code_perl/Maasha/GFF.pm

   1 package Maasha::GFF;
   2
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2008 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25
  26 # Routines for manipulation 'Generic Feature Format' - GFF.
  27
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 use strict;
  33 use Data::Dumper;
  34 use Maasha::Common;
  35
  36 use vars qw( @ISA @EXPORT_OK );
  37
  38 require Exporter;
  39
  40 @ISA = qw( Exporter );
  41
  42
  43 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  44
  45
  46 sub get_entry
  47 {
  48     # Martin A. Hansen, February 2008.
  49
  50     # Reads a single entry from a filehandle to a GFF file.
  51
  52     my ( $fh,   # file handle
  53        ) = @_;
  54
  55     # Returns hashref.
  56
  57     my ( $line, @fields, %entry, $q_beg, $q_end, @atts, $att, $key, $val );
  58
  59     while ( $line = <$fh> )
  60     {
  61         chomp $line;
  62
  63         @fields = split "\t", $line;
  64
  65         if ( @fields == 9 )
  66         {
  67             $q_beg = $fields[ 3 ] - 1;
  68             $q_end = $fields[ 4 ] - 1;
  69
  70             ( $q_beg, $q_end ) = ( $q_end, $q_beg ) if $q_beg > $q_end;
  71
  72             %entry = (
  73                 Q_ID       => $fields[ 0 ],
  74                 SOURCE     => $fields[ 1 ],
  75                 TYPE       => $fields[ 2 ],
  76                 Q_BEG      => $q_beg,
  77                 Q_END      => $q_end,
  78                 SCORE      => $fields[ 5 ],
  79                 STRAND     => $fields[ 6 ],
  80                 PHASE      => $fields[ 7 ],
  81                 ATT        => $fields[ 8 ],
  82             );
  83
  84             @atts = split ";", $fields[ 8 ];
  85
  86             foreach $att ( @atts )
  87             {
  88                 ( $key, $val ) = split "=", $att;
  89
  90                 $entry{ "ATT_" . uc $key } = $val;
  91             }
  92
  93             return wantarray ? %entry : \%entry;
  94         }
  95     }
  96 }
  97
  98
  99 sub get_entries
 100 {
 101     # Martin A. Hansen, February 2008.
 102
 103     # Reads GFF file and returns a list of entries.
 104
 105     my ( $path,   # full path to GFF file.
 106        ) = @_;
 107
 108     # Returns a list.
 109
 110     my ( $fh, $entry, @entries );
 111
 112     $fh = &Maasha::Common::read_open( $path );
 113
 114     while ( $entry = &get_entry( $fh ) ) {
 115         push @entries, $entry;
 116     }
 117
 118     close $fh;
 119
 120     return wantarray ? @entries : \@entries;
 121 }
 122
 123
 124 sub put_entry
 125 {
 126
 127
 128 }
 129
 130
 131 sub put_entries
 132 {
 133
 134
 135 }
 136
 137
 138 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 139
 140 1;