code_perl/Maasha/Fastq.pm

   1 package Maasha::Fastq;
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Routines for manipulation of FASTQ files and FASTQ entries.
  26
  27 # http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
  28
  29
  30 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  31
  32
  33 use warnings;
  34 use strict;
  35 use Data::Dumper;
  36 use Maasha::Calc;
  37 use vars qw( @ISA @EXPORT );
  38
  39 use constant {
  40     SEQ_NAME => 0,
  41     SEQ      => 1,
  42     SCORES   => 2,
  43 };
  44
  45 @ISA = qw( Exporter );
  46
  47 use Inline ( C => <<'END_C', DIRECTORY => $ENV{ "BP_TMP" } );
  48
  49 int phred2score( char c )
  50 {
  51     /* Martin A. Hansen, July 2009 */
  52
  53     /* Converts a FASTQ/phred score in octal (a char) to a decimal score, */
  54     /* which is returned. */
  55
  56     /* http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml */
  57
  58     int score = 0;
  59
  60     score = ( int ) c - 33;
  61
  62     return score;
  63 }
  64
  65
  66 int solexa2score( char c )
  67 {
  68     /* Martin A. Hansen, July 2009 */
  69
  70     /* Converts a Solexa score in octal (a char) to a decimal score, */
  71     /* which is returned. */
  72
  73     /* http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml */
  74     /* $Q = 10 * log(1 + 10 ** (ord($sq) - 64) / 10.0)) / log(10); */
  75
  76     int score = 0;
  77     int ascii = ( int ) c - 64;
  78
  79     score = 10 * log( 1 + pow( 10, ascii / 10 ) ) / log( 10 );
  80
  81     return score;
  82 }
  83
  84
  85 char score2phred( int score )
  86 {
  87     /* Martin A. Hansen, July 2009 */
  88
  89     /* Converts a decimal score in decimal to an octal score (a char), */
  90     /* which is returned. */
  91
  92     /* http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml */
  93
  94     char c;
  95
  96     if ( score <= 93 ) {
  97         c = ( char ) score + 33;
  98     } else {
  99         c = ( char ) 93 + 33;
 100     }
 101
 102 //    printf( "score: %d   char: %c\n", score, c );
 103
 104     return c;
 105 }
 106
 107
 108 void solexa2phred( char *scores )
 109 {
 110     /* Martin A. Hansen, July 2009 */
 111
 112     /* Convert Solexa scores to Phred scores for use with FASTQ format.*/
 113
 114     int  i     = 0;
 115     int  score = 0;
 116     char c;
 117
 118     for ( i = 0; i < strlen( scores ); i++ )
 119     {
 120         score = solexa2score( scores[ i ] );
 121         c     = score2phred( score );
 122
 123 //        printf( "scores[i]: %c  score: %d  char: %c\n", scores[ i ], score, c );
 124
 125         scores[ i ] = c;
 126     }
 127 }
 128
 129
 130 void lowercase_low_scores( char *seq, char *scores, int threshold )
 131 {
 132     /* Martin A. Hansen, July 2009 */
 133
 134     /* Given a sequence string and a score string (in FASTQ/Phread range) */
 135     /* lowercases all residues where the decimal score is below a given threshold. */
 136
 137     int i = 0;
 138
 139     for ( i = 0; i < strlen( seq ); i++ )
 140     {
 141         if ( phred2score( scores[ i ] ) < threshold ) {
 142             seq[ i ] = tolower( seq[ i ] );
 143         }
 144     }
 145 }
 146
 147
 148 END_C
 149
 150
 151 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 152
 153
 154 sub get_entry
 155 {
 156     # Martin A. Hansen, July 2009.
 157
 158     # Gets the next FASTQ entry from a given filehandle.
 159
 160     my ( $fh,   # filehandle
 161        ) = @_;
 162
 163     # Returns a list
 164
 165     my ( $seq, $seq_name, $qual, $qual_name );
 166
 167     $seq_name  = <$fh>;
 168     $seq       = <$fh>;
 169     $qual_name = <$fh>;
 170     $qual      = <$fh>;
 171
 172     return unless $seq;
 173
 174     chomp $seq;
 175     chomp $seq_name;
 176     chomp $qual;
 177     chomp $qual_name;
 178
 179     $seq_name =~ s/^@//;
 180
 181     return wantarray ? ( $seq_name, $seq, $qual ) : [ $seq_name, $seq, $qual ];
 182 }
 183
 184
 185 sub put_entry
 186 {
 187     # Martin A. Hansen, July 2009.
 188
 189     # Output a FASTQ entry to STDOUT or a filehandle.
 190
 191     my ( $entry,   # FASTQ entry
 192          $fh,      # filehandle - OPTIONAL
 193        ) = @_;
 194
 195     # Returns nothing.
 196
 197     $fh ||= \*STDOUT;
 198
 199     print $fh "@" . $entry->[ SEQ_NAME ] . "\n";
 200     print $fh $entry->[ SEQ ] . "\n";
 201     print $fh "+\n";
 202     print $fh $entry->[ SCORES ] . "\n";
 203 }
 204
 205
 206 sub fastq2biopiece
 207 {
 208     # Martin A. Hansen, July 2009.
 209
 210     # Converts a FASTQ entry to a Biopiece record, where
 211     # the FASTQ quality scores are converted to numerics.
 212
 213     my ( $entry,     # FASTQ entry,
 214        ) = @_;
 215
 216     # Returns a hash.
 217
 218     my ( $record );
 219
 220     $record->{ 'SEQ' }        = $entry->[ SEQ ];
 221     $record->{ 'SEQ_NAME' }   = $entry->[ SEQ_NAME ];
 222     $record->{ 'SCORES' }     = $entry->[ SCORES ];
 223     $record->{ 'SEQ_LEN' }    = length $entry->[ SEQ ];
 224
 225     return wantarray ? %{ $record } : $record;
 226 }
 227
 228
 229 sub biopiece2fastq
 230 {
 231     # Martin A. Hansen, July 2009.
 232
 233     # Converts a Biopiece record to a FASTQ entry.
 234
 235     my ( $record,   # Biopiece record
 236        ) = @_;
 237
 238     # Returns a list.
 239
 240     my ( $list );
 241
 242     if ( exists $record->{ 'SEQ' } and exists $record->{ 'SEQ_NAME' } and exists $record->{ 'SCORES' } )
 243     {
 244         $list->[ SEQ_NAME ] = $record->{ 'SEQ_NAME' };
 245         $list->[ SEQ ]      = $record->{ 'SEQ' };
 246         $list->[ SCORES ]   = $record->{ 'SCORES' };
 247
 248         $list->[ SCORES ] =~ s/(\d+);/chr( ( $1 <= 93 ? $1 : 93 ) + 33 )/ge;
 249
 250         return wantarray ? @{ $list } : $list;
 251     }
 252
 253     return;
 254 }
 255
 256
 257 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<