
 202     # Returns a list of hashrefs.
 203
 204     my ( @lines, $line, @fields, @re_data );
 205
 206     @lines = <DATA>;
 207
 208     chomp @lines;
 209
 210     foreach $line ( @lines )
 211     {
 212         next if $line =~ /^(#|$)/;
 213
 214         @fields = split " ", $line;
 215
 216         push @re_data, {
 217             name    => $fields[ 0 ],
 218             pattern => $fields[ 1 ],
 219             len     => $fields[ 2 ],
 220             ncuts   => $fields[ 3 ],
 221             blunt   => $fields[ 4 ],
 222             c1      => $fields[ 5 ],
 223             c2      => $fields[ 6 ],
 224             c3      => $fields[ 7 ],
 225             c4      => $fields[ 8 ],
 226         };
 227     }
 228
 229     return wantarray ? @re_data : \@re_data;
 230 }
 231
 232
 233 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 234
 235
 236 __DATA__
 237
 238 # From REBASE:
 239 # ftp://ftp.neb.com/pub/rebase/emboss_e.908
 240
 241 # REBASE version 908                                              emboss_e.908
 242 #
 243 #     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
 244 #     REBASE, The Restriction Enzyme Database   http://rebase.neb.com
 245 #     Copyright (c)  Dr. Richard J. Roberts, 2009.   All rights reserved.
 246 #     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
 247 #
 248 # Rich Roberts                                                    Jul 28 2009
 249 #
 250 # REBASE enzyme patterns for EMBOSS (embossre.enz)
 251 #
 252 # Format:
 253 #
 254 # name<ws>pattern<ws>len<ws>ncuts<ws>blunt<ws>c1<ws>c2<ws>c3<ws>c4
 255 #
 256 # Where:
 257 # name = name of enzyme
 258 # pattern = recognition site
 259 # len = length of pattern
 260 # ncuts = number of cuts made by enzyme
 261 #         Zero represents unknown
 262 # blunt = true if blunt end cut, false if sticky
 263 # c1 = First 5' cut
 264 # c2 = First 3' cut
 265 # c3 = Second 5' cut
 266 # c4 = Second 3' cut
 267 #
 268 # Examples:
 269 # AAC^TGG -> 6 2 1 3 3 0 0
 270 # A^ACTGG -> 6 2 0 1 5 0 0
 271 # AACTGG  -> 6 0 0 0 0 0 0
 272 # AACTGG(-5/-1) -> 6 2 0 1 5 0 0
 273 # (8/13)GACNNNNNNTCA(12/7) -> 12 4 0 -9 -14 24 19
 274 #
 275 # i.e. cuts are always to the right of the given
 276 # residue and sequences are always with reference to
 277 # the 5' strand.
 278 # Sequences are numbered ... -3 -2 -1 1 2 3 ... with
 279 # the first residue of the pattern at base number 1.
 280 #
 281 #
 282
 283 AanI    TTATAA  6       2       1       3       3       0       0
 284 AarI    CACCTGC 7       2       0       11      15      0       0
 285 AasI    GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 286 AatI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 287 AatII   GACGTC  6       2       0       5       1       0       0
 288 AbsI    CCTCGAGG        8       2       0       2       6       0       0
 289 AccI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
 290 AccII   CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 291 AccIII  TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 292 Acc16I  TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 293 Acc36I  ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 294 Acc65I  GGTACC  6       2       0       1       5       0       0
 295 AccB1I  GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 296 AccB7I  CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 297 AccBSI  CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 298 AceIII  cagctc  6       2       0       13      17      0       0
 299 AciI    CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 300 AclI    AACGTT  6       2       0       2       4       0       0
 301 AclWI   GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 302 AcoI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 303 AcsI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
 304 AcuI    CTGAAG  6       2       0       22      20      0       0
 305 AcvI    CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 306 AcyI    GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 307 AdeI    CACNNNGTG       9       2       0       6       3       0       0
 308 AfaI    GTAC    4       2       1       2       2       0       0
 309 AfeI    AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 310 AfiI    CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 311 AflII   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 312 AflIII  ACRYGT  6       2       0       1       5       0       0
 313 AgeI    ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 314 AgsI    TTSAA   5       2       0       3       2       0       0
 315 AhaIII  tttaaa  6       2       1       3       3       0       0
 316 AhdI    GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 317 AhlI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 318 AjiI    CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 319 AjnI    CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 320 AjuI    GAANNNNNNNTTGG  14      4       0       -8      -13     25      20
 321 AleI    CACNNNNGTG      10      2       1       5       5       0       0
 322 AlfI    GCANNNNNNTGC    12      4       0       -11     -13     24      22
 323 AloI    GAACNNNNNNTCC   13      4       0       -8      -13     25      20
 324 AluI    AGCT    4       2       1       2       2       0       0
 325 AluBI   AGCT    4       2       1       2       2       0       0
 326 AlwI    GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 327 Alw21I  GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 328 Alw26I  GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 329 Alw44I  GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
 330 AlwFI   gaaaynnnnnrtg   13      0       0       0       0       0       0
 331 AlwNI   CAGNNNCTG       9       2       0       6       3       0       0
 332 Ama87I  CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 333 Aor13HI TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 334 Aor51HI AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 335 ApaI    GGGCCC  6       2       0       5       1       0       0
 336 ApaBI   gcannnnntgc     11      2       0       8       3       0       0
 337 ApaLI   GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
 338 ApeKI   GCWGC   5       2       0       1       4       0       0
 339 ApoI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
 340 ApyPI   atcgac  6       2       0       26      24      0       0
 341 AquIII  gaggag  6       2       0       26      24      0       0
 342 AquIV   grggaag 7       2       0       26      24      0       0
 343 ArsI    GACNNNNNNTTYG   13      4       0       -9      -14     24      19
 344 AscI    GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 345 AseI    ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
 346 Asi256I gatc    4       2       0       1       3       0       0
 347 AsiGI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 348 AsiSI   GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 349 AspI    GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 350 Asp700I GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 351 Asp718I GGTACC  6       2       0       1       5       0       0
 352 AspA2I  CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 353 AspCNI  gccgc   5       0       0       0       0       0       0
 354 AspEI   GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 355 AspLEI  GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 356 AspS9I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 357 AssI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 358 AsuI    ggncc   5       2       0       1       4       0       0
 359 AsuII   TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 360 AsuC2I  CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 361 AsuHPI  GGTGA   5       2       0       13      12      0       0
 362 AsuNHI  GCTAGC  6       2       0       1       5       0       0
 363 AvaI    CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 364 AvaII   GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 365 AvaIII  atgcat  6       0       0       0       0       0       0
 366 AviII   TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 367 AvrII   CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 368 AxyI    CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 369 BaeI    ACNNNNGTAYC     11      4       0       -11     -16     23      18
 370 BaeGI   GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 371 BalI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 372 BamHI   GGATCC  6       2       0       1       5       0       0
 373 BanI    GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 374 BanII   GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 375 BanIII  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 376 BarI    GAAGNNNNNNTAC   13      4       0       -8      -13     25      20
 377 BasI    CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 378 BauI    CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 379 BbeI    GGCGCC  6       2       0       5       1       0       0
 380 Bbr7I   gaagac  6       2       0       13      17      0       0
 381 BbrPI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 382 BbsI    GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 383 BbuI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 384 BbvI    GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 385 BbvII   gaagac  6       2       0       8       12      0       0
 386 Bbv12I  GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 387 BbvCI   CCTCAGC 7       2       0       2       5       0       0
 388 BccI    CCATC   5       2       0       9       10      0       0
 389 Bce83I  cttgag  6       2       0       22      20      0       0
 390 BceAI   ACGGC   5       2       0       17      19      0       0
 391 BcefI   acggc   5       2       0       17      18      0       0
 392 BcgI    CGANNNNNNTGC    12      4       0       -11     -13     24      22
 393 BciVI   GTATCC  6       2       0       12      11      0       0
 394 BclI    TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 395 BcnI    CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 396 BcuI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 397 BdaI    TGANNNNNNTCA    12      4       0       -11     -13     24      22
 398 BetI    wccggw  6       2       0       1       5       0       0
 399 BfaI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 400 BfiI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 401 BfmI    CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 402 BfoI    RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 403 BfrI    CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 404 BfuI    GTATCC  6       2       0       12      11      0       0
 405 BfuAI   ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 406 BfuCI   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 407 BglI    GCCNNNNNGGC     11      2       0       7       4       0       0
 408 BglII   AGATCT  6       2       0       1       5       0       0
 409 BinI    ggatc   5       2       0       9       10      0       0
 410 BisI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 411 BlnI    CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
 412 BlpI    GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 413 BlsI    GCNGC   5       2       0       3       2       0       0
 414 BmcAI   AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 415 Bme18I  GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 416 Bme1390I        CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 417 BmeRI   GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 418 BmeT110I        CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 419 BmgI    gkgccc  6       0       0       0       0       0       0
 420 BmgBI   CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 421 BmgT120I        GGNCC   5       2       0       2       3       0       0
 422 BmiI    GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 423 BmrI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 424 BmrFI   CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 425 BmsI    GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 426 BmtI    GCTAGC  6       2       0       5       1       0       0
 427 BmuI    ACTGGG  6       2       0       11      10      0       0
 428 BoxI    GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 429 BpiI    GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 430 BplI    GAGNNNNNCTC     11      4       0       -9      -14     24      19
 431 BpmI    CTGGAG  6       2       0       22      20      0       0
 432 Bpu10I  CCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 433 Bpu14I  TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 434 Bpu1102I        GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 435 BpuAI   GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 436 BpuEI   CTTGAG  6       2       0       22      20      0       0
 437 BpuMI   CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 438 BpvUI   CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 439 BsaI    GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 440 Bsa29I  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 441 BsaAI   YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 442 BsaBI   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 443 BsaHI   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 444 BsaJI   CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 445 BsaMI   GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 446 BsaWI   WCCGGW  6       2       0       1       5       0       0
 447 BsaXI   ACNNNNNCTCC     11      4       0       -10     -13     21      18
 448 BsbI    caacac  6       2       0       27      25      0       0
 449 Bsc4I   CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 450 BscAI   gcatc   5       2       0       9       11      0       0
 451 BscGI   cccgt   5       0       0       0       0       0       0
 452 Bse1I   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 453 Bse8I   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 454 Bse21I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 455 Bse118I RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 456 BseAI   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 457 BseBI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 458 BseCI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 459 BseDI   CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 460 Bse3DI  GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 461 BseGI   GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 462 BseJI   GATNNNNATC      10      2       1       5       5       0       0
 463 BseLI   CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 464 BseMI   GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 465 BseMII  CTCAG   5       2       0       15      13      0       0
 466 BseNI   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 467 BsePI   GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 468 BseRI   GAGGAG  6       2       0       16      14      0       0
 469 BseSI   GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 470 BseXI   GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 471 BseX3I  CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 472 BseYI   CCCAGC  6       2       0       1       5       0       0
 473 BsgI    GTGCAG  6       2       0       22      20      0       0
 474 Bsh1236I        CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 475 Bsh1285I        CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 476 BshFI   GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 477 BshNI   GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 478 BshTI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 479 BshVI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 480 BsiI    cacgag  6       2       0       1       5       0       0
 481 BsiEI   CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 482 BsiHKAI GWGCWC  6       2       0       5       1       0       0
 483 BsiHKCI CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 484 BsiSI   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 485 BsiWI   CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 486 BsiYI   ccnnnnnnngg     11      2       0       7       4       0       0
 487 BslI    CCNNNNNNNGG     11      2       0       7       4       0       0
 488 BslFI   GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 489 BsmI    GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 490 BsmAI   GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 491 BsmBI   CGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 492 BsmFI   GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 493 BsnI    GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 494 Bso31I  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 495 BsoBI   CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 496 Bsp13I  TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 497 Bsp19I  CCATGG  6       2       0       1       5       0       0
 498 Bsp24I  gacnnnnnntgg    12      4       0       -9      -14     24      19
 499 Bsp68I  TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 500 Bsp119I TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 501 Bsp120I GGGCCC  6       2       0       1       5       0       0
 502 Bsp143I GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 503 Bsp1286I        GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 504 Bsp1407I        TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 505 Bsp1720I        GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 506 BspACI  CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 507 BspCNI  CTCAG   5       2       0       14      12      0       0
 508 BspDI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 509 BspD6I  gactc   5       2       0       9       11      0       0
 510 BspEI   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 511 BspFNI  CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 512 BspGI   ctggac  6       0       0       0       0       0       0
 513 BspHI   TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 514 BspLI   GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 515 BspLU11I        acatgt  6       2       0       1       5       0       0
 516 BspMI   ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 517 BspMII  tccgga  6       2       0       1       5       0       0
 518 BspNCI  ccaga   5       0       0       0       0       0       0
 519 BspOI   GCTAGC  6       2       0       5       1       0       0
 520 BspPI   GGATC   5       2       0       9       10      0       0
 521 BspQI   GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 522 BspTI   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 523 BspT104I        TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 524 BspT107I        GGYRCC  6       2       0       1       5       0       0
 525 BspTNI  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 526 BspXI   ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 527 BsrI    ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 528 BsrBI   CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 529 BsrDI   GCAATG  6       2       0       8       6       0       0
 530 BsrFI   RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 531 BsrGI   TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 532 BsrSI   ACTGG   5       2       0       6       4       0       0
 533 BssAI   RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 534 BssECI  CCNNGG  6       2       0       1       5       0       0
 535 BssHII  GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 536 BssKI   CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 537 BssMI   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 538 BssNI   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 539 BssNAI  GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 540 BssSI   CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 541 BssT1I  CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 542 Bst6I   CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 543 Bst98I  CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 544 Bst1107I        GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 545 BstACI  GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 546 BstAFI  CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 547 BstAPI  GCANNNNNTGC     11      2       0       7       4       0       0
 548 BstAUI  TGTACA  6       2       0       1       5       0       0
 549 BstBI   TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 550 Bst2BI  CACGAG  6       2       0       1       5       0       0
 551 BstBAI  YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 552 Bst4CI  ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 553 BstC8I  GCNNGC  6       2       1       3       3       0       0
 554 BstDEI  CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 555 BstDSI  CCRYGG  6       2       0       1       5       0       0
 556 BstEII  GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 557 BstENI  CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
 558 BstF5I  GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 559 BstFNI  CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 560 BstH2I  RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 561 BstHHI  GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 562 BstKTI  GATC    4       2       0       3       1       0       0
 563 BstMAI  GTCTC   5       2       0       6       10      0       0
 564 BstMBI  GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 565 BstMCI  CGRYCG  6       2       0       4       2       0       0
 566 BstMWI  GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 567 BstNI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 568 BstNSI  RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
 569 BstOI   CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 570 BstPI   GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 571 BstPAI  GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 572 BstSCI  CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 573 BstSFI  CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 574 BstSLI  GKGCMC  6       2       0       5       1       0       0
 575 BstSNI  TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 576 BstUI   CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 577 Bst2UI  CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 578 BstV1I  GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 579 BstV2I  GAAGAC  6       2       0       8       12      0       0
 580 BstXI   CCANNNNNNTGG    12      2       0       8       4       0       0
 581 BstX2I  RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 582 BstYI   RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 583 BstZI   CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 584 BstZ17I GTATAC  6       2       1       3       3       0       0
 585 Bsu15I  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 586 Bsu36I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 587 BsuRI   GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 588 BsuTUI  ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 589 BtgI    CCRYGG  6       2       0       1       5       0       0
 590 BtgZI   GCGATG  6       2       0       16      20      0       0
 591 BthCI   gcngc   5       2       0       4       1       0       0
 592 BtrI    CACGTC  6       2       1       3       3       0       0
 593 BtsI    GCAGTG  6       2       0       8       6       0       0
 594 BtsCI   GGATG   5       2       0       7       5       0       0
 595 BtuMI   TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 596 BveI    ACCTGC  6       2       0       10      14      0       0
 597 Cac8I   GCNNGC  6       2       1       3       3       0       0
 598 CaiI    CAGNNNCTG       9       2       0       6       3       0       0
 599 CauII   ccsgg   5       2       0       2       3       0       0
 600 CciI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 601 CciNI   GCGGCCGC        8       2       0       2       6       0       0
 602 CdiI    catcg   5       2       1       4       4       0       0
 603 CdpI    gcggag  6       2       0       26      24      0       0
 604 CelII   GCTNAGC 7       2       0       2       5       0       0
 605 CfoI    GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 606 CfrI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 607 Cfr9I   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
 608 Cfr10I  RCCGGY  6       2       0       1       5       0       0
 609 Cfr13I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 610 Cfr42I  CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 611 ChaI    gatc    4       2       0       4       -1      0       0
 612 CjeI    ccannnnnngt     11      4       0       -9      -15     26      20
 613 CjeNII  gagnnnnngt      10      0       0       0       0       0       0
 614 CjePI   ccannnnnnntc    12      4       0       -8      -14     26      20
 615 CjuI    caynnnnnrtg     11      0       0       0       0       0       0
 616 CjuII   caynnnnnctc     11      0       0       0       0       0       0
 617 ClaI    ATCGAT  6       2       0       2       4       0       0
 618 CpoI    CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 619 CseI    GACGC   5       2       0       10      15      0       0
 620 CsiI    ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 621 CspI    CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 622 Csp6I   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 623 Csp45I  TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 624 CspAI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 625 CspCI   CAANNNNNGTGG    12      4       0       -12     -14     24      22
 626 CstMI   aaggag  6       2       0       26      24      0       0
 627 CviAII  CATG    4       2       0       1       3       0       0
 628 CviJI   RGCY    4       2       1       2       2       0       0
 629 CviKI-1 RGCY    4       2       1       2       2       0       0
 630 CviQI   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 631 CviRI   tgca    4       2       1       2       2       0       0
 632 DdeI    CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 633 DinI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 634 DpnI    GATC    4       2       1       2       2       0       0
 635 DpnII   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 636 DraI    TTTAAA  6       2       1       3       3       0       0
 637 DraII   RGGNCCY 7       2       0       2       5       0       0
 638 DraIII  CACNNNGTG       9       2       0       6       3       0       0
 639 DraRI   caagnac 7       2       0       27      25      0       0
 640 DrdI    GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 641 DrdII   gaacca  6       0       0       0       0       0       0
 642 DrdIV   tacgac  6       2       0       26      24      0       0
 643 DriI    GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 644 DsaI    ccrygg  6       2       0       1       5       0       0
 645 DseDI   GACNNNNNNGTC    12      2       0       7       5       0       0
 646 EaeI    YGGCCR  6       2       0       1       5       0       0
 647 EagI    CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 648 Eam1104I        CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 649 Eam1105I        GACNNNNNGTC     11      2       0       6       5       0       0
 650 EarI    CTCTTC  6       2       0       7       10      0       0
 651 EciI    GGCGGA  6       2       0       17      15      0       0
 652 Ecl136II        GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 653 EclXI   CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 654 Eco24I  GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 655 Eco31I  GGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 656 Eco32I  GATATC  6       2       1       3       3       0       0
 657 Eco47I  GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 658 Eco47III        AGCGCT  6       2       1       3       3       0       0
 659 Eco52I  CGGCCG  6       2       0       1       5       0       0
 660 Eco57I  CTGAAG  6       2       0       22      20      0       0
 661 Eco72I  CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 662 Eco81I  CCTNAGG 7       2       0       2       5       0       0
 663 Eco88I  CYCGRG  6       2       0       1       5       0       0
 664 Eco91I  GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 665 Eco105I TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 666 Eco130I CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 667 Eco147I AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 668 EcoHI   ccsgg   5       2       0       -1      5       0       0
 669 EcoICRI GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 670 Eco57MI CTGRAG  6       2       0       22      20      0       0
 671 EcoNI   CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
 672 EcoO65I GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 673 EcoO109I        RGGNCCY 7       2       0       2       5       0       0
 674 EcoRI   GAATTC  6       2       0       1       5       0       0
 675 EcoRII  CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 676 EcoRV   GATATC  6       2       1       3       3       0       0
 677 EcoT14I CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 678 EcoT22I ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 679 EcoT38I GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 680 Eco53kI GAGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 681 EgeI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 682 EheI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 683 ErhI    CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 684 EsaBC3I tcga    4       2       1       2       2       0       0
 685 EsaSSI  gaccac  6       0       0       0       0       0       0
 686 EspI    gctnagc 7       2       0       2       5       0       0
 687 Esp3I   CGTCTC  6       2       0       7       11      0       0
 688 FaeI    CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 689 FaiI    YATR    4       2       1       2       2       0       0
 690 FalI    AAGNNNNNCTT     11      4       0       -9      -14     24      19
 691 FaqI    GGGAC   5       2       0       15      19      0       0
 692 FatI    CATG    4       2       0       -1      4       0       0
 693 FauI    CCCGC   5       2       0       9       11      0       0
 694 FauNDI  CATATG  6       2       0       2       4       0       0
 695 FbaI    TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 696 FblI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
 697 FinI    gggac   5       0       0       0       0       0       0
 698 FmuI    ggncc   5       2       0       4       1       0       0
 699 FnuDII  cgcg    4       2       1       2       2       0       0
 700 Fnu4HI  GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 701 FokI    GGATG   5       2       0       14      18      0       0
 702 FriOI   GRGCYC  6       2       0       5       1       0       0
 703 FseI    GGCCGGCC        8       2       0       6       2       0       0
 704 FspI    TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 705 FspAI   RTGCGCAY        8       2       1       4       4       0       0
 706 FspBI   CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 707 Fsp4HI  GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 708 GdiII   cggccr  6       2       0       1       5       0       0
 709 GlaI    GCGC    4       2       1       2       2       0       0
 710 GluI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 711 GsaI    CCCAGC  6       2       0       5       1       0       0
 712 GsuI    CTGGAG  6       2       0       22      20      0       0
 713 HaeI    wggccw  6       2       1       3       3       0       0
 714 HaeII   RGCGCY  6       2       0       5       1       0       0
 715 HaeIII  GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 716 HaeIV   gaynnnnnrtc     11      4       0       -8      -14     25      20
 717 HapII   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 718 HgaI    GACGC   5       2       0       10      15      0       0
 719 HgiAI   gwgcwc  6       2       0       5       1       0       0
 720 HgiCI   ggyrcc  6       2       0       1       5       0       0
 721 HgiEII  accnnnnnnggt    12      0       0       0       0       0       0
 722 HgiJII  grgcyc  6       2       0       5       1       0       0
 723 HhaI    GCGC    4       2       0       3       1       0       0
 724 Hin1I   GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 725 Hin1II  CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 726 Hin4I   GAYNNNNNVTC     11      4       0       -9      -14     24      19
 727 Hin4II  ccttc   5       2       0       11      10      0       0
 728 Hin6I   GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 729 HinP1I  GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 730 HincII  GTYRAC  6       2       1       3       3       0       0
 731 HindII  GTYRAC  6       2       1       3       3       0       0
 732 HindIII AAGCTT  6       2       0       1       5       0       0
 733 HinfI   GANTC   5       2       0       1       4       0       0
 734 HpaI    GTTAAC  6       2       1       3       3       0       0
 735 HpaII   CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 736 HphI    GGTGA   5       2       0       13      12      0       0
 737 Hpy8I   GTNNAC  6       2       1       3       3       0       0
 738 Hpy99I  CGWCG   5       2       0       5       -1      0       0
 739 Hpy166II        GTNNAC  6       2       1       3       3       0       0
 740 Hpy178III       tcnnga  6       2       0       2       4       0       0
 741 Hpy188I TCNGA   5       2       0       3       2       0       0
 742 Hpy188III       TCNNGA  6       2       0       2       4       0       0
 743 HpyAV   CCTTC   5       2       0       11      10      0       0
 744 HpyCH4III       ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 745 HpyCH4IV        ACGT    4       2       0       1       3       0       0
 746 HpyCH4V TGCA    4       2       1       2       2       0       0
 747 HpyF3I  CTNAG   5       2       0       1       4       0       0
 748 HpyF10VI        GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 749 Hsp92I  GRCGYC  6       2       0       2       4       0       0
 750 Hsp92II CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 751 HspAI   GCGC    4       2       0       1       3       0       0
 752 ItaI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 753 KasI    GGCGCC  6       2       0       1       5       0       0
 754 KflI    GGGWCCC 7       2       0       2       5       0       0
 755 KpnI    GGTACC  6       2       0       5       1       0       0
 756 Kpn2I   TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 757 KspI    CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 758 Ksp22I  TGATCA  6       2       0       1       5       0       0
 759 Ksp632I ctcttc  6       2       0       7       10      0       0
 760 KspAI   GTTAAC  6       2       1       3       3       0       0
 761 Kzo9I   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 762 LguI    GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 763 LpnI    rgcgcy  6       2       1       3       3       0       0
 764 Lsp1109I        GCAGC   5       2       0       13      17      0       0
 765 LweI    GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 766 MabI    ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 767 MaeI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
 768 MaeII   ACGT    4       2       0       1       3       0       0
 769 MaeIII  GTNAC   5       2       0       -1      5       0       0
 770 MalI    GATC    4       2       1       2       2       0       0
 771 MaqI    crttgac 7       2       0       28      26      0       0
 772 MauBI   CGCGCGCG        8       2       0       2       6       0       0
 773 MbiI    CCGCTC  6       2       1       3       3       0       0
 774 MboI    GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 775 MboII   GAAGA   5       2       0       13      12      0       0
 776 McaTI   gcgcgc  6       2       0       4       2       0       0
 777 McrI    cgrycg  6       2       0       4       2       0       0
 778 MfeI    CAATTG  6       2       0       1       5       0       0
 779 MflI    RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 780 MhlI    GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 781 MjaIV   gtnnac  6       0       0       0       0       0       0
 782 MlsI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 783 MluI    ACGCGT  6       2       0       1       5       0       0
 784 MluNI   TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 785 MlyI    GAGTC   5       2       1       10      10      0       0
 786 Mly113I GGCGCC  6       2       0       2       4       0       0
 787 MmeI    TCCRAC  6       2       0       26      24      0       0
 788 MnlI    CCTC    4       2       0       11      10      0       0
 789 Mph1103I        ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 790 MreI    CGCCGGCG        8       2       0       2       6       0       0
 791 MroI    TCCGGA  6       2       0       1       5       0       0
 792 MroNI   GCCGGC  6       2       0       1       5       0       0
 793 MroXI   GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 794 MscI    TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 795 MseI    TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 796 MslI    CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 797 MspI    CCGG    4       2       0       1       3       0       0
 798 Msp20I  TGGCCA  6       2       1       3       3       0       0
 799 MspA1I  CMGCKG  6       2       1       3       3       0       0
 800 MspCI   CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
 801 MspR9I  CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 802 MssI    GTTTAAAC        8       2       1       4       4       0       0
 803 MstI    tgcgca  6       2       1       3       3       0       0
 804 MunI    CAATTG  6       2       0       1       5       0       0
 805 MvaI    CCWGG   5       2       0       2       3       0       0
 806 Mva1269I        GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 807 MvnI    CGCG    4       2       1       2       2       0       0
 808 MvrI    CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 809 MwoI    GCNNNNNNNGC     11      2       0       7       4       0       0
 810 NaeI    GCCGGC  6       2       1       3       3       0       0
 811 NarI    GGCGCC  6       2       0       2       4       0       0
 812 NciI    CCSGG   5       2       0       2       3       0       0
 813 NcoI    CCATGG  6       2       0       1       5       0       0
 814 NdeI    CATATG  6       2       0       2       4       0       0
 815 NdeII   GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 816 NgoAVIII        gacnnnnntga     11      4       0       -13     -15     24      22
 817 NgoMIV  GCCGGC  6       2       0       1       5       0       0
 818 NhaXI   caagrag 7       0       0       0       0       0       0
 819 NheI    GCTAGC  6       2       0       1       5       0       0
 820 NlaIII  CATG    4       2       0       4       -1      0       0
 821 NlaIV   GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 822 NlaCI   catcac  6       2       0       25      23      0       0
 823 Nli3877I        cycgrg  6       2       0       5       1       0       0
 824 NmeAIII GCCGAG  6       2       0       27      25      0       0
 825 NmeDI   rccggy  6       4       0       -13     -8      13      18
 826 NmuCI   GTSAC   5       2       0       -1      5       0       0
 827 NotI    GCGGCCGC        8       2       0       2       6       0       0
 828 NruI    TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 829 NsbI    TGCGCA  6       2       1       3       3       0       0
 830 NsiI    ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0
 831 NspI    RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
 832 NspV    TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 833 NspBII  cmgckg  6       2       1       3       3       0       0
 834 OliI    CACNNNNGTG      10      2       1       5       5       0       0
 835 PabI    gtac    4       2       0       3       1       0       0
 836 PacI    TTAATTAA        8       2       0       5       3       0       0
 837 PaeI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 838 PaeR7I  CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 839 PagI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 840 PalAI   GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 841 PasI    CCCWGGG 7       2       0       2       5       0       0
 842 PauI    GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 843 PceI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 844 PciI    ACATGT  6       2       0       1       5       0       0
 845 PciSI   GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 846 PctI    GAATGC  6       2       0       7       5       0       0
 847 PdiI    GCCGGC  6       2       1       3       3       0       0
 848 PdmI    GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
 849 PfeI    GAWTC   5       2       0       1       4       0       0
 850 Pfl23II CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 851 Pfl1108I        tcgtag  6       0       0       0       0       0       0
 852 PflFI   GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 853 PflMI   CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
 854 PfoI    TCCNGGA 7       2       0       1       6       0       0
 855 PhoI    GGCC    4       2       1       2       2       0       0
 856 PinAI   ACCGGT  6       2       0       1       5       0       0
 857 PlaDI   catcag  6       2       0       27      25      0       0
 858 PleI    GAGTC   5       2       0       9       10      0       0
 859 Ple19I  CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 860 PmaCI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 861 PmeI    GTTTAAAC        8       2       1       4       4       0       0
 862 PmlI    CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 863 PpiI    GAACNNNNNCTC    12      4       0       -8      -13     25      20
 864 PpsI    GAGTC   5       2       0       9       10      0       0
 865 Ppu10I  atgcat  6       2       0       1       5       0       0
 866 Ppu21I  YACGTR  6       2       1       3       3       0       0
 867 PpuMI   RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 868 PscI    ACATGT  6       2       0       1       5       0       0
 869 PshAI   GACNNNNGTC      10      2       1       5       5       0       0
 870 PshBI   ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
 871 PsiI    TTATAA  6       2       1       3       3       0       0
 872 Psp03I  ggwcc   5       2       0       4       1       0       0
 873 Psp5II  RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 874 Psp6I   CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 875 Psp1406I        AACGTT  6       2       0       2       4       0       0
 876 Psp124BI        GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 877 PspCI   CACGTG  6       2       1       3       3       0       0
 878 PspEI   GGTNACC 7       2       0       1       6       0       0
 879 PspGI   CCWGG   5       2       0       -1      5       0       0
 880 PspLI   CGTACG  6       2       0       1       5       0       0
 881 PspN4I  GGNNCC  6       2       1       3       3       0       0
 882 PspOMI  GGGCCC  6       2       0       1       5       0       0
 883 PspOMII cgcccar 7       2       0       27      25      0       0
 884 PspPI   GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 885 PspPPI  RGGWCCY 7       2       0       2       5       0       0
 886 PspPRI  ccycag  6       2       0       21      19      0       0
 887 PspXI   VCTCGAGB        8       2       0       2       6       0       0
 888 PsrI    GAACNNNNNNTAC   13      4       0       -8      -13     25      20
 889 PssI    rggnccy 7       2       0       5       2       0       0
 890 PstI    CTGCAG  6       2       0       5       1       0       0
 891 PsuI    RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
 892 PsyI    GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
 893 PteI    GCGCGC  6       2       0       1       5       0       0
 894 PvuI    CGATCG  6       2       0       4       2       0       0
 895 PvuII   CAGCTG  6       2       1       3       3       0       0
 896 RcaI    TCATGA  6       2       0       1       5       0       0
 897 RceI    catcgac 7       2       0       27      25      0       0
 898 RgaI    GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 899 RigI    GGCCGGCC        8       2       0       6       2       0       0
 900 RleAI   cccaca  6       2       0       18      15      0       0
 901 RpaB5I  cgrggac 7       2       0       27      25      0       0
 902 RruI    TCGCGA  6       2       1       3       3       0       0
 903 RsaI    GTAC    4       2       1       2       2       0       0
 904 RsaNI   GTAC    4       2       0       1       3       0       0
 905 RseI    CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 906 RsrII   CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 907 Rsr2I   CGGWCCG 7       2       0       2       5       0       0
 908 SacI    GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 909 SacII   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 910 SalI    GTCGAC  6       2       0       1       5       0       0
 911 SanDI   GGGWCCC 7       2       0       2       5       0       0
 912 SapI    GCTCTTC 7       2       0       8       11      0       0
 913 SaqAI   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 914 SatI    GCNGC   5       2       0       2       3       0       0
 915 SauI    cctnagg 7       2       0       2       5       0       0
 916 Sau96I  GGNCC   5       2       0       1       4       0       0
 917 Sau3AI  GATC    4       2       0       -1      4       0       0
 918 SbfI    CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 919 ScaI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
 920 SchI    GAGTC   5       2       1       10      10      0       0
 921 SciI    ctcgag  6       2       1       3       3       0       0
 922 ScrFI   CCNGG   5       2       0       2       3       0       0
 923 SdaI    CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 924 SdeAI   cagrag  6       2       0       27      25      0       0
 925 SdeOSI  gacnnnnrtga     11      4       0       -12     -14     23      21
 926 SduI    GDGCHC  6       2       0       5       1       0       0
 927 SecI    ccnngg  6       2       0       1       5       0       0
 928 SelI    cgcg    4       2       0       -1      4       0       0
 929 SetI    ASST    4       2       0       4       -1      0       0
 930 SexAI   ACCWGGT 7       2       0       1       6       0       0
 931 SfaAI   GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 932 SfaNI   GCATC   5       2       0       10      14      0       0
 933 SfcI    CTRYAG  6       2       0       1       5       0       0
 934 SfeI    ctryag  6       2       0       1       5       0       0
 935 SfiI    GGCCNNNNNGGCC   13      2       0       8       5       0       0
 936 SfoI    GGCGCC  6       2       1       3       3       0       0
 937 Sfr274I CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 938 Sfr303I CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 939 SfuI    TTCGAA  6       2       0       2       4       0       0
 940 SgfI    GCGATCGC        8       2       0       5       3       0       0
 941 SgrAI   CRCCGGYG        8       2       0       2       6       0       0
 942 SgrBI   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 943 SgrDI   CGTCGACG        8       2       0       2       6       0       0
 944 SgsI    GGCGCGCC        8       2       0       2       6       0       0
 945 SimI    gggtc   5       2       0       2       5       0       0
 946 SinI    GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
 947 SlaI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 948 SmaI    CCCGGG  6       2       1       3       3       0       0
 949 SmiI    ATTTAAAT        8       2       1       4       4       0       0
 950 SmiMI   CAYNNNNRTG      10      2       1       5       5       0       0
 951 SmlI    CTYRAG  6       2       0       1       5       0       0
 952 SmoI    CTYRAG  6       2       0       1       5       0       0
 953 SmuI    CCCGC   5       2       0       9       11      0       0
 954 SnaI    gtatac  6       0       0       0       0       0       0
 955 SnaBI   TACGTA  6       2       1       3       3       0       0
 956 SpeI    ACTAGT  6       2       0       1       5       0       0
 957 SphI    GCATGC  6       2       0       5       1       0       0
 958 SplI    cgtacg  6       2       0       1       5       0       0
 959 SpoDI   gcggrag 7       0       0       0       0       0       0
 960 SrfI    GCCCGGGC        8       2       1       4       4       0       0
 961 Sse9I   AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 962 Sse232I cgccggcg        8       2       0       2       6       0       0
 963 Sse8387I        CCTGCAGG        8       2       0       6       2       0       0
 964 Sse8647I        aggwcct 7       2       0       2       5       0       0
 965 SseBI   AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 966 SsiI    CCGC    4       2       0       1       3       0       0
 967 SspI    AATATT  6       2       1       3       3       0       0
 968 SspDI   GGCGCC  6       2       0       1       5       0       0
 969 SspD5I  ggtga   5       2       1       13      13      0       0
 970 SstI    GAGCTC  6       2       0       5       1       0       0
 971 SstII   CCGCGG  6       2       0       4       2       0       0
 972 Sth132I cccg    4       2       0       8       12      0       0
 973 Sth302II        ccgg    4       2       1       2       2       0       0
 974 StrI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 975 StsI    ggatg   5       2       0       15      19      0       0
 976 StuI    AGGCCT  6       2       1       3       3       0       0
 977 StyI    CCWWGG  6       2       0       1       5       0       0
 978 StyD4I  CCNGG   5       2       0       -1      5       0       0
 979 SwaI    ATTTAAAT        8       2       1       4       4       0       0
 980 TaaI    ACNGT   5       2       0       3       2       0       0
 981 TaiI    ACGT    4       2       0       4       -1      0       0
 982 TaqI    TCGA    4       2       0       1       3       0       0
 983 TaqII   GACCGA  6       2       0       17      15      0       0
 984 TaqII   CACCCA  6       2       0       17      15      0       0
 985 TasI    AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 986 TatI    WGTACW  6       2       0       1       5       0       0
 987 TauI    GCSGC   5       2       0       4       1       0       0
 988 TfiI    GAWTC   5       2       0       1       4       0       0
 989 TliI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
 990 Tru1I   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 991 Tru9I   TTAA    4       2       0       1       3       0       0
 992 TscAI   CASTG   5       2       0       7       -3      0       0
 993 TseI    GCWGC   5       2       0       1       4       0       0
 994 TsoI    TARCCA  6       2       0       17      15      0       0
 995 Tsp45I  GTSAC   5       2       0       -1      5       0       0
 996 Tsp509I AATT    4       2       0       -1      4       0       0
 997 Tsp4CI  acngt   5       2       0       3       2       0       0
 998 TspDTI  ATGAA   5       2       0       16      14      0       0
 999 TspEI   AATT    4       2       0       -1      4       0       0
1000 TspGWI  ACGGA   5       2       0       16      14      0       0
1001 TspMI   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
1002 TspRI   CASTG   5       2       0       7       -3      0       0
1003 TssI    gagnnnctc       9       0       0       0       0       0       0
1004 TstI    CACNNNNNNTCC    12      4       0       -9      -14     24      19
1005 TsuI    gcgac   5       0       0       0       0       0       0
1006 Tth111I GACNNNGTC       9       2       0       4       5       0       0
1007 Tth111II        caarca  6       2       0       17      15      0       0
1008 UbaF9I  tacnnnnnrtgt    12      0       0       0       0       0       0
1009 UbaF11I tcgta   5       0       0       0       0       0       0
1010 UbaF12I ctacnnngtc      10      0       0       0       0       0       0
1011 UbaF13I gagnnnnnnctgg   13      0       0       0       0       0       0
1012 UbaF14I ccannnnntcg     11      0       0       0       0       0       0
1013 UbaPI   cgaacg  6       0       0       0       0       0       0
1014 UnbI    ggncc   5       2       0       -1      5       0       0
1015 Van91I  CCANNNNNTGG     11      2       0       7       4       0       0
1016 Vha464I CTTAAG  6       2       0       1       5       0       0
1017 VneI    GTGCAC  6       2       0       1       5       0       0
1018 VpaK11AI        ggwcc   5       2       0       -1      5       0       0
1019 VpaK11BI        GGWCC   5       2       0       1       4       0       0
1020 VspI    ATTAAT  6       2       0       2       4       0       0
1021 XagI    CCTNNNNNAGG     11      2       0       5       6       0       0
1022 XapI    RAATTY  6       2       0       1       5       0       0
1023 XbaI    TCTAGA  6       2       0       1       5       0       0
1024 XceI    RCATGY  6       2       0       5       1       0       0
1025 XcmI    CCANNNNNNNNNTGG 15      2       0       8       7       0       0
1026 XhoI    CTCGAG  6       2       0       1       5       0       0
1027 XhoII   RGATCY  6       2       0       1       5       0       0
1028 XmaI    CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
1029 XmaIII  cggccg  6       2       0       1       5       0       0
1030 XmaCI   CCCGGG  6       2       0       1       5       0       0
1031 XmaJI   CCTAGG  6       2       0       1       5       0       0
1032 XmiI    GTMKAC  6       2       0       2       4       0       0
1033 XmnI    GAANNNNTTC      10      2       1       5       5       0       0
1034 XspI    CTAG    4       2       0       1       3       0       0
1035 ZraI    GACGTC  6       2       1       3       3       0       0
1036 ZrmI    AGTACT  6       2       1       3       3       0       0
1037 Zsp2I   ATGCAT  6       2       0       5       1       0       0